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刘知几在泛论中国历史学各流派以后，于是集中其论点于纪传体。他就纪传体的各个部门，如“本纪”、“世家”、“列传”、“表历”、“书志”、“论赞”、“序例”等，展开其批判。
他论“本纪”，提出了三点意见。第一，“本纪”所以纪天子，非天子不应列入“本纪”。因此他对于司马迁之列周秦先世于“本纪”，认为“可怪”。列项羽于“本纪”，认为“乖谬”。《本纪》曰：
迁之以天子为本纪，诸侯为世家，斯诚谠矣。但区域既定而疆理不分……案姬自后稷至于西伯，嬴自伯翳至于庄襄，爵乃诸侯，而名隶“本纪”。……此尤可怪也。项羽僭盗而死，未得成君。求之于古，则齐无知、卫州吁之类也，安得讳其名字，呼之曰王者乎？春秋吴、楚僭拟，书如列国。假使羽窃帝名，正可抑同群盗；况其名曰西楚，号止霸王者乎？霸王者，即当时诸侯。诸侯而称“本纪”，求名责实，再三乖谬。
其次，他以为“本纪”所以纪年岁，显国统，故无年号者不纪，无国统者不书。所以《魏志》曹传，权假汉年；韦曜《吴史》，不纪孙和。盖以其子孙虽为天子，其祖先不能因之而亦称天子。如其祖先亦称天子，则当时固有天子，没有历史地位可以安插这位追尊的天子。所以他反对把追尊的天子，写入“本纪”。《本纪》曰：
盖纪之为体，犹《春秋》之“经”，系日月以成岁时，书君上以显国统。……而陆机《晋书》，列纪三祖（追尊晋代的三祖），直序其事，竟不编年。年既不编，何纪之有？
第三，他以为“本纪”的体裁，是以事系年，而且专载大事，以显示某一帝王时代的历史大势，不应把琐碎的细事，写入“本纪”。《本纪》云：
纪者，既以编年为主，唯叙天子一人。有大事可书者，则见之于年月。其书事委曲，付之列传。此其义也。如近代述者魏著作（彦渊）、李安平（百药）之徒，其撰魏（书）、（北）齐（书）二史，于诸帝篇，或杂载臣下，或兼言他事，巨细毕书，洪纤备录。全为传体，有异纪文，迷而不悟，无乃太甚。
他论“世家”，也提出了三点意见。第一，他以为“世家”所列的人物，必须有世可续，有家可承；否则即不应列于“世家”。因此他以司马迁列陈胜于“世家”为不然。《世家》曰：
“世家”之为义也，岂不以开国承家，世代相续？至如陈胜起自群盗，称王六月而死，子孙不嗣，社稷靡闻，无世可传，无家可宅，而以“世家”为称，岂当然乎？
第二，他以为“世家”所以录诸侯，不应录大夫。因此，他反对司马迁录三晋及田氏之先世于“世家”，而田完反没其名号。《世家》曰：
且诸侯、大夫，家国本别。三晋之与田氏，自未为君而前，齿列陪臣，屈身藩后；而前后一统，具归“世家”。……又（田齐）列号东帝，抗衡西秦，地方千里，高视六国，而没其本号，唯以田完制名。求之人情，孰谓其可？
第三，他以为“世家”所列诸侯，应该是专制一国、传世甚久的古代诸侯。而徒有其名的汉代诸侯则不应列入“世家”。《世家》曰：
夫古者诸侯，皆即位建元，专制一国，绵绵瓜瓞，卜世长久。至于汉代则不然，其宗子称王者，皆受制京邑，自同州郡；异姓封侯者，必从宦天朝，不临方域。或传国唯止一身，或袭爵才经数世；虽名班胙土，而礼异人君。必编“世家”，实同“列传”。而司马迁强加别录，以类相从，虽得画一之宜，讵识随时之义？
此外，他以为还有一类人物，即割据之君，“为史者，必题之以纪，则上通帝王；榜之以传，则下同臣妾。”亦宜列于“世家”。
他对于“列传”提出了五点意见。
第一，他以为“列传”所以列卿大夫，非卿大夫则不应编入列传。因此他反对陈寿在《三国志》中列吴、蜀二帝于“列传”。《列传》曰：
夫纪、传之不同，犹诗赋之有别。而后来继作，亦多所未详。案范晔《汉书》记后妃六宫，其实传也，而谓之为纪；陈寿《国志》，载孙、刘二帝，其实纪也，而呼之曰传。考数家之所作，其未达纪传之情乎？
第二，他以为“列传”主题，皆系人名，如非人名，即不应列入。《编次》云：
寻子长之“列传”也，其所编者，唯人而已矣。至于龟策异物，不类肖形，而辄与黔首同科，俱谓之传，不其怪乎？且《龟策》所记，全为志体，向若与八书齐列，而定以书名，庶几物得其明，同声相应者矣。
第三，“列传”中有“合传”，但他以为“合传”的人物必须同时并世，而其行事，又首尾相随，如“陈余、张耳，合体成篇，陈胜、吴广，相参并录”，这是可以的。至于以异代之人，列于一传，如：“汉之贾谊将楚屈原同列，鲁的曹沫与燕荆轲并编”，“老子与韩非并列，贾诩将荀彧同编”，这是不对的。
第四，“列传”中有附出之例，但他以为这种附出的人物，必须“名行可崇”而又“事迹虽寡”，不能独立成传，所以“寄在他篇，为其标冠。若商山四皓，事列王阳之首；庐江毛义，名在刘平之上是也”。若名行不可崇者，则无附出之必要。但“孟坚每一姓有传，则附出余亲。其事迹尤异者，则分入它部，故博陆、去病，昆弟非复一篇；外戚、元后，妇姑分为二录”。这也是不对的。
第五，他以为列事作传，所以播其遗烈，显其令闻。但“自班、马以来，获书于国史者多矣。其间则有生无令闻，死无异迹，用使游谈者靡征其事，讲习者罕记其名，而虚班史传，妄占篇目”。这更有违“列传”的本意。
他对于《表历》根本反对。他以为历史应该用文词写著。而不应用“表历”排列。而且史实既见之于文词，又再列之于“表历”，实为重复。故他以为载“表历”于史传，未见其宜。《表历》曰：
夫以表为文，用述时事，施彼谱牒，容或可取。载诸史传，未见其宜。何则？《易》以六爻穷变化，《经》以一字成褒贬，《传》包五始，《诗》含六义。故知文尚简要，语恶烦芜。何必款曲重沓，方称周备？观司马迁《史记》则不然矣。天子有本纪，诸侯有世家，公卿以下有列传。至于祖孙昭穆，年月职官，各在其篇，具有其说，用相考核，居然可知。而重列之以表，成其烦费，岂非谬乎？
在“表历”中，他最反对班固《汉书》所载“古今人表”。他以为班氏的“古今人表”既不表现国统的递袭，又不表现禄位的相承，只是品藻贤愚，激扬善恶，这实在不能表示一种连续的历史意义。而且“人表”中所录的历史人物，既非同出一族，又非同在一时，并且皆系汉以前的人物。以汉以前的人物，而列于《汉书》，更是不伦不类。他在《表历》说：
异哉！班氏之《人表》也！区别九品，网罗千载，论世则异时，语姓则他族。自可方以类聚，物以群分，使善恶相从，先后为次，何藉而为表乎？且其书上自“庖牺”，下穷嬴氏，不言汉事，而编入《汉书》……何断而为限乎？
他以为如必欲作表，亦只应适用于历史上的纷乱时期，如春秋战国及五胡乱华时代。因为在这样的时代，或群雄割据，各为年世；或诸胡错峙，自相君长。世变多端，史实复杂，若申之以表，则诸国分年，一时尽见。所以他以为在《史》、《汉》诸表中，惟“列国年表，或可存焉”。自此以后，则惟有崔鸿作表，颇为切要。
他对于“书志”颇为称赞。《书志》曰：“纪传之外，有所不尽，只字片文，于斯备录。语其通博，信作者之渊海也。”不过他以为“书志”之中，有“妄入编次”、应予删除者三，即“天文”、“艺文”、“五行”是也。亦有“事应可书”，宜予增加者三，即“都邑”、“氏族”、“方物”是也。
他之所以主张删除《天文志》，是以为天文变化不大，不如人事每代变易。《书志》曰：“夫两曜（日、月）百星，丽于玄象；非如九州万国，废置无恒。故海田可变，而景纬无易。古之天犹今之天也，今之天即古之天也，必欲刊之国史，施于何代不可也？”故他以为“天文”可删。如必欲作志，则亦只应载其当代的日月之蚀，星宿移动，而不应重复天体之概论。
他之所以主张删除《艺文志》，是以为同一书目，“前志已录，而后志仍书，篇目如旧，频烦互出，何异以水济水？”故他以为《艺文志》可删。如必欲作志，则亦只应列当代撰者所撰之书，不应重复刊载前代之书目。
他之所以主张删除《五行志》，是以为《五行志》多载“虚说”、“浮词”，“言无准的”，“事涉虚妄”。如必予为志，亦只应记当代灾异，不应追证前事，曲加附会。
反之，他主张增加《都邑志》，则从“京邑翼翼，四方是则。……土阶卑室，好约者所以安人；阿房、未央，穷奢者由其败国。此则其恶可以诫世，其善可以劝后者也”。又以“宫阙制度，朝廷轨仪，前王所为，后王取则。……经始之义，卜揆之功，经百王而不易，无一日而可废也”。所以他主张“凡为国史者，宜各撰《都邑志》，列于舆服之上”。
他又以为各种方物，“或百蛮攸税，或万国是供”，古代皆有记录。如“《夏书》则编于《禹贡》，《周书》则托于《王会》，亦有图形九牧之鼎，列状四荒之经”。自汉代拓境，四国来朝，各献方物，而种类更多。爰及魏、晋，迄于周、隋，亦遐迩来王，任土作贡。此等方物，与社会经济有关，故凡为国史者，宜撰《方物志》，列于《食货》之前。
他又以为氏族关系血统，如“帝王苗裔，公侯子孙，余庆所钟，百世无绝”。所以历代亦有记录，如“周撰《世本》，式辨诸宗；楚置三闾，实掌王族。逮乎晚叶，谱学尤烦。用之于官，可以品藻士庶；施之于国，可以甄别华夷”。所以他以为凡为国史者，宜各撰《氏族志》，列于《百官志》之下。
其论“论赞”，则谓后来的作者，都犯了以下的几种弊病。
第一，不必论而强为之论。《论赞》曰：“夫论者，所以辩（辨）疑惑，释凝滞。若愚智共了，固无俟商榷。丘明‘君子曰’者，其义实在于斯。司马迁始限以篇终，各书一论（而冠以“太史公曰”）。必理有非要，刚强生其文，史论之烦，实萌于此。”自司马迁而后，“班固曰‘赞’，荀悦曰‘论’，东观曰‘序’，谢承曰‘诠’，陈寿曰‘评’，王隐曰‘议’，何法盛曰‘述’，扬雄曰‘撰’，刘昞曰‘奏’，袁宏、裴子野自显姓名，皇甫谧、葛洪列其所号。史官所撰，通称‘史臣’。其名万殊，其义一揆。”这些作者的史评，大抵多有“本无疑事，辄设论以裁之”。因而就不免有“私徇笔端，苟衒文彩”的弊病。
第二，重复本文。《论赞》曰：“史之有论也，盖欲事无重出，文省可知。”易言之，即简单明了，不重复本文。但后来作者，“多录纪传之言，其有所异，唯加文饰而已”。这就犯了重床叠被的弊病。
第三，“论赞”重出。自班固于序传中以诗体作“述”，范晔改“述”曰“赞”，以后每篇皆有一“赞”。“事多者则约之使少，理寡者则张之令大。”《论赞》曰“夫每卷立论，其烦已多；而嗣论以赞，为黩弥甚。亦犹文士制碑，序终而续以‘铭曰’；释氏演法，义尽而宣以‘偈言’”。
第四，论事不当。《论赞》曰：“至若与夺乖宜，是非失中，如班固之深排贾谊，范晔之虚美隗嚣，陈寿谓诸葛不逮管、萧，魏收称尔朱可方伊、霍。或言伤其实，或拟非其伦。”这都犯了歪曲史实的弊病。
其论“序例”也说后来的作者，犯了以下的两种弊病。《序例》曰：“序者，所以叙作者之意也。”故其为体，宜“言词简质”，“敷畅厥义”。但自迁、固以后，华峤而往，后之作者，皆“矜衒文彩”，忘其本义，“累屋重架”，不知所云。这是第一种弊病。又说：“夫史之为例，犹国之有法。国无法，则上下靡定；史无例，则是非莫准。”史例既立，则“科条一辨，彪炳可观”；但是后来作者，往往纪传的内容并不依照史例，甚至背道而驰。这是第二种弊病。
以上是刘知几对纪传体的批判。这诚如他自己所云：“其所发明者多矣。”虽然，尺有所短，刘知几亦有自相矛盾之处。
例如刘知几论“本纪”，则曰：“项羽僭盗而死，未得成君”，“正可抑同群盗”，不应列诸“本纪”。但在《列传》中则曰：“陈寿《国志》载孙、刘二帝，其实‘纪’也，而呼之曰‘传’。”按孙、刘之于汉，犹西楚之于秦，都是割据的势力，若必谓项羽为僭盗，则刘备、孙权，又何非僭盗？若必谓僭盗不可以为“纪”，则又何以于孙、刘二帝之“传”而曰“其实‘纪’也”？此其自相矛盾者一。
又如他论“世家”，则曰：“陈胜起自群盗”，“无世可传”，“无家可宅”，不应列于“世家”。但《题目》中又谓“平林、下江诸人列为‘载纪’”。按：下江、平林诸人之于汉，亦犹陈胜、吴广诸人之于秦。同为农民暴动的领袖，如必谓陈胜起自群盗，则下江、平林诸人亦起于群盗。如必谓起于群盗者，即不可列于“世家”，则何以又谓下江、平林应列于“载纪”？此其自相矛盾者二。
又如他批评司马迁列周、秦先世于“本纪”，列三晋、田氏先世于“世家”，则持规律以为断曰：诸侯不应列于本纪，大夫不应列于世家。但司马迁列汉代诸侯于世家，于规律正相符合，而又持事实以为断曰：“虽得划一之宜，讵知随时之义。”如持事实以为断，但项羽名虽霸王，而实同天子，司马迁列之于“本纪”，并不乖谬。如持规律以为断，则汉代诸侯，不论是否专制一国，传世久暂，而名实诸侯，司马迁列之“世家”又不为错。刘知几有时持规律以绳事实，有时据事实以反规律，此其自相矛盾者三。
又如他论“表历”，则曰：“载诸史传，未见其宜。”但在《杂说》（上）则曰：“观太史公之创表也，于帝王则叙其子孙，于公侯则纪其年月，列行萦纡以相属，编字戢孴而相排。虽燕、越万里，而于径寸之内犬牙可接；虽昭穆九代，而于方尺之中雁行有叙。使读者阅文便睹，举目可详，此其所以为快也。”“表历”之用，既如此其大，何以又说不宜列于史传？此其自相矛盾者四。
此外如《天文志》，所以推数之变化；《艺文志》，所以溯文献之渊源；《五行志》，所以记灾异之现象；而刘知几皆谓可删。凡此都是刘知几评纪传体的美中不足。