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据法隆寺金堂的释迦如来像光背铭文等文献记载，圣德太子、苏我马子、推古天皇在推古三十年（622年，《日本书纪》为推古二十九年）、推古三十四年（626年）和翌年相继乘鹤西去，将大和朝廷政治舞台的角色，让给了他们的后人山背大兄王和苏我虾夷扮演。
然而，由于推古天皇在太子未立时即撒手西去，因此围绕皇位继承问题，均想扮演主角的上宫王家和苏我氏豪族在朝廷内外明争暗斗，直至最后剑拔弩张，刀光剑影。《日本书纪》对这一争斗过程，有非常详尽的记载。
当时，最有希望继承皇位的有两人，一是田村皇子，一是山背大兄王。田村皇子是敏达天皇之子、本应继承皇位但最终未能如愿的押坂彦人大兄皇子的儿子；山背大兄王则是圣德太子和苏我马子的女儿刀自古郎女的儿子。推古女皇在临终之际将两人招致榻前分别进行嘱托。她对田村皇子说：“治理天下乃是大任，不可轻易发表意见。”对山背大兄王则说：“凡事一定要尊重群臣的意见，不可轻易发表自己看法。”推古天皇的临终遗言看似普通，实则含义深刻。她皇权在握三十多年，在朝廷拥有极高的威信，至死未确定后嗣，其中必有隐情值得深究。
在推古天皇逝后讨论皇位继承问题的众臣会议上，大臣意见相左，尤以推戴田村皇子的苏我虾夷和力推山背大兄王的摩理势为最，尽管摩理势亦属苏我氏一族，为境部臣。如上所述，就血缘而言，山背大王和苏我氏更近，苏我虾夷所以拥戴田村皇子且与之成犬马之仲，盖因为田村皇子虽然是敏达天皇之后非苏我氏香火的延续，但在推古朝末年娶了苏我马子的女儿法提郎媛的女儿为妻，生下了深得苏我氏宠爱的古人大兄皇子。苏我虾夷以推古天皇“遗诏”为据，坚称推古天皇让田村皇子担当“治理天下之大任”，摩理势当然不予认可，因此不了了之。嗣后，苏我虾夷暗中将重臣逐一招致宅邸进行策动，但重臣并未全部顺从其意。闻知此事，山背大兄王询问虾夷所欲何为。苏我虾夷称，群臣认为让田村皇子继位是“遗诏”本意，非苏我虾夷个人意见。对此，山背大兄王言辞驳斥。由于山背大兄王对皇位志在必得，苏我虾夷遂决定孤注一掷。他首先试图说动山背大兄王派的急先锋境部摩理势倒戈，但摩理势不为所动，于是苏我虾夷举兵讨伐灭了摩理势，并令畏惮的众臣顺服。田村皇子因此得以即位，号舒明天皇。一幕争夺皇位的活剧因此谢幕。虽然权力争夺的活剧在日本历史上绝非首演，但是在这幕活剧中增添了一些新的“台词”，即推古的遗言。虽然遗言本身并没有明确指定由谁继承皇位，但围绕遗言展开的争斗，则使先王的旨意自此成为决定继位者是否“正统”的重要依据。
629年舒明天皇即位后，于翌年定宝皇女为皇后，皇后“夫唱妇随”成为皇极女皇，并再祚成为齐明天皇。齐明天皇的长子葛城皇子（通称中大兄皇子）就是大化改新的核心人物、以后的天智天皇，而天智天皇的弟弟是天武天皇。如以后所述，在7世纪后半叶，这两位天皇在日本建立律令制国家的过程中，建立了彪炳千秋的伟业。
当时的国际形势对日本政局的变化具有重要影响。618年，李渊（唐高祖）建立了唐王朝。但由于王朝初建，无暇外顾。621年，百济、新罗开始对唐遣使朝贡，624年，唐朝廷遣使对百济、新罗、高句丽三国进行了册封。“之后，三国年次朝贡，重新形成了以唐王朝为中心的国际秩序”。
623年，即推古三十一年，作为遣隋使被派赴大陆的惠日等经新罗回国，奏请朝廷早日召回在唐留学生；尽快和唐朝建立国交。推古朝时他的这一奏请未被采纳。但是舒明天皇登基后，即于舒明二年（630年）派遣原遣隋使犬上君三田耜（御田锹）和惠日，作为第一批遣唐使出使唐朝。在朝鲜半岛三国向唐朝遣使朝贡十年后，与唐朝通交。唐朝也于两年后派遣高表仁为使节，取道新罗到达日本。原先隋朝派遣的学问僧僧旻等随同回到日本。
舒明十二年（640年），南渊请安、高向玄理等留学生也被召回。当时的唐朝文明发达、文化繁荣，并建立了以严谨的律令为基础的中央集权。这些留学生对此有长期、切身的感受，他们的返回对日本飞鸟朝廷，特别是青年贵族，产生了不可忽略的影响。《日本书纪》和《家传》对此都有记载，如据《家传》记载：“尝群公子咸集于旻法师之堂，讲周易焉”，苏我虾夷之子苏我入鹿而中臣镰足亦同席听讲。
注意到当时朝鲜半岛三国在642年后相继发生政变，彼此间争斗日趋激烈且唐朝的干预不断升级，因此被称为“大化改新”的划时代变革，虽然是一部分对现实政治不满的朝廷贵族和熟悉唐朝政治文化的留学生联手推动的一场内政改革，但和试图建立集权国家以因应朝鲜半岛风云变幻的局势不无关系。考察大化改新，不可忽略这一国际背景。
舒明天皇驾崩后即位的皇极女帝继续以苏我虾夷为大臣，苏我虾夷专横跋扈，漠视皇权。例如，据《日本书纪》记载：“皇极天皇二年十月壬子（六日），苏我大臣虾夷，缘病不起，私授紫金冠于子。”其子苏我入鹿更是盛气凌人，试图通过发动政变左右朝政。《日本书纪》皇极天皇二年条记载：“戊午（十二日）苏我臣入鹿独谋，将废上宫王等，而立古人大兄为天皇。”又据《上宫太子传补阙记》（作于9、10世纪的圣德太子传记），翌年苏我入鹿袭击了斑鸠宫，诛杀山背大王一族，使“太子子孙男女二十三王无罪被害”。
苏我氏的所作所为仗势横行，令圣德太子后人忍无可忍，亦使朝廷诸臣对其愈益不满。于是，以中臣镰足为中心，反苏我氏的势力悄悄而迅速集结。镰足的曾祖父在钦明朝受天皇赐姓中臣，父亲御食子和叔父国子均在推古朝和舒明朝获官“小德”，主管祭祀，参与朝政。中臣镰足对国政颇为关心，与从大唐回国的惠旻和南渊请安私交甚笃，并是诛灭苏我入鹿的“乙巳之变”的积极策划者。皇极朝四年（645年）6月，政变发动者趁“三韩进调日”即朝鲜三国向倭王进贡举行仪式之际，诱使苏我入鹿前往板盖宫正殿，并让石川麻吕承担在倭王面前宣读“三韩国书”，以手势为号，佐伯连子麻吕等冲入将苏我入鹿斩杀。
是时，苏我入鹿入席，仪式开始。石川麻吕由于紧张，全身冷汗淋漓，双手颤抖不止。入鹿见状起疑，问：“为什么双手不停抖动？”答曰：“我太紧张了，因为我见到大王就害怕。”此时，担心事机有变的中大兄皇子率先大喊一声冲进殿内，其他人随后跟进。中大兄皇子首先挥刀砍向苏我入鹿，苏我入鹿惊起，子麻吕一刀砍向其腿部。苏我入鹿连滚带爬向大王御座方向逃命，并叩头求饶。事先对政变一无所知的皇极天皇见状大惊，询问中大兄：“究竟怎么回事？”答曰：“鞍作（苏我入鹿别名）欲灭大王家，篡夺王位。”皇极闻言走入殿中，实际上默认了自己儿子发动的政变。于是，子麻吕等“一剑封喉”，苏我入鹿气绝身亡。此时，天正下雨，上演惨剧的舞台为雨水浸透。不知谁将一张草席盖在苏我入鹿的尸体上，似为了使他免遭雨淋。当时，中大兄率领王族和官员进入飞鸟寺摆开阵势，准备应对苏我虾夷的反击。虽然实为苏我氏私人武装的东汉氏亦摆开对阵架势，但最终在高向国押的劝说下放弃了与中大兄敌对的念头。惊悉噩耗，进退失据的苏我虾夷在私宅自刃。
由于这一年的干支是乙巳年，故史称“乙巳政变”。《日本书纪》卷二十五皇极天皇四年六月条对此有详细记载：“时中大兄即自执长枪，隐于殿侧，中臣镰子连等，持弓矢而为助卫，使海犬养连胜麻吕，授箱中两剑于佐伯连子麻吕与葛城雉犬养连纲田曰，努力努力，急须应斩……中大兄见子麻吕等畏入鹿威，便旋不进曰，咄嗟，即共子麻吕等，出其不意，以剑伤割入鹿头肩，入鹿惊起，……佐伯连子麻吕、雉犬养连纲田，斩入鹿臣。是日，雨下潦水溢庭，以席障子，覆鞍作尸，古人大兄，见走入私宫，谓于人曰，韩人杀鞍作臣（谓因韩政而诛），吾心痛矣，即入卧内，杜门不出，中大兄即入，法兴寺，为城而备，凡诸皇子诸王卿大夫臣连伴造国造，悉皆随侍，使人赐鞍作臣尸于大臣虾夷。”“己酉（十三日），苏我臣虾夷等临诛，悉烧天皇记、国记、珍宝，船使惠尺，即疾取所烧国记而奉献中大兄。是日，苏我臣虾夷及鞍作尸，许葬于墓，复许哭泣。”在朝廷叱咤风云历经四代的苏我氏，自此覆亡。
苏我虾夷自刃后，翌日，皇极将中大兄皇子招去，向他表示了让位之意。对此，中大兄没有即刻作答，而是回去求教中臣镰足。中臣镰足认为，中大兄皇子的兄长古人大兄皇子依然健在，此时即位颇为不妥，因为这么做会使人认为中大兄系为权力欲所驱使而发动政变，不仅会失去人心，而且会授人以柄。不妨让其叔父轻皇子即位，既可避免让身体康健的古人大兄皇子即位，从而掌握实权，又可笼聚人心，使打倒权力私有化的苏我氏获维护“大义名分”之美名，可谓一举三得。不愧为策士中臣镰足，能出此妙策。中大兄皇子当即表示赞同并依此向皇极上奏。皇极准奏，欲将皇位让与轻皇子，但轻皇子固辞并推古人大兄皇子。古人大兄拱手谢辞，并入飞鸟寺剃度为僧。轻皇子无以再辞，遂受让登基，成为孝德天皇，开了日本历史上“让位”之先例。
孝德天皇登基后，立中大兄皇子为太子，并模仿唐制将大臣分为左右。据《日本书纪》记载：“皇子再三固辞，让于古人大兄皇，曰：‘大兄命是昔天皇所生。而又年长，以斯二理，可居天位。’于是古人大兄避座逡巡，拱手辞曰：‘奉顺天皇圣旨，何劳推让于臣？臣愿出家入于吉野，勤修佛道，奉佑天皇！辞毕，解所配刀，投掷于地，亦命帐内皆令解刀，即自诣于法兴寺佛殿与塔间，剔除髯发，披著袈裟。由是轻皇子不得固辞，升坛即祚。……以中大兄为皇太子，以阿倍内摩吕臣为左大臣，苏我仓山田石川麻吕臣为右大臣，以大锦冠；授中臣镰子连为内臣，……以沙门旻法师、高向史玄理为国博士。”孝德登基后，和先王皇极、中大兄皇太子集群臣于飞鸟寺西面作为神树的
树下，对众神发誓效忠新王。
必须强调，乙巳政变不仅是历史上历演不衰的争夺政权的惨剧中的一幕，更是使日本自此正式形成律令制国家的政治改革的序幕。“乙巳之变”后，孝德改元“大化”，迁都难波（今大阪府内），推行变法。所有这些，史称“大化改新”。
645年6月新政权成立后，即向不断反抗唐朝干预的高句丽派出了友好使臣；要求连年受到新罗压迫的百济不可忽略日本的特权。并向东国（现关东和本州岛中部大部分地区）以及原来的直辖领地、倭的6县派遣了使者，传达了以强化中央集权为基本内容的诏书。同时，新政权制定了所谓“男女之法”，仿效中国的“良贱”观念，在“奴婢”和“良民”之间划定明确界线，废除了原来以子女归母系的归属意识为基础的“妻问婚”，规定了中国式的父系主义原则。但同时规定，奴婢之子仍归奴婢。所以如此规定，皆因将奴婢视为畜生，“不知其父”。至平安末年，在被称为《法曹至要抄》的法律文书中仍有此记载：“案之于奴婢者，律比畜产，仍所生之子皆可从母也。”
同年8月，大化朝廷还遣使各国家寺院，向佛教界阐明了新政，其中一项主要内容就是以学自唐朝的“十师制”取代推古朝制定的、学自朝鲜的僧正、僧都，担当佛教界的指导。并规定伴造以上的佛寺给予财政援助，由是不仅继续了前此兴隆佛教的政策，同时促使氏寺向官寺转换。
是年年末，大化朝廷在原属于大和朝廷“外港”的难波（今大阪府内）着手营造难波长柄丰碕宫（俗称难波宫），并在经历了上述改革预备阶段后，正式开始全面推行改革。
“大化二年（646年）春正月甲子朔，贺正礼毕即宣改新之诏”。“改新之诏”全文由四项目构成，在《日本书纪》卷二十五中载有全文，在此录其要点并简释如下：
“其一曰，罢昔在天皇等所立子代之民，处处屯仓，及别臣、连、伴造、国造、村首所有部曲之民，处处屯仓。仍赐食封，大夫以上各有差。降以布帛，赐官人百姓有差。又曰，大夫，所使治民也。能尽其治，则民赖之。故重其禄，所以为民也。”即废除原先所有“部曲之民”以及各处“田庄”，给予官僚新的“俸禄”，并说明此举之目的。
“其二曰，初修京师，置畿内、国司、郡司、关塞、斤候、防人、驿马、传马、及造铃契，定山河。凡京每坊置长一人，四坊置令一人，掌按检户口，督察奸非。其坊令，取坊内明廉强直堪时务者充，里坊长，并取里坊百姓清正强干充，若当里坊无人，听于彼里坊简用。凡畿内，东自名垦横河以来，南自纪伊山以来，西自赤石栉渊以来，北自近江狭狭波合坂山以来，为畿内国。凡郡以四十里为大郡，三十里以下四十里以上为中郡，三十里以下为小郡。其郡司，并取国造性识清廉，堪时务者，为大领、小领；强干聪敏，工书算者，为主政、主账……”即划定行政单位及区域范围，确定择官标准。
“其三曰，初造户籍、计账、班田授受之法。凡五十户为里，每里置长一人，掌按检户口，课殖农桑，禁察非违，催驱赋役。若山谷阻险，地远人稀之处，随便量置。凡田长三十步、广十二步为段，十段为町。段租稻两束两把，町租稻二十二束。”此即在上述行政区划内，对基层组织、责任人作进一步具体规定。
“其四曰，罢旧赋役而行田之调。凡绢、缗、丝、绵并随乡土所出。田一町绢一丈，四町成匹。长四丈，广二尺半；二丈，二町成匹，长广同绢；布四丈，长广同绢、缗，一町成端。别收户别之调，一户布一丈二尺。凡调副物盐亦随乡土所出。凡官马者，中马每一百户输一匹，若细马每二百户输一匹，其买马值者，一户布一丈二尺。凡兵者，人身输刀，甲、弓、矢、幡、鼓。凡仕丁者，改旧每三十户一人，而五十户一人，已充诸司，以五十户充仕丁一人之粮。一户庸布一丈二尺，庸米五斗。”即废除原有之赋役，以租、庸、调取而代之，具体做法是：受田农民必须向国家交谷物（租），服劳役或纳布代役（庸），交地方土产（调）。
不难发现，“改新之诏”的基本精神就是强化中央集权。其基本做法，大抵采自隋唐律令制。曾留学中国的“博士”们的作用，由此可见一斑。
大化二年（646年），在推行政治改革的同时，新政权努力“移风易俗”，提出了规定坟墓营造规格的“薄葬令”，以及改革葬仪旧俗的举措。
大化三年（647年），新政权为了改革旧职、新设百官，设定了七色十三阶，大化五年（649年）又“制冠十九阶”，并诏令国博士高向玄理和僧旻“置八省百官”。虽则当时仅是令其起草方案，但至迟在白雉年间（650—655年）已得以推行。如《续日本纪》和铜元年八月条中的《高向麻吕传》，有其父国忍“难波朝廷刑部尚书大花王上”的记载。
大化政权建立后新政频出，既获得拥护，也招致反对。特别是由于苏我氏的灭亡而无法问鼎皇位并因此出走吉野遁入佛门的古人大兄皇子，更是利用部分人的不满和焦虑情绪，在大化初年即图谋反。但中大兄皇子早已防患于未然，迅速予以平定。大化五年（649年），左大臣阿部内麻吕去世后，右大臣苏我石川麻吕试图谋反遭到密告，中大兄皇子未予细究即举兵讨伐，使石川麻吕在山田寺自杀，其族人和盟友多人殉死，多人被处死刑。
大化六年（650年），有人在穴户国发现了一个白雉，呈献朝廷。孝德下问僧侣吉凶，答曰此乃祥瑞之兆，于是新政权改元“白雉”。
白雉二年（651年）冬12月晦，孝德朝迁都难波长柄丰碕宫：“是夕，燃二千七百余灯于朝廷内，使读安宅、土侧等经。于是，天皇从于大郡，迁居新宫、号曰难波长柄丰碕宫。”
白雉四年（653年），中大兄突然向孝德天皇建议离开新宫重返飞鸟。孝德对此建议不予采纳，但中大兄仍奉其母宝皇女（皇极）和妹妹间人皇女一起迁往飞鸟河边行宫，其众多兄弟及朝中多数大臣亦跟随前往。见众叛亲离，甚至连最爱的妻子也弃他出走的孝德天皇，在郁郁寡欢中于翌年10月去世。是年，即白雉四年（653年），日本朝廷连续派出了两批遣唐使各120人，其中第二批遣唐使在海上遭难，未能重归故里。654年，日本朝廷派出了第三批遣唐使。可以认为，在同室操戈的宫闱争斗方兴未艾之际，一再遣使唐朝主要已不是出于文化需求，而是执政者立足未稳，希望获得唐朝支持的政治需求。
事实上，重归飞鸟故里不是中大兄皇子，而是其母宝皇女（皇极）的意愿。宝皇女让位后仍贵为“大御母”（天皇号成立后称“皇祖母尊”），长期以来曾在位于飞鸟的其夫舒明天皇冈本宫，以及自己板盖宫的政治舞台上扮演主要角色。因此飞鸟返都实际上是政治斗争的产物。
655年正月，宝皇女在飞鸟板盖宫即位，号齐明天皇，这是日本历史上首次重祚。655年因此成为“齐明元年”。然而，在齐明登基不久，一场史称“有间皇子之变”的政变悄然酝酿。
有间皇子是逝于难波的孝德天皇之子，杀父之仇自古不共戴天，因此他对宝皇女当然怀有刻骨仇恨。为了使这种心理不被察觉，他平时故意装疯卖傻。齐明三年（657年）某日，有间皇子去纪伊的牟娄温泉治病，回来后禀告齐明天皇，称“仅看一下那里的景色，病就痊愈了”。齐明天皇闻之心动，于翌年10月偕中大兄皇子一起前往。
在两位执掌政治权柄的人物离开都城的时候，在天皇巡幸期间负责值勤的苏我赤兄造访了有间皇子。苏我赤兄向有间皇子历数了齐明天皇的三大“苛政”：大建仓库聚敛民财，此其一；挖掘运河劳民伤财，此其二；以船运石，以石造丘，此其三。一直为寻觅盟友而殚精竭虑的有间皇子听后大喜过望，遂决意起兵。
两天后，有间皇子到了苏我赤兄住宅，孰料在登楼谋事时不慎扭伤了脚。预感这是不祥之兆的有间皇子当即回到家里静卧。然而，正所谓“树欲静而风不止”。当天半夜苏我赤兄即派兵包围了有间皇子的住宅将他拿获，并遣使向齐明天皇禀报。
根据旨令，有间皇子及同党被带到纪伊温泉女皇处。自感来日无多的有间皇子悲愤交加，在途经盘代（今和歌山县日高郡南部町）赋诗一首抒发胸臆：“磐代岸边松，结枝祈幸免；得幸免，归来重见。”至纪伊，中大兄皇子问有间皇子：“为何谋反？”答曰：“此乃天和赤兄知，我一无所知”，表达了被诱入圈套的悲愤和无奈。两天后，有间皇子在藤白坂（今和歌山县海南市）被处以绞刑。
一波未平，一波又起，此时国际局势的变化，特别是唐和新罗的联手，向齐明朝提出了新的课题。于是，齐明朝在659年派出了第四批遣唐使。迄今依然留存的第四批遣唐使成员伊吉连博德在他当天的日记里，有关于这批遣唐使行动的记载。当时，与伊吉连博德同乘一条船的副使等，在觐见唐高宗时，奉上了道奥虾夷男女两人，似夸耀大和朝廷的德化已播及远方。是年年末，遣唐使一行为唐朝官员抓捕，称唐高宗有旨，因近期有“海东之政”，禁止他们回国。
所谓“海东之政”，即唐和新罗欲联手称霸朝鲜半岛。660年，唐将苏定方、新罗武烈王率领的军队会师于高句丽的盟国百济，对百济发动猛攻，迫使百济义慈王在首都泗沘城（扶余）签城下之盟。661年初，日本齐明女皇和中大兄皇子（后来的天智天皇，668年即位）亲赴九州，欲统兵渡海西征，但齐明女皇因旅途劳顿，于当年7月病死，出征计划被迫推迟。8月，中大兄皇子监国，令先遣部队及辎重渡海。9月，5000日军护送百济余丰璋王子归国即位（按：余为百济王室的姓）。662年正月，日本向百济赠送大批物资。同年5月，日本军舟师170艘亦前往增援，日本本土则“修缮兵甲、各具船舶、储设军粮”，随时准备渡海作战。663年3月，日本又增兵27000人，唐朝也任命右威卫将军孙仁师为熊津道行军总管，统舟7000进驻熊津城（今韩国公州）。5、6月间，百济君臣之间发生严重内讧，实力锐减。唐军与新罗军队趁机调兵遣将，于8月13日包围了百济王所在的周留城（今韩国扶安）。惨烈的白村江海战随即拉开战幕。据朝鲜史籍《三国史记》记载：“此时倭国船兵，来助百济。倭船千艘，停在白沙。百济精骑，岸上守船。新罗骁骑，为汉前锋，先破岸阵。”但是，因唐军“左右夹船绕战”，巧施包抄合击之术，致使日军“赴水溺死者众，舻舳不得回旋”。《旧唐书·刘仁轨传》记载：“仁轨遇倭兵于白江之口，四战捷，焚其舟四百艘。烟焰涨天，海水皆赤。”白村江之战以后，百济王余丰璋逃亡高句丽，残军尽皆投降，百济复国梦想破灭。667年，唐朝和新罗联军继续挥师征伐，翌年攻陷平壤，存在705年之久的高句丽灭亡。至此，唐朝在东亚地区的中心地位基本确定。
天智天皇六年（667年），大化朝廷迁都近江（今滋贺县），然此举颇不得人心。《日本书纪》卷二十七记载：“三月辛酉朔己卯（十九日），迁都于近江。是时，天下百姓，不愿迁都，讽谏者多，童谣亦众，日日夜夜，失火处处。”
668年，中大兄皇子即位，称天智天皇。是年，天智天皇命中臣镰足制定《近江令》22卷。“世人所谓近江朝廷之令也”。《近江令》是日本最早的一部成文法典，成为日本以后《令》之基础，所憾已经失传。日本学者推测其大体参考唐代《贞观令》编纂。
在外交方面，战争的惨痛教训，迫使天智天皇审时度势地恢复与强盛的大唐帝国的国交，开始积极选派遣唐使，全方位学习唐朝的政治、经济、文化。关于“遣唐使”的贡献，将在下一章详述。