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康熙皇帝坚定追求国家统一，并采取积极主动的外交政策，这让他威名大震。康熙对自己的决断力颇为自豪，时常独排朝中满汉大臣之议。当捷报传来时，康熙便自居功绩。不过，有几件大事的结果不尽如他所愿，留给后继者一个治丝益棼的乱局。其中又以三方面为最：环绕在太子胤礽周遭的争议；与天主教传教士的关系；农村地区的行政管理。
康熙亲政之初，亟欲避免1640年代摄政大臣多尔衮和1660年代鳌拜把持朝纲的历史重演。因此，当康熙的皇后于1674年产下胤礽，康熙即册立他为储君。因为胤礽的生母难产而死，所以胤礽的出生便有了命定的意味，他与异母弟弟的关系也因此更为疏远。
胤礽所受的教育是要将他培养为天下表率，依循儒家道德戒律，兼修满人擅长的骑射之术。康熙挑选最博学的大学士任太子傅，详细查考功课，并重视太子品行操守和文史修养。胤礽渐渐接触政事，1696年至1697年，当康熙御驾远征噶尔丹时，胤礽便坐镇北京。康熙甚至一度表明有意退位，好让皇太子登基统理天下。
但是康熙班师回朝之后，开始听闻有关储君行止的种种让人不安的谣传：胤礽素行乖张，暴虐凶残。康熙携诸皇子巡幸西疆、满洲、大运河与长江沿岸的繁华都城，期间胤礽的任性妄为常让旁人难以自处。
康熙所面临的难题之一是无法取得有关情况的准确讯息。果不其然，因七位皇子在年龄、智慧方面足堪与胤礽角逐储位，各有所忠的朝中文武大臣开始分立成派，明争暗斗。置身于这种政治情境下，满朝文武不论满汉，少有人愿意吐露真言。于是康熙开始建立新的奏折制度，以穿透流言蜚语的层层迷雾。
京城与各省官员一般以奏折的方式向皇帝呈奏消息。这种仔细誊写的文书由驿丞进呈宫中，由内阁先行抄录、评议，附上票拟的意见，再转呈御览。这是比较公开的制度，所以康熙在1690年代开始建立密折制度，密折系由撰写官员的家奴送至宫中，由皇帝身边的宦官呈交，由皇帝私下审视、批阅、密封。然后再把这套程序反过来，经皇帝御笔朱批的密折转交给官员的奴仆携回。
这套系统最先是非正式的，康熙要求派赴各省的亲信包衣详列各地粮价，以便查核官员报告的真实性，及时发现未来可能引发骚乱的潜在因素。18世纪初，康熙开始扩展这套系统；1707年，康熙信任的一些大臣以密折上奏报告胤礽的行止，说胤礽如何志得意满，以未来的皇帝自居，又凌虐臣属奴仆，还命亲信远赴南方购买童男童女，带回宫里供他狎戏。康熙一直隐忍不发，但到了1708年，已经有太多对胤礽的不利证据，康熙不能再有迟疑，盛怒之下废黜了胤礽的太子之位，拘之于“上驷院”，并命四皇子胤禛监管。胤礽的党羽以及涉事朝臣一一遭逮捕、伏诛。
之后，皇帝陷入了犹豫、愧疚、自责的痛苦循环之中。康熙相信对胤礽的指控并非真有其事，而是受人镇魇，于是在1709年释放了胤礽。但是到了1712年，不利胤礽的新证据再次被发现，包括意图刺杀不愿提早退位的康熙，于是胤礽再度被捕。在其此后的十年统治期内，康熙都拒绝册立新储君，并严惩妄议再立太子的朝臣。庙堂之上流言充斥，康熙诸子各有其党，大清的未来被一层阴霾笼罩了起来。
天主教士的问题同样也涉及皇权和特权。自从鳌拜的摄政结束之后，康熙开始任用耶稣会士：令耶稣会士监管钦天监，向他们垂询地图绘制与工程建筑等事务，并允许他们在北京城内与各省传教。特别是在1692年后的十年间，康熙下旨允许自由信仰基督教，耶稣会士开始期盼他们在中国的传教能有转机。不过康熙坚持的一点是耶稣会必须同意，中国人祭祖祀孔是世俗典礼而非宗教仪式，因此改信基督教的中国人仍可继续祭祖祀孔。由于康熙这种说法袭自明末知名耶稣会传教士利玛窦的观点，所以在华的大多数耶稣会士均无从辩驳。
然而，不同修会的天主教神父与传教士，不管是在东亚或罗马，皆异议强烈。他们认为康熙是以无上的权威介入宗教教义，耶稣会士的态度会破坏基督信仰的完整。罗马教皇克雷芒十一世（PopeClement XI）为了补救，指派一位深受信任的年轻主教铎罗（Maillardde Tournon）前来中国了解情形。1705年和1706年，这位罗马教皇的特使在北京多次觐见康熙，举行一连串的会议。可想而知，双方看法南辕北辙。于是铎罗主教以逐出教会的惩罚作威胁，禁止天主教士遵从康熙的谕旨，康熙以牙还牙，下令驱逐所有不愿“具结”脱离罗马教会、领取准许在华传教证明之“印票”
的神父。虽然大多数耶稣会士均具结并领取了印票，不过还是有超过十二名圣方济修会（Franciscan）、道明修会（Dominican）等的传教士因拒绝签署而被逐出中国。双方采取的强硬立场，中断了教会在中国的势力影响，阻碍了西方思想和科技在中国的传播。若双方立场都更有弹性，18世纪末那些已接受了伽利略科学发现的天主教教会和传教士或许能把新的天文学带到中国来，而中国人的思维模式与对待自然的态度也会因为这些新的知识和技术而发生重大改变。
在税制与乡村行政等重要领域，康熙最终也未能做出积极有效的改变。他似乎认为，在既存的社会环境下，不可能普查土地所有权；在税制方面，他也遵循晚明旧制，以丁役折换等值银两来纳税。税银仅有少部分留在地方，用以支付官吏与仆役的薪俸，或用作地方上的灾难救助和建设经费。所以，地方官吏必须另行征收大量的额外费用补充财政，不过大部分钱款都被官吏中饱私囊，给上级送礼，或孝敬京城官员，以期相关衙署对他们的行为进行考课时能宽松一点。这种松懈状态，刚好碰上经济的长期萧条，地价、粮价一落千丈。后来，饱受通货紧缩和经济停滞之苦的中国人，回顾顺治一朝时，便觉得那是个经济繁荣的时代。 7
结果，康熙虽然在统一政治、廓清边疆方面功绩显赫，不过在农村地区，成千上万中国人依然在痛苦的深渊中奋力挣扎。各地总有少数匪帮四处打家劫舍，但因为没有资金和武器组建可与之抗衡的民团，这些土匪几乎横行无阻。县里的贪官污吏对农户横征暴敛，需索无度，却又不开具相关收据。有关土地契约的法律诉讼往往会持续数十载，孤儿寡母若遭到族里男人欺凌，往往求诉无门。私仇常会引发暴力，闹出人命，但庶务缠身的地方官既无暇亦无配备人员来审查凶案。
或许是考虑到郑成功在1659年的战役中受到地方上汉人的大力支持，或者因为江苏与浙江是儒家文化的心脏地带，康熙皇帝并未过度追究这两个富庶省份拖欠国库的税钱。为了维持表面和谐，康熙经常宽大处理地方积欠国库的案例，有些地方虽然没有遭受天灾人祸，但康熙也下令削减其上交的钱粮。虽然康熙推行“回避制度”，明定官员不能在家乡任官（避免他们以权谋私），不过对那些举报宠臣的家族成员或退休京官贪赃徇私的密奏，康熙总是置若罔闻。
荒谬的是，康熙在位的最后十年，似乎由衷相信农村已是一片欣欣向荣，地方官员皆善用手中的资源来适切地处理政事。朝廷除了土地税之外，又独占盐、人参、玉等商品的专卖，加上富商的“自动”捐输，以及对商品转运的课税，因此国库充盈。康熙相信人口的多寡是衡量繁荣的标准，但是他也知道地方官吏往往隐匿虚报，唯恐如实呈报，户部也会如实课税，于是康熙决定采取断然的举措。1712年，他根据现有耕地上的人丁数目，将税额固定下来，实行“滋生人丁，永不加赋”的政策。此后，地方官员才敢据实呈报真正的新增人口数，而不必担心未来税赋会增加。
由于康熙—一如他之前的顺治—不再试图清丈全国的土地，因此中国的地税系统在两方面被固定下来：各省入籍的地目是以1581年万历年间所做的普查为根据，而每一单位土地应纳的租税是以1712年的数据为基准。这让康熙的后继者几乎无法理顺财政，使之更加合理。纵使各地纷纷呈报的人口数有所增长，似乎有那么一点繁荣的意象，使得康熙深感安慰，但财政的根本弊端还是存在。
“今朕躬抱病，怔忡健忘，”康熙于1717年一份谕旨真情流露，告文武百官，“故深惧颠倒是非，万几错乱。心为天下尽其血，神为四海散其形。”
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写完这段悒悒不快的话语之后，康熙又活了五年，是截至当时中国历史上在位最久的统治者
。但是松鹤之寿，带给康熙的却是日薄西山的落寞。1722年12月，康熙驾崩于北京宫中，储君之位悬而未决。回望过去，实难想象康熙临终时究竟有多绝望，才会置国本问题于不顾。