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朱元璋在称帝建国之后，摆在面前的问题是，第一怎样建立一个有效能的政治中心地区，即首都建在何处？第二用什么方法来维持朱家皇朝子子孙孙的统治？
远在初渡江攻克太平时，陶安便建议先取金陵，据形势以临四方。
冯国用劝定都金陵，以为根本。
叶兑上书请定都金陵，然后拓地江广，进则越两淮以北征，退则画长江以自守。
谋臣策十一致主张定都应天。经过长期考虑之后，龙凤十二年（1366）六月，扩大应天旧城，建筑新宫于钟山之南，到次年九月完工，这是吴王时代的都城。
洪武元年（1368）朱元璋称帝，北伐南征，到洪武二十年（1387）辽东全定，南北统一。在这二十年中，朱元璋的地位由王而帝，所统治的版图由南方一部分地区扩大为全国，吴王时代的都城如何适应这扩大以后的局面，便成为问题了。因为元顺帝及其子孙虽然北走沙漠，却仍然称为北元，保有政府机构和强大的军事力量，时时有南下复辟，卷土重来的企图；同时沿海一带倭寇侵扰，也是国防上的重大问题。国都的确定和国防计划的安排是密切相关的，是当时朝野最关心的两件大事。
自然环境是这样，从辽东半岛直到广州，沿海漫长的海岸线，处处时时都有被倭寇侵掠的危险。东北、北面和西北面，长城以外便是北元的势力，如不在险要处屯驻重兵，一旦北元铁骑奔驰南下，黄河以北就很不容易守住。防边要用重兵，如把边境军权付托给异姓诸将，邵荣、谢再兴的教训已经够深刻了，而且，即使不出什么问题，边将拥兵过多，尾大不掉，也很可能造成历史上藩镇跋扈的覆辙；如以重兵直隶朝廷，则国都必须设在国防前线，才便于统辖指挥，在应天距离北边前线太远，是指挥不了的。东南地区是全国的经济中心，粮饷所出，北方为了边防安全，又必须建立为军事中心。国都如建设在东南，和经济中心结合，则北边空虚，无力阻止北元的南侵；如建立在北边，和军事中心合一，则粮食仍须依靠东南供应，运输费用太大，极不经济。
皇朝都城问题之外，还有皇朝制度问题，是郡县制呢，还是封建制呢？就历史上的经验教训说，秦、汉、唐、宋之亡，没有强大的亲藩支持屏卫，是原因之一。可是周代封建子弟，又闹得枝强干弱，天王威令不行。这两种制度的折衷方案是西汉前期的郡国制，一面立郡县，设官分治，集大权于皇朝；一面又建藩国，封建子弟，付以精兵，使为皇家捍御。把皇朝建都和制度问题一起解决，设国都于东南财赋之区，封子弟于北边边防据点，这样，在经济上，在军事上，在皇家统治权的永久维持上，都可以圆满地解决了。
明初定都于应天的重要理由是从经济上出发的：第一因为江浙富庶，不但有长江三角洲大谷仓，而且还是纺织工业、盐业的中心，应天是这些物资的集散地，所谓“财赋出于东南，而金陵为其会”
。第二是吴王时代所奠定的宫阙，也不愿轻易放弃，而且如另建都城，则又得再加一番劳费。第三是朱元璋的左右文武重臣都是江淮子弟，也不愿意远离乡土。第一个理由是主要的，后两个是次要的。虽然如此，朝廷上下又觉得不是十分妥当，因为从照应北方军事的观点来说，这个都城的地理位置偏在东南，显然是不合适的。洪武元年（1368）取下汴梁以后，朱元璋曾亲自去视察，认为这地方虽然地位适中，但是在军事上却无险可守，四面受敌，论形势还不如应天。
只是为了西北未定，要运送粮饷和补充军力，不能不设置一个军事上的补给基地，于是模仿古代两京之制，八月以应天为南京，开封（汴梁）为北京。次年八月，陕西平定，北方全入版图，形势改变了，国都重建问题又再次提出。廷臣中有人主张关中险固，金城天府之国；有人建议洛阳为全国中心，四方朝贡距离相等；也有人提出开封是宋朝旧都，漕运方便；又有人以为北平（元大都）宫室完备，建都可省营造费用。各种各样的意见都引史论今，提出讨论。朱元璋批评这些建议都有片面的理由，但都不全面，都不能够适应当前局势。长安、洛阳、开封过去周、秦、汉、魏、唐、宋都曾经建过都，但从今天的情况说，打了几十年仗，人民还未休息过来，如在这些地方新建都城，供给力役都出于江南，百姓负担不了。即使是北平吧，虽然有元朝的旧宫室，总得有些改变，还是费事。还不如仍旧在南京，据形势之地，长江天堑，龙蟠虎踞，可以立国。次之，临濠（濠州）前长江，后淮水，地势险要，运输方便，也是一个可以建都的地方。
就决定以临濠为中都，动工修造城池宫殿，从洪武二年（1369）九月起手，到八年（1375）九月，修建工程还在进行。刘基坚决反对，以为临濠虽然是皇帝乡里，但就种种条件说，都不适宜于建都，方才停工。
洪武十一年（1378）下诏改南京为京师，踌躇了十年的建都问题，到这时才下了决心。
决心虽然下了，但是为了防御北元，控扼北方边防，朱元璋还是有迁都西北的打算，选定的地点仍是长安和洛阳。洪武二十四年（1391）八月特派皇太子巡视西北，比较两地的形势。太子回来后，献陕西地图，提出意见。不料第二年太子病死，迁都大事只好搁下不谈了。
京师新宫原来是燕尾湖，填湖建宫，地势南面高，北面低，就堪舆家的说法是不合格的。太子死后，老皇帝很伤心，百无聊赖中把太子之死归咎于新宫风水不好，这年年底亲撰《祭光禄寺灶神文》说：
朕经营天下数十年，事事按古有绪。唯宫城前昂后洼，形势不称。本欲迁都。今朕年老，精力已倦。又天下新定，不欲劳民。且废兴有数，只得听天。惟愿鉴朕此心，福其子孙。
六十五岁的白发衰翁，既迷信，又失去勇气，只好求上天保佑，从此不再提迁都的话了。
分封诸王的制度，决定于洪武二年（1369）四月初编《皇明祖训》的时候，三年（1370）四月封第二子到第十子为亲王。但是，诸王的就藩，却在洪武十一年（1378）决定以南京为京师之后。
从封王到诸王就藩前后相隔九年，原因是诸子有的没有成年，和国都未定，牵连到立国制度也不能决定。到京师决定后，第二子秦王建国于西安，第三子晋王建国于太原。十三年（1380）第四子燕王建国于北平，出镇在沿长城一线的边防重镇。十四年（1381）第五子周王建国于开封，第六子楚王建国于武昌。十五年（1382）第七子齐王建国于青州，十八年（1385）潭王到长沙，鲁王到兖州。以后其他幼王先后成年就国，星罗棋布，分驻在全国各军事要地，镇压人民的反抗。
就军事形势而论，诸王国的建立分作第一线和第二线，或者说是前方和后方。第一线诸王的任务是防止北元入侵，凭借天然险要，建立军事重点，有塞王之称。诸塞王沿长城线立国，又可分作外内二线；外线东渡榆关，跨辽东，南接朝鲜，北联开原，控扼东北诸部族，以广宁为中心，建辽国；经渔阳（今河北蓟县）、卢龙，出喜峰口，切断北元南侵道路，以大宁为中心，包括今朝阳、赤峰一带，建宁国；北平地势险要，建燕国；出居庸，蔽雁门，以谷王驻宣府（今河北省宣化），代王驻大同；逾河而西，北保宁夏，倚贺兰山，以庆王守宁夏；又西向控扼河西走廊，扃嘉峪，护西域诸国，建肃国。东从开原，西到瓜、沙，连成一气。内线是太原的晋国和西安的秦国。后方诸王是对内的，开封有周王，武昌有楚王，青州有齐王，长沙有潭王，兖州有鲁王，成都有蜀王，荆州有湘王，桂林有靖江王等国。
诸王在其封地建立王府，设置官属。亲王的冕服车旗仅下皇帝一等，公侯大臣见亲王都要俯首拜谒，不得钧礼。地位虽然极高极贵，却没有土地，也不能统治人民，不能干预民政。王府之外，便归朝廷所任命的各级官吏治理。另一方面，诸王却有统兵和指挥军事之权，每王府设亲王护卫指挥使司，有三护卫，护卫甲士少者三千人，多的到一万九千人。
塞王的兵力尤其雄厚，如宁王所部带甲八万，革车六千，所属朵颜三卫蒙古骑兵，骁勇善战。
秦、晋、燕三王的护卫特别经朝廷补充，兵力也最强。
《皇明祖训》规定：“凡王国有守镇兵，有护卫兵。其守镇兵有常选指挥掌之。其护卫兵从王调遣。如本国是险要之地，遇有警急，其守镇兵护卫兵并从王调遣。”而且守镇兵的调发，除皇帝的御宝文书以外，并须得亲王令旨，方得发兵。《祖训》规定：“凡朝廷调兵，须有御宝文书与王，并有御宝文书与守镇官。守镇官既得御宝文书，又得王令旨，方许发兵。无王令旨，不得发兵。”
这一项规定使亲王成为地方守军的监视人，是皇帝在地方的军权代表。平时以护卫军监视地方守军，单独可以应变；战时指挥两军，独当一面，朱元璋把军权付托给亲生儿子，这样就可以放心了。诸塞王每年秋天勒兵巡边，远到塞外，练兵习武，叫作“肃清沙漠”
。凡塞王都参与军务，内中晋、燕二王屡次受命将兵出塞和筑城、屯田，大将如宋国公冯胜、颍国公傅友德都受其节制，军中小事专决，大事才报告朝廷，二王军权独重，立功也最多。
明朝九边示意图
以亲王守边，专决军务。内地各大都会，也都以亲王出镇，每一个王国都是军事中心，这样，国都虽然远在东南，也不会有什么问题了。朱元璋以为这样安排，十分妥帖。但是他没有想到，给儿子以过重的军权，会造成皇家的内部矛盾。他死后不久，建文帝就怕诸王过于强大，削夺藩王权力，燕王就起兵反对建文帝，发生内战，最后燕王做了皇帝，迁都北平。把他的建都和边防两桩计划，打得稀烂。