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“一带一路”倡议提出后，得到了沿线国家的高度关注和认同，中国与沿线国家间的经贸合作也越来越密切。跨境经济合作区作为沿边地区推进“一带一路”重要的经贸合作平台，迎来了前所未有的对外开放发展机遇，获得了国际、国内政府的大力支持。但是，也应注意到，机遇与挑战是并存的。
“一带一路”倡议的提出，改变了对外开放的地理格局，为沿边地区开辟了对外开放新道路，有利于沿边地区获得国家政策关注与扶持，为沿边地区加快产业结构调整提供了有利条件，有利于加快沿边地区基础设施内联外通建设，将进一步深化我国与周边国家的经贸合作。这都为跨境经济合作区的建设和发展带来了重大机遇。
跨境经济合作区是沿边地区开发开放的重要载体。沿边地区开发开放水平直接决定了与毗邻国家之间的经贸合作关系，从而决定了跨合区建设开发的节奏。“一带一路”倡议为沿边地区加快对外开放提供了历史机遇，将极大地促进跨合区建设开发水平。
“一带一路”倡议是对我国对外开放地理格局的重新诠释。“一带一路”沿线国家与我国要素禀赋差异大、经济结构互补性强，具有较大的贸易潜力。对沿边地区而言，“一带一路”最重要的意义在于将原本处于对外开放边缘的内陆边疆地区变成了对外开放的前沿地带。这是继西部大开发后，我国加快西部地区对外开放水平、经济社会发展水平的又一重大举措，也意味着我国西部边疆地区的经济发展、开发开放成为国家对外开放重心之一，未来，边疆地区将成为我国对外开放不可或缺的窗口，成为向西开放、向南开发、向北开放的桥头堡，边境城市将在“海陆交通”“重要战略枢纽”和“重要战略支点”中发挥重要作用。沿边地区在“一带一路”倡议下，能够更有效地利用国内国际两个市场、两种资源，提高对外开放水平。跨合区作为对外经贸合作的重要载体，也将迎来历史机遇，成为沿边地区双向开放型经济的重要平台。
“一带一路”倡议提出后，国家持续出台相关文件，进一步明确了沿边地区在“一带一路”建设中的战略地位，为沿边地区加快对外开放、提高对外经贸合作水平提供了制度保障。
2015年3月，国家发展改革委、外交部、商务部联合发布了《推动共建丝绸之路经济带和21世纪海上丝绸之路的愿景与行动》，明确提出：发挥新疆独特的区位优势和向西开放重要窗口作用，深化与中亚、南亚、西亚等国家交流合作；发挥内蒙古联通俄蒙的区位优势，黑龙江、吉林、辽宁与俄的联运合作，建设向北开放的重要窗口；发挥广西与东盟国家陆海相邻的独特优势，构建面向东盟区域的国际通道；发挥云南区位优势，建设成为面向南亚、东南亚的辐射中心。
2016年1月发布的《国务院关于支持沿边重点地区开发开放若干政策措施的意见》，明确提出要实施差异化扶持政策，促进沿边重点地区特色优势产业发展，实行有差别的产业政策，发展外向型产业集群，研究设立沿边重点地区产业发展（创业投资）基金，在项目建设用地计划指标安排上予以倾斜等。明确提出要加大财税支持力度，增加中央财政转移支付规模，强化中央专项资金支持，实行差别化补助政策，加大税收优惠力度等。政策发布同年，国务院就新批准成立了广西凭祥和黑龙江绥芬河——东宁2个重点开发开放试验区。这些国家政策措施是加快跨境经济合作区建设的制度保障。
跨境经济合作区建设的成功，离不开沿边地区产业发展对跨合区的经济支撑。沿边城市的经济发展也离不开跨合区的引领和带动，两者是互为支撑、相互促进的。“一带一路”倡议的提出为我国沿边地区的经济发展提供了有利条件，是推进跨合区建设的重要支撑条件。
首先，“一带一路”倡议为沿边开放城市产业结构升级提供了机遇。从目前的发展情况来看，边境城市的产业结构水平不高，表现为工业化水平低，资源性产业多，现代制造业少，现代服务业发展滞后，以传统旅游业为主，生产性服务业少。与东部沿海地区相比，产业结构还需要进一步调整和升级。“一带一路”倡议的提出，为沿边地区加快双向开放，发展面向国外市场的出口加工业，发展面向国内市场的进口加工业，以及发展加工贸易提供了契机，进而带动金融、物流、电子商务等现代服务业的发展，为沿边地区加快产业结构优化升级开辟了快速通道。其次，“一带一路”倡议有利于沿边地区产业的整合与发展。“一带一路”倡议意味着国内与国际诸多先进的发展理念、科学技术知识、市场信息等会涌入沿边地区，边境城市可以在此基础上，结合实际情况，充分利用东部的优质资源，发展具有西部特色的产业，进而使沿边地区搭上“一带一路”的顺风车，加快经济社会全面发展。边境城市作为跨合区的中心腹地，其产业结构升级、新兴产业发展必将对跨合区建设形成有效支撑。
基础设施互联互通是“一带一路”建设的优先领域，也是提高贸易便利化水平、建设高标准自由贸易网络的重要依托。
“一带一路”倡议提出后，我国和沿线国家不断加强基础设施互联互通工作。中巴经济走廊“两大”公路和中俄黑河界河公路桥等建设项目成功落地；大湄公河次区域九大交通走廊初步形成；中蒙俄、中哈俄等国际道路运输协定正式签署，并开展了试运行；建立了中国——马来西亚港口联盟；制定通过了中国——东盟交通合作战略规划等规划对接文件；推动中国、中东欧领导人达成设立中国——中东欧海运合作秘书处的共识，并且签署了有关谅解备忘录；等等。
跨境经济合作区跨境贸易、跨境加工、跨境物流、跨境电商、跨境金融和跨境旅游等主要功能都离不开交通、通信、能源等基础设施的互联互通。“一带一路”建设将大幅改善沿边地区基础设施内联外通条件，为跨合区注入发展动力。
习近平指出，“一带一路”是经济合作的道路，是互利共赢的道路。“一带一路”建设为中国带来了前所未有的发展机遇，也为沿线国家带来了新的经济增长点，创造了大量就业岗位。“一带一路”沿线国家的要素禀赋虽然存在明显差异，但发展经济的愿望是一致的，每个国家都因地制宜地制定了符合国情的发展规划。在“一带一路”的建设过程中，可以将各国的发展规划相结合，进而充分发挥各国的比较优势并且互为补充。中国与大部分沿线国家成立了双边合作机制。我国不断加强与“一带一路”沿线国家在农业、交通、能源、旅游、基础设施、金融等多方面的经济合作，深化了我国与沿线国家的经贸合作关系，促进了我国与沿线国家的互利共赢、共同发展。边境城市是我国与“一带一路”国家经贸合作的最前沿，“一带一路”倡议必将拓宽跨境经济合作领域，加快跨境资本流动、人才流动、信息技术流动，带领跨境贸易、跨境加工、跨境旅游、跨境金融等向纵深发展。
“一带一路”建设的持续推进虽然为跨境经济合作区提供了发展机遇，但应当注意到，跨合区建设还面临着地缘经济政治特殊性和国家间的制度差异、跨境经济合作区制度建设不足、边境城市产业结构不合理、基础设施建设滞后等一系列挑战。
地缘政治的特殊性使在建设跨境经济合作区的过程中，双方信息沟通和制度协调的效率不高。跨境经济合作区是在打破边境对生产要素流动限制的基础上开展的经济合作。它包括对人员流动和商品流动的管理，以及检验检疫管理和海关监管，这就不可避免地涉及双方国家共同协商、共同管理跨合区事务。目前，由于政治体制的差异以及历史原因，中国周边国家主权意识较为强烈，对口岸城市人流和物流的出入境管理都较为严格。要推进跨合区建设，需要双方国家建立较高的政治互信和友好的政治关系。目前中国提出的“一带一路”倡议得到了沿线绝大多数国家的认同，但建立高度互信关系还需要进一步加强沟通和合作。中国凭祥——越南同登跨境经济合作区和中国河口——越南老街跨境经济合作区，中越双方直到2014年才达成重要共识，跨境经济合作区的建设才进入实质建设阶段。
中国与周边国家在经济发展上的不平衡也是跨合区建设中不得不面临的问题。受益于改革开放取得的伟大成就，我国在推进跨合区建设过程中资金压力较小，对交通、口岸等基础设施投入热情较高，但不少周边国家经济发展水平不高，跨合区建设资金压力大，建设进度相对较慢。此外，中国与周边国家法律、文化和管理制度等的差异，包括价值观、宗教信仰、民族文化、传统风俗习惯等方面的差异，公司文化、管理理念、经营模式上的差别，都会在一定程度上影响跨合区建设发展。
国家和地方为支持跨境经济合作区发展，出台了一系列政策，但在落实过程中还存在执行不畅的情况，制度保障还需要进一步加强。一是虽然国家层面出台了一系列指导性意见，为跨合区加快发展指明了方向，但缺乏详细的实施细则，导致跨合区建设过程中实际享受的政策扶持力度不是很大。
二是支持跨合区发展的国家指导性意见与国家各部委政策不完全一致。跨境经济合作区建设涉及多个国家部委，包括财政部、海关、商务部、外交部、原国土资源部、检验检疫局等，这些国家部委在制定部门政策时，更多地考虑政策在全国执行上的一致性，较少考虑沿边地区的特殊性。如国家明确提出可在土地林地占用指标方面对跨境经济合作区给予政策倾斜，但由于用地指标有限，原国土资源部批准的建设用地远远不能满足跨境经济合作区的需求。这导致不少边境口岸无法实现人、车完全分离，很多项目缺乏实施的条件，延缓了跨合区建设开发进度。
三是跨合区所享受的优惠政策往往需要地方政府去争取。地方经济是跨境经济合作区发展的直接受益者，所以地方政府往往是跨合区的积极倡导者和主要推动者。但跨合区发展不可避免会涉及土地政策、口岸政策、边贸政策等，这些政策都离不开国家层面的支持，因此需要地方政府积极向上级部门去争取。这种自下而上的制度推进，其优点在于制度建议更具有可操作性，实施效率高，但其缺点也很明显，即制度推进效率低，进度缓慢。
我国边境城市普遍存在经济发展水平不高、产业支撑能力较差的问题。边境地区虽然有丰富的自然资源，但由于自然、历史、经济等原因，经济发展水平总体较低，大多以跨境贸易立市，以通道经济为主，制造业发展滞后，还处于工业化中期甚至早期阶段。2017年，全国三次产业结构是7.9∶40.5∶51.6，处于工业化后期阶段，但同年广西2个边境城市凭祥市和东兴市的三次产业结构整体为13.5∶37.2∶49.2，云南3个边境城市芒市、瑞丽市和景洪市的三次产业结构整体为16.8∶25.1∶58.0。容易看出，边境城市第一产业比重过高，第二产业发展较慢，产业结构与全国平均水平相比差距非常明显。
此外，边境城市大多位于限制开发区和禁止开发区内，可开发利用的土地资源极为有限，加上生态保护压力大，丰富的自然资源禀赋难以顺利转化为产业优势，制造业发展受到制约。而无论是发展跨境加工业，还是承接东部地区产业转移都需要当地制造业的支持。跨境贸易结构升级，将通道经济转变为加工经济也需要当地制造业的充分发展。由于制造业基础较弱，跨境经济合作区发展加工经济面临不小的挑战。目前跨合区传统旅游业发展势头良好，但现代服务业，如跨境电商、跨境金融的发展因需依赖制造业的充分发展，仍面临一定的挑战。
由于自然条件差、自身基础薄弱，与沿海城市或内陆中心城市相比，边境城市的基础设施建设相对滞后，不能完全满足“一带一路”建设的需求。虽然自沿边开放以来，在国家的大力扶持下，边境地区启动了较多的基础设施建设项目，基础设施整体状况有了明显的改善，但是由于经济社会发展水平不高，基础设施欠账较多。在交通方面，边境地区还没有形成完善的交通运输网络，高速公路覆盖度不足，主要还是依靠国道、省道，有些地区由于地质条件的问题，公路等级低且质量不高；西南边境城市多高山，铁路通道少，运输能力有限；机场建设还比较滞后，机场等级不高，线路较少。在口岸方面，口岸基础设施也比较落后，设施配套不完善，通关能力较弱，一些口岸完全不能适应“一带一路”建设的需求，还有一些口岸因跨境贸易发展较快，原先的设计能力远远不能满足需求，需要较大规模的改造，增加通关通道、检验设备、存储货场等硬件设施。基础设施建设落后于中国与“一带一路”沿线国家快速增长的经贸合作需求是跨合区发展面临的挑战之一。