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跟着尚书的权力日益提高，尚书台的组织也日益扩大。如前所述，尚书的名额自秦迄武帝，都不过四人，其中有令，有仆射，有丞。尚书台的组织之扩大，始于西汉成帝，《通考》谓成帝建始四年，于尚书令之下，“又置尚书五人，一人为仆射，四人分为四曹”。曹，犹科也，四曹就是四科，从此尚书便分科办事。至于东汉，尚书台便增为六曹，俨然是一个小型的中央政府了。
尚书台的首长为尚书令，尚书令之下有尚书仆射、尚书丞、尚书郎及令史等职，以此而构成尚书台组织。
尚书令就是皇帝私人办公室的主任。这个官名，创于秦代。至武帝时，因用宦者，改名为中书谒者令，简称中书令。武帝以后，或用宦者，或用士人，或宦者与士人并用，故尚书与中书并见。至成帝时，专用士人，故又恢复尚书令之名。自此迄于东汉之末，皆用士人，故皆称尚书令。
即因武帝以后，成帝以前，尚书与中书并见，因而学者遂有疑尚书与中书各为一官者。如《通考》谓武帝后，“中间遂罢其官，以为中书之职”，即以中书与尚书各为一官。赵翼因之，他在《陔余丛考·尚书》条说：“武帝用中书谒者令，于是尚书与中书事多相连。”亦以中书与尚书各为一官。但应劭《汉官仪》云：“汉旧置中书官，领尚书事。”则以中书之职，即尚书之职。《续汉书·百官志》亦云：“尚书令一人，千石。本注曰：‘承秦所置，武帝用宦者，更为中书谒者令。’”亦以中书即尚书之称。我以为《汉官仪》与《续汉志》之说是也。按秦、汉称宦官皆曰中官，中官者宫中之官，犹后来宫女之称内人，内人者，内廷之人也。即因宦官称中官，故凡宦官兼任之官，皆冠以中字，如赵高为丞相则曰中丞相，即其一例。因而是宦官任尚书，则曰中书。中书者，中尚书之简称也。
至于昭、宣之世，尚书与中书两名确有同时并见之事。如《汉书·霍光传》云：“后上书者益黠，尽奏封事，辄下中书令出取之，不关尚书。”又同书《京房传》云：“中书令石显、尚书令五鹿君相与合同，巧佞之人也。”因此，《通考》曰：“其时中书、尚书似已分而为二。”实则不然，中书与尚书之同时并见，乃系宦官与士人之同时并用而异其官称，实一官之两称，非分而为二。
尚书令的职掌，最初不过通章奏，已于前述。但至元帝时，石显为令，则“事无小大，因显白决，贵幸倾朝，百僚皆敬事显”。据此，则知尚书令之职权，自西汉中叶以后，即已扩大。以后遂如《汉官仪》所云：“尚书令，主赞奏，总典纲纪，无所不统。”尚书令的官阶，据同上书云：“秩千石，故公为之，朝会不陛奏事，增秩二千石。”尚书令秩虽不过千石，但地位却甚尊崇。在东汉时，光武特诏尚书令与御史中丞、司隶校尉于朝会均专席独坐，京师谓之“三独坐”。
尚书令之下有仆射。仆射即副尚书令，其职掌同于尚书令。“令不在，则仆射奏下众事”。仆射“秩六百石，若公为之，加至二千石”。原来只有一人，谓之尚书仆射，至献帝建安四年，始置左右仆射。
仆射以下，有尚书丞。尚书丞，秦置一人。至西汉成帝建始四年，置四人，皆属少府。东汉光武减其二，改为左右丞各一人，秩四百石。其职掌系佐令、仆治事。其所治之事，据《续汉志》云：“左丞主吏民章报及驺伯吏，右丞假置印绶，及纸、笔、墨诸财用库藏。”
令、仆、丞之外，有尚书侍郎。《晋书·职官志》云：“尚书郎，西汉旧置四人，以分掌尚书。其一人主匈奴单于营部，一人主夷吏民，一人主户口垦田，一人主财帛委输。及光武分尚书为六曹之后，合置三十四人，秩四百石，并左右丞为三十六人。郎主作文书起草，更直五日于建礼门内。尚书郎初从三署诣台试守尚书郎中，岁满称尚书郎，三年称侍郎。选有吏能者为之。”侍郎一曹有六人。
关于尚书台分曹之事，《续汉志》与《汉官仪》所载颇有出入。《续汉志》云：“成帝初置尚书四人，分为四曹：‘常侍曹尚书’主公卿事；‘二千石曹尚书’主郡国二千石事；‘民曹尚书’主凡吏上书事；‘客曹尚书’主外国夷狄事。世祖（光武）……分‘二千石曹’，又分‘客曹’为‘南主客曹’、‘北主客曹’，凡六曹。”《汉官仪》云：“尚书四员，武帝置。成帝加一为五：有侍曹尚书，主庶人上书事。主客尚书，主外国四夷事。成帝加公尚书，主断狱事。”按以上二说，一谓成帝时为四曹，一谓为五曹，但我以为五曹之说较为合理，因为在秦代，尚书已分左右曹，以后自武帝历昭、宣之世，尚书台的职务，日益发展，可能已有四曹之设。至成帝时加一为五，非常自然。光武增为六曹，合令、仆各一人，遂有八座之称。
诸曹职务已如上述，但亦有异说。如蔡质《汉仪》谓三公曹“典天下岁尽集课事”；二千石曹，“掌中都官水火、盗贼、辞讼、罪眚”；客曹，“天子出猎驾御府曹郎属之”。这与以上所说，又大有差异。大抵两汉尚书的职权日有发展，在发展中常于原的职务之外，处理新的职务，故说者不同。
此外尚书台又有令史。令史之设，始于西汉，至东汉则有十八人，秩皆二百石。每曹三人。以后又增剧曹三人，合为二十一人，皆选兰台令史有吏能者充之。
总之，两汉的尚书台，其职权实至为重要，其规模亦至为宏大，他是天子的喉舌，也是百官的冢宰。在名义上，虽为宫廷的政治机构，实际上就是中央政府。西汉的专制皇帝，就利用这种宫廷政治的组织，把政权由中央政府移到自己的卧室，他以为这样就可以大权在握，子孙万年。而不知政权移到宫内以后不久，大权又傍落于近侍。降至东汉末叶，外戚、宦官，迭起窃政，皇帝竟变成了他的亲戚和奴才用以升官发财的傀儡，而卒以灭亡。由此看来，把政权集中到宫廷，又何补于灭亡？