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满人不费吹灰之力就在1644年占领北京，在1662年诛除南明诸王，不过军事胜利并不意味满人已经解决了如何统治中国的问题。多尔衮身为幼帝顺治的摄政王，承袭了满人在辽东时所发展出的混合体制，将汉制六部与满人军政一体化的八旗组织结合起来。此时，他得让这套架构挑起控制莽莽神州的重责大任。
不过至少在服装与发型方面，多尔衮坚持汉随满俗，而不是满随汉俗。多尔衮在进入北京城的隔日即下令，汉人皆须依满人的发式剃去前额头发，余发则编成满式的长辫，就像努尔哈赤在辽东下的命令一样。汉人的强烈反抗迫使多尔衮撤回成命。但是次年6月一道汉军必须剃发的命令又被颁布，以便满人在战场上易于辨识敌我，确保归降者会继续效忠。但是多尔衮手下大臣认为此举犹不足。1645年7月，多尔衮再次颁布剃发令，规定在十日内每个汉人都要削前额发，留长辫，不服从者处斩。汉人面临了痛苦抉择：诚如一般俗语的讲法，“留发不留头，留头不留发”。 6
明代男子留长发，并细心梳理，将之视为男子气概与优雅形象的象征，对多尔衮的剃发令自然是深恶痛绝。在许多地方，即便已正式降清，汉人仍在颁布剃发令后群起反抗。但这次，多尔衮岿然不动。他还进一步下令汉人要穿着满服—高领的紧身短上衣，右肩上有衣扣，一改明朝的宽松袍子。另一项不同于汉俗的是，严禁满洲妇女缠足。汉族妇女缠足的习俗已历数世纪，即使缠足令人痛楚难耐，不过上至士绅之家，下至贩夫走卒，无不奉行此俗，小脚成为汉人衡量女性美的标准，几百万妇女只能强忍皮肉之痛。满人排斥汉人这种风俗，力求文化独立，而汉人则因满族女子的天足引不起他们的性趣，形成满汉通婚的障碍。
在紫禁城内，满人裁退上千名太监，这些人曾充斥明朝宫廷，结党营私，密谋私通，对明政权造成极大的伤害。虽然到了清代，宦官仍被留着服侍宫内女眷，不过满人已把其余宫廷事务和专项财务，移交由17世纪二三十年代在辽东俘虏的包衣掌理。明朝太监负责护卫宫殿的准军职身份也被剥夺，卫戍宫廷的任务转交给了由旗人精锐组成的御林军，这些人很多是辅佐过努尔哈赤建立女真王国的将门之后。
满洲八旗悉数驻守在北京城外，皇帝与皇室家族由忠贞军士保护。北京城内的汉族居民被强制迁至城南。虽然刚开始这种迁移造成诸多不便，不过城南很快就众商云集，人口稠密。除此之外，满人还强制没收华北的数万亩良田，以供养驻军或酬庸将士。这些土地大部分属于明室所有，不过前明高官的封地也在没收之列。据估计，四万满族旗人，平均每人约莫分得三十六亩土地，满族的高官权贵获赐的封地则要比这多得多。
为了进一步隔离满人和汉人，多尔衮下令迁移华北的汉族农民。狡诈的汉人地主趁着改朝换代，强占无主土地，结果百姓怨声载道，土地荒芜，成千上万的农民或沦为流民，或落草为寇，甚至集体迁离。然而许多满人本身无力耕作，便与汉人订定各式各样的契约，让汉人承租土地。有些契约使汉人与奴隶无异，需仰主子鼻息，倘若没有耕畜，这些佃农只得被迫自己拉犁。清朝入关不到二十五年，北京城方圆五百里内约三千多万亩土地便悉数为满人所占。不过，无论是成熟的封建制度，还是任何形式的奴工制度，都未能稳定发展起来，传统的农耕、租佃制度，乃至于独立所有权制开始慢慢复活。
在政府体制与教育制度方面，满人大抵承袭了汉人旧制。六部的行政架构原封不动，分管封勋考课、户口田赋、礼仪祭祀、军机要务、刑名律令，以及百工业务；不同的是，每部均设尚书二人，由一名满人与一名汉族武将或文官担任。每一部之内各设侍郎四名，同样采取“多族共治”，满、汉各占二人。作为六部与皇帝内廷之间的联络人，“大学士”职衔也被保留了下来。顺治统治之初，共有七位大学士：其中两名是满人，两名是汉人，三名则是由归顺清廷的前明官员充任。
愿意效忠清廷的优秀汉族文士被拔擢至六部供职或出任大学士。为了进一步充实官僚体系，1646年主考经典经义的科举考试被重新启用，殿试有三百七十三人及第，其中多数是北京及晋鲁两省的生员。不过为了平衡官僚体系的省籍，1647年又录取二百九十八人，大部分来自被再次攻克的江苏与安徽两省。从挑选主考官也可看出多尔衮对汉人敏感心理的觉察：虽然有两名汉旗人、一名满人文士，但另一名则是由1644年方才归附清廷的汉儒担任。
满人唯有摧毁明朝残余势力，才能巩固他们在地方各省的统治，但满人任用官员的体制却逐渐与明朝的行政体系相类似。清廷先将明朝的十五个行省建制划分为二十二个行政单位，后来又恢复十五个行省，但将最大的三个行省各自一分为二，而成为十八行省，以利管理。清代每省设巡抚一名，清初各省巡抚多由汉军膺任。显然，多尔衮相信这批人忠心昭著，况且他们是汉人，使用汉文，更能够被全国的同胞接受。在巡抚之下设道员与按察使，分管省内经济与司法，此外还有一批监察御史。省下有设在较大城市中的州府官员，监管县级官吏，县官相当于西方社会的“地方官”（magistrate），管理乡镇、农村的日常行政业务和税赋工作。
满人的势力在广袤的中国显得势单力薄，尽管在重要省城均驻有官军，不过新王朝能延续下来基本上是靠国家三个组成要素间的微妙权力平衡。首先是曾为女真族的满人本身，他们有自己的语言，同时依据早期女真族的血缘关系或努尔哈赤的苗裔身份，还获得贵族等级。满人以狩猎骑射之术，维持军事武力上的优势；以满语满文凸显文化的独特性。虽然基于现实的考虑，他们不得不让汉族官员用汉字起草公文文书，但重要文件都要译成满文。满人有属于自己的宗教仪式，由萨满教的男女祭司来执事，寺庙院落严禁汉人进入。
其次是蒙古八旗与汉军八旗，他们大多来自在1644年清军灭明之前就已归降的家庭。由于蒙古八旗主要被派驻到北方与西北边境，因此在清廷统治中国的过程扮演重要角色的，反倒是汉军八旗。他们自成层级，其爵位部分得自努尔哈赤与皇太极的册封，部分则是基于他们降清的日期—较早归顺者通常地位更尊崇。许多汉军通满、汉两种语言，既保有自己的社会规范，也吸取了满人崇尚武勇的文化。对满人而言，他们的支持难能可贵，倘若没有他们，满人可能无法逐鹿中原，更无法巩固江山。
第三个要素是完全在中原长大的汉人。基本上汉人有四种选择：可以积极或消极合作，也可以当个反抗者，同样分为积极、消极两种。像吴三桂之辈便积极与满人合作（纵使吴三桂从未入籍为旗人）；也有人选择积极抵抗而牺牲；我们在后面也会看到，有人选择消极抵抗。不过大部分的汉人都是见风使舵，被动地与新秩序合作。
出身豪门者努力保有先人遗留的土地家产，若是顺利，进而会让子嗣参加科考，在新政权中谋得一官半职的肥差。然而，满人从1648年广州数千名降清汉人的倒戈事件中习得教训，有理由对这类人士的忠诚度有所保留。闻名遐迩的明将郑成功（西方人一般根据其赐名的罗马字母拼写称之为Koxinga，即“国姓爷”）于1650年代末出兵攻打南方重镇南京时，江南富庶地区的数百万人士纷纷放弃效忠清朝。虽然反抗旋即被镇压，但那一刻确实岌岌可危。满人起初无意在华南建立强大的驻军。在南明诸王尽除之后，清廷将广大的华南委由吴三桂和其他两位早已降清的汉将治理，其地位与独立王国无异。
满人洞察到，明朝覆亡部分肇端于朋党相争、群臣倾轧，不过自己也无法免于其害。例如，两名系出贵族的将领在击败张献忠、李自成时战功彪炳，却以领导无方与叛国这些莫须有罪名被逮捕，神秘地死在北京城内的满人监狱里。摄政王多尔衮更是飞扬跋扈，桀骜不驯，甚至以帝王自居，控制数个旗营，放逐其将领，还强纳政敌的遗孀为妃，并要求朝鲜公主为妾，计划在京城北方的热河建造宫殿和城池。1650年，多尔衮于狩猎途中谢世，满洲贵族竞相角逐多尔衮的权柄，清政权遂有分裂之虞。
但是，通过巧施手段，年仅十三岁的幼帝顺治得以巩固了自己的帝位。顺治虽长于庙堂，按照满族习俗抚育，不过比起身边的满族要员，更能适应汉人的生活方式。顺治生性足够机敏，未被多尔衮之后的满洲贵族操纵；在军事上也非常精明，将打击南明拥护者的战斗一推到底，大获全胜。顺治还认真研习汉文，雅好汉人的小说与戏剧，并在宫中与汉人高僧同学佛法，深受其影响。在统治后期，顺治疯狂迷恋上了一名年轻嫔妃，完全冷落了皇后。同时，他还把相当大的权力再度委诸宦官，并恢复了征服初期所废的“十三衙门”。顺治这么做的缘由并不清楚，或许是因为他希望让内廷更具私密性，不愿御林军和包衣将他的一举一动密告给宫中的王公贵族。
顺治与“耶稣会”的传教士汤若望（Johann Adam Schall von Bell）神父成为知己，这也颇不寻常。晚明以降，来自欧洲的耶稣会传教士便在中国积极传教，发展信徒。有些耶稣会传教士遭张献忠擒获，随张献忠的部队抵达四川，有些则随南明诸王流窜。汤若望是少数于1644年甘冒危险仍留在北京城内的传教士之一。鉴于汤若望卓越的科学知识，多尔衮任命他担任钦天监监正。因为朝廷必须为黎民百姓制定历法，而历法计算的精准有助于强化顺治身为“天子”的威望。另一方面，汤若望的受宠或许是顺治表达自主性的一种方式，甚至是顺治因早年失怙而对父爱的一种孺慕之情。所以顺治以满语称六十岁的汤若望为“玛法”（mafa，即“爷爷”），定期传召汤若望参加宗教与政治会议，甚至允许汤若望在京城里建教堂。
顺治在宠幸的爱妃去世不久后，于1661年突然驾崩，死因可能是感染天花。大行未久，顺治幼子的四位顾命大臣便诋毁顺治。这四位辅臣声称手中握有顺治皇帝的临终遗诏，并将公布于全国。根据这四位摄政大臣的说辞，顺治责备自己背弃满人的军事传统，重用宦官，信任汉官胜于满臣。这份遗诏写道：“明朝亡国，亦因委用宦寺。朕明知其弊，不以为戒。……以致臣工缄默，不肯进言。” 7 居四位顾命大臣之首的鳌拜能征惯战，旋踵之间即独揽大权。这四位摄政大臣一改顺治皇帝的政策，处决了阉党的魁首，废除新设立的太监衙署，并建立一套由满人监控的皇室内务制度。他们在农村地区贯彻执行严苛的税赋政策。在江苏有个著名的案子，朝廷调查一万三千名汉族缙绅是否逃避税赋，结果至少有十八名缙绅遭公开处决，数千名缙绅被革除功名。
在其他方面，汤若望被捕入狱，满人位居要津，汉族的博学鸿儒则遭贬抑。为了逼使台湾岛上最后一股反清复明势力就范，切断华东沿海地区拥立明室者对它的支持，朝中摄政大臣断然强制沿海地区汉人迁移至三十多公里以外的内陆地区，而不顾这项命令带来的后果。以福建省为例，据记载，在1661年至1663年之间，就有八千五百名农民和渔民因迁海令而死亡。到了1660年代末，努尔哈赤、皇太极、多尔衮、顺治等人所树立的顺应华夏政策，在满洲保护主义的名义下似乎要逐渐被摒弃。