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1503年到1515年仅仅十多年的时间里，印度洋海域的主要港口城市相继受到葡萄牙的攻击，并受其统治。东非的索法拉（1505）和莫桑比克（1508）、波斯湾的霍尔木兹（1515）、印度西海岸的果阿（1510），还有马来半岛的马六甲（1511）均是如此。它们大部分都是知名征服者、第二代总督阿方索·德·阿尔布克尔克的“杰作”。在印度洋西海岸的主要港口城市中，葡萄牙未能征服的只有位于红海入口处阿拉伯半岛的亚丁和印度西北古吉拉特地区的港口第乌。在被葡萄牙统治的城市里，大量葡萄牙人驻留，并建起了坚固的要塞。葡萄牙船只在印度洋海域主要航线上变得不可一世。可以说，阿尔布克尔克时代构筑了葡萄牙海上帝国的基础。
在1501年到1510年期间，从葡萄牙安全抵达印度洋的船只数量，加上卡布拉尔和达·伽马船队，共有135艘，在其后的十年间有87艘。另外，从印度洋返回葡萄牙的船只，最初的十年间有88艘，其中有77艘抵达葡萄牙。之后的十年间，这一数字分别为60艘、59艘。由此可见，有相当数量的葡萄牙船只长时间在印度洋海域各地开展活动。
葡萄牙人侵占港口城市，试图以该海域“主人”的姿态，通过暴力控制当地的贸易活动。这意味着该海域至今为止任何人都可以自由航行、自由使用港口城市的规则遭到根本性改变。先不说地中海、北海等欧洲周边的海域，在这之前印度洋中尚未出现过要控制海洋、海上交通和贸易的人。在葡萄牙人出现的仅仅十多年时间里，印度洋海域的秩序被迫发生了极大变化。
葡萄牙人之所以采取如此行为，是因为他们想独霸胡椒和香料的贸易。自古以来，进入欧洲的胡椒和香料是从印度西海岸经过红海、波斯湾这条航线运到西亚。葡萄牙人封锁了这条航线，不允许向西方运输商品。与此相对，他们经由好望角带回胡椒和香料，通过垄断市场获得了巨额利润。这乍看上去，好像并不是那么聪明的做法，但是由于胡椒和香料的装载港口、途中经由的港口，还有商品目的地的港口基本上都是固定的，也就是说葡萄牙船队只要顺应季风的方向，在这些港口附近检查进出的船只就可以达到目的。对这条传统航线的封锁，至少在当时发挥了相当大的作用。
黎凡特（Levant，地中海东海域）香料贸易的变化 （年平均）
当然，印度洋沿岸各地的王侯商人们对于突然出现的葡萄牙人的残暴做法并非没有看法。直接面临关税剧减的埃及马穆鲁克王朝的苏丹和之后取而代之的奥斯曼帝国的苏丹，还有卡利卡特国王们组建舰队，也对葡萄牙船队发动过挑战。虽然他们也取得过部分胜利，但是从整体来看，到荷兰人和英国人等欧洲国家的人在印度洋海域出现为止，葡萄牙人对这一海域的武力控制不可撼动。
需要说明的是，葡萄牙人试图以武力垄断的仅仅是以胡椒为中心的香料贸易。他们绝非企图完全霸占印度洋海域的所有贸易，这也是绝对不可能的。与之前相比，在印度洋贸易中占更大份额的其他各种商品交易没有改变，仍然是很多贸易集团在相互竞争和相互合作中进行的。
到1515年前后，印度洋海域的大部分港口城市均已在葡萄牙的掌控之下。这些港口如点状分散在印度洋沿岸，葡萄牙人把这些点连成线，并全力维持这一海上交通线。由这一连串的点和线形成所谓“葡萄牙锁链”的势力范围，用葡萄牙语表示为Estado da India，也就是印度国或葡属印度的意思。对于葡萄牙人来说最为重要的是，这一锁链的内侧，也就是大海，葡属印度无疑是“海上帝国”。
阿方索·德·阿尔布克尔克 著名的印度洋征服者，根据《图说航海与探险的世界史》摘录
为了能够和一百年后出现的东印度公司的特征进行比较，在此整理归纳一下葡萄牙本国和葡属印度的关系、东方贸易的方式、葡属印度的维持和运营等问题。在印度洋至17世纪初出现东印度公司的船只以前的一百年间，葡萄牙国王、印度总督的政策随着时代的变迁而变化，另外，印度洋沿岸各属国的政治权力也发生一定变化。此处的总结只是将其与其后的东印度公司时代进行比较，是一个非常粗略的示意图，请读者给予谅解。
理论上，通过海上交通而开展的“东印度”相关事务完全是葡萄牙王室的事情，只有葡萄牙国王才拥有从葡萄牙派船至印度洋的权限。但是，16世纪初的葡萄牙只不过是欧洲西南地区的一个小国，人口刚过一百万。从王室的财政规模来说，这样一个小国的国王持续不断地派遣大量的人和船到印度洋是不可能的。比如，1505年，葡萄牙国王派遣阿尔梅达·佛朗西斯科·德前往印度，其率领的庞大船队由22艘船组成，仅舾装耗费就相当于葡萄牙王室年收入四分之三以上，约25万克鲁扎多。如果将如此庞大的金额持续投入单一行业的话，王室财政必破产无疑。
1520年前后的葡萄牙“海上帝国”
因此，虽然名义上是王室自身的事业，但实际上有很多人和集团都与向东印度派遣葡萄牙船只有着千丝万缕的关系。之前的阿尔梅达船队的费用一半以上实际上是由德国和意大利的商团出资的。即便是王室的船只，只要支付足够的钱，航行东方的权利也可以转让给贵族和商人。另外，1515年后，葡萄牙王室在今天比利时的安特卫普设立商馆，销售从东印度带回来的胡椒和香料。以经营款项作为担保，王室从弗兰德斯的金融机构融资并用来建造前往东方的船只。虽说垄断了派遣船只的权利，但实际上并非所有的费用都由王室来负担。
关于开往东方的船只的建造和舾装、商品的准备、确定船员、与东方各地之间的联系、东方商品的销售等业务，均由里斯本的印度馆、王室财产监督院，加上安特卫普的商馆（至1549年）相互分工，合作完成。任何一方都是隶属于国王的下设机构。但在当时，葡萄牙的国家财产和王室财产并没有严格区分，三者的关系相互交织，非常复杂。此外，因船只的不同，实际出资者和货物所有者也存在微妙的差异，导致上述机构之间的业务关系异常错综复杂。
葡属印度的统治者是葡萄牙国王。在当地代表国王的权力，全面负责当地民政和军政的人是由国王任命的“总督”，自1515年以后驻扎于果阿。葡萄牙本国和果阿之间的通信最短也要花十个月，所以葡属印度的实际运营和管理均由总督和其下所设的委员会负责。委员会由果阿大主教、果阿城行政负责人（行政长官）、有能力和名望的两三名贵族，加上王室财产管理人等组成。葡属印度各地设立的要塞大约有50个，在这些成为要塞和据点的商馆里，派驻有被称为行政长官的责任人，他们听从总督的指示，负责管辖本地区的民政和军务。
“海上帝国”的据点果阿 代表葡萄牙国王权力的总督驻扎在此
在被纳入葡萄牙“海上帝国”的印度洋海域，航海和贸易大致分成四类方式进行。第一种是在印度西海岸和葡萄牙之间绕过好望角的贸易。这是葡萄牙王室或与王室签署合同的船只采用的贸易方法，也是自达·伽马以来，葡萄牙人从一开始就希望采取的一种贸易方式。从1500年到1635年的平均值来看，每年有5.5艘船从葡萄牙前往印度，有3.5艘船回到葡萄牙。初期，船的数量较多，而随着时代的发展，其数量日渐减少。
从葡萄牙到当地工作的补充人员和充当购物款项的货币均由这些船只运送，船上大量装载了作为商品的铜，回程的船上则装有王室垄断的以胡椒为主的香料、象牙、黄金等高档商品，此外还有葡属印度的官员、商人、船员因个人生意而收购的各种东方物产。王室在垄断香料贸易的同时，还从上述个人贸易的商品中征收税款。
第二种是王室或从王室取得许可的船只，在特定的年份和特定的地区进行的垄断式航海和贸易。具体对象有中国、日本等东方各地，还有暹罗、孟加拉以及印度东南的科罗曼德尔海岸等地。随着时间推移，王室逐渐把这类航海的权利赐给官员和贵族。比如，马六甲的行政长官曾拥有17个通往各地的航海权。其后，作为官员所获得的上述权利，也有陆续卖给个人的情况。也就是说，尽管名义上是葡萄牙国王的事业，但在葡属印度的葡萄牙人只要花费一定的代价就能买到航海权，实质上是在进行个人贸易。关于具体的来往地点，请参阅下表。由该表可以看出，在1580年前后，从果阿出发经过马六甲到达长崎的航海衍生了高额利润。
以上两种都是合法的贸易方式。与之相反，第三种是原本不允许存在的葡萄牙人的个人贸易。自达·伽马“发现”印度航线不到二十年的时间里，很多葡萄牙人带着不同的目的来到印度洋海域。官员、教士、士兵等公职人员原本有义务为国王工作，但有些人开始假公济私。此外，从一开始就打算来做生意的贸易商人，离职后不返回葡萄牙而选择留在当地的官员、士兵和船员也很多。到1516年前后，包括上述人员在内，已经有四千多名葡萄牙人活动于亚洲各地。
东亚地区内贸易的权利 （1580年前后，单位：克鲁扎多）
没有公职的人们，厌恶生活在果阿和马六甲等葡萄牙据点并受到各种各样的限制，怀揣着一夜暴富的梦想自由分散在印度洋海域各地。也就是说，在印度洋沿岸各地，很早开始就居住着完全不一样的两种葡萄牙人，即居住在构成“葡萄牙锁链”的要塞和据点的“公家”的葡萄牙人，及独自在锁链之外的地方谋生的“私人”的葡萄牙人。
在后一类的葡萄牙人中，除了做海盗营生的人，还有不少人跟当地商人共同拥有船只或收购部分船只货仓，与亚洲各地港口开展贸易，其中包含了多种多样的贸易方式：把东南亚的香料运到印度各地，作为对价把印度各地的棉织品带回东南亚；把波斯的马匹和丝织品运到印度，再把印度的棉织品、染料、谷物运送到波斯等。
当然，并不是葡萄牙人开始了这种在亚洲各地之间的贸易，此时自不待言，当他们刚出现在印度洋的时候，就已经有各地的商人、船员们积极地开展此类贸易。外来的葡萄牙人发现这种贸易的收益颇高，于是也就参加到这一“游戏”之中。
由于这些走私贸易大部分都没有得到果阿总督的许可，原本就是违法的活动，因此当局偶尔也会颁发禁止此类贸易的命令，但在实际操作过程中，仅凭有限的“公家”葡萄牙人和船只，不可能完全取缔这种非法贸易。另外，参与取缔的官员也不时染指此类走私贸易。
16世纪初叶，葡萄牙人新近加入了印度洋海域的贸易活动，结果产生了上述三种新的方式。但在整个印度洋海域所进行的贸易业务中，这三种贸易方式所占的比重微不足道。本地商人所开展的贸易量占绝对优势。葡萄牙人和本地商人的贸易活动没有直接关系，但他们试图通过对其贸易活动实施全盘管理的独特方法来从中获利，那就是以实施“通行证”（cartaz）制度来进行贸易管理。
在葡萄牙人管理的海洋中，也就是要在“葡萄牙锁链”中开展贸易活动的所有船只，必须携带通行证，即葡萄牙语的“cartaz”。通行证由果阿总督或各地要塞的行政长官颁发，上面注明了船长姓名、船只大小，还有船员数量等重要事项。没有携带通行证的船只如果被葡萄牙人抓获的话，船上所有货物将被没收，船员的生命安全也得不到保障。相反，持有许可证的船只将会获得航海的安全保证，但来往都必须经由葡萄牙要塞，并有义务就船只所载商品缴纳税款。申请办理通行证的手续费不过几个卢比，非常便宜，但一旦持有通行证，就必须向葡萄牙人缴纳税款，这是该制度的核心。
在葡萄牙人出现在印度洋之前，这一海域并不存在通行证这样的制度。对海上运输的物品征税，只需要在装货港口和交易港口支付就可以。但在16世纪以后，在印度洋进行贸易的商人除了在上述两种港口缴纳税款，还必须要向控制海上运输线的葡萄牙人缴纳税款。通行证的申领实施到何种程度，目前尚没有确切的统计数字。但从东印度公司直到18世纪还在运用这一制度来看，为了管理当地商人的贸易活动并从中获益，该制度无疑是一种非常有效的手段。
由于通行证制度的诞生，印度洋海域出现了前所未有的新帝国。之前的帝国都是“大陆帝国”，控制着广袤的土地，并从领地内的农作物征税，这是其财政收入的主要来源。但葡萄牙人统治的葡属印度地区内，几乎没有陆地领土，就算有领土，大部分也只是人们居住的城市，没有农业生产。“葡萄牙锁链”内侧都是海洋。葡萄牙人统治的葡属印度，控制了印度洋海域的海上交通和贸易，从中获取的税款成为其主要收入来源，这是一个真正意义上的“海上帝国”。
只要是稍懂历史的读者都知道，16世纪中叶在印度北部诞生了莫卧儿帝国。葡萄牙统治葡属印度的鼎盛期和莫卧儿帝国第三代国王阿克巴统治下的势力渐强的时期正好重叠。在据点同样处于南亚次大陆的这两股势力之间，为什么没有发生战争呢？另外，拥有强大军事实力的莫卧儿帝国为何不征服葡萄牙控制下的沿岸小城市呢？实际上，作者也曾长期对此抱有疑问。但到现在，好像可以找到答案了。莫卧儿王朝是“大陆帝国”，而葡属印度则是“海上帝国”。两者的“防守范围”大相径庭，没有利害冲突。
我们可能会认为，莫卧儿帝国控制下的印度各地的商人，在海上贸易中屈从于葡萄牙人的压力，负担沉重，帝国皇帝自然应该给予他们支持和援助。但这种意见是以现代东亚国家和当权者的形象为前提的。根据著名学者皮尔逊的研究，在印度西北地区的古吉拉特王国，国王与居住在其管辖范围的各种集团之间并没有紧密的政治关系，对商人们的贸易活动也不关心。因此，他也没有考虑动用大量资金建立军队来保护这些商人。对于当时印度洋沿岸的政治权力，这在一定程度上可谓普遍的原则。莫卧儿帝国的皇帝只要商人按照规定足额缴纳税款，至于他们在做什么生意，别人对他们的影响如何之类，概不关心。该地区王权的这种特征也是本书的一个主题，之后会多次提及。
葡萄牙人来到印度洋海域之初，活动主要集中在印度西海岸。为了垄断在欧洲的胡椒交易，他们认为有必要把经过红海和波斯湾的航线置于自己的控制之下。但是，胡椒以外的大部分高级香料，诸如沉香、白檀等香木，加上中国的丝绸、瓷器等魅力十足的商品大部分都是从东南亚方面运过来的。葡萄牙人的眼光越过印度最南端的科摩罗转向东边，只是时间问题。
当时，东南亚的国际商贸中心是位于马来半岛的马六甲。据葡萄牙人托梅·皮雷斯（Tome Pires）的记载，西亚的开罗、麦加和亚丁的摩尔人，波斯人、土耳其人、亚美尼亚人，南亚的古吉拉特人、马拉巴尔人、孟加拉人等，东南亚的柬埔寨人、占婆人、吕宋人、马克人、班达人，东亚的华人、琉球人等亚洲各地的很多商人都造访这座城市，港口里说着84种语言。马六甲是亚洲之海西半部分的印度洋海域和东半部分的南海海域的商品交汇地，作为等待转换风向的港口，其地理位置的优越性无与伦比。
16世纪的马六甲 曾经是东南亚的国际商贸中心
1511年，阿尔布克尔克船队有效地利用炮击方式，经过激战后征服了这一贸易中心，赶走了控制该城市的王族，并命令将居住在这座城市里的所有阿拉伯穆斯林商人处死。对于习惯了生活在这个多民族多信仰共存的地方的阿拉伯穆斯林来说，为何唯独自己遭到杀戮，实在难以理解。但对于当时的葡萄牙人来说，阿拉伯穆斯林是和天主教徒对立的恐怖的异教徒，且从试图垄断香料贸易的立场来说，也是必须要抹杀这一种族的。
古吉拉特的穆斯林商人知悉葡萄牙人在印度西海岸的暴力行为之后，放弃了在马六甲的交易活动，并将贸易据点转移到东南亚的其他港口。自此，马六甲已无法延续之前一家独大的繁荣景象。但在印度东海岸的泰米尔商人和水手的协助之下，葡萄牙人以马六甲为基地，频频造访孟加拉湾各地，并在印度东南地区的普里卡特（Pulicat）、孟加拉湾的吉大港（现属孟加拉国）、缅甸的勃固（Pegu）等地依次设立了据点。另外，葡萄牙人不久之后也将到达更东边的盛产丁香、肉豆蔻等高级香料的班达群岛和马鲁古群岛。
越过马来半岛往东，是和印度洋完全不同的一望无际的新海域：南海。沿南海北上经过东海就可到达中国沿海地区、琉球诸岛、朝鲜半岛和日本列岛。本书把欧亚大陆东部的海域统称为“东亚海域”。葡萄牙人在把马六甲收入囊中并确保了补给基地之后，与追求丁香等高级香料一样，为了追求高质量的丝绸和瓷器等中国产品，也开始进入这一海域。这其中的来龙去脉以及在葡萄牙“海上帝国”构建中发挥重要作用的耶稣会，一并放在第三章进行论述。