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刘知几对于他以前的历史文献，也曾经展开一个全面的批判。他把中国的历史文献，分为两大类：一曰“正史”，二曰“杂史”。他所谓正史，就是“经”、“传”、《史》、《汉》，及其以后的官修国史；所谓“杂史”就是历代以来私家撰述的史籍。
他在《古今正史》中，历述中国正史的源流。上自《尚书》、《春秋》、《左传》、《史记》、《汉书》，下迄隋、唐诸史，无不原原本本，详述其作者姓名，成书经过，卷数篇数，及其后来的补注。其所根据的材料，自《史》、《汉》而下，都是援引本书序论的原文；至梁、陈以还，则多举其见闻所接。
他又在《杂述》中，列举中国历史的流派。他把古今“杂史”分为十类：一曰“偏纪”，二曰“小录”，三曰“逸事”，四曰“琐言”，五曰“郡书”，六曰“家史”，七曰“别传”，八曰“杂记”，九曰“地里书”，十曰“都邑簿”。叙其性质，举其书名，条分缕析，巨细无遗。
刘知几虽然把全部史籍别为“正史”与“杂史”；但他并不是重“正史”而轻“杂史”。他以为治史者，“正史”固然要读，“杂史”也要读。因专读“正史”，不读“杂史”，则见闻不周。但无论读“正史”或“杂史”，都要用批判的眼光去读。他在“杂述”中说：
刍荛之言，明王必择；葑菲之体，诗人不弃。故学者有博闻旧事，多识其物。若不窥别录，不讨异书，专治周、孔之章句，直守迁、固之纪传，亦何能自致于此乎？且夫子有云：“多闻，择其善者而从之”，“知之次也”。苟如是，则书有非圣，言多不经，学者博闻，盖在择之而已。
他以为如果不用批判之眼光去读书，则“见良直而不觉其善，逢牴牾而不知其失”。这样，虽“学穷千载，书总五车”，亦犹葛洪所谓“藏书之箱箧，《五经》之主人”。虽多亦希以为用。
不过他所谓批判，不是根据于主观的爱憎，而是根据于客观的实在。他在《杂说》（下）中说：“夫自古学者，谈称多矣。精于《公羊》者，尤憎《左氏》；习于太史者，偏嫉孟坚。夫能以彼所长，而攻此所短，持此之是而述彼之非，兼善者鲜矣。”由此可以看出他的批判态度。
刘知几无论对“正史”或“杂史”，皆有批判。他对于“正史”，则在《疑古》中批判《尚书》，在《惑经》中批判《春秋》，在《申左》中批判《公羊》、《穀梁》二传，在《杂说》中则批判诸史，上自经传史汉，下迄隋唐，所有的历史文献，无不具体地指出其牴牾之处，疏略之点，而予以辩证。此外，在《杂说》中，对于十种杂史也逐一予以评述。这样就完成了他对中国历史学文献的批判。
他评《尚书》则曰：“《尚书》上起唐尧，下终秦穆，其书所录，唯有百篇。而书之所载，以言为主。至于废兴行事，万不记一，语其缺略，可胜道哉！故令后人有言，唐、虞以下帝王之事，未易明也。”
评《春秋》则曰：“案鲁史之有《春秋》也，外为贤者（隐），内为本国（讳）。事靡洪纤，动皆隐讳。”是则“有罪者得隐其辜，求诸劝诫，其义安在”？且“孔氏著《春秋》，隐、桓之间则彰，至定、哀之际则微，为具切当世之文，而罔褒讳之辞也。斯则危行言逊，吐刚茹柔，推避以求全，依违以免祸”。
评《公羊》、《穀梁》二传，则曰：其录人言，则“语乃龃龉，文皆琐碎”。其记事，则“缺漏不可殚论”。其命意，则“奖进恶徒，疑误后学”。至于“论大体，举弘纲，则言罕兼统，理无要害，故使古今疑滞，莫得而申焉”。
评《史记》，则曰：“述《儒林》，则不取游、夏之文学；著《循吏》，不言冉、季之政事。”而传《货殖》，“独以子贡居先”；录《佞幸》，“惟以弥子瑕为始”。是其扬善显恶，有所未尽。又说：“撰《孔子世家》，多采《论语》旧说；至《管晏列传》，则不取其本书。”是其取材“可除而不除，宜取而不取”。又说：“《史记·邓通传》云：‘文帝崩，景帝立。’向若但云景帝立，不言文帝崩，斯亦可知矣，何用兼书其事乎？”而于《序传》云：“为太史七年，而遭李陵之祸，幽于缧绁”，不及其他。是其叙事，可省而不省，不可省而省。自然他认为最大的弊病，就是“推命而言成败”。
其评《汉书》则谓其以汉史为列“古今人表”，于体裁，大为不类；以《汉书》抄录《史记》，而一字无改，于记事事理皆殊。又说：“《汉书》编苏氏之传，则先以苏建标名；列韦相之篇，则不以韦贤冠首。”于标题，前后不一。又说：“班固称项羽贼义帝，自取夭亡。”又云：“于公（定国）高门以待封，严母（延年之母）扫地以待丧。如固斯言，则深信夫天怨神怒，福善祸淫者矣。”这又与司马迁同陷于历史的定命论了。
其评诸晋史，则曰：“东晋之史，作者多门，何氏中兴，实居其最。而为晋学者，曾未之知，傥湮灭不行，良可惜也。王檀著书，是晋史之尤劣者，方诸前代，其陆贾、褚先生之比欤？道鸾不揆浅才，好出奇语，所谓欲益反损，求妍更媸者矣。”
其评《宋略》则曰：“裴几原（子野）删略宋史，定为二十篇。芟烦撮要，实有其力；而所录文章，颇伤芜秽。”其评《魏书》则曰：以文字而论，则“援引诗书”，“妄益文彩”。使蛮音夷语，顿成经传之文。以书法而论，则“标榜南国，桓刘诸族，咸曰岛夷，是则自江而东，尽为草服之地”。反之，“称登国以鸟名官，则云好尚淳朴，远师少暤；述道武结婚蕃落，则曰招携荒服，追慕汉高。自余所说，多类于此”。卖国求荣，“何其厚颜”如此。
其评北齐诸史，则盛称王邵《齐志》，这是因为这部书，多载方言，保存风俗。他在《杂说》中说：“或问曰：王邵《齐志》，多记当时鄙言，为是乎？为非乎？对曰：古往今来，名目各异。区分壤隔，称谓不同。所以晋、楚方言，齐、鲁俗语，六经、诸子载之多矣。自汉已降，风俗屡迁。求诸史籍，差睹其事。或君臣之目，施诸朋友；或尊官之称，属诸君父。曲相崇敬，标以处士、王孙；轻加侮辱，号以仆夫、舍长。亦有荆楚训多为夥，庐江目桥为圯，南呼北人曰伧，西谓东胡曰虏。渠、们、底、箇，江左‘彼此’之辞；乃、若、君、卿，中朝‘汝我’之义。斯并因地而变，随时而革，布在方册，无假推寻，足以知氓俗之有殊，验土风之不类。然自二京失守，四夷称制，夷夏相杂，音句尤媸。而彦鸾、伯起，务存隐讳；重规、德棻，志在文饰。遂使中国数百年内，其俗无得而言。盖语曰：‘知古而不知今，谓之陆沈。’又曰：‘一物不知，君子所耻。’是则时无远近，事无巨细，必借多闻，时成博识。如今之所谓者，若中州名‘汉’，关右称‘羌’，易‘臣’以‘奴’，呼‘母’云‘姊’，主上有‘大家’之号，师人致‘儿郎’之说。凡如此例，其流甚多。必寻其本源，莫详所出。阅诸《齐志》，则了然可知。由斯而言，邵之所录，其为弘益多矣。足以开后进之蒙蔽，广来者之耳目。微君懋，吾几面墙于近事矣，而子奈何妄加讥诮者哉！”
其评《周书》则曰：“其书文而不实，雅而无检，真迹甚寡，客气尤烦。寻宇文初习华风，事由苏绰。至于军国词令，皆准尚书。太祖敕朝廷，他文悉准于此。盖史臣所记，皆禀其规。柳虬之徒，从风而靡。”令狐德棻因之，“遂使周氏一代之史，多非实录者焉。”
其评《隋书》则曰：“诡辞妄说”，“以无益而书”。又说：“呜呼！苟自古著述其皆若此也，则知李斯之设坑阱，董卓之成帷盖，虽其所行多滥，终亦有可取焉。”
刘知几对“正史”的批判，大概如此。现在再看他对“杂史”的批判。他在《杂述》中说：
大抵偏纪、小录之书，皆记即日当时之事。求诸国史，最为实录。然皆言多鄙朴，事罕圆备，终不能成其不刊，永播来叶，徒为后生作者削稿之资焉。
逸事者，皆前史所遗，后人所记。求诸异说，为益实多。及妄者为之，则苟载传闻而无铨择，由是真伪不别，是非相乱。如郭子横之《洞冥》，王子年之《拾遗》，全构虚辞，用惊愚俗，此其为弊之甚者也。
琐言者，多载当时辨对，流俗嘲谑，俾夫枢机者借为舌端，谈话者将为口实。及蔽者为之，则有诋讦相戏，施诸祖宗，亵狎鄙言，出自床笫，莫不升之纪录，用为雅言。固以无益风规，有伤名教者矣。
郡书者，矜其乡贤，美其邦族。施于本国，颇得流行。置于他方，罕闻爱异。其有如常璩之详审，刘昞之该博，而能传诸不朽，见美来裔者，盖无几焉。
家史者，事惟三族，言止一门，正可行于室家，难以播于邦国。且箕裘不堕，则其录犹存；苟薪构已亡，则斯文亦丧者矣。
别传者，不出胸臆，非由机杼，徒以博采前史，聚而成书。其有足以新言，加之别说者，盖不过十一而已。如寡闻末学之流，则深所嘉尚；至于探幽索隐之士，则无所取材。
杂记者，若论神仙之道，则服食炼气，可以益寿延年；语魑魅之途，则福善祸淫，可以惩恶劝善，斯则可矣。乃谬者为之，则苟谈怪异，务述妖邪，求诸弘益，其义无取。
地里书者，若朱赣所采，浃于九州；阚骃所书，殚于四国。斯则言皆雅正，事无偏党者矣。其有异于此者，则人自以为乐土，家自以为名都，竞美所居，谈过其实。又城池旧迹，山水得名，皆传诸委巷，用为故实，鄙哉！
都邑簿者，如宫阙陵庙，街廛、郭邑，辨其规模，明其制度，斯则可矣。及愚者为之，则烦而且滥，博而无限，论榱栋则尺寸皆书，记草木则根株必数。务求详审，持此为能。遂使学者观之，瞀乱而难纪也。
以上，是刘知几对“杂史”的批判。此外对《汉书·五行志》，还有单独的批判，这里不及再述。从以上的批判中，我们可以看出刘知几对中国的历史文献，皆认为有美中不足之处；但有一例外，即他对《左传》一书，则认为尽善尽美。他在《杂说》（上）中说：
左氏之叙事也，述行师则簿领盈视，聒沸腾；论备火则区分在目，修饰峻整；言胜捷则收获都尽，记奔败则披靡横前；申盟誓则慷慨有余，称谲诈则欺诬可见；谈恩惠则煦如春日，纪严切则凛若秋霜；叙兴邦则滋味无量，陈亡国则凄凉可悯。或腴辞润简牍，或美句入咏歌；跌宕而不群，纵横而自得。若斯才者，殆将工侔造化，思涉鬼神，著述罕闻，古今卓绝。
不论他对历史文献的批判是否完全正确，而其所指，皆系据各书内容，并非凭空武断。这种客观的精神和判断的能力，实可惊叹。