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南明诸王的顽强抵抗、郑氏家族所获得的拥护以及蔓延迅速且几近成功的三藩之乱，都说明清政权并不受汉人拥戴。康熙从即位之初始，便对这一问题折中处理，一面努力打消满洲贵族对其军事力度和与政治坚定性的疑虑，一面也设法让汉人相信他对汉人传统文化的推崇。
要博得满人的好感比较容易。身强体壮的康熙幼年罹患天花而无恙，是其得以被挑选继顺治位的原因之一。康熙早年就培养起对狩猎、射箭的浓厚兴趣，而其精湛的骑术，又意味着他能策马远行，深入满人的发源地。曾经与康熙并辔完成这趟旅程的精锐侍卫与满洲贵族，一直都对皇帝忠贞不二；虽然他们关于国家政策有过严重的分歧，不过在康熙早年遭逢的种种危机中，他们一直坚定拥护康熙。康熙的祖母（也就是皇太极的遗孀）十分宠爱康熙，她凭恃着家族的关系，是一个举足轻重的政治人物。康熙的皇后与众嫔妃（康熙十一岁初婚，娶的是一位摄政大臣的孙女，这位大臣也反鳌拜）的家族势力，给他带来了宝贵的权势网络。在北京城内满族萨满教寺庙里举行隆重典礼；重用满人与汉人；为抑制宦官的势力，让满洲贵族执掌内务府，任用汉人包衣而非太监负责宫中杂役—在这些事情上，康熙无不小心翼翼。
然而，要争取汉人人心就棘手得多了。满人声称，他们于1644年入关是要为明崇祯皇帝复仇，不过多数汉人无法接受这番托词。即便这些汉人相信他们的说法，根深蒂固的忠君思想，还是让不少汉人在听闻崇祯皇帝驾崩之后自裁殉国；虽然确信抵抗最终会让自己送命，很多人依旧拿起武器反抗满人；而更多的汉人干脆韬光晦迹，拒绝以任何形式为新朝效力。
这种拒绝报效朝廷的做法以儒家思想为自己的合法依据，于是康熙面对汉人的抵制行为，也以彼之道、还施彼身。孔子的训诲在中国社会里不容挑战，尽管17世纪中叶，人们对于孔子学说的看法已经有了相当大的差异。简而言之，在公元前5世纪的中国，孔子成为修身治国方面的道德及品格准则的代言人。他重视仁和义，主张通过克己复礼，以求达到人与宇宙和他人之间的和谐大同。孔子曾说过，有德者不应侍奉无道之君，假若有必要，有德者必须为捍卫理想原则而成仁。
他还进一步主张，人应当关注现实世界的问题，尊重已故先人，不应当试图去了解上天的力量和鬼神的领域。
记录孔子与诸侯、弟子对话的《论语》，把他塑造成了一个思想敏锐、精力充沛的人，不断考察自己与周围人的个性缺陷，却从未对德行失去信心。他坚信道德榜样的力量和教育的核心地位，认为随着年龄增长，人也会收获更多智慧。此外，他还制定出自我认知的发展步骤。孔子逝世几个世纪后，传说由他编纂的五部作品被合在一起，成了儒家思想的“五经”。其中，一本关于礼数，两本关于历史，一本关于诗歌，还有一本《易经》则是讲宇宙和占卜。到了12世纪，《论语》和孔子的追随者孟子的语录（《 孟子》 ），以及两本从《礼记》中摘出的关于人性和道德培养的作品（ 《大学》《中 庸》 ），同样被合到了一起，成为“四书”。这九本书被认为涵盖了引领道德生活的基本准则，并可靠记录了两千年前中国历史上那个乌托邦时代—周朝之初，政通人和的完美理想就已被实现了。
随后的几个世纪，注疏、释义和解读“四书五经”的作品大量出现，并从5世纪之后传入中国的佛教思想和中国其他传统哲学中吸收要素，微妙地调整自己。同时，博采众家的儒家思想转而成为“经典”，“四书五经”成了及第登科的基础。儒家思想被解释成了纲常，为父对子、夫对妇、君对臣的绝对权力提供支撑。这种等级关系通过只许男性参加科举而进一步加强，无论女子学养多高，都不允许入职为官。清朝盛行的儒家教育强调了世界中“理”（原则或理性）的力量，将其置放于“气”（生命之能）之上，引出了对人性以及中国社会形而上结构的二元论解释。
自从囚禁摄政大臣鳌拜之后，康熙表现出对儒家丰富遗产的崇慕之意。1670年，康熙颁布十六条箴言，意在总结儒家思想的道德价值。“圣谕十六条”强调社会关系的等级秩序，以及仁慈、服从、俭约、辛勤工作的美德。康熙又挑选一群满汉大学士，共同精研“四书五经”。从朝廷的官方记载中，人们可以逐章追踪康熙的进步，看到他遭遇疑难时与大学士们的讨论。皇帝研读儒家经典、勤练书法的消息“走漏”后，群臣盛赞康熙是“圣君”。满汉大学士还把“圣谕”改写成亲切易懂的口语，以利康熙的伦理观点向黎民百姓传播。
朝廷的权力之所以至高无上，部分在于科举考试受朝廷控制。顺治恢复了这套考试制度，康熙则每三年开科取士一次，即使三藩作乱期间，科考也并未中辍。不过令康熙感到不快的是，许多满腹经纶的博学之士不愿参加科考，理由是他们身为明朝遗民，科考出仕等同于背叛。1679年，康熙提出一个巧妙的解决办法，在三年的科举取士之外，他又下令各省荐举人才，参加朝廷的“博学鸿词科”，以网罗高才博学的贤良。虽然仍有些固执的学者坚持不赴北京参加考试，有人不允许自己被地方举荐，但是这项举措还是获得良好的成效。这次特科共录取五十名，大部分来自江南省份；同时，为了刻意表彰这群名儒硕彦对前朝的忠贞，高中特科者均奉命入馆佐修明史。
尽管康熙皇帝尽其所能地笼络前朝的山林遗老，许多汉人仍对新朝存观望态度。有不少文士私自搜集明史相关资料，以期不受朝廷监控，自撰历史。因此，那些英勇抗清的城镇，如扬州、江阴，虽功败垂成，不过其事迹却被载入史册，秘密流传给后代。有些曾经在家乡抗清的学者退出了官场，转而为晚明东林党和类似学社里提倡道德和改革的儒士仔细撰写事迹。
这期间，有三位学者以其作为、文章而负盛名。一位是湖南人王夫之，他在1650年返回故里之前，曾经有数年在西南桂王的流亡朝廷为官。王夫之倾力攻击王阳明信徒的个人主义式哲学，认为阳明学派陷溺在个人意识中寻求道德基础，结果摧残了当时的道德意识。王夫之同时还撰写了一部关于桂王小朝廷的历史，并对以前的“蛮夷”王朝细加品评，这些文字若是让清军发现的话，王夫之恐怕难逃杀身之祸。
第二位是浙江人黄宗羲—他父亲于1626年遭宦官魏忠贤杀害—是东林党与其他改革派积极拥护者。黄宗羲随南明藩王在东部沿海地区作战数年，并在山区内修筑防栅以拖延清军的前进。黄宗羲在1649年退隐，专心治学。他不仅悉心撰写明朝重要人物的传记，还试图分析政府的制度结构。他主张仿效远古的理想社会，由儒士担负社会的行政工作，并以道德教化的力量来管理，取代现在过分集中化的体制。大部分的中国政治思想家在探索改革之道时，倾向于思考如何改变宦官与官僚的行为—这些人正是横亘于皇帝与百姓之间的障碍，但黄宗羲本人却认为帝权应该受到制约。
这三人当中以顾炎武最为知名。1613年，顾炎武生于江苏，由守寡的继母抚养成人，顾母以严守澄德礼教而闻名于乡梓，决心让顾炎武恪遵儒家思想的伦理戒律。晚明时期，顾炎武曾通过乡试，但看到当时的政治、道德乱象后，他便开始潜心钻研传统的经世致用之学、政府体制与军事兵法。1644年，顾炎武短暂辅佐过福王抗清。顾炎武的母亲因不愿屈从新的征服者绝食而死，令他深为感动。她在给顾炎武的遗书中有言：“我虽妇人，身受国恩，与国俱亡，义也。汝无为异国臣子。” 2
虽然顾炎武并未踵继母亲，不过他确实将母亲遗言铭刻在心，余生（他死于1682年）都在游历、熟思、治学。他甚至离开林木苍翠的江南家乡，迁居陕西的不毛之地。一如同时代的王夫之，顾炎武著书立说，以抗衡儒家主流学派，后者强调形而上学二元论与直觉，最后导致道德的空洞化。顾炎武单骑走遍大半华北地区，考察耕作方法、开矿技术与商人的票号制度，将观察所得化成一系列的文章，试图开创一种严谨与实用兼具的新治学方式。
顾炎武在其卷帙浩繁的著作中，主要关注政府体制、伦理学、经济学、地理与社会关系这几个议题，并十分重视朴学的方法，他认为朴学的方法是考证中国古代学术遗产真谛的重要工具。顾炎武特别推崇汉代（公元前206年至公元220年）学术不事雕琢，法度严谨，且无虚玄矫饰。尽管顾炎武声名鹊起，但他依然拒绝参加清廷举办的所有科举考试（包括1679年的特科），也不参与由康熙推动的编修明史工作。顾炎武辞世后，被视为严谨通透的治学典范，受到许多学者景仰；顾炎武的著作对18世纪的中国思想产生了深远影响。
反抗清廷的不只有武夫和文士。许多清初的画家也以艺术作品表达心中的愤慨和对新政权的疏离，透过大胆的创新、古怪的画风以及留白的运用，呈现出一个萧瑟失衡的世界。以泼墨画法跃然于纸上的奇绝孤松、嶙峋山野、杂木茂叶以及孤鸟游鱼，都是此类艺术家常常取材的主题。其中几位出类拔萃的画家，如石涛或八大山人，均与明王室有血缘关系，在清朝入关后遁入深山僧院。八大山人以沉默来表达对清朝政权的抗议。他在自家门上写了一个“哑”字，从此默然不语，不过在大醉或沉浸于创作时依然会恣意狂笑或放声痛哭。石涛倒是渐渐重新融入社会，开始与其他侍奉清朝政权的学者、艺术家往来，偶尔也会受托于富裕雅士，为其设计园林，到头来还是成了朝廷的边缘人。
我们的确可以循着清廷笼络文人的脉络来写一部历史。那些并未出仕或参加科举考试的文人，仍有可能被良伴或金钱的承诺所引诱。编修书籍最能凝聚文人的精力。康熙延揽博学俊彦，请他们编写字典、百科全书，记录朝廷活动，搜罗古文、古诗。也有王公大臣赞助学者从事地理研究与地方志的编修，于是学者游历不辍，搜集写作材料，然后返回舒适宅邸提笔撰写。也有官员聘儒生任幕僚，职闲事少，这些儒生有更多闲暇各显其能，或为小说家，或为短篇故事作家，或为诗人、戏曲作家。其结果就是在异族的血腥统治下，中国文化依然能在17世纪末大放异彩。
透过孔尚任的艺术手法，明朝遗民抵抗与忠君的题材最终为康熙一朝所接纳。孔尚任是孔子第六十四代子孙，生于1648年，当时满人已入关。孔尚任的父亲是明代知名学者，孔尚任本人被明朝的覆亡和身陷其中的人们深深吸引。他在四十几岁谱成一出广为流行的戏曲《桃花扇》，情节描写了一位耿直的文士与其所爱的女子在南明福王朝廷的苦难经历。这位女中豪杰抗拒南明权奸的求欢，以扇子袭击奸邪，致使血洒扇面。
一位画家将扇面的血迹缀饰成桃花盛开的模样，这出戏便是以此得名。从桃花扇这个出色生动的隐喻可以看到晚明时代隐伏在道德与知性生活背后那种暴力与美感的交融。在《桃花扇》尾声，晚明的抗清行动徒劳无功，高风亮节的遗老纷纷遁避山林，不愿接受清廷招降入朝为官，这对恋人也遁入空门。在最后一段情节中，这对恋人与一位友人同叹：
千古南朝作话传，
伤心血泪洒山川，
仰天读罢招魂赋，
扬子江头乱暝烟。 3
到了1690年代，《桃花扇》已经在康熙的朝廷之上传唱，孔尚任的戏曲深受宫廷中人喜爱。在一篇文章中，孔尚任再现了听众的情绪：
名公巨卿，墨客骚人，骈集者座不容膝。张施则锦天绣地，胪列则珠海珍山……然笙歌靡丽之中，或有掩袂独坐者，则故臣遗老也。灯摇酒阑，唏嘘而散。 4
这些人或许满腔念旧情怀，不过却已坦然接受现实。