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秦始皇用焚书坑儒的粗暴办法对待文化思想问题，这件事是应该受到谴责的。但是这件事的发生，并不是秦始皇个人的偶然冲动，而是当时意识形态领域内的阶级斗争，是新兴地主阶级反对残余的旧封建贵族的政治斗争在文化思想上的反映。秦始皇只是执行新兴地主阶级的阶级使命而已。
这场意识形态领域内的阶级斗争，不是从秦始皇统一天下以后才开始的。早在商鞅变法时，亦即新兴地主阶级在秦国取得政权时，就开始了这个斗争。《商君书·靳令》和《去强》都提出了诗、书、礼、乐是病国之虱的论点，主张毁灭它们，而且也确实毁灭过。《韩非子·和氏》说商君教秦孝公“燔诗、书而明法令”，“孝公行之，主以尊安，国以富强”。据此，则商鞅变法时，秦国已经焚过诗、书。商鞅变法在公元前359年，下距秦始皇焚书一百四十七年。
这场斗争，也没有在秦朝结束。根据历史记载，汉高祖除秦苛法，但保留了秦朝的挟书律。一直到惠帝四年（前191）才下令“除挟书律”。自商鞅变法之年至汉惠帝四年其间一百六十九年，儒家学说一直被新兴地主阶级当作敌对思想加以反对。当然，秦始皇焚书是这场斗争的高潮。
秦始皇不是在他统一天下以后，立即采取焚书坑儒的粗暴办法来处理文化思想问题的。焚书是在统一天下后的第九年，坑儒是在统一天下后的第十年。在此以前，秦始皇对于文化思想所采取的措施是宽大的。《史记·秦始皇本纪》载始皇之言曰：“吾前收天下书，不中用者尽去之；悉召文学方术士甚众，欲以兴太平。”事实也是如此。秦始皇召集的文学方术之士的确很多，在他的周围，有博士七十人，诸生以千百数，还有候星气者三百人。秦始皇对于文学方术之士很尊重。博士备顾问，常在左右。《史记·秦始皇本纪》记载：二十六、三十四年，博士们在咸阳宫与丞相、御史大夫等中枢大臣一起参加政治体制问题的讨论。始皇巡行郡国时也有博士随行。例如始皇南游至湘山祠，曾向随行博士请教：“湘君何神？”至于方术之士，更受到始皇的信任。他说徐巿求药“费以巨万计”，“卢生等吾尊赐之甚厚”。始皇对于不在咸阳的儒生，亦常引与论事，例如始皇东游，上邹峄山，即曾与鲁诸儒生议刻石、封禅、望祭山川之事。看来秦始皇真是想和这些文学方术之士，共兴太平。始皇不仅对文学方术很重视，对于艺术也很感兴趣。《史记·秦始皇本纪》谓“秦每破诸侯，写放其宫室，作之咸阳北阪上”，由此可见，在始皇的军队中有画家。
但是当时的文学方术之士，都是生长在战国时代的人，他们诵法孔子或诸子百家之言，“人善其所私学”。因而秦始皇认为不中用的古典文献，在他们看来，正是应该保存的；其所以应该保留，只是因为是古的。同时他们看不惯秦朝的新政，在他们看来，“事不师古而能长久者，非所闻也”。因此他们利用古典文献，引经据典，反对秦朝的新政。正像李斯所说的：“今诸生不师今而学古，以非当世，惑乱黔首。”“人闻令下，则各以其学议之，入则心非，出则巷议，夸主以为名，异取以为高，率群下以造谤”。不仅口头诽谤，还著书立说。《汉书·艺文志》纵横家有《秦零陵令信》一篇，难丞相李斯，即其一例。虽然如此，秦始皇还没有下令焚书。一直到博士齐人淳于越公开提出反对封建专制主义制度，主张恢复封建领主制建议的时候，他才下令焚书。至于坑儒，则是因为卢生对秦始皇的政府大肆诽谤，而诸生在咸阳者又“或为谣言以乱黔首”，这已经超出了文化思想的范围，变成了政治煽动。
秦始皇结束了春秋战国以来几百年的封建贵族割据的局面，但是作为旧封建贵族意识形态的文化思想，并没有随着旧封建贵族的灭亡而立即消失其影响作用，因此在意识形态领域内的一场阶级斗争是不可避免的。焚书坑儒正是这场阶级斗争的最激烈的表现。当然，这场斗争使得先秦的古典文献受到很大的损失，这是值得惋惜的。