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李自成、张献忠的抗清斗争 当明末农民起义军胜利进军之时，崛起于东北的满洲贵族已经在关外建号大清，势力日益强大。满洲贵族看到明朝政府内部的危机日益激化，早就蓄有覆灭明朝的野心。他们一方面招降纳叛，对明朝的官僚尽力收买，另一方面又经常派兵打进长城，在河北、山东等地大肆劫掠。农民军占领西安后，满洲贵族曾经致书李自成，招诱农民军，要和农民军“协谋同力，并取中原” [257] 遭到农民军拒绝。李自成进兵北京，推翻了明朝，满洲贵族也大为震动，这时，他们便乘机大举入关。
驻守山海关的明朝总兵吴三桂，在李自成占领北京时投降了清朝。他向清摄政王多尔衮“乞师”共同镇压农民军。同时又发布檄文，号召汉族军民支持满洲贵族对农民军发起反攻。满洲贵族与吴三桂的结合，给农民军造成了不利的形势。
李自成曾派人招降吴三桂，在吴三桂拒绝后，他立即率兵东征。大顺永昌元年（1644年）四月二十三日，李自成与吴三桂军激战于山海关，由于清军的猝然袭击，农民军失利。山海关败后，北京不能守，四月三十日，农民军放弃北京向陕西撤退。五月一日，清军进占北京。同年九月，清顺治帝从沈阳迁来北京，定北京为清朝的首都。
清朝定鼎北京后，即以全力追击农民军。他们采用各种手段拉拢明朝汉族官僚士人，宣称“倡先投顺者”给以高官厚爵，并为崇祯帝发丧，替明朝“报君父之仇”，又宣布废除三饷加派，这对原明朝治下的官民具有一定的影响力。当时北方的官僚士绅纷纷迎降，与清朝合作镇压农民军。
同年五月，明朝一部分官僚在南京拥立福王朱由崧为帝，年号弘光。弘光政权一方面要抵抗清朝军队南下，同时又要继续剿灭农民军。
这时农民军领导的内部发生了分裂，李岩请分兵河南，为牛金星谮杀。尽管如此，李自成还是拥有几十万军队，仍然在河北真定、山西井陉、河南怀庆、陕西潼关等地继续抗击清兵和明朝残余的军队。清朝统治者在巩固北京统治的同时，对汉族人民施行了圈地、剃发和屠杀等等民族高压的措施。各地人民都起来反抗清统治者。北京近郊的昌平、三河，以及冀中、苏北、山东、山西、河南等地人民的反清斗争，风起云涌，如山东西部的榆园军，山东东部的青州起义军，山西西部吕梁山区的起义军，河南怀庆、卫辉等地的起义军，在河北各地也有很多小规模的农民武装。在这些起义军中都有被清军打散的李自成旧部参加，他们或是独立作战，或是策应李自成的军队抗击清兵 [258] 。
清顺治二年（1645年）初，清统治者集中军力分两路攻入陕西，一路由阿济格率领，吴三桂为前锋，一路由多铎率领，孔有德为前锋。李自成迎击清军于潼关，经过激烈的战斗，农民军放弃西安，东下湖广。这年四月，农民军来到湖北通山县，李自成遭到当地地主武装的袭击，死于通山县九宫山。 [259]
李自成死后，除去由郝摇旗、刘体纯等继续统率农民军余部之外，另一支由李过、高一功等统率的农民军十余万人也由陕西赶到。他们决定与南明的抗战将领何腾蛟、堵胤锡的军队联合，在湖广抵抗清兵。
同样，清统治者诱降在四川的张献忠领导的农民军，也遭到拒绝。李自成败退陕西时，张献忠便和李自成相约共抗清兵。顺治三年（1646年）冬，张献忠迎击清军于川北西充的凤凰山，遇伏而死。
张献忠死后，他的部将李定国、刘文秀、孙可望等人，也在川南云贵一带与南明桂王政府合作，继续抗清。
江南人民和南明政府的抗清斗争 顺治二年（1645年）春，由多铎率领的另一支清军，开始攻打南京的弘光政府。这时弘光政府内部正在进行激烈的党争和内战，朝政把持在马士英、阮大铖等阉党余孽的手中，这些人只知排斥异己，卖官鬻爵。镇守江北四镇的四个总兵刘泽清、高杰、刘良佐、黄得功在大敌当前之时，互相争权夺利，彼此仇怨极深，都不以国事为重。只有兵部尚书史可法督师江北，坚决抗战。但史可法内受朝廷的牵制，江北四镇又不听指挥，处处遭掣肘。顺治二年（1645年）四月，清军围扬州，史可法困守孤城，誓死不降。多铎曾先后给史可法五封书信，史可法都不启封。二十五日，清兵攻破扬州，大肆屠杀居民，死者不可胜数，史可法战败被俘，不屈牺牲。
五月二十四日，清军占领南京，朱由崧被俘。接着江南苏松所属的各城镇，也先后被清军占领。
同年六月，清廷下令江南人民剃发。蓄发是汉族人民传统的风俗，要强迫剃发，是汉族人民不能接受的。清军入关时，曾在北方下令剃发，三河县等地的人民就举行过反剃发的斗争。至此，江南各地的人民也纷纷起来反抗，其中以江阴、嘉定两地人民的斗争为最激烈。江阴人民推阎应元、陈明遇为领袖，立下“头可断，发不可剃”的誓言，在24万清军的攻击下，苦战了81天 [260] 。嘉定人民也组织乡兵，据城不降。在江阴、嘉定相继失陷后，两地的人民都遭清军的屠杀。这两次人民的抗清斗争，对后来东南各地人民的坚持抗清起了很大的鼓舞作用，并且牵制了一部分清军的主力，使得在浙江的鲁王政府和在福建的唐王政府得以从容建立起来。
顺治二年（1645年）六月，明朝官绅张国维等迎鲁王于绍兴，不久，礼部尚书黄道周和郑芝龙等复立唐王于福州，先后建立了鲁王和唐王两个政府。张国维、黄道周等人都主张坚决抗清，他们得到广大人民的支持。但是这两个统治集团之间，为了争“正统”，彼此互相水火，各自的内部也纠纷很多，以致不能配合作战。清王朝乘机采取分化离间的策略，先后诱降了鲁王政府拥重兵的方国安和唐王政府的郑芝龙。顺治三年（1646年）六月，两浙失守，张国维自杀，鲁王逃亡海上。鲁王兵败后，清兵又打败黄道周的义兵，并先后占领福建的很多城市，覆灭了唐王政府。这时，除去张名振、张煌言等奉鲁王在浙江沿海一带继续抗清外，守两广的瞿式耜、丁魁楚又在肇庆拥立桂王，成立了桂王政府。
桂王政府成立的时候，清军已控制了黄河流域和长江下游地区。顺治三年（1646年）九月，清军分三路向西南进攻，企图一举消灭明朝的残余势力。在这个紧急时期，李自成的部将李过、高必正、郝摇旗等人率领农民军出现在湘鄂战场。他们和驻守湖南的明军将领何腾蛟等合作，联兵抗击清军，挫败了清军的攻势。
顺治四年（1647年），清兵陷广州，攻肇庆，桂王政府辗转奔逃两广间。郝摇旗部护桂王居柳州，并出击桂林的清兵。顺治五年（1648年），郝摇旗、李过与何腾蛟、瞿式耜的军队，连续大败清兵于岳州、全州，收复了衡阳、长沙等地。这时，在广东、四川等地的农民军也起来响应。已经投降了清朝的明将领，如江西金声桓和广东李成栋等人又背叛了清朝。在清军的后方，榆园军、吕梁山的起义军和关中农民军都发动广泛的攻势，曾经参加过农民起义的陕甘回民也在米喇印、丁国栋领导下举行了反清起义。于是南北呼应，势相连结，在南明时期出现了第一次抗清的高潮。
桂王政府的当权派并没有利用这种有利的形势举行反攻，而是分党分派，争权夺利。以降将李成栋为首的楚党，和由桂王亲近组成的吴党，彼此攻讦无虚日，都想援引外镇的武力来控制桂王政府。桂王政府内部的不团结，就给清军以喘息的机会，不久清军得以重新占领湖广和广西。顺治六七年间（1649—1650年），何腾蛟、瞿式耜先后在湘潭、桂林的战役中被俘不屈而死。以后李过病亡，他的儿子李来亨和郝摇旗、高必正、刘体纯等被迫率领农民军回到巴东荆襄等地，组成了夔东十三家军，独立抗击清军。反清的斗争又转入低潮。
李定国、李来亨的抗清斗争 在抗清形势再度恶化，桂王政府放弃肇庆、梧州，仓皇西奔无地容身的时候，李定国等领导的农民军又出现在反清斗争的前线。
李定国是陕西榆林县的农民，从十岁就参加了起义，在年青时代即以赛尉迟的绰号闻名于张献忠的农民军中。张献忠死后，他一直坚持抗清的战争 [261] 。顺治九年（1652年）以前，李定国、孙可望等已向桂王表示，愿意同南明政府联合抗清，遭到桂王政府的拒绝。后来南明政府直到走投无路，才接受孙、李的建议，在贵州安隆所投靠了农民军。顺治九年（1652年），李定国发动了大规模的反攻，他统领西南苗、瑶、壮、彝各族人民所组成的军队东出广西，下桂林，反攻湖南，南入广东，“两蹶名王，天下震动” [262] ，前后败敌数十万人，得到桂王政府建立以来空前未有的大捷。同时，刘文秀出兵四川，大败吴三桂，克复了川南各州县，并与夔东十三家军取得了联系。而活动在东南沿海一带的张煌言、张名振等人率领的抗清队伍在此时也开始反攻，并接受桂王的封号，形成了第二次抗清的高潮。
就在此时，桂王政府中的官僚马吉祥等挑拨李定国和孙可望的关系，顺治十三年（1656年），孙可望发动了进攻李定国的内战，兵败后投降清朝。
清朝政府屡次诱降李定国，均被拒绝 [263] 。顺治十六年（1659年）正月，吴三桂攻下云南府城，桂王流奔缅甸，李定国倾其全军设伏于磨盘山，企图一举歼灭吴三桂的追兵，伏兵的全盘计划被内奸泄露，结果失败。顺治十八年（1661年），吴三桂率兵入缅，桂王被俘。次年，李定国在勐腊（今西双版纳东南地区）忧愤而死。李定国反抗民族压迫的斗争在明末的历史上留下了可歌可泣的一页。
夔东十三家农民军的处境在当时也非常艰苦。他们在荆襄、川东的群山中，“屯种山田，岁收麦种草绵，供粮食衣履” [264] 但仍在李来亨、郝摇旗等的领导下，继续坚持抗清的斗争。顺治十六年（1659年），李来亨等曾由水道进攻重庆支援李定国。在李定国败死后，清朝即调动四川、湖广、陕西三省的兵力，围攻这支抗清的队伍。康熙三年（1664年），李来亨在清兵的重围下粮尽援绝，兵败殉国。史称：“来亨败没，中原无寸土一民为明者，唯郑氏（指郑成功）屯海外。” [265]
郑成功的抗清斗争及其收复台湾 当农民军在西南进行艰苦抗清斗争的时候，东南沿海一带的人民也在郑成功的领导下进行抗清活动。郑成功是郑芝龙的儿子，他们父子都在唐王政府为官，后来郑芝龙降清，郑成功则继续抗清。郑成功以厦门、金门为据点，曾先后围攻福州，攻克台州。清朝派人招降，遭到他的严词拒绝。顺治十六年（1659年），郑成功联合浙江张煌言等发动了一次大反攻，从海道溯长江，直达南京近郊，占领了镇江、芜湖等4州3府24县。他们的行动与李定国的起义军遥相呼应，使清廷大为震动。但由于战略上的错误，郑成功在南京被清兵击败。
为了建立根据地，郑成功于顺治十八年（1661年）率大军在台湾登陆，次年，赶走了窃踞台湾的荷兰殖民者，光复了台湾。郑成功在台湾设置府县，建立行政机构，招徕大陆移民，屯田垦荒，又派遣汉族“农师”向高山族人民传播先进的生产技术，加速了台湾地区社会经济的发展。
康熙十二、十三年之交（1673—1674年），原已降清的明朝将领吴三桂、耿精忠和尚之信等又先后起兵反清，这就是所谓的“三藩之乱”。吴三桂起兵云南，尚之信起兵广东，耿精忠起兵福建，郑成功子郑经也乘势攻占了泉、漳、温州等地。吴三桂等三人起兵的目的是为了与清朝分割土地，因而他们得不到广大人民的支持。三藩的叛乱不久即为清兵所平息，而郑经也退回台湾。
康熙二十二年（1683年），清朝政府大举进攻台湾，郑成功孙郑克塽战败投降，坚持了40年的反清武装斗争至此结束。
清统治者在压服了南方的抗清力量之后，便开始向边疆发展，历经康熙、雍正、乾隆三朝，最后统一了全国，建立了一个空前盛大的王朝。
康熙时清与蒙古准噶尔部的战争 明清之际，在我国西北方居住的蒙古族分为漠南蒙古、漠北喀尔喀蒙古和漠西厄鲁特蒙古三大部。喀尔喀蒙古内部又分为扎萨克图、土谢图、车臣等三部，厄鲁特蒙古内部分为准噶尔、和硕特、土尔扈特、图尔伯特四部。蒙古族的经济仍以畜牧业为主，但农业也有了发展。在蒙古族社会的内部，土地和牲畜都集中在贵族和寺院喇嘛的手里，蒙古族牧民则在贵族和上层喇嘛的残酷剥削下从事生产。在明朝，蒙古地区的统一局面是比较短暂的，长期处于分裂状态。
还在满族入关以前，漠南蒙古各部早已归附了清朝。清政府赐给蒙古各部首领亲王、郡王、贝勒、贝子等显贵的封爵，同时又世世代代和他们保持婚姻的关系。在清朝政府的笼络下，漠南的蒙古王公已成为清朝巩固全国统治的最得力的助手，并且倚仗他们进一步向西北发展。当时喀尔喀部和厄鲁特蒙古与清政府也有密切的联系。
康熙时，居住在天山北路的厄鲁特准噶尔部的噶尔丹势力日益强大。噶尔丹合并了厄鲁特四部，占据了天山南路的各回城，“威令至于卫藏”，又进兵喀尔喀蒙古。准噶尔是厄鲁特部中比较落后的部落，保存了很浓厚的氏族残余，本身不知务农业，奴役土尔扈特部人为之屯田，以供军粮。准噶尔的骑兵在各处烧杀劫掠，兵锋所至，各部的人民都纷纷迁徙避难。康熙二十七年（1688年），噶尔丹战败土谢图汗，喀尔喀各部“南徙者蔽地而来，前后相望六十余里”，“遗弃牛马，死者相枕” [266] 。喀尔喀蒙古大喇嘛哲布尊丹巴以各部风俗、习惯、宗教信仰皆与满洲相同，决定率各部归附清朝 [267] ，康熙即拨以科尔沁牧地为各部牧放。
康熙二十九年（1690年），噶尔丹率兵攻入内蒙古，前军至距古北口九百里的乌珠穆沁（今内蒙古自治区克什克腾旗境内），清廷大为震动。这时，清朝在汉族地区的统治已经比较稳固了，康熙得以三次出兵漠北。康熙二十九年（1690年）、三十四年（1695年）、三十六年（1697年）清兵先后在乌兰布通、昭莫多（今蒙古国宗莫德）等地与噶尔丹军进行了激烈的战斗，噶尔丹皆大败。最初，噶尔丹想借俄罗斯火枪兵攻打清朝，没有成功。他在蒙古各部中日益陷于孤立，走投无路，终于在清军围困下，仰药自杀。噶尔丹既失败，喀尔喀各部回到了原来的居住地。从此，喀尔喀蒙古各部也接受了清朝的各种封号，清朝政府把蒙古各部分编为旗，又在科布多、乌里雅苏台等地派驻将军和参赞大臣，加强了对喀尔喀的统治。
噶尔丹死后不久，其侄策妄阿拉布坦又在北疆纠集准噶尔部继续与清为敌。策妄阿拉布坦不仅控制了天山南、北路地区，而且在康熙五十六年（1717年）率兵攻入西藏。西藏的达赖喇嘛在清朝入关前已与皇太极有书信的往还。顺治九年（1652年），达赖五世到北京参谒顺治帝，清廷赐给他金册金印，又敕封他为“西天大善自在佛、所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，达赖从此时才正式得到“达赖喇嘛”的称号。但是西藏“第巴”（行政官）桑结等人，表面上归附清廷，暗地却与准噶尔部噶尔丹勾结。康熙时，达赖五世在西藏逝世，桑结等秘不发丧，立下仓央嘉错为达赖六世。不久，青海各部又在宗喀巴降生的西宁地区另立了一个达赖六世。同时，青海的和硕特部拉藏汗领兵人藏杀掉桑结，清朝即委任他管理藏务。拉藏汗的入藏对准噶尔是不利的，策妄阿拉布坦即乘此时机派兵入藏，杀拉藏汗，又纵兵在西藏各地大肆骚扰。西藏已完全陷于准噶尔之手。
为了驱逐准噶尔的势力，恢复西藏地方的秩序，清朝政府于康熙五十七年至五十九年（1718—1720年）间派兵击败了准噶尔的军队，敕封噶桑嘉错为达赖七世，并护送人藏。达赖七世在拉萨坐床，受到西藏各部僧俗的欢迎，清廷即任命康济鼐和颇罗鼐二人协助达赖、班禅分理前后藏。
雍正、乾隆时西藏局势的稳定 雍正、乾隆间，准噶尔部仍不时在西藏策动叛乱。雍正五年（1727年），康济鼐为叛乱分子所杀，但叛乱不久即被颇罗鼐平定，清朝遂以颇罗鼐统理西藏事务，又在西藏设置了两个驻藏大臣。驻藏大臣的设置，标志着西藏地方与中央政府隶属关系的进一步加强。乾隆十五年（1750年），颇罗鼐子朱尔墨特在准噶尔汗策动下又进行了一次叛乱。叛乱平定后，清廷在达赖下面设置了处理地方行政的噶厦，以四噶布伦分理政事，俱统属于达赖喇嘛。这样，达赖喇嘛的权力就提高了，他不仅是西藏地方的宗教首脑，也是西藏地方的政治首脑。清政府也提高了驻藏大臣的职权，西藏长期混乱的局面才稳定下来。
乾隆五十六年（1791年），廓尔喀军队在西藏大农奴主舍玛尔巴的勾引下侵入后藏，攻日喀则，大掠扎什伦布寺。清朝政府立即发兵人藏，将廓尔喀军队击败，廓尔喀请和。廓尔喀入侵以后，清朝政府再次对西藏的军事、政治等各方面实施了一些重大的改革，重新规定了驻藏大臣和达赖喇嘛的职权和地位。在以前，达赖、班禅及各呼图克图的灵童转世，直接由大农奴主操纵，积弊极深，这时清廷就设立了“金瓶掣签”的制度，到时集诸喇嘛当众抽签听选，而由驻藏大臣亲临监视。此外还整饬藏兵组织，加强防务，并进行了一些减轻赋役、限制农奴主任意滥派乌拉等等措施。清朝政府打败廓尔喀，加强对西藏的管理，对稳定西藏当时的社会秩序，密切西藏与内地的联系，以至粉碎殖民者侵略阴谋都有重大的意义 [268] 。
雍正、乾隆时清与蒙古准噶尔部的战争 被准噶尔部逼往青海的厄鲁特蒙古和硕特部的顾实汗子孙，在康熙时接受了清朝政府的封号。雍正元年（1723年），被清朝政府封为亲王的罗卜藏丹津也在策妄阿拉布坦的煽动下，胁从游牧各部发动了叛乱，并屡次派兵大掠西宁等地。清朝政府以岳钟琪率兵迎战。雍正二年（1724年），清兵大败罗卜藏丹津于柴达木，罗卜藏丹津逃往准部，降者数万。清廷分蒙古族为29旗，又在青海设立土司，加强了对青海各族的管理。
准噶尔部长期与清廷为敌，并煽动西北各地反清，因此，战胜准噶尔是清廷是否能进一步完成全国统一的关键。雍正五年（1727年）策妄阿拉布坦死，由其子噶尔丹策零代领其众。雍正七年（1729年），清兵分两路会攻伊犁，北路军失利，准噶尔军追入喀尔喀，蒙古郡王策凌于厄尔德尼昭（光显寺）大败准噶尔军。雍正十年（1732年），噶尔丹策零率军东下，又为策凌所败。清朝政府乃于雍正十二年（1734年）与噶尔丹策零议和。
乾隆时，准噶尔在西藏、青海、喀尔喀蒙古等地的势力，已相继被清朝政府肃清，而准部统治者之间又长期发生了内乱。乾隆二十年（1755年），清兵在西北各蒙古部落的支持下，攻占了伊犁，但策妄阿拉布坦的外甥阿睦尔撒纳降而复叛。阿睦尔撒纳要清朝允许他一人独领四部，清朝没有满足他的愿望，于是战火又起，直到乾隆二十二年（1757年），准部才全部被清兵平定。清朝统治者恨准部长期反抗，下令屠杀，统治者挑起的战争，使无辜的准部人民受到迫害。以后清军即在伊犁等地分驻将军、参赞大臣、领队大臣，巩固了对天山北路蒙古等族聚居地区的统治。原隶属于准噶尔的蒙古唐努乌梁海地，在这时也并入清王朝的版图之内。
乾隆三十五年（1770年）十二月，远居俄国伏尔加河下游的土尔扈特蒙古不堪沙俄政府的压迫，在其首领渥巴锡的带领下，历经千辛万苦，行程万余里，于翌年六月到达伊犁。土尔扈特为厄鲁特蒙古四部之一，明末时因不堪准噶尔部奴役西迁俄国。此时他们返回故土，并向乾隆皇帝献上明永乐时敕封瓦剌首领马哈木的印信。乾隆皇帝即予优厚抚恤和妥善安置。这是清朝完成统一大业中的光辉一页。
乾隆时清与“回部”的战争 居住在天山南路的主要民族是信仰伊斯兰教的维吾尔族。维族有夙称发达的农业、畜牧业、园艺业和纺织业。这里的农奴主倚仗政治和宗教的特权，对人民进行着控制。
清朝初年，维族人民在准噶尔部的残酷统治下，生活更加痛苦，他们不仅遭受本族农奴主的剥削，还要向准噶尔提供极繁重的贡赋和徭役。准噶尔部不时在各“回城”“索子女，掠牲畜”，引起维族人民不断起来反抗。在准噶尔统治者的蹂躏下，有些人口繁盛、物产丰盈的城市，几年后就由于户口逃亡死绝，只剩下一片荒土 [269] 。
乾隆时，清兵平准部，原来被准部俘虏的维族各城的首领大、小和卓木（即布那敦与霍集占）乘机逃返“回疆”。大、小和卓木为了恢复他们过去对回疆的统治，号召各回城举兵反清，一时各部从者数十万。乾隆二十三年（1758年），清兵入回疆，大、小和卓木率兵抵抗，在库车、叶尔羌、黑水营等地连败清兵。由于大、小和卓木在各地“虐用其民，厚敛淫刑”，逐渐失掉各回城人民的支持，士卒也日益离散，于是在清军增援后的强大兵力的威胁下，终致败走国外，同行的只有“妻孥旧仆三四百人” [270] 。乾隆二十五年（1760年），清朝政府已平服了天山南路，即在喀什噶尔等地分驻参赞大臣、领队大臣、办事大臣，而皆统属于伊犁将军，至是也巩固了对天山南路的管理。清朝在维族地区规定了较轻的赋役制度，税额仅为原来准部所取的1/20，在一定程度上减轻了维族人民的负担。
清与“苗疆”、大小金川的战争和改土归流 雍正时，清朝政府任命鄂尔泰为云、贵、广西三省总督，在广阔二三千里的“苗疆”（贵州地区），云南东川、乌蒙、镇雄三土司以及云南西南部与缅甸连界的各边地，大规模施行改土归流。鄂尔泰等对各少数民族的土司采取了招抚和镇压两种办法，先后招降贵州苗、瑶各族二千余寨，又缴纳广西土司的敕印和军器二万余件，并在云南设置了普洱府，以便于对西南各族的管理。
在改土归流的过程中，由于官吏的暴虐和对各族人民的掠夺屠杀，引起了不断的苗民起义。雍正十三年（1735年），台拱苗寨奋勇抗清，一直到乾隆初年才停止，清廷派兵在“苗疆”前后烧毁了苗寨1224座，屠戮苗民达1.7万余人 [271] 。
乾隆时又有大小金川的战役。大小金川在四川西北部，是藏族定居地区，“万山丛矗，中
汹溪”，土产惟青稞、荞麦，俗信喇嘛教，居民皆住石碉中。乾隆十二年（1747年），大金川土司莎罗奔势力强大，起兵攻击邻近各部落，清朝政府派张广泗率兵镇压，“久而无功”，乾隆杀张广泗。后又改用岳钟琪，莎罗奔出降，但久而复叛。乾隆三十一年（1766年），清朝政府又派阿尔泰联合九土司攻大金川，大金川反与小金川等部共抗清兵。三十六年（1771年），清兵为大小金川土司所败，乾隆杀阿尔泰。清朝集中兵力，前后耗饷达7000万，至四十一年（1776年）才把大小金川压服
[272]
。清朝于该地设美诺厅（后改懋功县）、阿尔古厅，直接由四川省统辖，四川西北部诸土司也逐渐改土归流。
改土归流的主观目的是为了对西南各族人民进行直接的管理，但也有其积极的一面，它改善了某些少数民族地区落后闭塞的面貌，有利于国内各民族间经济、文化的进一步联系，因而也多少促进了少数民族地区社会经济的发展。
清朝的疆域 乾隆时期，清朝的国内辖地除顺天府和盛京外，还包括称为本部的18行省和称为藩部的内蒙古、青海蒙古、喀尔喀蒙古、西藏、新疆等地。清王朝的疆域北至恰克图，南至海南岛、西沙群岛，西至葱岭，东至外兴安岭、库页岛，已经成为一个幅员广阔、国势强大的统一的封建国家。清王朝的建立和疆域的巩固，无论是对防止西方殖民主义者的入侵或促进国内各族人民经济、文化的联系和发展，在客观上都有积极的意义。