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瓦斯科·达·伽马船队返回葡萄牙之后，此事不仅在葡萄牙，在地中海沿岸各地也引起很大的轰动。在达·伽马本人返航之前，曼努埃尔一世就已经给西班牙的费尔南多、伊莎贝尔两位国王和罗马教皇送去信件，得意洋洋地宣称已经发现了真正的印度。他甚至狂妄地称呼自己为“征服埃塞俄比亚、阿拉伯、波斯、印度的海上贸易的统治者”。
葡萄牙人直接到达印度这件事意味着什么呢？这在欧洲很快就看到结果了。两艘船带回来的香料和宝石的出售收益，减去两年的航海费用之后还有不少剩余。在里斯本的佛罗伦萨商人在给家人的信件中写道：“这样一来，威尼斯人不得不放弃东方贸易，改去捕鱼吧。”
在当时的欧洲，胡椒和香料的需求非常大，但寒冷的欧洲却无法种植产出胡椒和香料的植物。胡椒产于印度和东南亚，欧洲人消费的胡椒完全依赖于从东方国家进口。在达·伽马直接抵达印度之前，印度产的胡椒大部分都被集中到卡利卡特，从那里再用船运至波斯湾和红海地区。然后，从叙利亚和希腊经过地中海、威尼斯，之后再被转运到欧洲各地。这些胡椒经过很多商人和运输业者之手，从海洋到陆地，再从陆地到海洋，然后再到陆地，中途不断被转运，长途跋涉，中途被多次征税，而且加上欧洲进口被威尼斯人垄断等原因，到消费者手里时价格已经非常高昂。
达·伽马的航海成功证明，只要直接赴印度带回大量胡椒，且比威尼斯商人的价格稍微便宜一点卖出，就算减去航海的往返费用，也能够获得高额利润。此后，威尼斯商人开始陷入窘境成了一个不争的事实。
达·伽马船队给葡萄牙带来了大量关于东方国家的信息，不单是胡椒还有更高级的香料的确切产地、卡利卡特至地中海的香料交易的实际情况，以及达·伽马一行认为是天主教国家的印度港口王国的现状，等等。相较而言，更为重要的信息是：在印度洋海域没有装备大炮的强大舰队，印度洋沿岸地区也尚未普及枪支。
曼努埃尔一世命令马上组织前往印度的新船队。这一次的规模远远超过达·伽马船队，有13艘船进行了舾装。这里的“舾装”实际上指为了能使帆船适于长期海上航行所做的所有出发准备工作，具体而言，就是准备航海所需的装备比如帆布和绳子，大炮、枪支和炮弹等武器，粮食和淡水等船员必需品，此外还装载各种商品。由于报告中提及大炮和枪支在“东印度”发挥了巨大威力，所以这些船上的装备也少不了枪炮。在达·伽马返回葡萄牙半年之后的1500年3月上旬，卡布拉尔（Cabral）率领这支庞大的船队从里斯本出发。虽然船队的筹备和舾装耗费了相当多的精力和时间，但在被发现印度的狂热所包围的里斯本，下一次航海时间不可能耽搁太长。
然而，卡布拉尔的航行在去程中发现了巴西，并在一年零四个月的短时间内完成了返航。发现巴西是他的一大功劳，但船队在1501年6月返回葡萄牙后，却被认为是一次失败的航海。其理由在于：船队在到达印度之前失去了七艘船，返程时又放弃了一艘；带回来的商品数量不足，无法收回航海所花费用；船队在卡利卡特引起武装冲突，有54名葡萄牙人死亡，且炮轰当地城市导致未能在当地设置商馆；等等。至此，葡萄牙国王终于明白了在前往印度的航海中获取利益也并非易事，对是否投入宝贵的王室财产来继续派遣船队犹豫不决。
在获悉国王的犹豫之后，达·伽马希望国王允许他自己出资再次前往东方。第一次航海后得到的利益和奖赏，让达·伽马当仁不让地成了葡萄牙的大富翁。国王当然没有理由拒绝。1502年2月，达·伽马司令官率领由20艘船组成的庞大船队出发直奔印度。有了上次航海的经验，达·伽马对一条原则确信不疑，即只要以武力控制印度洋，就绝对能够收回投资资金，还能获得更大的利益。
这一年的7月12日，葡萄牙船队抵达了当时号称东非第一繁荣港口城市的基尔瓦的海湾，齐放大炮。这是一种示威活动，表明如果对方不臣服自己的话，就会诉诸武力。至今还留有7月20日达·伽马给船队其他船长的署名信件：
1502年7月12日，我抵达基尔瓦港口，希望觐见国王并结成友好和平关系。但国王不接见我们，并且采取了非常无礼的态度。于是，我和部下决定武力攻击，把小船开到他的屋前，并把船头搁置在海滨。然后，我用比他对我们更加无礼的方式把他传唤过来，他服从了。我以每年向葡萄牙国王进献1500密斯卡尔（mithqal）黄金的贡品为条件和他缔结了和平友好条约。他在这个月内向我支付了1500密斯卡尔的黄金，并成为陛下的臣子。因此，只要他们保持和平，你们就也保持，你们要像遇见陛下的臣子一样对待他们。
从我们现在所知悉的外交礼仪来看，达·伽马的行为是脱离常轨的。某个船队访问其他国家，却突然在其海湾施以大炮攻击，要求其国王出来缔结和平条约，这算什么事。这种做法肯定会在全世界受到谴责，更别说基尔瓦国王之前并没有对葡萄牙人有过什么恶行。对达·伽马来说，这是他第一次访问基尔瓦。
就算在当时的印度洋海域，这也是不可思议的脱离常识的行为。如果认为在访问地受到关照，访问者拜会其主人并表示敬意，这是非常自然的行为。但是，达·伽马的船队以武力对话，并迫使基尔瓦国王服从，这确实是蛮横无理。
之后，达·伽马仍然在各地继续他的暴力行为。9月，达·伽马船队抵达印度西海岸坎纳诺尔海湾后，并没有立刻进入港口，而是埋伏在那里袭击从红海方面开往卡利卡特的船只。卡利卡特和葡萄牙人的关系在上次卡布拉尔航海期间就已经恶化。达·伽马把所有开往敌国卡利卡特的船只都看作掠夺的对象。29日，达·伽马船队已经抓捕了一艘船，另一艘船逃脱。这时，一艘大船出现在水平线上。这艘船上乘有去麦加朝拜回来的240人（一说380人），其中以妇女儿童居多。
葡萄牙人先是以大炮攻击，逼迫船只停下来。在朝拜的人群中，一些富商试图支付赎金以保全性命，但达·伽马坚决不允，在彻底抢劫之后放火烧船。看着船上哭叫求救的妇女和孩子，达·伽马面不改色。这种行为，比只要支付一定金额的赎金就能放人的海盗更加恶劣。对于坚信十字军精神的达·伽马等葡萄牙人来说，把满载伊斯兰教徒的船只彻底破坏，并不会受到任何谴责。当时，船队抢夺的财物数额是30000克鲁扎多（cruzado），相当于葡萄牙王室年收入的十分之一。
之后，抵达卡利卡特的达·伽马船队完全无视卡利卡特国王希望冷静下来耐心交涉的建议，要求赔偿卡布拉尔到达卡里卡特时所遭受的人财损失，并把居住在城里的所有穆斯林驱逐出境。国王没有答应。于是他们不停地捕获路过的穆斯林小船，并将之前俘获的穆斯林处以极刑，还把人头挂在桅杆上。据称，被杀害的穆斯林多达34人。然后，船队又突然向聚集到海滨来看热闹的人群开炮。炮击进行了两天，打出四百多发炮弹，岸边的房屋建筑几乎完全被毁。对四年前满怀期待和敬仰的卡利卡特，达·伽马是以一种什么样的心情向其开炮呢？或许，他想起之前被侮辱没有什么拿得出手的礼品时的气愤，感到一种引吭一鸣的快感吧。
11月3日，达·伽马为了封锁卡利卡特港，留下五艘船，船队主力开拔前往科钦。达·伽马在卡利卡特的暴行马上在印度西海岸各地传开，并引起了强烈的抗议。当达·伽马船队再次接近卡利卡特海湾时，受到大大小小34艘船的猛烈攻击。但是，葡萄牙船上的大炮威力巨大，占据压倒性优势。另外，被称为“拿屋船”（nau）的葡萄牙帆船擅长前后左右高速移动，加之达·伽马船队的随从船只也从他们背后出现，最终卡利卡特方面的攻击以失败告终。
在政治上，达·伽马与卡利卡特之间的关系未必顺利，但其在科钦和坎纳诺尔大量购进胡椒和高级香料，并掠夺了几艘商船之后，遂于1503年3月踏上归途。葡萄牙人所造成的惊人破坏、大肆掠夺，以及所留下的满目疮痍就此告一段落，但他们并没有完全从印度洋撤离。有五艘船没有返回葡萄牙，仍然留在印度洋海域，并在科钦设立商馆作为据点来维护葡萄牙人的权益。
同年10月24日，达·伽马船队的14艘船满载物资回到里斯本。他们所带回的香料多达1500吨，销售之后获得巨额利润。达·伽马还兑现当初跟国王的承诺，自己负担全部的航海相关费用，可谓名利双收。
在日本，普通民众认为瓦斯科·达·伽马是“勇敢的冒险者”“印度航线的开拓者”，对其持肯定的态度，但他实际上却是这样一种残暴的形象。不可否认，他是一名勇敢的水手，但是，不要忘记其财富大部分是无视当地风俗习惯，依靠暴力经商、抢夺航行在印度洋上的商船、杀害无数无辜生命得来的。从这个角度来看，达·伽马是多元文化共存的印度洋海域秩序的破坏者。1503年以后，葡萄牙国王及其部下不断使用达·伽马开创的以武力控制印度洋海域的手段，并变本加厉。