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7世纪上半叶，如《日本书纪》卷二十二记载：“（推古天皇二年）春二月丙寅朔，诏皇太子即大臣，令兴隆三宝。是时，诸臣连等，各为君亲之恩，竞造佛舍，即是谓寺焉。”于是，在王宫所在地飞鸟，即现奈良县高市郡，以及大和的外港难波，即今大阪府天王寺区元町等当时最先进的地区，以佛教为中心的飞鸟文化日趋繁荣，使日本文化史册掀开了飞鸟文化璀璨的一页。顾名思义，飞鸟文化得名于飞鸟时代，而关于飞鸟时代的时段，对其上限为6世纪中叶即佛教传入，学术界看法一致。但对其下限，学术界主要存有两种意见，一种意见将其定为大化改新，一种意见将其定为7世纪中叶的天智朝，即重点关注天武朝以后律令政治的正式建立。按照这一意见，推古朝恰处在飞鸟时代的中期。毫无疑问，飞鸟文化最典型的标志，就是当年建造的寺院。
在飞鸟时代，苏我氏建造的法兴寺（因地得名，又称飞鸟寺）、圣德太子建造的四天王寺、斑鸠寺（按：原寺被焚，后在其附近建起了法隆寺）竞相亮出身姿，不仅当之无愧成为推古朝最具有代表性的3个寺院，而且以基石、瓦葺等新的技术手法修建的寺院伽蓝建筑，鲜明地体现了大陆的寺院建筑风格。寺院中的佛像雕刻，如据称为鞍作鸟的作品的法隆寺金堂释迦三尊像所显示的，显然受到了中国北朝佛雕风格的影响。另外，如百济僧观勒向日本传播了历法，高句丽僧曇徵传播了彩色、纸、墨的技法等史实所显示的，飞鸟文化经百济和高句丽大量吸收了中国南北朝时代的文化。
1956年至1957年，在奈良国立文化财研究所组织下，日本考古学者对法兴寺遗址进行了发掘，取得了许多新的发现。首先令人感到惊讶的，是法兴寺的伽蓝布局：以塔为中心，在塔的东西两侧和前方配置金堂。这种一塔三金堂的伽蓝布局，未见于日本列岛和百济，仅发现位于平壤清岩里的高句丽时代的废寺，有以八角塔为中心的相同布局。专家据此推断，法兴寺的伽蓝配置很可能受到高句丽的影响。这一推断显然不无道理。因为据史料记载，当时高句丽采取了“亲倭”政策。推古三年（559年），高句丽僧惠慈登陆日本，翌年与百济僧慧聪一起客居飞鸟寺，成为佛、法、僧“三宝之栋梁”。如《日本书纪》记载：“推古天皇四年冬十一月，法兴寺造竟，则以大臣男善德臣拜寺司。是日慧慈、慧聪二僧始住于法兴寺。”
同时，法兴寺出土的瓦，没有日本江户时代之前的庙宇通常用的轩平瓦，仅有轩丸瓦，上面有莲花图案，同百济古都扶余出土的瓦极为相似，为史料所载法兴寺的建造有百济瓦工参与提供了实物证明。在塔离地3米处，考古学家发现了地下式心础，上面有安置舍利用的舍利孔。在心础的上方发现了一个木箱，里面有装有舍利的金铜制小容器。在心础的上面发现了翡翠和玛瑙的勾玉、管玉、水晶切子玉、玻璃制蜻蜓玉、小玉、金环、金银延板、各种金铜制器具、马铃，以及挂甲（骑马用的铠甲）、蛇形状铁器（马尾装饰物）等，总计达1750余件。法兴寺的考古发掘，还验证了文献中又一条重要史料的真实性：据《日本书纪》记载，推古天皇元年（593年）正月，将佛舍利置于法兴寺刹柱础，使法兴寺形成了由佛堂、步廊、塔构成的布局的记载，从而真正完成了使拜佛之地从“草堂”变成伽蓝的飞越。
法兴寺的考古发现再次展示了日本既吸收外来文化，又保持传统文化的特征；既吸收其他文化和先进技术，又沿袭古坟时代祖灵信仰的传统。
法兴寺（飞鸟寺）作为日本佛教兴隆的标志，不仅在日本文化史上占有重要地位，而且是日本大陆文明摄取史上的一块里程碑。同时，通过对法兴寺的考古发掘进一步证实，朝鲜半岛在当时扮演着将中国的佛教传向日本的“中介”角色。正如林屋辰三郎在《古代的环境》一书中写道的：“在推古朝廷的支持下，苏我氏显示其作为其权力象征的举措，就是营造法兴寺（飞鸟寺）。法兴寺于崇峻天皇元年（588年）动工、推古天皇四年（596年）竣工。作为我国（日本）最初规划整然的伽蓝，法兴寺伽蓝不仅模仿了高句丽清岩里废寺的布局，而且成为以后日本伽蓝的蓝本。苏我氏推崇高句丽—北魏路线，不久得以供奉的本尊释迦如来像（飞鸟大佛），亦典型地显示了北魏样式，并被视为苏我氏采用的沿日本海路线接受文化传播的成果。故在此之后由圣德太子建造的法隆寺及其中的佛像等，基本采用这一模式也就成了题中应有之义。”
上述林屋辰三郎的观点非常正确，因为当时佛教文化传入日本有三条路径，并因此形成了三种不同的风格。第一条路径，是位于大陆北部的北魏的佛教文化经高句丽传入日本列岛。事实上，法兴寺明显留有北魏佛教文化的痕迹。例如，仅就佛像而言，法兴寺飞鸟大佛、法隆寺药师三尊、释迦三尊等由止利佛师雕琢的佛像，均具有古拙涩硬的风格。第二条路径，是位于大陆中部的北齐、北周（南朝）的佛教文化，经百济、新罗传入日本列岛，以广隆寺、中宫寺的弥勒佛像等为代表，具有理智、柔和的风格。第三条路径，稍后从重新统一中国的隋朝直接传入。因此，以播磨国一乘寺的观音菩萨像、播磨国鹤林寺的圣观音像为代表，当时的佛像具有严肃中透出一种轻妙的风格。
作为当时“三大寺”及飞鸟文化的又一代表，四天王寺建于大和的外港难波，即现在的大阪府天王寺区元町。1955年至1957年，日本文化财保护委员会对遗址进行了考古发掘。结果显示，四天王寺的伽蓝的南大门、中门、塔、金堂、讲堂呈南北一直线状，周边设有回廊。这一格局和百济最后的都城扶余的军受里废寺、新罗古都庆州的皇龙寺的格局一致。另根据出土的大量古瓦判断，该寺院如《日本书纪》等古籍中所记，于飞鸟时代早年开工，至推古朝末年竣工。四天王系金光明经四天王品所述之护国诸天神，但是否自始定名四天王寺尚难推断，可能最初以地为名称之为荒陵寺。但是，《太子传古今目录抄》所引《古今缘起》称，阿倍仲麻吕将四大天王像供奉于塔内，《日本书纪》孝德纪大化四年二月条也称，阿倍仲麻吕在四天王寺内安置佛像四尊。根据两项记载的一致性判断，日本自推古朝已有祈愿四天王降伏外敌的信仰。
推古十一年（603年）10月，推古帝迁住小垦田宫，圣德太子则于此前的推古九年（601年）2月在斑鸠也建造了宫室，因地名而称斑鸠宫。斑鸠位于大和盆地的西隅、矢田丘陵的南麓、小垦田宫西北方向，距小垦田宫20公里左右。斑鸠宫位于今法隆寺近旁，早在1939年至1940年，浅野清等考古学者即进行了考古发掘，发现了可推定为圣德太子建造的斑鸠宫的遗址。因为从东院的传法堂、舍利殿等处的地下，发现了与法兴寺同时期的许多掘立柱遗迹，长约21米，宽约6、7米，还有几处大小建筑物和水井的遗迹。另外，那些建筑物的地表层铺着沙砾，散乱着烧毁的壁土、灰、土器片等。据《日本书纪》皇极纪二年（643年）十一月条记载：“苏我臣入鹿，遣小德巨势德太臣、大仁土师娑婆连、掩山背大兄王等于斑鸠……巨势德太臣等烧斑鸠宫。”根据遗址状况和历史记载的一致性判断，当地系斑鸠宫无疑。近年对斑鸠宫旧址、现在的法隆寺东院伽蓝的舍利殿、绘殿和传法堂的地下再次进行发掘，基本探明了其全貌。以梦殿为中心的东院伽蓝系天平以后为追慕太子而建。最初的法隆寺即若草伽蓝，距斑鸠宫更近，可堪称太子的私人寺院。推古三十年（622年）太子罹患疾病，王妃和王子为了使他病体痊愈，开始塑造释迦像。太子于同年2月逝于斑鸠宫，翌癸末年3月释迦三尊像塑造完成。
和法隆寺有不解之缘的斑鸠寺紧挨着斑鸠宫。被供奉于法隆寺金堂的药师如来像光背的铭文记载，丙午年（586年）用明天皇因罹患疾病祈愿痊愈，向炊屋姬（敏达天皇的皇后、推古天皇）和圣德太子下诏，立佛寺和药师像，但终因未能如愿而成不归之人，推古天皇和圣德太子谨遵遗命塑造此像并完成于丁卯年（推古十五年，即607年）。铭文中称推古为“小治田大宫治天下大王天皇”，称圣德太子为“东宫圣王”。据称，铭文记载的，也是兴造法隆寺之缘由。因为，此光背铭在《法王帝说》中亦有记载，称“右法隆寺金堂坐药师像光后铭文，即寺造始缘由也”。另外一与斑鸠寺兴建有关的金石文、被供奉于金堂中央的释迦三尊像的光背的铭文，镌刻有推古三十年（622年）圣德太子亡故，翌癸末年，王后、王子、诸臣，祈愿太子往生，命鞍作首领止利佛师造此佛像云云。
据《日本书纪》天智九年（670年）四月条记载，该寺在当时已焚毁，之后不久得以重建，7世纪先建成金堂，之后建成五重塔，遂成今日法隆寺之伽蓝。因此人们曾经相信，创建当时的斑鸠寺即以后的法隆寺。但明治以后，随着实证历史学的兴起，《日本书纪》天智九年（670年）四月条中“法隆寺被焚，一屋不剩”的记载开始遭到质疑。针对黑川真赖、小杉榅邨、喜田贞吉等以文献为依据提出的“重建论”，即原初的斑鸠寺已被焚毁，现在的法隆寺是之后重建的观点，平子铎岭、关野贞等以建筑为依据提出了“非重建论”。他们认为法隆寺的伽蓝建筑样式是唐代以前的样式，不可能在7世纪中叶发生的大化改新以后重建，天智九年的记载或恐有误。1939年，考古学者石田茂等对法隆寺南大门东面的“若草伽蓝”，即斑鸠寺遗址进行了发掘，结果证实若草伽蓝的中心线和法隆寺的中心线有16度之差，另外，斑鸠寺遗迹出土的轩瓦的年代，远较法隆寺的轩瓦久远，无法认为法隆寺和斑鸠寺“同寺并存”。以此为结果，学界对法隆寺建于何时进行了探讨。最初，原先的“重建论”者根据《七大寺年表》和《伊吕波字类抄类抄》等平安时代的文献记载，认为法隆寺当建于和铜年间（708—715年）的记载。但是之后，随着对法隆寺金堂和五重塔的修缮进行的调查发现，法隆寺中心舍堂在7世纪后半期已得以建造。另据天平十九年（747年）的《法隆寺伽蓝缘起并流记资财账》记载，在相当于持统七年（693年）的癸巳年举行的仁王会上，法隆寺获得了经台和天盖等物品的捐赠，翌年又获得了《光明经》捐赠。在法隆寺观音像的铭文上，有“斑鸠大寺德聪法师”的名字，因此可以相信当时金堂那样的中心堂宇已经存在。总之，斑鸠寺和法隆寺所建年代不同，不可能并立。同时所在方位不同，也非原址重建。
3寺建立之后，氏寺建造之风在各地兴起，僧尼人数也随之增加。据《日本书纪》推古三十二年（624年）四月条记载，当时推古女帝以一僧侣斧砍自己的祖父事件为契机，欲对以后非行的僧尼科刑，但因百济僧观勒竭力反对，推古女帝遂根据他建议，决意仿效中国和朝鲜的做法，建立僧正、僧都制，让寺院和僧尼实行自治，并命观勒对各地寺院先进行巡察。据《日本书纪》推古三十二年（624年）九月甲戌朔丙子（三日）记，当时“校寺及僧尼，具录其寺所造之缘，亦僧尼入道之缘，及度之年月日也。当是时，有寺册六所，僧八百十六人，尼五百六十九人，并一千三百八十五人”。但是，据现代学者石田茂向1936年举行的圣德太子奉赞会提交的研究论文《飞鸟时代寺院址的研究》，若设定飞鸟时代为“自佛教传来至天智天皇以前”，则包括基石等遗迹、古瓦等遗物以及文献记载在内，该时期当有寺院58个寺院。之后，福山敏男发表了《日本建筑史研究》（墨水书房1970年出版）。福山敏男通过对文献和古瓦的研究，提出了至天智朝日本寺院的名称和所在地。
自6世纪末开始营造的日本寺院，无疑是佛教文化的象征。但非常遗憾的是，这些珍贵的文物，历经自然的侵蚀和人为的破坏，绝大多数已不再是耸立于地面的建筑，而是藏身于地下的古迹。之后，随着考古学的发展和考古发掘的展开，这些古迹的真相开始逐渐显现。
除了最具有划时代意义的飞鸟寺遗址的发掘和发现外，1958年对天武朝时建造、位于飞鸟寺西南方的川原寺遗址的发掘，也取得了重要发现：该寺遗址的伽蓝有两栋金堂和一座塔构成，这种一塔两金堂布局亦不见于日本其他寺院伽蓝，和飞鸟寺的一塔三金堂伽蓝布局一起，成为7世纪伽蓝布局的新的例子引人关注。另外，专家通过比较分析后指出，川原寺遗址出土的复瓣莲花图案轩丸瓦，是以后建造藤原宫、平成宫等宫殿的丸瓦纹图案的原型。与之具有相同图案的轩丸瓦，在畿内周边的寺院也有出土。专家人为，所有出土这些轩丸瓦的遗址，都是壬申之乱时站在天皇一方的地方豪族的地盘。可见当时寺院的建造颇受政治的影响。另外，1972年的考古发掘，在川原寺西北面的山的斜坡上，发现了很多塑像断片、绿釉水波纹砖、砖佛等。考古发掘还在飞鸟地方发现了属于7世纪寺院遗址的山田寺、大官大寺、和田废寺；在斑鸠地方发现了若草伽蓝、法起寺、法轮寺等遗址。除了这些中央寺院以外，考古发掘还使许多地方寺院的遗址重建阳光。令人关注的是，地方寺院多半建于7世纪后半叶，说明佛教文化急速向地方普及始于7世纪后半叶。
虽然当年的寺院都已“作古”成为名副其实的古迹，绝大多数都仅剩下需通过发掘才能发现的残垣断壁。但是，寺院内部的一些展示日本早期佛教魅力的宝物，却有不少流传至今。如雕像有法隆寺的释迦三尊像、救世观音像、百济观音像、金堂四天王像；广隆寺和中宫寺的半跏思维像等，工艺品有法隆寺的玉虫厨子；绘画有中宫寺的天寿国绣帐断片。
这些艺术珍品，如由古坟时代制作马具的鞍作部的工匠塑造的飞鸟寺和法隆寺的北魏式佛像，即透视了对古坟时代的文化技术不断修炼的结果，也反映了以朝鲜半岛为中介的中国魏晋南北朝文化的强烈影响。
除了精湛的艺术品外，文献中记载的、作为飞鸟文化一些侧面的记述也值得关注。如在《日本书纪》推古纪中，有关于高句丽僧曇徵传授五经和画具、优质的纸和墨的制法和使用方法的记载；有百济僧观勒向大友村主高聪等传授历书、天文地理书和遁甲（一种占星术）、方术（一种咒术）的记载；《日本三代实录》有持统天皇四年“始用元嘉历、次用仪凤历”的记载；《政事要略》有推古十二年“始用历日”的记载。所有这些记载说明，至飞鸟时代，日本的艺术和科学，已取得显著进步。正如恩格斯所言：“统治阶级的意识在任何时代都是占统治地位的意识。”《日本书纪》关于圣德太子向高句丽僧慧慈学习佛经，向博士觉珂学习儒教，以及撰成注释《法华经》、《维摩经》、《胜蔓经》的《三经义疏》，印证了飞鸟文化何以兴隆的一个重要原因。