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晚近历史的研究，已经进入科学的阶段，对于纪传体的历史方法，当然不能满足。实际上，这种古典的方法，有一个最大的弊病，就是要把历史割裂为无数的碎片，令人只看见个别人物的活动，看不见人类社会的历史之全面的运动。此种弊病，虽有八书、十表，亦不能完全补救。虽然，在司马迁当时，他并不是用纪传体割裂历史；反之，而是连串历史。因为在当时，并没有整然有系统的历史著作，摆在司马迁的面前，让他去任意割裂；只有片断零碎的史料，散见于古典文献之中，等待他去编纂。纪传体的历史方法，就是为了连串这些零碎的历史资料而开创出来的。
纪传体的历史方法，有一定的公式，自然是过于拙笨。但是在这个方法的创始者运用起来，却能变而通之，神而化之。过细研究过司马迁的历史方法的人，就会知道他之运用纪传体的方法，正如骑着一匹不羁之马，纵横驰骋，无往而不适，无适而不可。
司马迁能够发明纪传体的方法，也能驾驭他自己所发明的方法。他绝不用公式来摆布历史，而是用历史去活用他的公式。他唯一的活用方法，就是依据具体历史的资料而或为专篇，或为合篇。
首先，就本纪而论。本纪在原则上，是以帝王名篇，即一个帝王一篇本纪。但是司马迁于夏以前的传说时代，则五帝合为一纪。于夏，于殷，于周，则合一代的帝王，并为一纪。于秦则一代分为两纪，而两纪所分配的帝王，又不平均。于始皇以前，则合所有秦代的先王为一纪；于始皇、二世，则二人合为一纪。而始皇、二世的合纪，又以始皇为主，二世为附。自秦以后，项羽、汉高、吕后、孝文、孝景、武帝，才是一个人一篇专纪。由此而知本纪并不绳于一人一纪的公式，而有其活用之变体。
本纪何为而有此变体？非常明白，司马迁的原则，是事少者纪略，事多者纪详。事详者，则一个帝王为一纪；较略者，则一个朝代为二纪；更略者，则一个朝代为一纪；最略者，则五帝合为一纪。五帝者，即特征中国史前社会中某一阶段的五个神话人物，所以五帝合为一纪，就是把整个史前时代合为一纪。
司马迁说过，“五帝三代之记尚矣”。“尚矣”就是遥远的意思。当时对于遥远的古史，虽已有传说，但据他实地考察的结果，各地所传不同。当时学者虽已多称五帝，百家虽亦曾言“黄帝”，但“其文不雅驯，荐绅先生难言之”，而“儒者或不传”。司马迁对于当时流传之古史的传说，完全抱着怀疑的态度，所谓“疑者传疑，盖其慎也”。他于其所致疑者，皆曰“尚矣”；曰“不可纪已”；曰“靡得而记云”。例如他考历法，则曰：“神农以前尚矣。”考龟策，则曰：“唐虞以上，不可记已。”考平准，则曰：“自高辛氏之前尚矣，靡得而记云。”考诸侯世系，则曰：“殷以前尚矣。”如果要他相信，除非与古文相合。他说：“总之，不离古文者近是。”他说：在古文中，虽然“书缺有间矣”，而“《尚书》独载尧以来”，是以虞、夏之文，尚可知也。至于虞、夏以前，则于传说中，“择其言尤雅者”以为史料。因为史料不多，所以于整个史前时代，并为一纪。
至于夏、殷的史料，孔子已不能考。孔子曰：“夏礼吾能言之，杞不足征也；殷礼吾能言之，宋不足征也。”自孔子至司马迁，其间并无新的史料发现。而且经过秦始皇一度焚书，故孔子之所不得而征的史料，司马迁亦不能征之。因此，司马迁对夏、殷两纪，仅就传说，录其世系，而不纪年。若周代史料，虽有《诗》、《书》可征，然史料亦简略；且自共和以前，年代尚不可纪，何况其详？所以司马迁于夏、于殷、于周，皆并一代的帝王为合纪。
秦之先世，出自西羌，春秋时，尚不与于中国之盟会。其时代既属远古，而活动范围，又僻在西陲，亦无详细论著之历史资料，故亦并为一纪。至于始皇，则秦族已统一中国，典章制度、人物活动，其录于文书、流为传说者至多。但秦代的历史至二世，已成尾声，史实不多，不能自成一纪。所以司马迁于秦代则分二纪，其一纪，纪秦之先王；其一纪，纪始皇而附以二世。
自楚、汉之际至于汉武，则为司马迁之近代，有若干历史事实都在司马迁的眼前继续发展，耳之所闻，目之所见者，无往而非史料。当此之时，一个帝王的史料，多于夏、殷、周一代的史料，乃至整个史前时代的史料，故司马迁以一帝为一纪。由此看来，司马迁绝不略其所详，而详其所不详，以维持其一个帝王一篇本纪的公式；反之，而是依据史实的繁略，以变通其公式。
其次，说到世家。世家，在原则上，是以诸侯之始封祖先或辅相名篇，亦以一人一世家为正规。前者如于吴则以太伯名篇，于齐则以太公名篇，于鲁则以周公名篇，于燕则以召公名篇，于卫则以康叔名篇，于宋则以微子名篇，于越则以勾践名篇。后者如萧何、曹参、陈平、周勃等，皆以人名篇，而且皆系一人一世家。但是司马迁于陈、杞、晋、楚、郑、赵、魏、韩等世家，则以其封国名篇，换言之，即并一个封国世代的诸侯合为一篇世家，是世家的写法，也有变体。
世家何为而有变体？顾名思义，我们可以想到世家的主要任务，是在叙述诸侯的世系，即对贵族作集团的描写。集团的描写，必须要有一个鲜明的主题，如某一贵族的始祖，系一有名的历史人物，则以其始祖名篇；如其始祖，来历不明，或来历虽明而无史实可记，则以其封国名篇。
例如吴之太伯、齐之太公、鲁之周公、燕之召公、卫之康叔、宋之微子、越之勾践，都是有名的历史人物，其史迹亦多流传于当时。他们有值得大书的历史价值，有可以详书的历史资料，故司马迁用以为标题，以为一篇的主干，而以其后裔附之。如此，则轻重自分，世系自明。
至于陈、杞、晋、楚、郑、赵、魏、韩等则不然，此诸国贵族的始祖，或为传说中的人物，来历不明；或来历虽明而史料简略，不能当作一个主题的人物，所以就合其世世代代的子孙，平行叙述，合为一个世家，而以其封国名篇。
例如《史记·陈杞世家》记陈之始祖曰：“陈胡公满者，虞帝舜之后也。……至于周武王克殷纣，乃复求舜后，得妫满，封之以陈，以奉帝舜祀，是为胡公。胡公卒……”记杞之始祖曰：“杞东楼公者，夏后禹之后苗裔也。殷时或封或绝。周武王克殷纣，求禹之后，得东楼公，封之于杞，以奉夏后氏祀。东楼公生西楼公，西楼公生题公……”
《楚世家》记楚之先世曰：“楚之先祖，出自帝颛顼高阳……高阳生称，称生卷章，卷章生重黎。……吴回生陆终，陆终生子六人……六曰季连，芈姓，楚其后也。”
《赵世家》记赵之先世曰：“赵氏之先，与秦共祖。至仲衍，为帝大戊御。其后世蜚廉有子二人，而命其一子曰恶来……恶来弟曰季胜，其后为赵。”
《魏世家》记魏之先世曰：“魏之先，毕公高之后也。毕公高与周同姓，武王之伐纣，而高封于毕，于是为毕姓。其后绝封，为庶人，或在中国，或在夷狄。其苗裔曰毕万，事晋献公。献公之十六年……以魏封毕万。”
《韩世家》记韩之先世曰：“韩之先与周同姓，姓姬氏。其后苗裔事晋，得封于韩原，曰韩武子。武子后三世，有韩厥，从封姓为韩氏。”
像陈胡公、杞东楼公、楚季连之流的人物，有无其人，都大成问题，何能以之作为其世家的主题呢？他若晋之始封诸侯唐叔虞，郑之始封诸侯桓公友，赵之季胜，魏之毕万，韩之韩厥，虽来历较明，但史迹甚少，故亦不能以之名篇。
或曰，陈、杞不说，但晋献公、楚文王、赵简子、韩康子、魏桓子，都是有名的历史人物，何以不以其人为其世家的标题呢？但是我们知道以上诸人，都不是始封的诸侯，他们都是发迹于中世，若以中世的诸侯为其世家的主题，则首尾倒置，先世不明。故虽系有名的历史人物，亦不能以之为主题。
在世家中除以封国为单位合为一篇者，又有以血统为单位合为一篇者，如《五宗世家》、《三王世家》，就是例子。此外又有合两个封国而并为一篇者如《陈杞世家》、《荆燕世家》，就是例子。
最后，说到列传。司马迁写列传，更表现了他对方法运用的活泼。如前所述，他首先把他所选定的列传中的人物，不管异代同时，先依其人的性质，类而别之，为若干组。然后再次其先后，别其轻重，定其主从，或作专传，或作合传。
在《史记》列传中，我们可以看出凡司马迁作专传的历史人物，大概不是他认为这个人物之事迹独特，没有可以与他类聚的；便是这个人物史实丰富，非专传不能详其平生。如伍子胥、商鞅皆作专传，就是因为他们的事迹独特。如孟尝君等四公子，本为同一类型的人物，可以为合传；韩信、彭越，也是同一类型的人物，可以为合传；乐毅、田单等也是同一类型的人物，可以为合传；但都不作为合传而各为专传，这就是因为他们的史实丰富。把这些人独立起来，作一专传，而将与他们有关的若干史实和人物，附丽在他们的专传中，则可以透露一个历史侧面。若与人合传，反而失去了叙述的重心，所以宁为专传，不为合传。
《史记》中的合传，也有各种各样的体裁。有两人平等并列，合为一传者；有多人平等并列，合为一传者；有以一人为主，一人为从，合为一传者；有以二人为主，多人为从，合为一传者。不论怎样合法，要之，凡合为一传的人物，非其性质相同，即其历史行动有相互的关系。
两人平等并列为一合传者，如管、晏合传，孙武、吴起合传，屈原、贾谊合传，扁鹊、仓公合传，都是因为他们的性质相同。如张耳、陈余合传，魏豹、彭越合传，都是因为他们的历史行动，有相互的关系。
多人平等并列合为一传者，如老子、庄子、申不害、韩非合传，是司马迁以为他们同是道家。仲尼弟子七十七人合传，是因为他们同是儒家的门徒，而又同时并世，在生活上有其相互的关系。此外刺客、循吏、儒林、酷吏、游侠、佞幸、滑稽、日者、龟策、货殖之各为合传，而且这些合为一传的人物，又生不同时，这就是因为他们是同一类型的人物。
以一人为主、一人为从而合传者，如伯夷传而从以叔齐，是以其为兄弟，而又同以身殉于殷朝。以二人为主多人为从而合传者，如孟轲、荀卿合传，而从以淳于髡，慎到、驺奭，这是因为他们同是战国时代的学者。又如卫青、霍去病合传，而从以公孙贺、李息、公孙敖、李沮、张次公、苏建、赵信、张骞、李蔡、曹襄、韩说、郭昌、赵食其、荀彘、路博德、赵破奴，这是因为他们都是武帝时代北击匈奴、远征西域的将领。
此外，在列传中，尚有以民族名篇者，如南越、东越、朝鲜、匈奴、西南夷、大宛等传，这是司马迁以为他们都是蛮夷。实际上，司马迁当时，虽然这些四周诸民族与大汉帝国都有或多或少的关系，但对于他们民族内部的情形，还是不大明了。例如他对西南夷的君长，仅能说，“以什数”，至于他们内部的人物活动，更不知道，所以不能写出民族人物的列传；只有以民族为单位，写出其民族的集团活动。如果南越尉佗，不是司马迁所云是真定人，那么，在《史记》中，就有一篇民族人物的列传了。
总上所述，我们可以看出，司马迁之运用纪传体的方法，是何等的活泼！他就是用这样的方法，写成了一部有名的《史记》。即因他在纪传与纪传之间，建立了一些无形的关系，所以《史记》，拆开看，是许多个人的历史；合拢来看，简直是一部汉武以前的中国通史。