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司马迁的不朽，固在于他开创了一种新的历史方法。同时，也在于他所写的《史记》不是一部人物传纪的汇编，而是一种富有灵魂的著作。换言之，《史记》不是一部死板的记述的历史，而是一部生动的批判的历史。
从《史记》中，我们到处都可以看到司马迁在大胆地进行他的历史批判。他敢于指斥帝王，贬抑权贵；敢于歌颂“叛逆”，同情贫弱。一言以蔽之，他敢于揭发历史的黑暗，抨击人类的罪恶。他带着一支秃笔，走进中国历史学的领域，用他敏锐的眼光，正义的观感，生动的笔致，沉重的语言，纵横古今，褒贬百代。在他的笔底，不知有若干黜废的贤圣、失败的英雄、侠义的豪杰、市井的浪人，放出了光彩；在他的笔底，不知有若干暴虐的帝王、荒淫的贵族、残酷的官吏、货殖的豪富，现出了原形。
司马迁执行他的历史批判，有各种形式，概而言之，不外四种：一用标题，二用书法，三于叙述中夹以批判，最后而又是最重要的，则为各篇之后的专评，即“太史公曰”之下的文章。“太史公曰”，就是司马迁设计的历史审判的法庭。
用标题执行批判的例子，前已略论。例如列项羽于本纪，就是尊项羽为帝王。列孔子、陈涉于世家，就是崇孔子、陈涉为王侯。纪吕后而缺惠帝，并非抹煞惠帝，而是所以深罪吕后之专国。又如在列传中，对于一般的人物列传，都以其人之名标题，而独于刺客、循吏、儒林、酷吏、游侠、佞幸、滑稽、日者、龟策、货殖，则以其人之行为标题，这就是提示作者对以上各类人物的态度，暗示抑扬之意。
用书法者。如书孔丘则不名，曰：“孔子，生鲁昌平乡陬邑，其先宋人也。”书孟、荀，则直称其名，曰：“孟轲，邹人也。”“荀卿，赵人。”同样，书老、庄亦不名，曰：“老子者，楚苦县厉乡曲仁里人也。”“庄子者，蒙人也。”书申、韩，则直称其名曰：“申不害者，京人也。”“韩非者，韩之诸公子也。”书孙武，则在名与不名之间，曰：“孙子武者，齐人也。”书吴起，则直称其名曰：“吴起者，卫人也。”像这样的书法，正是不说话的批判。他之不书名，是表示他对于其人的最大尊崇。书名，是表示他对于其人并不如何尊崇。
《史记》中有于叙事中，夹以批判者。如《平准书》末载卜式言曰：“县官当食租衣税而已。今弘羊令吏坐市列肆，贩物求利。亨弘羊，天乃雨。”《王翦列传》末载论曰：“或曰：‘王离，秦之名将也，今将强秦之兵，攻新造之赵，举之必矣。’客曰：‘不然，夫为将三世者必败。必败者何也？以其所杀伐多矣，其后受其不祥。今王离已三世将矣。’”《刺客列传·荆轲传》末载鲁句践之语曰：“嗟乎！惜哉！其不讲于刺剑之术也，甚矣！吾不知人也。曩者，吾叱之，彼乃以我为非人也。”《晁错列传》末载邓公对景帝之语曰：“夫晁错患诸侯强大不可制，故请削地以尊京师，万世之利也。计画始行，卒受大戮，内杜忠臣之口，外为诸侯报仇，臣窃为陛下不取也。”《田蚡列传》末载武帝谓丞相田蚡曰：“君除吏已尽未？吾亦欲除吏。”又曰：“君何不遂取武库！”这些，都是借用他人的言语，在叙事中兼示批判。
此外，亦有用自己的言语，在叙事中顺便批判者。如《卫青列传》中有曰：“大将军为人，仁善退让，以和柔自媚于上。然天下未有称也。”《平准书》中有曰：“当是之时，网疏而民富，役财骄溢，或至兼并；豪党之徒，以武断于乡曲；宗室有土，公卿大夫以下争于奢侈；室庐与服僭于上，无限度。物盛而衰，固其变也。”
以上都是一种暗示。更有于叙事中直指者。如《冯唐列传》云：“唐时年九十余，不能复为官，乃以唐子冯遂为郎。遂字王孙，亦奇士。”《外戚世家》云：“卫皇后，字子夫，生微矣。”以上不过略举数例而已，此种批判的言语，充满《史记》各篇。
最后说到“太史公曰”。“太史公曰”是司马迁负责的批判，也是《史记》一书的灵魂。司马迁在这里，“贬天子，退诸侯，斥大夫”，“别嫌疑”，“明是非”，“善善，恶恶；贤贤，贱不肖”，执行他对历史人物的批判。
关于“贬天子”者，例如司马迁对秦始皇、二世，都有不好的批评。他借贾谊评秦始皇之语曰：“于是废先王之道，焚百家之言，以愚黔首。堕名城，杀豪俊，收天下之兵，聚之咸阳，销锋铸，以为金人十二，以弱黔首之民。……秦王之心，自以为关中之固，金城千里，子孙帝王万世之业也。秦王既没，余威振于殊俗。陈涉，瓮牖绳枢之子，甿隶之人，而迁徙之徒……蹑足行伍之间，而倔起什伯之中，率罢散之卒，将数百之众，而转攻秦，斩木为兵，揭竿为旗，天下云集响应，赢粮而景从，山东豪俊遂并起而亡秦族矣。……何也？仁义不施，而攻守之势异也。”
评二世曰：二世“繁刑严诛，吏治刻深，赏罚不当，赋敛无度。天下多事，吏弗能纪；百姓困穷，而主弗收恤。然后奸伪并起，而上下相遁；蒙罪者众，刑戮相望于道，而天下苦之。自君卿以下，至于众庶，人怀自危之心，亲处穷苦之实，咸不安其位，故易动也。是以陈涉……奋臂于大泽，而天下响应者，其民危也”。
司马迁不但对前代的帝王有贬辞，对本朝的帝王乃至对他的当今皇帝，亦有微词。例如在《叔孙通列传》中评汉高祖曰：“夫高祖起微细，定海内，谋计用兵，可谓尽之矣。”这就无异说，“谋计用兵”以外，一无所长。《吕后本纪》中评吕后曰：“故孝惠垂拱，高后女主称制，政不出房户。”这就无异说：“牝鸡司晨，惟家之索。”《冯唐列传》中，借冯唐之语评文帝曰：“臣愚以为陛下法太明，赏太轻，罚太重，且云中守魏尚坐上功首虏差六级，陛下下之吏，削其爵，罚作之。由此言之，陛下虽得廉颇、李牧，弗能用也。”其评景帝杀晁错之误，已如前述。
司马迁评武帝，更为大胆。他在《封禅书》中，讥讽武帝惑鬼神，求神仙，迷巫祝，信方士，甚至把自己的女儿嫁给方士，以求换取不死之药；但结果，也只是白送了一个女儿而已。在《平准书》中，他谴责武帝，因勤远略，弄得天下萧萧然，民穷财竭。结果卖官爵，发皮币，专盐铁，算舟车，税缗钱，民不堪其命。《平准书》中有曰：
自是之后，严助、朱买臣等招来东瓯，事两越，江、淮之间萧然烦费矣。唐蒙、司马相如开路西南夷，凿山通道千余里，以广巴、蜀，巴、蜀之民罢焉。彭吴贾灭朝鲜，置沧海之郡，则燕、齐之间，靡然发动。及王恢设谋马邑，匈奴绝和亲，侵扰北边，兵连而不解……中外骚扰而相奉，百姓抏弊以巧法，财赂衰耗而不赡。入物者补官，出货者除罪；选举陵迟，廉耻相冒；武力进用，法严令具，兴利之臣自此始也。
司马迁亦曾退诸侯，斥卿相。例如评梁孝王曰：“植其财货，广宫室，车服拟于天子，然亦僭矣。”评绛侯周勃曰：“绛侯周勃始为布衣时，鄙朴人也。”评武安侯田蚡曰：“武安之贵，在日月之际。”“日月之际”者，即裙带关系也。评相国萧何曰：“萧相国何于秦时为刀笔吏，录录未有奇节。及汉兴，依日月之末光。”“依日月之末光”者，即攀龙附凤也。评相国曹参曰：“曹相国参攻城野战之功所以能多若此者，以与淮阴侯俱。及信已灭，而列侯成功，唯独参擅其名。”“以与淮阴侯俱”者，冒淮阴侯之功也。
司马迁对于草菅人命、蔑视人权的酷吏，极为痛恨。他在《酷吏列传》评曰：“自郅都、杜周十人者，此皆以酷烈为声。……然此十人中，其廉者足以为仪表，其污者足以为戒……至若蜀守冯当暴挫，广汉李贞擅磔人，东郡弥仆锯项，天水骆璧推咸，河东褚广妄杀，京兆无忌、冯翊殷周蝮鸷，水衡阎奉朴击卖请，何足数哉！何足数哉！”
司马迁对于佞幸之徒极为鄙弃。他在《佞幸列传》中，开始便说：“谚曰：‘力田不如逢年，善仕不如遇合。’固无虚言。非独女以色媚，而仕宦亦有之。昔以色幸者多矣。至汉兴，高祖至暴抗也，然籍孺以佞幸；孝惠时有闳孺。此两人非有材能，徒以婉佞贵幸，与上卧起，公卿皆因关说。……孝文时中宠臣，士人则邓通，宦者则赵同、北宫伯子。”他说邓通“其衣后穿”，可谓谑矣。最后，太史公曰：“甚哉！爱憎之时！弥子瑕之行，足以观后人佞幸矣！虽百世可知也。”
司马迁对于宦官，亦甚卑之。他在《报任安书》中说：“刑余之人，无所比数，非一世也，所从来远矣。昔卫灵公与雍渠载，孔子适陈；商鞅因景监见，赵良寒心；同子参乘爰丝变色自古而耻之。”
司马迁对于“财或累万金而不佐国家之急”的商人，也最为轻视。例如范蠡本是越国的大夫，因为他曾“治产积居，与时逐”，故不列之于官吏，而列之于货殖。子贡本是孔子的门徒，因为他“废著鬻财于曹、鲁之间”，故亦不列之于儒林，而列之于货殖。列之于货殖者，贱之也。司马迁在《货殖列传》中评曰：“天下熙熙，皆为利来；天下壤壤，皆为利往。夫千乘之王，万家之侯，百室之君，尚犹患贫，而况匹夫编户之民乎！”在这里，司马迁又连带指斥那些假借政治权力而经商的贵族官僚了。
在另一方面，司马迁对于古来黜废的贤圣，则为之赞叹惋惜。例如他于伯夷、叔齐，则曰：“岩穴之士，趋舍有时。若此类名堙没而不称，悲夫！”于孔子，则曰：“高山仰止，景行行止。虽不能至，然心乡往之。”于屈原，则曰：“悲其志。”于贾谊，则曰：“读《鸟赋》，同生死，轻去就，又爽然自失矣。”
司马迁最大胆的地方，就是他敢于当着刘邦的子孙，赞美项羽。因为赞美项羽，就等于贬抑刘邦。司马迁评项羽曰：“羽非有尺寸，乘势起陇亩之中。三年，遂将五诸侯灭秦，分裂天下而封王侯，政由羽出，号为霸王。位虽不终，近古以来未尝有也。”
和赞美项羽一样的大胆，司马迁又歌颂陈涉。陈涉在封建统治者看来，正是一个有名的叛逆。歌颂陈涉，就是歌颂叛逆。但司马迁在《史记·自序》中，却把陈涉的起义，比之汤、武的革命、孔子的作《春秋》。在《陈涉世家》的评语中又说：“陈胜虽已死，其所置遣侯王将相竟亡秦，由涉首事也。”同时，又在《儒林列传·序》中指出，当陈涉起义之时，虽圣人之徒，也去参加他的革命营阵。他说：“陈涉之王也，而鲁诸儒持孔氏之礼器往归陈王，于是孔甲为陈涉博士，卒与涉俱死。陈涉起匹夫……旬月以王楚，不满半岁竟灭亡，其事至微浅，然而缙绅先生之徒负孔子礼器往委质为臣者何也？以秦焚其业，积怨而发愤于陈王也。”这段话虽然是对焚书坑儒者的一个警告，也是指明陈涉的革命虽缙绅先生之徒亦往委质为臣的事实。
此外，司马迁对于韩信、黥布、魏豹、彭越这些失败的英雄，都不胜惋惜。他评韩信曰：“假令韩信学道谦让，不伐己功，不矜其能，则庶几哉，于汉家勋可以比周、召、太公之徒。”评黥布曰：“英布者，其先岂《春秋》所见楚灭英、六，皋陶之后哉？身被刑法，何其拔兴之暴也。”评魏豹、彭越曰：“魏豹、彭越虽故贱，然已席卷千里，南面称孤，喋血乘胜，日有闻矣。……智略绝人，独患无身耳。”
司马迁对于善良的官吏，亦为之表扬。他在《循吏列传》中评曰：“孙叔敖出一言，郢市复；子产病死，郑民号哭；公仪子见好布而家妇逐；石奢纵父而死，楚昭名立；李离过杀而伏剑，晋文以正国法。”
司马迁对于草野豪侠之士，极为赞叹。他在《刺客列传》中评曰：“自曹沫至荆轲五人，此其义或成或不成；然其立意较然，不欺其志，名垂后世，岂妄也哉！”又于《游侠列传·序》中，特别申述其崇拜草野豪侠的理由曰：
韩子曰：“儒以文乱法，而侠以武犯禁。”二者皆讥，而学士多称于世云。至如以术取宰相卿大夫，辅翼其世主，功名俱著于春秋，固无可言者。及若季次、原宪，闾巷人也，读书怀独行君子之德，义不苟合当世，当世亦笑之。故季次、原宪终身空室蓬户，褐衣疏食不厌。死而已四百余年，而弟子志之不倦。今游侠，其行虽不轨于正义，然其言必信，其行必果；已诺必诚，不爱其躯，赴士之厄困。既已存亡死生矣，而不矜其能，羞伐其德，盖亦有足多者焉。……布衣之徒，设取予然诺，千里诵义，为死不顾世，此亦有所长，非苟而已也。故士穷窘而得委命，此岂非人之所谓贤豪间者邪？诚使乡曲之侠，予季次、原宪比权量力，效功于当世，不同日而论矣。要以功见言信，侠客之义又曷可少哉？古布衣之侠，靡得而闻已……以余所闻，汉兴有朱家、田仲、王公、剧孟、郭解之徒，虽时扞当世之文罔，然其私义廉洁退让，有足称者。名不虚立，士不虚附。至如朋党宗强比周，设财役贫，豪暴侵凌孤弱，恣欲自快，游侠亦丑之。余悲世俗不察其意，而猥以朱家、郭解等令与暴豪之徒同类而共笑之也。
在封建皇帝之前，直言极谏之士，往往遭横祸；于是而有善良之士，以滑稽的态度，用戏谑的言语，以为讽刺。这些人，有时“谈言微中，亦可以解纷”，故司马迁亦美之。他在《滑稽列传》中评曰：“淳于髡仰天大笑，齐威王横行。优孟摇头而歌，负薪者以封。优旃临槛疾呼，陛楯得以半更。岂不亦伟哉！”
总观以上所录的评语，我们便可以看出司马迁之所善与所恶，所贤与所贱，所是与所非；因而也就知道《史记》一书，不仅是为了叙述历史，而且也是为了批判历史，从而也就知道司马迁之作《史记》，不是为了清算古人，而是为了要从古史中找出一些历史教训，教育他同时并世的人。他在《高祖功臣侯者年表》中说：“居今之世，志古之道，所以自镜也。”这就是他作《史记》的用意。
即因司马迁在《史记》中的批评，有些不合于封建的教条，所以后来班固批评他说：“其是非颇缪于圣人。论大道，则先黄老而后六经；序游侠，则退处士而进奸雄；述货殖，则崇势利而羞贱贫，此其所蔽也。”班固对司马迁的批判，大概都中要害；只有说他崇势利而羞贫贱一点，是没有看懂司马迁作《货殖列传》的意义，司马迁之传货殖，不但不是崇势利，而正是贬势利。关于这一点，只要看他把范蠡、子贡列于《货殖列传》就可以证明。以后至于王允，则竟指《史记》为“谤书”，章实斋又为之辩护，谓其“折衷六艺，何敢于讪上哉”？我以为谓之“谤书”，则未免太过；谓其毫无批判当世之意，亦非司马迁所能同意。诚如章实斋所云：“今观迁书，如封禅之惑于鬼神，平准之算及商贩，孝武之秕政也。”孝武之秕政，而司马迁指出之，非“讪上”而何？司马迁以无罪而遭大辱，当然有所愤慨。此种愤慨，常见于言词。例如在《伍子胥列传》中评曰：“怨毒之于人甚矣哉！王者尚不能行之于臣下，况同列乎！”又在《屈原列传》中曰：“信而见疑，忠而被谤，能无怨乎！”即因司马迁积有怨愤，所以发而为文，则气势蓬勃，热力丰富，因而《史记》一书成为千古的杰作。所以，虽“刘向、扬雄，博极群书，皆称迁有良史之才，服其善序事理，辨而不华，质而不俚，其文直，其事核，不虚美，不隐恶，故谓之实录”。