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大土地所有制的恶性发展和人民的极端贫困 明代社会的农业生产经过长期积累，在万历时期达到高峰。伴随着经济的高度繁荣，拥有各种特权的大地主阶层兼并土地的现象日益加剧，严重激化了社会矛盾。
明代皇族向以兼并土地为务，明后期对土地的贪婪达到极点。明朝中期皇庄设置主要在京畿和北方，而到明后期，连远离京师的南直隶长江沿岸也都密布皇庄 [223] 。此外，最突出的是藩王占田。万历时，福王封藩河南，明神宗一次就赐给他田地200万亩，河南土地不够，并取山东、湖广田益之。蜀王朱自澍在四川占有庄园300多个，“王膳日供一庄，以故富而无与比” [224] 。天启时，明熹宗下令拨给桂、惠、瑞三王和遂平、宁国二公主的庄田，少者七八十万亩，多者300万亩 [225] ，各州县已至无田可拨，于是勒令各地人民分摊银租，叫做“无地之租”。这种情况，是前所未有的。据不完全统计，天启年间宗室勋庄田总面达50万顷。以河南为例，有72家王室，全省土田半入藩府。皇族王室拼命占地的结果是民田锐减。万历后期成都府“王室庄田占有十七，军屯十二，民间仅十一而已” [226] 。
官僚地主对土地的兼并也异常激烈。如致仕大学士徐阶“有田二十四万亩” [227] 。大学士朱赓侵占了山阴（今绍兴）地区的大部分良田美宅。一般说来，江南的缙绅富室占田少者数百亩，多者数千亩，乃至万亩。河南的缙绅富室，占田少者五七万亩，多者至十余万亩 [228] 。
土地高度集中到皇族和官僚地主手中，造成明后期大土地所有制的恶性发展，不仅一般农民面临破产，而且一般地主因没有特权优免而倾家荡产者，也比比皆是。
明末国家的赋役也是很沉重的，万历四十六年（1618年），明政府借口辽东战事紧急，向人民加派“辽饷”，前后3次，共征银520万两，相当于全年总赋额的1/3以上。以后又有各种名目的加派，而且无论地方丰歉，土地肥瘠，皆一概按亩征银，再加以强征丁银，滥派差役，就使得更多的贫苦农民抛弃自己的小块土地，沦为地主的佃农、雇工和奴婢，或成为流民、饥民。
佃农所受的剥削在此时更加苛重。明末江南地区一亩之收，多者不过三石，少者一石，而私租却重至一石二三斗，松江多至一石六斗，苏州多至一石八斗，个别的达两石 [229] 。除正租外，还有脚米、斛面以至鸡牛酒肉等等附加的租额和大斗大秤的剥削，还有从地主那里转嫁来的差役、赋税和高利贷的盘剥。这种残酷的剥削就逼得佃农连起码的生活也都难以维持，辛勤一年，依然冻馁。
佃农的人身束缚在当时也很严重。某些地区的佃农要替地主保家护院，在地主驱使下无条件的服各种杂役，而且未经地主给假不得自由行动。至于官僚地主的横暴乡里，和王府亲随的荼毒农民，到明末更加猖獗，他们在各地“私设公堂”、“吊拷租户”、“驾帖捕民”、“格杀庄佃”，无所而不为，更引起了广大农民的愤恨。
沦为长工和奴婢的农民，无论在法律上和实际上都是没有自由的。长工的社会地位高奴婢一等，但平时要受主人的约束，当时的法令规定主人打死长工不抵命。奴婢的身份更低贱，江南等地的奴仆一经与主人立契，世代不能脱籍。在湖北麻城和安徽宁国，一般地主豪绅不用佃农，而用钱买奴仆耕地，以后子孙世世为奴，叫做“伴当”或“世仆”。在明末，仅麻城豪绅梅、刘、田、李四家就拥有世仆三四千人 [230] 。
为了攫取更多的货币，兼营工商业的地主较前日益增多。在江南各城镇，很多地主和大商人成为铁坊、油坊、糖坊、囤房、机房的作坊主或当铺的东家 [231] 。在北京，勋戚王公也都经理窑场、开张店铺以牟利。万历时，陕西的肃王除去拥有大量庄田外，还在各地设有瓷窑、店房和绒机 [232] 。河南的福王也开设很多盐店、客店。他们利用特权在各地劫夺商货，把持行市，无顾忌地掠夺城市贫民、小手工业者和小商人的财富。
与此同时，政府也加强了对城市工商业的掠夺。从万历二十四年（1596年)起，明神宗向全国各地派出矿监税使，即派宦官到各地督领金银等矿的开采或征收商税，将开矿或抽税所得上缴内库。据统计，南北直隶、河南、山东、山西、湖广、浙江、陕西、四川、辽东、广东、广西、江西、福建、云南等省遍设矿监；天津、镇江、仪真（今江仪征）、杭州、广州、荆州、临清、东昌（今山东聊城）、苏州、开封、太原、成都、西安、湖口、密云、卢沟桥、桂林等通都大邑则广布税使。从万历二十五年（1597年）到三十四年（1606年），由宦官直接送往北京内库的税款就有白银近五百七十余万两、黄金一万二千余两，此外还有金刚钻、水晶、珍珠、纱罗、红青宝石等物，而装进宦官及其爪牙私囊的还不在内。这些宦官往往以开矿为名，强占土地，或巧立商税名目，横征暴敛。他们手下豢养的拳师棒手直入民家，奸污妇女，甚至随意捕杀人民，直接受害的大都是城市居民。
城市居民反矿监税监的斗争 万历以后，明朝社会各种矛盾日益激化，社会不稳定因素与日俱增。这时，除去被明政府称为“流寇”、“矿盗”、“饥民”、“蓝徒”、“炭党”的破产农民不断起来反抗外，江苏无锡、嘉兴和福建泉州一带沦为佃农的农民，往往聚众，宣称不得向地主豪绅输租 [233] 。在城市中，行会的手工业工人，也因为钱贱物贵，生活困难，纷纷组织起来，向东家要求增加工资 [234] 。规模更大的反抗是在宦官征商以后，各大城镇的居民因不能容忍明朝的苛政，先后掀起了多次反矿监、税监的斗争。
湖广人民反对宦官陈奉的斗争是各地反对宦官征商的先声。万历二十七年（1599年），陈奉在荆州征商。商民恨奉入骨，一呼而聚者数千人，向他抛掷砖石，陈奉逃窜武昌。万历二十八年（1600年），陈奉又在武昌征商，武昌商民聚众万余人，甘与奉同死。暴动的群众把陈奉的同党五六人抛入长江中，迫使陈奉从武昌逃跑。当时，仅在湖广各城镇，前后因征商引起的激变，就有十余次之多。
次年，宦官孙隆在苏州征商。他规定机户“每机一张，税银三钱”，又创立新法：“凡缯之出市者，每匹纳银三分。” [235] 此法颁行后，“机户皆杜门罢织”，于是机工失业，生活无着。这年六月，苏州的织工、染工约两千余人在织工葛贤、钱大、徐元、陆满等四人的领导下，于苏州玄妙观誓神焚香，宣言“欲为吴民剿乱”。他们前后击毙了宦官孙隆的爪牙二人，捶死了税官多人，又火焚了豪富皂隶等十家住宅，并在城郊遍贴榜文，“必欲得宦官乃已”，孙隆害怕，连夜往杭州躲避。
反宦官的怒潮在其他各地也此起彼伏。万历三十年（1602年），宦官潘相在江西景德镇征商，引起了当地窑工的激变。三十一年（1603年）宦官王朝在北京门头沟征商，一支由窑工和运煤脚夫组成并有一部分窑户参加的队伍向北京城进发，他们在京城内“填街塞路”，举行大示威，迫使明朝皇帝不得不把王朝撤掉。在同一时期，陕西、直隶、福建，以至辽东、云南等地，也纷纷起来驱逐宦官，云南商民还把税监杨荣当众杀掉以泄愤。
全国城市居民反矿监、税监的斗争主要是由于明朝政府加强对城市工商业者的掠夺所造成的，这样的暴动在中国历史上还是第一次见到。参加这一斗争的基本群众是城市的手工业工人、小商人、手工业者和城市贫民，其中有很多是流入城市从事佣工、小贩的破产农民。这种斗争，反映了在商品经济日益发展的情况下，城市的贫民、特别是手工业工人已经开始作为一支力量参加到反压迫的斗争中来了。由于宦官的征商，一些居住城市的地主兼工商业者、中产以上的商人、作坊主、窑主等类人，也有一部分参加到斗争中来，因为他们的利益也受到一定的损失。这些说明了当时的社会矛盾是极端复杂和尖锐的。
东林党议 张居正去世后，万历初的改革成果迅速化为泡影。此后神宗大权独揽，最初还比较勤政，但从万历十四年（1586年）后，开始怠政，万历二十年后更是晏处深宫，溺志财货，留中章奏，不问政事，从而使王朝统治体系失去重心。行政效率的低下，官员贪污受贿已成为普通风气，政局一发不可收拾。面对国家中枢的瘫痪和吏治的彻底腐败，面对社会各种矛盾的尖锐化，一些正直、开明、清醒官僚士大夫以“家事国事天下事，事事关心”的态度，于万历中期起，渐渐团结成受到社会各阶层关注的政治势力，积极参与中央决策、官吏黜陟，反对无能的大官僚和专擅虐民的宦官，力图挽救陷于严重危机的明王朝。这就是东林党议。
万历三十二年（1604年），被明朝政府革职的吏部郎中顾宪成，与同好高攀龙、钱一本、薛敷教、于孔兼、史孟麟、顾允成等人，在他的故乡无锡东门东林书院讲学。顾宪成认为：“官辇毂，志不在君父，官封疆，志不在民生，居水边林下，志不在世道，君子无取焉。”因此他们经常“讽议朝政，裁量人物”，抨击当权派。一时“士大夫抱道忤时者，率退处林野，闻风响附”，一部分在职官吏如李三才等也“遥相应合” [236] 。一时间东林书院成为对在朝官员声誉、行动有重大影响的舆论中心。东林党就是以此而得名的。
与东林党同时，另一批官吏士绅又组成浙、齐、楚、宣、崑各党派。这些党派相互之间也有矛盾，但他们都与在朝权贵相勾结，“务以攻东林排异己为事” [237] 。宣党首领汤宾尹是宣城人，崑党首领顾天峻是崑山人，其他各党皆各以乡里命名。在这些党派之中，以浙党声势较大，浙党首领沈一贯、方从哲都先后出任内阁首辅，本身就是当权派的人物。
明神宗皇后无子，王恭妃生子常洛（即光宗），郑贵妃生子常洵（即福王），常洛为长。但神宗宠爱郑妃，欲立常洵，乃迁延不立太子。内阁大学士王锡爵、沈一贯、方从哲等又先后依违其间。东林党人上疏反对，各党派又群起反对东林。于是有“国本”之争、三王并封之争、福王就国之争、“三案”之争 [238] ，东林党和它的反对派在立太子的问题上展开了长达二十余年的争论。
顺天人李三才，以右佥都御史总督漕运，并巡抚凤阳，作官颇有政迹。他曾先后多次上疏反对矿监、税监，指出矿监、税监的出使是由于神宗的“溺志货财”。他警戒神宗要罢撤征商，否则“一旦众畔土崩”，“即黄金盈箱，明珠填屋，谁为守之” [239] 。李三才的呼吁得到东林党人的支持，顾宪成等欲造成舆论，推荐他入阁为相，但立即遭到各党派的攻击。李三才入阁的事件，也成为当时党争的中心。
在党争的过程中，东林党人反对以皇帝为首的当权派的胡作非为，反对王公、勋戚对土地的掠夺，反对矿监、税监的横征暴敛，他们这些主张基本上是符合人民要求的，他们的抗争也发生了一些作用。在东林党的反对下，神宗终于立常洛为太子，勋戚郑氏的权势受到一定的压抑。又如神宗欲赐福王400万亩土地，东林党人激烈反对，结果只给了一半。但是在很多问题上，东林党人的反对是无效的，东林党反对征商，明统治者一直没有停止过征商。东林党推李三才为相的愿望也没能实现。
熹宗天启时，统治阶级内部的党争愈演愈烈。最初，东林党人叶向高、邹元标、杨涟、赵南星等人得到执政的机会，浙、崑、宣各党派一度受到排斥。为时不久，以魏忠贤为首的阉宦与浙、齐、楚、宣、崑各党中的一部人结成联盟，被东林称为“阉党”。魏忠贤是司礼秉笔太监，又提督东厂，爪牙有五虎、五彪、十狗、十孩儿、四十孙等名目。不仅如此，魏忠贤还“自内阁、六部、四方总督、巡抚，遍置死党” [240] ，内阁首辅顾秉谦“曲奉忠贤，若奴役然” [241] 。他们排斥异己、专权擅政，荼毒人民，无恶而不为。当时京城内外，都遍布魏忠贤的暗探，只要有人说魏忠贤一句坏话，被暗探听到，就立刻惨遭捕杀。
东林党人杨涟因为上疏劾魏忠贤二十四大奸恶，被锦衣卫缇骑逮捕。左光斗、魏大中、周顺昌、黄尊素等人也都被捕来京，囚禁狱中，受酷刑而死。但是这些人都能视死如归，坚持与阉党作斗争。天启六年（1626年），魏忠贤派遣缇骑至苏州搜捕周顺昌，苏州居民极为愤慨，聚众达数万人，群趋殴打缇骑，当场击毙缇骑一人。巡抚报告“吴人尽反”，并逮捕了为首的颜佩韦、周文元、杨念如、沈扬、马杰等五人，五人遇难壮烈牺牲。这一事件说明，东林党人反宦官的正义行动，得到当时城市居民普遍的支持与同情。
白莲教的起义 逃兵、佃农、奴婢的反抗斗争 明朝末年，各地的农民纷纷利用白莲教组织起义，向腐朽的明政权进行猛烈的进攻。苏州皮工王森，领导白莲教的秘密活动，教徒遍布河北、山东、山西、河南、陕西和四川等地，各有会主、大头目、小头目的称号，组织极为严密。“徒党输金钱，称朝贡，飞竹筹报机事，一旦数百里。” [242] 万历二十三年（1595年），王森从滦州来北京领导秘密活动，白莲教声势日盛，分出教派达十六七支。
万历二十七年（1599年），浙人赵一平与孟化鲸、马登儒等在徐、颍一带传教，建官设号，“以矿税故”，号召远近农民，约定“明年二月诸方并起” [243] 。因事泄，一平逃至宝坻被捕。赵一平的起义，可能与苏州王森有一定的联系。
万历三十四年（1606年），又有刘天绪等49人，以善知三世，号召农民，约定同年冬至攻入南京城。这次起义又因事机不密，在南京被明军镇压 [244] 。
熹宗天启二年（1622年），山东郓城一带爆发了徐鸿儒领导的起义。徐鸿儒是王森的弟子，在巨野等地传教多年，对组织起义已有充分的酝酿。起义军以红巾为号，先后攻下郓城、峄县、滕县、峄县等地，众至数万人。河北的武邑、衡水、枣强、景州等地的农民也纷起响应。徐鸿儒的起义切断了江南到北京的粮道 [245] ，明朝政府不得已把镇守关外的军队调来镇压。同年，徐鸿儒被擒，但他的余部坚持了三年才被镇压下去。
与徐鸿儒起义的同时，各地的兵变也不断发生，甚至连北京、通州的京营操军也起来“哗变” [246] 。暴动的士兵往往杀长官，攻州县，占府库，有些后来即逃亡山泽，参加了起义的队伍。士兵的到处哗变，标志着明朝的统治已经动摇了。
佃农抗租的斗争在天启以后更加激烈了。在福建泉州，由于地主豪绅要增加农民租额，并用大斗来加强对农民的剥削，愤怒的群众执彩旗，鸣鼓吹，声称查看斗斛，不断闯入豪绅大户之家 [247] 。在南直隶苏州，农民刑牲聚神，往往鼓众至千余家，“约佃农勿得输租业主，业主有征索，必沉其舟毙其人” [248] 。有些地区的佃农在地主欺凌下，已经“揭竿而起”，但很快被镇压下去。
在地主豪绅对家奴的残酷剥削下，奴婢的索契斗争也日益激烈。崇祯三年（1630年），麻城的“世仆”假托“有旨赎仆”，群集教场张贴了“叛主”的榜文，奴仆们在树上高悬起“万人一心”的红旗，表示了团结起来为争取挣脱人身束缚而斗争的决心 [249] 。不久，江南苏州、松江等地的奴仆也纷纷起来，“一呼千应，各至主门，立逼身契”，并且“负耒荷梃，大呼报仇” [250] 。
这些各种各样的斗争，都是明末农民大起义的前奏。
从王二起义到荥阳大会 明熹宗天启七年（1627年），陕西大饥，白水农民王二，率领饥民冲进澄城县，杀死县官张斗耀，揭起了反抗的旗帜。明末农民大起义在陕西开始爆发了。
起义首先在陕北暴发，是因为陕北土地贫瘠，生产落后，工商业不发达，而王公、官绅、地主对该地农民的剥削，政府的征商和辽饷加派也很重。失掉土地的陕北农民在当时只有两条出路，一是投为边兵，一是充当驿卒。但当兵则兵饷长期积欠不放，驿卒所得的工银也不足以糊口。加以崇祯初年，明朝政府又议裁驿卒，农民的生路就完全断绝了。再加以连年水旱天灾，草根树皮都被饥民吃光，以致被迫吃山中的泥土和石块上的青苔。然而就在这样的荒年，县官催租，依然急如星火，广大农民不能忍耐，起义很快就遍及陕西中部和北部地区。思宗崇祯元年（1628年），府谷王嘉胤、汝南王大梁、安塞高迎祥和王左卦等人，先后在陕西举行起义，参加起义的群众有饥民、逃兵和驿卒，他们各自作战，彼此并无联合。崇祯三年（1630年），在陕西又有神一元、不沾泥、红军友、点灯子等“所在蜂起”。张献忠也在延安起兵，称八大王。
崇祯四年（1631年），各支农民军纷纷从陕西往山西转移，号称为36营，部众至20余万，并先后拥立王自用、高迎样等为盟主。
面对农民大起义的局势，明朝政府于崇祯二年（1629年）以杨鹤为三边总督，对农民军采取“剿抚兼施”的政策，更主要是招抚。崇祯四年（1631年），招抚失败，杨鹤下狱，明朝政府起用洪承畴为陕西三边总督，改“招抚”政策为急剿政策。
崇祯六年（1633年）冬，农民军冲破明军的包围，会集于黄河以北，彰德府一带，然后履冰渡过黄河。这次渡河是在渑池县境内，史称“渑池渡”。此后农民军转战于河南、湖广、南直隶、四川、陕西诸省，开始形成全国性的大起义。
崇祯八年（1635年）正月，明朝政府命洪承畴出陕西，朱大典出山东，从两面夹击农民军。为了迎击明朝政府的进攻，农民军13家、72营会于河南荥阳，商讨对敌作战方略。在这次会议中，高迎祥的部将李自成，排解了张献忠和老回回在战略上的分歧意见，提出了联合作战、分兵迎击的办法。决定把农民军13家72营分为东、西、南、北四路出击，另外一路往来策应，把主力放在明军最薄弱的东路，以便集中力量击溃明军的夹攻。
李自成进占北京和明的灭亡 荥阳大会以后，东路军由高迎祥、李自成、张献忠率领，向明军发起猛烈的攻势。农民军从河南入安徽，占领明朝的中都凤阳，烧毁了明朝皇室的祖坟。以后农民军因意见不合，高迎祥、李自成率兵回河南。张献忠继续南进，破芦州，堕麻城，扫荡了长江以北广大地区。农民军兵锋所至，明军望风而逃，明朝政府被迫由进攻转为分区防守。
在农民军胜利进军的途中，各地的贫苦农民纷纷起来响应。《怀陵流寇始终录》说：“贫民恨富人，为贼内应。” [251] 官僚地主梅之焕上书洪承畴说：农民军“所到之处，逆奴、惯盗及游手游食之徒，从者如市，良民无不呼千岁，间呼万岁”，又说“似此光景，抚之一字似无望矣”，“而剿亦何容易言也” [252] 。这封信充分反映了农民军声威的浩大，以至使明朝政府感到剿抚两难。当时的城市贫民、手工业者，也对农民军投入热情。凤阳是工商业比较繁华的城市，明朝派宦官杨泽镇守，杨泽及其爪牙勾结乡绅巨富，横征商税，欺压商民。商民恨泽入骨，群起袭击杨泽，迎农民军于颍水之上 [253] 。农民军至麻城，麻城的“世仆”也起来开城迎降，张献忠恢复了他们的人身自由，并把这些解放了的世仆编为“新营”。城市贫民和世仆的参加起义，是明末农民起义的一个显著的特点。
农民军的胜利进展，使明政府感到心腹之患大于满洲的威胁，于是把主力军从辽东抽回来镇压起义。崇祯十年（1637年），明朝政府的兵部尚书杨嗣昌制定了四正、六隅、十面网之策，以陕西、河南、湖北、江北为四正，延绥、山西、山东、江南、江西、四川为六隅，合为十面网，从四方八面对农民军施行围剿。这时高迎祥已战死，李自成领导他的部众，转战于川陕之间。农民军大部分集中在李自成和张献忠的旗帜下，形成了两支强大的队伍。但是由于明军的强大和农民军的严重的流寇主义作风，使起义遭受到一时的挫折。崇祯十一年（1638年）十月，李自成在潼关战败，与刘宗敏等18人突围入商雒山。同年，张献忠也在湖北“受抚”，明朝政府许其在谷城四郊屯田自养。其他各支农民军也有的“受抚”，还有大量的农民军退入山区，养精蓄锐，待机再起。起义的形势转入低潮。
崇祯十一年（1638年）冬，清军大举进关，连陷山东、河北七十余城。十二年春围济南，明政府需要集中兵力抵抗满洲的侵犯，不得已放松了对农民军的镇压。这时，明朝又于辽饷之外，陆续增派了剿饷和练饷，三饷合计每年征银达1670万两，农民在这样沉重的负担下，纷纷破产逃亡。而崇祯十二、十三年之间（1639—1640年），河南、山东、河北等地更连续发生了严重的旱灾和蝗灾。明政府对农民不加抚恤，饥民到处揭竿而起。这一切，给农民军的发展提供了有利的条件。崇祯十二年五月，张献忠再起于谷城，西向四川，粉碎了明政府四正、六隅、十面网的计划。崇祯十三年（1640年），李自成也从四川突围入河南，各地的饥民争相依附，不出几月，队伍发展到数十万。
李自成是陕北米脂县人，身经百战，在他避居山区的时期，终日修武习文，立志要推翻明朝，以成帝王之业。在李自成农民军中，也有一批知识分子如牛金星、宋企郊、李岩、宋献策等。他们得到了李自成的信任，为农民军出谋画策。如杞县举人李岩等，曾按照李自成的主张，提出了“贵贱均田”、“迎闯王、不纳粮”等等口号，这些口号在当时起了一定的积极作用。
“贵贱均田” [254] 是针对明末土地高度集中的情况提出的。农民军主要活动地区河南是全国土地兼并最激烈的地区之一。这里的大部分土地除去被周、赵、伊、徽、郑、唐、崇、潞、惠、桂、福各家王子分别占有之外，还有拥有土地千顷以上和奴仆数千人的曹、褚、苗、范等地主豪绅。均田正是反映了当时农民这种要求。
“平买平卖”是农民军的一个城市政策。在工商业比较发达的城市里，明朝政府把手工业者和小商人编为“铺行”，向他们横征暴敛，勒索财物，名为“和买”，实则是公然抢掠。农民军的这个口号，反映了当时城市手工业者和小商人的迫切要求。
农民军还提出了“迎闯王，不纳粮”的口号，每到一处，就宣布“蠲免钱粮，五年不征”，并且还打开官府地主的谷仓赈济饥民。当时黄河南北普遍流传着这样的歌谣：“吃他娘，穿他娘，吃着不尽有闯王，不当差，不纳粮”，“朝求升，暮求合，近日贫汉难存活，早早开门迎闯王，管教大小都欢悦”，这些歌谣表达了广大民众对农民军的期待。
从崇祯十三年至十六年前后不过三四年中，李自成领导的农民军不断发展壮大，原来分散在河南、山东一带由袁时中、一斗粟、瓦罐子等人所领导的起义军，都加入了李自成领导的农民军的队伍。崇祯十四年（1641年），这支农民军攻下洛阳，杀死贪暴的福王，又先后大败傅宗龙、汪乔年、丁启睿率领的明军，占领河南全省。接着南攻湖广，破襄阳和湖北的很多州县。崇祯十六年（1643年），李自成改襄阳为襄京，称新顺王。
这年夏，李自成召集文武要员会议，商讨作战方略。牛金星主张先取河北，直捣北京。杨永裕主张先取南京，截断漕运，坐困京师，徐图北伐。顾君恩主张先定关中，然后经山西进捣北京。这三种方案的选择实际上关系到农民军未来的成败。当时国内存在着明王朝、关外清军和农民三种军事力量。第一、第三种方案均以迅速攻取北京为目标。农民军改占北京后，将直接面对关外虎视眈眈的满洲清军，从而使农民军陷入南北夹击的不利地位。第二种方案实为上策。南京作为明朝的留都仍有军事和经济实力，以农民军实力完全可以一举攻占，这样崇祯皇帝在北京则处于满洲清军和农民军的夹击之下，崇祯不可能放弃山海关防线，这样就延缓了农民军过早与清军遭遇，可以从容进行政权建设，扩充经济实力，等待时机成熟，直捣北京，再与清军决战，那么鹿死谁手，尚未可知。李自成采纳的是第三种方案。以后农民军虽然攻城占地，节节胜利，但是潜存的战略失误所造成的危机也随之一步步逼近。
崇祯十六年九月，李自成在河南汝州歼灭了孙传庭的军队，乘胜破潼关，直下西安，迅速占领全陕。十七年（1644年）正月，李自成在西安建国，国号大顺，建元永昌，并着手“抚流亡，通商贾、募民垦田”，准备对明政府举行最后的攻击。同年二月，农民军以疾风暴雨之势，从陕西经山西直捣北京。三月十七日，农民军已至北京城下，城外三大营不战而降。十八日，农民军进占外城，十九日晨，崇祯帝在煤山自缢而死。农民军胜利地开进北京。明亡。
李自成在北京的活动 农民军占领北京的时间只有43天，在这个时间内，李自成曾在北京设置了内阁，吏、户、礼、兵、刑、工六政府，比饷镇抚司等政治机构，以牛金星为天祐阁大学士，宋企郊等为尚书分掌六政府，刘宗敏统领比饷镇抚司。农民军还在北京开科举，以策论取士，铸大顺永昌钱币，释放了明朝刑部、锦衣卫的系囚，并把数以万计的宦官尽数驱逐出宫。
农民军设立“比饷镇抚司”的目的，是向明朝的勋戚显宦和富商追赃助饷。规定罪大恶极的处死，财产没收。害民的严刑追赃，“廉洁”的则听其捐输。追赃结果，共得饷银7000万两，其中出自勋戚的占3/10，宦官占3/10，文武官僚占2/10，大商人占2/10 [255] 。
当农民军进入北京之后，全国的局势发生了复杂错综的变化。一方面明朝的军队还在继续与农民军对抗。农民军占领区内，政权并不稳固。另一方面，东北的清军正在准备大举向关内进攻，明朝的总兵吴三桂还盘踞山海关，随时都有反攻北京的危险。在这种客观形势之下，农民军在襄阳开始的战略失误凸显。对如何应对残明军事力量的反抗，如何阻止清兵的入关，依然没有足够的重视。刘宗敏、李过、田见秀等人开始意满志骄，自行其事，不服从命令。当李自成要他们去打吴三桂时，都不肯服从。他们没有政治远见，看不见满洲贵族军事进攻的意图，更不知如何巩固政权。连比较有见识的李自成在遇到困难之时，也表现为一筹莫展，认为久留北京不如速回西安。又有牛金星、宋企郊、宋献策等人，在进入北京后，整日忙于筹备登基大典，想往做太平宰相，而于天下大势，不闻不问。只有李岩头脑比较清醒，他希望在政治上进行一些适当的改革，迅速建立一种新的秩序。又不赞成农民军在执行“追饷”时对官僚地主一概不加区别的追逼拷打，反对农民军中某些将领的无组织无纪律的作风，并对招抚吴三桂表现了积极支持的态度 [256] ，但是李岩的主张并没有被充分地重视。
在这种复杂的情况之下，农民军领导集团内部不能很好合作，因此也就不能应付当前复杂的形势，在吴三桂和清军的联合进攻之下不得不被迫从北京撤退。
张献忠领导的农民军 当李自成从河南、湖北入陕西，并长驱直迫北京之时，张献忠领导的农民军也正在胜利的进展中，并且有力地牵制了明军。张献忠是陕西延安府人，在延绥当兵。崇祯三年（1630年），他率领米脂十八寨农民起义。高迎祥死后，张献忠领导农民军纵横于河南、陕西、四川、湖北、安徽各省之间，多次对明军施以歼灭性的打击。
崇祯十二年（1639年）六月，张献忠再起于谷城，由楚入川，所至披靡。时明朝兵部尚书杨嗣昌驻兵重庆，围剿张献忠。崇祯十四年（1641年），张献忠采取了“以走致敌”的战术，冲破明军的包围，“一昼夜行三百里”，直捣襄阳，杀襄王，发饷银15万赈饥民。杨嗣昌见围剿失败，在重庆畏罪自杀，农民军的声威益震。十六年（1643年）五月，张献忠攻下武昌，沉楚王于江。张献忠在武昌建官制，称大西王。后又放弃武昌，席卷湘、赣。
张献忠领导的农民军在湘、赣一带杀贪吏，诛豪绅，又发布檄文：“所在州县，士民照常乐业，钱粮三年免征。”农民军的这些措施，受到了广大农民的欢迎。
崇祯十七年（1644年），张献忠再度入川，“一路州县，望风瓦解”。同年，在成都建国称帝，国号大西，建元大顺，设内阁六部，立五军都督府以统率全军，还派人联络了四川西部诸土司，对他们宣布“蠲免边境三年租赋”。