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日本律令国家形成于天武天皇时期（673—685年），确立于文武天皇时期（697—707年）。在这一历史阶段，日本朝廷通过中央集权体制下进行的各项改革，如官僚制的形成、对氏族政策的颁布、公民制的出现、都城制的确立、律令法典的编纂等，为日本律令制国家的建立，奠定了坚实的基础。但是，如同迎接新生儿降临人世一样，在迎接初生的律令制国家时，日本又经历了一次临盆前的阵痛——发生于672年（壬申年）的壬申之乱。
壬申之乱祸起萧墙，与白村江败战直接相关。因为，天智天皇在此次战败后的诸多新政，引起了皇族内部的不和，尤其使天智天皇同其弟大海人皇太子之间的矛盾日益加深。其实，天智天皇本有后嗣，无奈4个儿子均不成大器，所以不得已立其弟大海人皇子为皇太子。大海人皇子是在大化改新中成长起来的政治家和军事家，享有较高的威望，被立为皇太子后自然如虎添翼，更加有恃无恐，使天智天皇颇为不满。事实上，天智天皇和大海人皇子的矛盾，并非限于政事。壬申之乱祸起萧墙，亦与兄弟情仇有关。据史料记载，天智七年（668年）5月5日，大海人皇子、中臣镰足等结伴前往琵琶湖南面的蒲生野（今滋贺县八日市市附近）狩猎。其实，选在5月5日前往当地狩猎，只是找个名义，实际上在这一天当地传自中国的男割花鹿嫩角，女采山野草药的习俗。当时，著名的万叶歌人额田王也与皇子等同行。
当时，额田王：“往来紫野围禁场，守吏岂不见，君又举袖扬。”皇太子：“妹妍如紫茜，焉能憎厌；况知已是人妻，犹使我生恋。”一唱一和，宛如恋爱中的男女。据称，两人的上述应和如是纯粹的情歌，当收于《万叶集》中的《相闻》，所以收于《杂歌》，即将其作为狩猎结束后在宴席上即席余兴之作，自有原因。实际上，额田王最初曾可能嫁给大海人皇子，成为十市皇女，然最终成了天智天皇的妃子。兄弟情仇因此萌生。据《家传》记载，登祚当年，即668年某日，天智天皇在琵琶湖畔的楼阁宴请群臣，“酒酣极欢”时，大海人在御前操枪起舞。可能是突然想起了什么事，大海人皇子突然“以长枪贯敷板（地板）”，引起天智天皇大怒，若非中臣镰足劝阻，大海人皇子险些被杀。为了遏制大海人皇子的专横跋扈，671年天皇任命自己的宠儿大友皇子为太政大臣，以为挈肘。大友皇子自幼聪明好学，他赋的诗《侍宴》用词得体，气宇恢弘，见收于《怀风藻》：“帝德天地载，皇明日月光。万国臣义表，三才并泰昌。”年甫弱冠，20岁的孩子即贵为宰相，大海人当然自感地位不保，甚至担忧生命亦可能危在旦夕，因此惶惶不可终日。
671年10月，天智天皇病危。他将大海人招致病榻，希望他能主理朝政。但大海人不仅婉拒，而且决定剃度出家。是年10月19日，大海人在宫中剃度后，披上天智天皇送去的袈裟，骑上骏马，披星戴月连夜离开京驰往吉野宫。671年12月2日，在大化改新中建立彪炳千秋伟业的天智天皇以46岁之英年，溘然长逝。根据遗诏，大友皇子继位，是为弘文天皇。
672年5月，隐栖吉野的大海人皇子获得了有关近江朝廷动向的两项重要情报，一是朝廷以营造天智天皇皇陵为口实，大量征用人夫（劳役）并授以武器；二是朝廷在近江至倭京（香具山以南、推古朝后诸宫所在地）各要塞布置“候”（侦探），观察大海人皇子的动静。获此信息，大海人皇子决意避往东国，举兵推翻朝廷。他迅速离开吉野，经伊贺、伊势，到达美浓，并以此为根据地，联络东国各地军队。东国的国司、郡司积极支持大海人“义举”，纷纷投入麾下。获此支持，大海人率领各路人马挥师挺进，首先占领不破关和铃鹿关等军事要道，截断了近江朝廷与东国的联系。672年7月初，大海人的两路大军分别向近江、大和进发。7月22日，大海人的武装与朝廷“王师”在濑田川决战，经过惨烈激战最终取得了决定性胜利。《日本书纪》卷二十八天武天皇元年条如此描述这一战役：“旗帜蔽野，埃尘连天，钲鼓之声，闻数十里，列弩乱发，矢下如雨。”第二天，弘文天皇在树上自缢而死。此记载同样见诸上述文献：“于是，大友皇子，乃还隐山前，以自缢焉。时左右大臣及群臣皆散亡。”
大海人把弘文天皇的妃子、也是他亲生女儿十市皇女收留回宫，欲为其另择婚偶。然而在出阁前夕，芳龄18岁的十市皇女自杀殉夫。“近江朝廷”就此灭亡。
672年，在“壬申之乱”中获胜的大海人皇子大兴土木，建造了飞鸟净御原宫（现奈良县橿原市），并于翌年，即673年在飞鸟净御原宫即位，称天武天皇（673—686在位）。和前后代天皇相比，天武天皇治世15年可谓强权专制。在天武朝之前，自推古朝开始，不仅有皇太子作为摄政辅佐天皇，而且有畿内豪强任大臣、大连、大夫参理朝政；在天武朝之后，随着律令制的建立，有左大臣、右大臣、大纳言、中纳言等作为议政官参理朝政。而在天武朝，几乎不见天皇臣属共议国政的形迹。当然，天武天皇在理政时并非孤家寡人，皇后鸬野皇女（以后的持统天皇）、皇后和7个皇妃生的皇子。因此，天武朝的政治，又被称为“皇亲政治”。这种政治所以能够推行，无疑由“壬申之乱”后畿内传统势力即豪强势力的衰退所导致。因为在大友皇子当政时期，豪强已趋分裂。而追随近江朝廷的豪强，又在壬申之乱后相继失势。天武天皇正是利用皇权和族权的均衡被打破之际，独掌政权，不仅使自己的权力，而且使具有天皇地位者所具有的权威和权力急剧扩大。如下节所述，史家普遍认为，“天皇”这一称号本身，即始于天武朝时期。天皇神格化的观念，亦确立于这一时期。史家同样普遍认为，天武朝是日本律令制国家的正式形成期。因为，作为中央集权国家的律令制之枢纽的政治机构，是官僚制和支撑官僚制的各个机构，依此判断，8世纪初标志律令制正式形成的大宝、养老令制之原型的各种制度，在天武朝专制集权体制的背景下相继设定。
政治方面，天武天皇进一步加强皇权，在中央官僚机构中废除太政大臣、左右大臣和御史大夫，改设直接听命于天皇的太政官和大弁官。大弁官统辖法官、理官、大藏官、兵政官、刑官、民官等六官。大弁官和六官构成的官僚机构，是隋唐尚书都省和六部的翻版，也是以后左右弁官和八省的原型。作为地方官僚机构，在全国派驻权力有所消减的新国宰（天智朝时已有国宰），通过评造，和几个地区依然保留的惣一起统治民众。新国宰亦由大弁官统辖。但和以往的太政大臣和左右大臣相比，太政官和大弁官实际上不掌握实权，其角色类似于天皇和群臣的联络官。同时，天武朝廷不拘一格起用人才。天武五年（676年）下诏：“外国人欲进士者，臣连伴造之子，及国造子听之。唯虽以下庶人，其才能长亦听之。”天武六年（677年）下诏：“凡任国司者，除畿内及陆奥、长门国以外，皆任大山位以下人”，并在翌年诏令奖勤罚懒：“诏曰，凡内外文武官，每年，史以上，其属官人等，公平而恪勤者，议其优劣，则定应进阶，正月上旬以前，具记送法官，则法官校定，申送大弁官，然缘公事，以出使之日，其非真病及重服，轻缘小故而辞者，不在进阶之列。”
同时值得关注的是，虽天智三年（664年）制定的冠位26阶仍得以保持，但在天武初年另外设立了诸王位阶，使诸王亦成为授予冠位之对象。同时，为了提拔畿外出身的平定壬申之乱功臣，又建立了外位制。尤其值得关注的，是天武十四年（685年）正月施行爵位48阶，使皇子、诸王的爵位和群臣的爵位有别，并将授爵位对象扩大至皇子皇女。此举意义昭然——纵然贵为皇子（皇女），也同样是天皇的臣子。
在氏族对策方面，天武朝的主要措施有两项：第一，天武四年（675年）废除天智三年（664年）设立的、作为公认的豪族私有民的部曲，将朝廷先前赐予亲王、诸王、诸臣及各寺院的山林池泽岛浦收归国有，以食封制，即支配封地上的劳役和收获物的制度取代。第二，制定由真人、朝臣、宿弥、忌寸、道师、臣、连、稻置八姓构成的“八色之姓”。天武十一年（682年），天武天皇诏令将族姓序列作为考选文武官的重要条件：“凡诸应选考者，能捡其族姓及景迹，方后考之。若虽景迹行能卓然，其族姓不定者，不在选考之色。”
此诏令显示了原族姓制秩序仍根深蒂固存在。天武十三年（685年）设定“八色之姓”，就是以“八色之姓”对原有的官僚秩序进行调整，以建立新的官僚秩序。
在对官僚加强控制的同时，对民众也加强控制。在前述废除部曲、使民众全部成为“公民”后，又在全国范围内建立每50户为1里的行政组织。天武五年（676年）下诏：“自今以后，明察百姓，先知富贫，简定三等，仍中户以下，应与贷”，在鼓励生产和减轻农民的徭役负担的同时，将农民紧紧束缚在土地上。北山茂夫认为，至天武六年（677年）以此为基础的户籍制度在当时可能已经产生。
同时，天武天皇基于“凡政要者军事也”的认识，于676年下令：“诸王以下，初位以上，每人备兵。”677年遣王卿于京、畿内“校人别兵”。684年诏令诸国“习阵法”，要求文武官“务习用兵及乘马”。11月下诏收缴私家兵器。
天武朝时期也是天皇制意识形态的确立期。而这种对后世产生划时代影响的意识形态的确立，主要通过日本神祇思想和中国天命思想的结合，即传统思想和外来思想的结合而完成。
日本神祇思想的传统，主要见于高天原天孙降临神话。在神话中找到天皇统治合法性的根源，并使之溶入《记纪》成为“历史”，是在天武朝；留传于民间、和高天元神话系统不一的出云系神话，因强调对天孙服属之缘由被吸收于《记纪》，是在天武朝；平定壬申之乱的东征途中，天武天皇在伊势国朝明郡的迹太川附近遥拜了天照大神，并在平乱之后让大来皇女作为齐王奉侍伊势神宫。日本以天照大神为皇祖神、以伊势神宫为国家祭祀对象，亦是在天武朝。
天武天皇吸收中国的天命思想并用作强化自己权力和权威的一根支柱，可以通过几个事例察知。如在壬申之乱时，天武天皇将自己比作汉高祖，以示篡夺政权于大友皇子是“易姓革命”；在壬申之乱时，长于天文遁甲之术的天武天皇通过以自己的方式占卜云的运行，预言友军必胜，并在平乱后立刻建造占星台；在“天武纪”中每年均记有祥瑞记事，如天武十二年（683年）正月的诏书是“朕初登鸿祚以来，天瑞非一二多至之，传闻其天瑞者，行政之理。协于天道则应之。是今当于朕世。”而所谓祥瑞，按诏书所言，乃天帝对天武皇帝善政之褒奖。高松塚古坟出土的星宿图，则是对天武朝存在这种天命思想的实物证明。但必须指出的是，中国的易姓革命思想，和日本皇统万世一系的思想，原本是格格不入的。因此日本以易姓革命的观念传递天命思想的内容，仅在异常时代出现，如以后的恒武朝。
以强化皇权的政策和思想为背景，天武朝法典和史书的编纂，也在日本历史上树立了新的里程碑。法典当以天武十年（681年）开始编纂的、使天皇对日本国的统治体系化的《飞鸟净御原（律）令》为代表。“《飞鸟净御原（律）令》是《大宝律令》问世之前据以规制国家十三年的法典，是日本最早的一部综合性法典”。
史书编纂则以为天皇统治的神圣合法化提供历史根据的《古事记》和《日本书纪》为代表。按《日本书纪》记载，即“天皇御于大极殿（按：净御原宫的正殿），以诏川岛皇子、忍壁皇子、广濑王、竹田王……大山下平群臣子首，令记定帝纪及上古诸事。大岛、子首，亲执笔以录焉”。
另外，天武朝进一步强化了神道要素，吸收民间相尝祭传统，创设了每年新谷收获后，天皇和皇祖神一起品尝新谷的“新尝祭”，并使之成为国家祭祀，具有了劝农和统制全国神社的两大功能。与之同时，天武朝还创设了为“新尝祭”添加作为服属礼仪之要素的“大尝祭”，并在治世中几度举行该祭祀礼仪。
正是在每年举行的“新尝祭”、与之几无区别的“月次祭”以及“大尝祭”中，天皇通过与神的结合而强化了神格，成为“人间之神”。
同时，天武朝一如既往“兴隆三宝”，提倡造寺、写经、诵经。据《日本书纪》卷二十九记载：“（天武二年）三月，是月，聚书生，始写一切经于。”“十二月戊戌（十七日），以小紫美浓王、小锦下纪臣诃多麻吕，拜造高市大寺司（今大官大寺）”。“（天武天皇五年）十一月甲申（二十日），遣使于四方国，说金光明经、仁王
”。“（天武天皇八年）十月，是月，敕曰，凡诸僧尼，常住寺内，以护三宝”。“（天武天皇十四年）三月壬申（二十七日）诏，诸国每家，作佛舍也，乃置佛像及经，以礼拜供养”。
天武天皇的一切政策，似可以用两个字概括“集权”。但是集权统治从来不可能根除异端，灭绝反叛。因此，对其后任而言，巩固政权仍是一项长期的任务。朱鸟元年（686年）9月天武天皇晏驾后，在其尸骨未寒的翌年10月平定大津皇子“谋反”，就是完成这项任务的又一举措。
天武天皇膝下虽有10子，但在决定皇嗣问题上，一贯处事果断的天武天皇却极为踟躇。天武天皇的皇后是天智天皇之女鸬野皇女（即以后的持统天皇），当年她曾偕子跟随丈夫在吉野山中流浪，同甘共苦。作为糟糠之妻，鸬野皇女深得天皇宠爱并获封皇后。其子草壁皇子虽能力平平，体弱多病，但母贵子荣，天皇自然不能小觑。与之相比，鸬野皇女的胞姐大田皇女之子大津皇子，却是才貌双全。按《日本书纪》朱鸟元年记载，“皇子大津，天渟中原瀛真人天皇第三子也，容止墙岸，音辞俊郎，为天命开别天皇所爱，及长弁有才学，尤爱文笔，诗赋之兴，自大津始也。”但是，枕风强劲，最终草壁皇子在天武十年（681年）2月获封太子，“摄万机”。然而，天武毕竟爱才，就在封草壁皇子为东宫的两年后，他又允许大津皇子“听朝政”。“摄万机”和“听朝政”几无差别，如此叠床架屋，无疑又制作了一个大海人皇子和大友皇子的翻版。事实上，两位皇子之间的矛盾日益深刻。朱鸟元年（686年七月二十日新设年号）9月，天武天皇大行。为了翦除异己，翌年10月，即在天武天皇尸骨未寒之际，鸬野皇后以“谋反”罪名逮捕了自己的外甥大津皇子及其同党30余人，并令大津皇子自决。大津皇子辞世前赋诗一首，韵律悲哀：“金鸟临西舍，鼓声催短命，泉路无宾主，此夕离家行。”其妃山边亦为皇子殉情。当时场景见载于《日本书纪》朱鸟元年，读来颇为感人：“冬十月戊辰朔己巳（二日），皇子大津，谋反发觉。逮捕皇子大津，并捕皇子大津所注误直广肆八口朝臣者橿、小山下壹伎连博德、与大舍人中臣朝臣麻吕、巨势朝臣多益须、新罗沙门行心，及帐内砺杵道作等，卅余人。庚午（三日），赐死皇子大津于訳语田舍，时年廿四。妃皇女山边，被发徒跣，奔赴殉焉，见者皆歔欷。”
天武天皇虽然晏驾，但是他所拥有的专制权威，却在继后的持统王朝以各种形式进一步制度化，君主的地位也在“神格”上继续晋升。
如上所述，为使君主享有神的尊严，天武朝创设了大尝祭。但在天武治世期间，曾几度举行，但当时的“大尝祭”还不具有以后的天皇将此作为即位的重要组成部分，不是一再举行，而是“一世一祭”的性质；天武将净御原宫的正殿命名为“大极殿”，在传达天皇重要诏敕和天皇举行圣宴时，臣下可以进入大极殿，即当时的大极殿还不是臣属不可踏入的天皇独占的空间。大尝祭和大极殿作为升华天皇神圣权威的载体，均形成于持统朝。
持统天皇的即位仪式，具有划时代的意义。在称制3年后，持统天皇于持统四年（690年）元旦正式即位。在即位仪式上，首先由中臣大岛诵读神寿辞（按：诸神对天皇的祝福辞），然后由忌部色夫晋献镜和剑、持统天皇升坛即位，再后由群臣列队绕坛徐行并拍手礼拜。诵读神寿辞和晋献镜和剑，史无前例，其意已不是仅限于群臣对新主的拥戴，而是具有新天皇承袭了“太阳之子”的血脉、禀承先帝的遗愿的含义。而“拍手”则是所谓“柏手”，按广辞苑的解释：“拜神之时，双手掌互击发出声音。”总之，将原来“大王”即位的各项仪式改为“神”即位的各项仪式的发端，始于持统天皇。
持统三年（689年）6月，天皇向诸司颁赐令1部22卷，《飞鸟净御原（律）令》正式施行。虽《飞鸟净御原（律）令》全文现已无存，难解其详，但其中户令、考仕令等篇目，现仍有留存，可知在官员令中有持统四年（690年）7月任命太政大臣、右大臣，以及迁任“八省百僚”、“国司大宰”的记事；在衣服令中有同年4月和7月关于施行朝服的记事。自持统三年，以其户令为基础，在全国编定户籍，并于翌年（庚寅年）完成，故此户籍被称为“庚寅年籍”。以后所谓“六年一造”即六年审订一次为特色的律令户籍，即始于“庚寅年籍”。另外在持统六年（692年）朝廷任命了畿内班田大夫，施行班田。
新都城藤原京虽则在天武十三年（684年）已经规划，但是正式建造完成，则是在持统朝。据史料记载，持统天皇在即位当年（690年）遣高市皇子前往藤原宫地视察，12月亲王行幸，在翌年班给诸臣宅地，并于持统八年（694年）正式迁都。藤原京和难波京是日本以中国的都城为蓝本建造的正式的都城。原先人们认为，藤原京系模仿中国长安建造，但是20世纪70年代中，岸俊男经过考证后指出，藤原京不仅和北魏洛阳城及东魏邺都南城颇多相似之处，甚至近于《周礼》所记中国理想的都城形态。
持统十一年（697年）2月，持统天皇在藤原不比等的辅佐下力排众议，立其孙、草壁皇子之子轻皇子为太子，并于8月将皇位让与太子，使日本又一位天皇——文武天皇因此登基，并娶藤原不比等的女儿宫子为妻，生下了首皇子（以后的圣武天皇）。持统虽然退位，但此后依然理政，与文武天皇“并坐治天下”。
在文武天皇时期，日本律令制国家正式形成。其标志，就是大宝元年（701年）颁布的《大宝律令》。据《续日本纪》记载：“（大宝元年）八月癸卯（三日），遣三品刑部亲王、正三位藤原朝臣不比等、从四位下下毛野朝臣古麻吕、从五位下伊吉连博德、伊余部连马养等撰定律令，于是始成，大略以净御原朝廷为准正，仍赐禄有差。”值得关注的是，“大宝令”的编纂者系由上层官僚、对唐文化有造诣的中下层官僚（其中有多名渡来人和渡来系人）共19人组成，文武四年（700年）完成；“大宝律”则在大宝令完成后开始编纂，于大宝元年（701年）完成。
《大宝律令》的制定和施行，标志律令制国家正式形成。8世纪初，亡于庆云四年（707年）的威奈大村的墓志铭称：“大宝元年，律令初定”；至9世纪，人称：“昔我文武天皇大宝元年甫制律令，施行天下”；“律令之兴，盖始于大宝”。
重要的是，《大宝律令》在以后很长的历史时期规定了日本的国家政治体制，具有划时代意义。
此后，在养老年间由藤原不比等虽领衔编纂《养老律令》并于天平宝字元年（757年）施行，但其实质上只是《大宝律令》体系原封不动的翻版。
在持统太上皇“山陵崩”后，大宝四年（704年）5月，因天现祥瑞之庆云，故文武天皇诏令将大宝四年改为庆云元年。庆云三年（706年），文武朝廷颁布了7条改革诏令，开始推行以减轻民众负担、提高贵族官员阶层待遇、调整官员设置、晋升和处罚条件三项为核心内容的一系列改革。史称“庆云改革”。
庆云四年（707年），文武天皇晏驾。是年正月，文武天皇曾让文臣五位以上之高官议“迁都之事”，然未及实现，文武天皇便以25岁之年轻生命“晏驾”。其母、同时亦是其后继者阿閇皇大妃（元明天皇，天智天皇的女儿）根据儿子的遗诏登基后，即遵从“先王”遗愿，于翌年颁迁都诏书，并于710年正式迁都平城京（今奈良）。日本历史自此开始进入以文化璀璨闻名于世的奈良时代。