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太平天国革命的失败，标志着农民革命高潮的过去。封建统治势力和外国资产阶级逐步勾结起来建立半殖民地半封建统治秩序。清政府急于消灭各地革命的武装力量，并在封建政权一度被打倒的地区恢复剥削制度。与此同时，人民武装斗争在许多地区还继续进行了七八年之久，广大农民则进行抗租抗税的斗争和恢复农业生产的斗争。
捻军在1864年以后的英勇斗争 太平天国失败后，北方最活跃的农民武装力量是捻军。清政府攻陷南京之后，加紧消灭太平军余部，主要是消灭皖、浙的黄文金部和赣、闽的李世贤、汪海洋部，然后把湘系、淮系军队调到北方去对付捻军。捻军在张宗禹（张乐行的族侄）、任化邦和太平军旧将遵王赖文光的领导下，保持着顽强的战斗意志，并且改善战术，加强骑步配合作战，连续取得了辉煌的战果。1865年5月，赖文光指挥捻军在山东曹州歼灭了僧格林沁统带的清军骑兵，击毙僧格林沁。1866年秋末，捻军冲破曾国藩的沿河防堵，分为东西两路活动。东路由赖文光、任化邦率领，回旋于黄河南岸和长江北岸之间的广大地区中。西路由张宗禹率领攻入陕西，联合回民起义军，准备再和东路会师。但在强大的敌人压迫之下，这个计划无法实现。东路捻军苦撑战局，对付李鸿章所率拥有优势配备的淮军，并在1867年初突破包围，在湖北获得大胜，活捉郭松林，大破刘铭传，但遭湘军鲍超袭击，败走山东。淮军在英法侵略武装的支持下，扼守运河，把东捻军围困在山东登莱地区。1867年底，任化邦被叛徒杀害。1868年初，赖文光率残部突围南下，在扬州附近被困覆没。
张宗禹统率的西路捻军不断打垮左宗棠统率的紧紧尾随他们的“老湘军”，并和一部分回民起义军取得了联系，但没有在西北建立一个根据地。当赖文光被围的消息传来，西捻军取道山西径趋直隶，攻至北京以南的易州，接着就以暴风骤雨之势横扫直隶、河南、山东三省，使人数占绝对优势的清朝军队疲于奔命，但这已不能挽救东捻军的败亡。1868年，清军将西捻军围困于黄河、运河和徒骇河之间。北方这一支农民军最后被消灭了。在清政府镇压西捻军的战争中，英、法驻天津领事都曾派遣炮舰和马队直接参加战斗。半殖民地统治秩序就是这样由中外反动势力血腥屠杀中国人民而建立起来的。
捻军在1864年至1868年这四年中艰苦作战，纵横直、鲁、晋、陕、豫、鄂、皖、苏八省，严重威胁清朝反动统治的心脏，取得许多辉煌战果。但是捻军没有建立根据地，缺乏明确的革命纲领，组织有很大的灵活性而缺乏稳定性。
贵州苗民起义 五六十年代，西北和云贵少数民族地区的人民起义，也是全国性农民革命的一部分。太平天国和捻军相继失败之后，清政府集中力量对他们进行疯狂的镇压。
贵州苗族人民所遭受的是奴隶式的残酷统治。苗族地区是土司、通事、苗汉地主和高利贷商人榨取、敲诈的场所，因而也是时常发生反抗暴动的地方。秘密宗教在这地区也积极活动。白莲教系统的灯花教和斋教在联系苗族和汉族劳动人民起义中，起着重要的作用。苗族雇农张秀眉是起义军的杰出领袖，他领导群众，自1855年春天起义以后，不断击败清朝军队。但到1867年，湘军大举进攻，1870年和1871年，起义军先后失去台拱和凯里这两个根据地。张秀眉率领群众扼守雷公山一年之久，于1872年4月兵败就义。
云南回民、彝民起义 清政府对西北和西南的汉回两族人民，一面采取制造纠纷以达到分而治之的目的；一面标榜“护汉抑回”，利用汉族地主阶级对回族人民进行封建剥削压迫。1854年，云南汉、回地主争夺银矿，引发汉回互杀的许多惨案。1856年，清总督恒春、巡抚舒兴阿密令州县官吏残杀回民。清政府推行的民族压迫政策激起了姚州、蒙化、新兴、建水、澄江各地回族人民的武装反抗。其中在蒙化起义的杜文秀部，于1856年9月攻下大理，大理在十几年中成为起义中心。杜文秀减轻赋税，改善迤西（云南西部）各地人民生活。从1862年起，清政府招降原在迤东进行反抗的马如龙，然后向迤西进攻。1872年李文学领导的彝族起义军支援大理，也遭失败。1872年底，大理城被清军杨玉科部攻陷，杜文秀服毒后自赴清营，要求保全百姓生命。但大理仍被清军洗屠。云南回民起义是回族人民为了反抗清王朝残暴统治而求自身生存的斗争，又是回、汉、彝族农民联合进行的反封建斗争。
陕甘回民起义 陕西、甘肃回民的先后起义，都是反抗民族压迫、反对封建剥削的斗争。这些起义本身不断受到太平天国革命的影响，和捻军也有互相支援的形势。捻军被消灭后，左宗棠率清军大举进攻陕、甘，残酷镇压了陕甘回民起义。
革命失败后农民恢复生产的斗争和抗租斗争 太平天国农民战争失败以后，受到农民起义沉重打击的地主阶级势力在清朝军事力量的支持下卷土重来，恢复残酷的地租剥削。在“田归原主”的口号下，许多地主重新占取土地。接着，新兴湘、淮军阀和地方官僚进行了土地大兼并。农民战争虽然失败，但毕竟迫使封建政权采取一些让步措施，清政府应地主阶级的要求，在江、浙减免漕额约1/3，并且规定了“业七佃三”的减免比例。但即使这样厚于地主而薄于佃农的不合理比例，在一些地区，如苏州附近，仍不免变成一切蠲免全归“业主”。因而在所谓“减漕德政”之中，偏枯的仍是农民。相反地，不断加重的厘金、盐课的最后负担却都落在农民身上。除了租税的重担外，农民还遭受外国资本主义和买办资本对农产品的压榨。半殖民地、半封建统治秩序对社会经济的破坏，大大阻碍了农业生产力的恢复和发展。但是农民反抗地租剥削的斗争正在逐渐展开，对于生产的恢复，起着重要的作用。
农民反抗地租斗争的形式是多样的。在南京、镇江附近，由于劳动力极端缺乏，地主阶级不得不从江北招徕一批农民替他们垦耕荒废的土地。这些客籍农民，和家乡只有一江之隔，就经常采用“弃田而归”也就是把收获谷物和耕牛田具一起带走的斗争方式来反抗地租剥削，并迫使清政府从1869年起允许他们在“无主荒地”垦耕，因而取得一部分土地。在苏州附近，如吴江，农民就用普遍欠租，集体赴官的办法，抵制地主、差役的威迫勒夺。更大规模的，如1862年安徽六合农民暴动和1872年浒墅关拔稻大斗争，都轰动一时。是农民在极艰苦的情况下为了维持生存和继续进行生产所不可缺少的行动。严重的天灾，再加上清政府没有注意水利的保持和修复工作，1876年到1879年，主要农业地区发生了接连4年的灾荒，死亡至少在1000万人以上。1877年，仅山西一省就有500万人死亡。许多农民只得离乡逃荒，生活更加困苦。