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明朝末期，台湾依然鲜为人知
：海相危殆，台风频仍，沿海有浅滩拱卫；瘴气弥漫的西部平原连绵不绝，后有险恶的崇山屏障，与世孤绝。台湾本地不友善的原住民令外来的探险家或移民望之却步。不过还是有少数来自广东、福建各港口的商贾涉险渡海，与原住民交易鹿皮和捣碎的鹿角（被认为是一种强力壮阳药）来牟利，并在岛上的西南部形成小型聚落。中国与日本的海寇也在同一海岸线上找到了避难所。
1620年代，台湾登上国际政治的舞台。船只失事的海员与传教士一度是岛上唯一的欧洲人。当时，葡萄牙人曾一探台湾，称之为“美丽岛”（Ilha Formosa），但后来决定撤离，仅以澳门作为其在东亚活动的根据地。西班牙人没有效仿，而是在台湾北部的基隆建立了小型据点。信奉新教的荷兰人也一样，在1624年于台湾南部安平（今天的台南）小镇修葺“热兰遮城”（Zeelandia）。到了1640年代，荷兰人驱逐了岛上的西班牙人与残余的日本海盗，在台湾、东印度群岛（East Indies，今天的印度尼西亚）的荷兰帝国，以及中国东部沿海的商贾官员三者之间形成贸易网络。由于受到海岛贸易利益的吸引，有部分汉人移民先后聚集在西班牙人、荷兰人据点四周，其他则赴台湾西部平原拓荒垦殖。虽然荷兰人支持、鼓励汉人商贾的到来，但起初并没有多少在此定居；冬天时，这些商人便返回大陆沿海。荷兰人对岛上土著居民采取分而治之的策略，制定他们自己的经济和行政体系。
17世纪四五十年代，台湾岛上的荷兰人尽量避免介入残明势力的抗清活动，然而随着沿海战事的发展及其与明室拥护者的互动往来，荷兰人无法再置身事外。当时，权势富室的郑氏家族是游移于福建、台湾、日本南部海域的海盗兼贸易商，其家族首领（ 郑芝龙 ）最终被火烧眉毛的南明政权封爵，致使战事进一步升级。虽然郑芝龙已于1646年降清，但他的儿子郑成功性格刚烈，拒不随父。郑成功率领部队和战舰继续拥立四处流窜的南明政权，即便在南明被追逼到西南内陆后，郑成功仍然在名义和行动上一直奉朱明为正朔。
这位在历史上被称为“国姓爷”（明朝赐郑成功国姓，西方人按其闽南语发音“Kok-seng-ia”把国姓爷译成Koxinga）的杰出海将，出生于1624年，母亲是日本人，所以他的成长背景也反映了国际贸易与文化关系的多语系世界。郑成功父亲的贸易网络从长崎绵延至澳门，在其位于厦门附近的壁垒森严的府第中，还有奉基督教与佛教圣像的礼拜堂，以及从澳门的葡萄牙人手中逃脱的黑奴组成的卫队。直抵营垒内居住区的通道是由船只构造而成的。
整个1650年代，郑成功的船舰一直都在华东沿海地区与清朝作战，同时在他的控制之下，厦门成为一个国际转运港。郑成功甚至组织了十家贩卖丝绸、奢侈品以及糖等商品的商行，通过交易换取海军军需与火药来补给船舰。郑成功1659年正面攻击南京时，第一次遭逢军事重挫。清朝大军逼临厦门，郑成功做出攻击热兰遮城的大胆决定。或许是受到曾担任荷兰通译并熟悉热兰遮城防卫部署的汉人相助，郑成功顺利包围热兰遮城；他轻易占领了热兰遮城周围的田野，杀死驻守荷兰人并掳掠其女子，但令人吃惊的是，堡垒里的荷兰人居然抵抗了足足九个月。到了1662年2月，荷兰人才投降，并与郑成功达成协议，荷兰人全部撤至荷属东印度群岛的巴达维亚城（Batavia），而他们给郑成功留下的财货与资金估计价值逾一百万盎司白银。
但郑成功好景不长。由于他不归顺清朝（母亲早就被清军杀害），其父与兄弟在北京被处死。消息传来，让他本已不稳定的精神状况更为恶化，郑成功开始做出一系列消极行为，包括凌辱臣属，对子女大发雷霆，最后于1662年辞世。
虽然鳌拜等辅政大臣在1661年强迁沿海居民的粗暴命令颇有实效，但却无法令台湾归降。清朝曾与荷兰人短暂结盟，试图联手逼出仍在福建沿海的郑氏家族残余势力，不过1664年与1665年征讨台湾的计划都最终泡汤。满洲铁骑毕竟不善于海战，况且1673年之后，大批清军被三藩之乱所牵绊，使得台湾的郑家可以继续发展其繁荣的贸易和商业帝国：随着从大陆沿海移居或逃难的居民迁入，汉人人口在郑成功儿孙治下迅速膨胀，总数逾十万人，生产大量大米、甘蔗，并从事颇有规模的制盐、精糖、造船等商业活动。
即使三藩之乱结束后，康熙仍觉得难以集结所需兵力从郑家手中夺回台湾。他的最后一招是任命郑芝龙以前的水师将领施琅—他早在1650年代就归降—统帅军队远征台湾。康熙这步棋非常高明，施琅不仅能征善战，而且在降清之时，他的父兄及儿子皆遭郑成功报复杀害，施琅势必全力以赴。
施琅有条不紊地谋划战略，出征舰队共有三百艘战舰—从这个数字可以窥见，尽管当时中国海上力量还有待发展，但是潜力实不容轻忽。1683年7月初，施琅率舰从福建出发，在澎湖群岛附近大败郑氏余部。
三个月后，台湾投降，或许因为不愿再见到平三藩时血流成河的惨状，康熙对投降的郑氏家族与降将大施皇恩，授之以爵，允其定居北京。郑氏残部多被调离台湾，用以充实北方边防，以御俄人。关于如何处理台湾，朝廷百官曾激辩多时。有人建议应该完全放弃，不过施琅则力谏以台湾为屏障，使中国免受“强大无敌的”荷兰战舰侵扰。康熙最后决定将台湾纳进帝国疆域。台湾成为福建省的一个府，首府设于台南，府下设三县，每县设置县令一名。同时，康熙下令让一支八千人的清军永久驻岛，尊重岛上居民的部落领地与狩猎场域。此后汉人要移居台湾，将受到审慎限制。
康熙这种矛盾措施反映了清朝（之前的明朝亦然）海外贸易与殖民政策的模棱两可。中国的统治者对贸易有着根本上的不信任，认为贸易活动会带来暴乱和无序，担心贸易活动会将军情泄露给外国强权，造成贵重白银大量外流，滋生海寇和其他犯罪。因此，即使郑氏家族败亡之后，迁海令被废止，清廷仍通过厦门等沿海城市的政府，通过发放许可与限制船只吨位的措施，控制与台湾的往来。
要在华东沿海昌盛的商业世界里实施这些政策根本不切实际，徒让东部沿海地区职掌海上和沿岸贸易的要员坐享暴利。1680年代初，一个汉族包衣（ 吴兴祚 ）为了取得监管广州大部分对外贸易的两广总督职位，支付的贿款据称总计超过一万盎司白银。在将大批人口重新迁回沿海时，吴兴祚得到一干特派官员相助，将近三十万亩土地分配给三万多人。这位半商半官的总督所积累的家产可能超过四十万盎司白银。
国家从合法的对外贸易中可课征的税收十分庞大，历代也不乏统治者善加利用这一资源。但是除了设置四个海关衙署（分别位于广东、福建、浙江、江苏），试行对外国进口商品课征20%的关税外，清政权未能建构必要机制，而宁愿采取佣金制或专卖。随着18世纪更强势的西方贸易商抵达中国之后，这项决定造成致命的后果。
情形相似的还有，清廷限制移居台湾，却无法贯彻这项措施，结果使得台湾表面上受清朝行政管理机制羁縻，实际上则沦为难以驾驭的化外边陲、紊乱不堪的失序社会。从康熙一朝的记载可一窥当年开发台湾的有哪些人：一群来自福建省的兄弟以低价向当地居民承租土地，以汉人的灌溉方法大大改善土质；施琅的一位亲戚定居台湾北部，花钱从人口较为密集的台南雇用游民来开发荒地；一个来自广东的汉人娶了当地居民头目的女儿，并充当岳丈的通译，然后通过将部落的土地租给其他汉人移民牟利。凡此或许不能算是汉人的传统行为典范，不过却为传统中华帝国增加了一重要组成部分。