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跨境经济合作区是由毗邻两国的或多国的政府共同推动，在毗邻国家边境地区各自划定的区域范围内，以次区域合作为框架设立管理机构与协调机制，建立的具有“两国一区、境内关外、封闭运作、协调管理”特点，且享有出口保税区、加工区、自由贸易区等特殊优惠的区域。
跨境经济合作区内生产的商品能够更加便利地进入对方市场和第三国市场，因此跨境经济合作区比传统的边境经济合作区、重点开发开放试验区更能广泛利用两个或多个国家的资源，实现共赢。
近年来，位于沿边开放前沿的省区不断发出呼声，要求加快推进跨境经济合作区建设。2005年起，云南省提出要加快推进中缅瑞丽——木姐、中老磨憨——磨丁和中越红河——老街3个跨境经济合作区的建设。2007年，广西与越南签订了合作协议，计划建设凭祥——同登、东兴——芒街、龙邦——茶岭3个经济合作区。目前我国的跨境经济合作区大致可以分为三类：第一类是国务院正式批准的跨境经济合作区，目前仅有中哈霍尔果斯国际边境合作中心。第二类是沿边省区在整合各类跨境合作平台，包括边境经济合作区、重点开发开放试验区和（或）保税区的基础之上，推进建设的跨境经济合作区，如广西东兴——芒街跨境经济合作区。这类跨合区已建设多年，正逐渐过渡到成熟期，同时正在积极申请国家的正式批复。第三类是在边境经济合作区的基础上，沿边省区支持建设的跨境经济合作区。与第二类的区别主要在于，这类跨合区大多处于建设初期，边境城市的经济社会总体发展水平还不是很高，如云南河口——老街跨境经济合作区。在我国与邻国的共同努力下，跨境经济合作区正在迅速崛起，呈现良好的发展势头。
中哈霍尔果斯国际边境合作中心是我国首个与其他国家建立的跨境经济合作区。霍尔果斯口岸是我国西部最大的陆路口岸，位于新疆维吾尔自治区伊犁哈萨克自治州内，与哈萨克斯坦的阿拉木图州相邻，是古丝绸之路上一个已有百年通商历史的重要驿站。霍尔果斯具有建立边境贸易区的天然地缘优势，该区域横跨两国边境线且整体封闭，中间以通道连接，向东可辐射到整个欧亚大陆80%的地区，向西可以连接独联体国家和中亚各国，并且能够进入中东和西亚地区。
2003年，在中哈边境适合的区域建立自由贸易区的构想获得了中哈两国领导人的高度关注。2004年9月，中哈两国政府签订了《关于建立中哈霍尔果斯国际边境合作中心的框架协议》。2005年7月，在时任中国国家主席胡锦涛参加上海合作组织阿斯塔纳峰会期间，中哈两国政府签署了《中哈霍尔果斯国际边境合作中心管理活动的协定》。2006年3月，国务院下发《关于中国——哈萨克斯坦霍尔果斯国际边境合作中心有关问题的批复》，对合作中心及配套区的功能定位、优惠政策等方面作出了明确的批复，
由此合作中心的建设进入实质性阶段。经过多年筹建，中哈霍尔果斯国际边境合作中心于2011年9月正式开业，标志着我国第一个跨境经济合作区正式成立。
中哈霍尔果斯国际边境合作中心采用的是“跨国经济合作开发区”“边境自由贸易区”2种经济合作模式。在该中心实行封闭式管理，总面积为5.28平方千米，其中中方区域3.43平方千米，哈方区域1.85平方千米。其主要功能是贸易洽谈、商品展示和销售、仓储运输、宾馆饭店、商业服务设施、金融服务，以及举办各类区域性国际经贸洽谈会等。目标是建设成为中亚和上海合作组织区域的投资自由、贸易自由、人员出入自由、高度开放的综合性国际贸易中心。
同时，国务院批复同意在中心以南1千米处建立中方配套区域，作为支撑中心发展的产业基地。配套区域规划面积为9.73平方千米，主要功能为出口加工、保税物流、仓储运输。配套区的政策比照珠澳跨境工业区珠海园区的税收、外汇等相关政策，功能定位和管理模式执行。主要税收政策为境外货物入区保税；货物出区进入境内按货物进口的有关规定办理报关手续；境内区外货物入区视同出口，办理出口报送手续，实行退税；区内企业间的货物交易不征收增值税和消费税。
霍尔果斯国际边境合作中心的建立极大地促进了跨境贸易、跨境旅游、跨境金融的发展。跨境贸易方式多样化，除了大宗商品贸易活动外，边民互市、边境小额贸易成交额迅速增长，2017年，霍尔果斯实现通关贸易额385.67亿元（不含天然气），同比增加146.14亿元，增长61.0%。贸易主体也呈现多样化的趋势，交易范围也从原来的生活资料扩大到生活资料与生产资料并存的状况，为夯实“一带一路”倡议打下了坚实的基础。
自1992年广西东兴边境经济合作区获得国家批复之后，地方政府在此基础之上，一直在积极推动中国东兴——越南芒街跨境经济合作区的发展。长期以来，立足于自身的区位优势，东兴一直致力于加强与越南芒街的经贸合作，深化中越两国在各个领域的交流与合作。为充分发挥东兴与芒街的地缘优势，主动融入泛北部湾区域经济和多区域合作，2006年起，东兴和芒街轮流在两地举办中越边境商贸旅游博览会，每次都吸引了众多浙江、广东、贵州等地以及越南中南部地区的商客前来参会，影响力不断扩大，为东兴和芒街两市进一步深化合作与交流搭建了良好的平台。
2007年，东兴和芒街共同签署了《中国东兴——越南芒街跨境经济合作区的框架协议》，以借助跨境经济合作区这一更高级别的平台，深化东兴和芒街、中国和越南之间的各领域合作。中越两国根据该协议，在各自的边境范围内划出一部分地区作为中国东兴——越南芒街跨境经济合作区的规划区域，双方拟着重在基础设施建设、加快经济结构优化调整、优化投资环境、加大招商引资力度、技术研发、促进贸易和投资便利化、开展社会文化事业、加强环境保护与司法互助等多个方面加强合作。2010年9月，中国广西壮族自治区和越南广宁省在中越东兴——芒街跨境经济合作区研讨会上达成共识，签署《共同推进建立中国广西东兴——越南广宁省芒街跨境经济合作区协议》，跨合区建设自此进入具体的运作阶段。该协议确定跨境经济合作区将着重开展包括基础设施建设，贸易、旅游和投资，产业、金融，社会文化，环境保护，司法互助以及其他双方共同关心领域的合作。
2012年7月，国务院批复的《东兴重点开发开放试验区建设方案》提出“在条件成熟时，根据中越双方达成的共识，研究建设中越跨境经济合作区”。这标志着东兴——芒街跨境经济合作区的建设由地方层面上升为国家战略层面。随后，东兴——芒街跨境经济合作区作为东兴国家重点开发开放试验区三大启动项目之一正式启动建设。2013年10月，李克强总理访问越南期间，中国商务部和越南工贸部共同签署了《关于建设跨境经济合作区的谅解备忘录》，跨境经济合作区进入加速建设阶段，一批基础设施项目先后开工建设。
东兴——芒街跨境经济合作区规划总面积23.44平方千米，其中中方园区规划面积9.94平方千米，越方园区规划面积13.5平方千米。跨合区目前已经在多个项目上取得了突破。在跨境劳务合作方面，自2015年启动境外边民入境务工试点以来，截止到2018年7月，办理用工资格企业达111家，20家人力资源公司取得跨境劳务服务经营资质，实现务工71125人次，其中持有务工证件的有4746人，在边民互市贸易区灵活务工66379人次。在跨境自驾游方面，2016年11月，东兴——芒街跨境自驾游常态化开通，2018年6月，中越双方就延长东兴——芒街跨境自驾车旅游线路达成协议，同意开通中国桂林——越南下龙黄金旅游线跨国自驾游，目前东兴口岸每天最多可允许50辆车出境自驾前往越南，游客在越南停留的时间不能超过5天。
河口——老街跨境经济合作区目前主要由云南省政府和红河州政府主导推进和建设，同时正在积极申请国家正式批复。2005年9月，云南红河州政府和越南老街省人委会正式签署了《中国红河——越南老街跨境经济合作区方案》。此项目被联合国开发计划署作为GMS合作重要项目的援华项目立项，于2007年10月启动了“联合国开发计划署援助中国——越南跨境经济合作项目”。2010年6月昆交会期间正式签署的《中国云南省与越南老街省关于加快中国河口——越南老街跨境经济合作区建设合作的框架协议》，是关于中国河口——越南老街跨境经济合作区建设的纲要性协议，标志着双方在跨境经济合作区建设上迈出了关键性步伐。2017年11月，在中国习近平总书记和越南阮富仲总书记的见证下，中国商务部部长钟山与越南工贸部部长陈俊英在越南河内正式签署《关于加快推进中越跨境经济合作区建设框架协议谈判进程的谅解备忘录》，双方同意在中国河口——越南老街试点建设跨境经济合作区。
河口——老街跨境经济合作区规划总面积21平方千米，其中中方区域11平方千米，越方区域10平方千米，并根据发展需要有序推进、逐步拓展实施范围。围网区经由专门通道（拟建中国坝洒——越南巴刹跨境公路大桥3座，前期先启动建设1座）连为一体。跨合区的功能定位是中越互利合作的重要平台、昆河海经济走廊的中心节点、区域性重要物流枢纽、区域性进出口加工和商贸服务基地、沿边金融综合改革试验基地、睦邻安邻富邻示范区。产业规划为加工制造业、跨境商贸、国际金融、现代物流、跨境旅游、国际会展6个方面的主导产业。结合当前的产业发展形势和需要，今后区内将增加跨境电子商务等产业。
为加快推进河口——老街跨境经济合作区建设工作，按照“边建设、边申报、边汇报、边总结，不等不靠、主动作为”的工作思路，在跨合区尚未获得中越两国政府批复前，河口县积极加大跨合区基础设施建设、产业培育、开放平台搭建力度，通过积极的努力争取云南省和国家层面的重视和支持。目前，跨合区已完成项目建设用地征迁3200亩，投入基础设施建设资金14.8亿元，完成污水处理厂、路网一期等项目建设并投入使用，供水厂、路网二期、标准化厂房等设施预计2018年年内完成。2018年4月24日，中越双方就中国坝洒——越南巴刹红河界河跨境公路大桥建设事宜达成共识。
在招商引资方面，截至2018年6月，入驻跨合区的企业已达9户，2018年年底将达到15户。其中深圳惠科集团已完成7.2万平方米厂房建设，并于2017年11月投产；深圳华强、香港申艺公司等4户企业签订投资协议并将于2018年年底前开工建设；云南凯拓、深圳潮商等企业与跨合区达成合作协议，项目协议总投资31.2亿元人民币。
跨境经济合作区作为两个国家之间高级的区域经济合作模式，区域内享受税收、金融、投资、边境贸易等方面的特殊优惠政策。它的本质是通过经济特区的方式招商引资，吸引资金、技术、人才等要素向跨合区聚集，实现经济集聚，起到经济发展的增长极作用。从中国与邻国跨境经济合作区的实际运行来看，跨合区的主要功能集中在跨境贸易、跨境加工、跨境金融与国际结算、跨境物流与跨境电商、跨境旅游这几个方面。
跨境贸易是跨境经济合作区的最主要功能。一方面，相邻的两个国家由于经济发展水平不同，行业竞争力不同，存在贸易保护的压力。边界作为两个国家之间的分界线，成为天然的贸易壁垒，两国的政治制度差异、贸易政策差异、语言文化差异进一步强化了边界的“屏蔽效应”。另一方面，两个国家具有不同的资源禀赋优势，相互贸易各自具有比较优势的产品能够显著促进两国经济增长。边境区作为两国距离最近的地区，加上边境两边的居民大多是跨界民族，语言相通、文化相近，具有天然的“中介效应”。
在经济全球化的时代，中介效应明显大于屏蔽效应。由于跨境经济合作区具有区位优势，其较其他高层次的经济合作，具有直接、迅速、灵活性大、主权成本低的独特优势，
能够显著地增强“中介效应”、弱化“屏蔽效应”，促进两国之间的经济合作。其中促进贸易投资便利化是跨合区的核心功能。
中哈霍尔果斯国际边境合作中心建立以来，积极推进口岸建设。2010年10月，霍尔果斯铁路口岸正式开工建设，2011年12月与哈萨克斯坦铁路完成接轨，2013年开始试运行，2016年6月，该口岸正式对外开放。随着中欧班列的开通，霍尔果斯成为新亚欧大陆桥第二条通道的重要节点。此外，霍尔果斯强化通关便利化举措，推进农产品绿色通道建设，对企业实行“先预约、先通关”模式，运用非侵入式查验手段，实现随到随验；深化通关一体化改革，实现通关作业无纸化；深入推进汇总征税和电子支付，做到快速通关。2017年，霍尔果斯实现进出口货运量近3000万吨，贸易额1106亿元，占新疆关区的58.6%。
跨境经济合作区依托不断升温的边境贸易、不断改善的区位条件和交通条件、不断完善的产业支撑体系，大力发展加工贸易和进出口加工基地建设，变“通道经济”为“加工经济”，加工制造业正逐渐成为跨合区的支柱产业。
加工贸易是指经营企业进口全部或者部分原辅材料、零部件、元器件、包装物料，经过加工或者装配后，将制成品复出口的经营活动，包括来料加工和进料加工。在改革开放之初，我国东部沿海地区通过大力发展加工贸易，加速完成工业化进程，并逐步建立起有国际竞争力的产业体系。尽管1992年我国就确定了沿边地区开发开放政策，但边疆地区深处内陆，发展加工贸易不具有区位优势和成本优势，沿边地区加工贸易的发展始终不尽如人意。
但“一带一路”倡议的提出和推进，让沿边地区迎来了发展加工贸易的历史机遇。一方面，东部沿海地区生产成本上升，加工贸易企业迫切需要向西部地区转移，寻找成本更低的生产区位；另一方面，随着我国西部地区重大基础设施建设的加快以及与“一带一路”沿线国家基础设施的联通，沿边开放地区内联外通的交通条件不断改善，区位条件显著优化，对东部地区加工贸易企业的吸引力逐渐增强。2017年7月，香港广利通集团有限公司在东兴——芒街跨境经济合作区（中方园区）建设指挥部签订高新科技园和电子商城项目投资入园协议，标志着首个加工贸易产业项目在东兴——芒街跨合区正式落地。项目建成投产和运营后，年产值将达到近30亿元，年税收将超过2000万元，带动就业超过4000人。
此外，沿边开放城市积极利用毗邻“一带一路”国家的区位优势，吸引国内企业在跨境经济合作区投资建厂，建设发展面向“一带一路”市场的出口加工基地。2013年，重庆银翔摩托车集团有限公司开始在瑞丽投资兴建摩托车制造基地，项目投资26亿元左右，年组装100万辆摩托车。中国摩托车产能过剩，而缅甸对摩托车需求量大，瑞丽银翔生产摩托车具有显著的成本优势，在缅甸市场极具竞争力。2016年，瑞丽市生产摩托车近75万辆，绝大多数出口到缅甸。
沿边开放地区还可以利用毗邻国外原材料市场的区位优势，积极吸引国内企业在跨境经济合作区投资建厂，建设发展面向国内市场的进口产品加工基地。内蒙古满洲里市利用俄罗斯木材资源丰富的优势，从2003年就开始建设进口木材加工基地。2017年，满洲里市进口木材1273万立方米，价值110多亿元，同比增长20.5%，落地交付844万立方米，木材企业精深加工比例达55%，实现产值10亿元。同时，满洲里市积极引导木材加工企业进行产业升级，2017年装配式木结构建筑生产企业增至12家，生产规模达到100万平方米，获评国家级装配式木结构建筑示范市。
跨境经济合作区内欣欣向荣的跨境贸易以及不断增长的跨境加工业激发了跨境金融和国际结算的发展和创新。跨合区内的贸易企业和加工企业开展进口业务有外币融资的需求，开展出口业务有进行结算的需求，在跨合区内建立相应的金融机构能够为企业提供更方便、迅捷的金融服务，降低企业生产经营成本，促进贸易和投资，加快跨合区发展。
现有的结算体系已不能满足跨合区内贸易和加工业发展的需要。外方企业需要先将外币换成美元，购买中方企业商品并支付给中方企业美元，然后中方企业再将美元兑换成人民币，整个交易过程货币需要经过两次兑换，成本高。目前，各个跨境经济合作区纷纷探索建立人民币与外币直接结算体系，既方便了企业交易，又降低了企业结算成本。2013年7月，东兴市成为全国第二个试点、边境开放城市中第一个试点个人跨境人民币结算的城市，境内外自然人凭个人身份证即可办理个人边境贸易人民币结算。人民币直接结算不仅方便了个人，还促使贸易商从“地摊银行”转向正规金融机构，促进了金融市场健康发展。东兴市人民币直接结算体系的建立极大地促进了边民互市贸易的发展。2017年，东兴市跨境人民币结算实现362.4亿元，增长28.2%；个人跨境人民币结算264.8亿元，增长94.3%。
跨境经济合作区实行的是“境内关外”的管理制度，有助于跨合区内金融机构进行跨境人民币的创新业务，且不受国内金融体系的束缚。如2013年中哈霍尔果斯国际边境合作中心获批设立全国首个“境内关外”跨境人民币创新金融业务试验区。跨合区内的银行开办的人民币存贷款业务，利率可参照境外金融市场利率确定；境外机构在合作中心银行开立的人民币结算账户，可存放定期存款；合作中心内中方注册企业的人民币境外融资不设定额度上限，企业可根据自身需求自主决定融资规模。在合作中心注册的企业，既可以开设传统的人民币结算账户，也可以开设离岸账户，该账户的资金划拨、调度均按照国际规则进行，不受国内管理框架限制，两个账户之间可以实现资金划拨与流转。
跨境贸易的蓬勃发展也催生了跨境物流和跨境电商在跨境经济合作区内的发展壮大。我国与周边邻国的贸易产品在各自国内的市场上都具有相当强的竞争力。我国向东南亚国家出口的生活日用品、手机、摩托车、机械设备等都非常受欢迎，而东南亚国家的榴梿、牛油果、火龙果、水产品、木薯粉等在我国市场上也供不应求。
作为东盟的“桥头堡”，凭祥位于中国和中南半岛的中心。2018年，凭祥市商贸物流业发展蒸蒸日上并积极进行升级，原本位于深圳的捷递集团中国总部迁移到了凭祥综合保税区，富士康“准时达”绿色物流中心也在综保区落户。珉丰、华泰和捷递等陆路集装箱枢纽工程暨保税物流项目也得到了更多支持，新开通了青岛——凭祥——越南、广州——河内、仁川——胶州——凭祥、中国——东盟铁路冷链等班列，加快打造凭祥直通胡志明市、曼谷、吉隆坡等地区的中国——东盟物流枢纽基地。
凭祥是我国通往东盟地区最便捷的陆路通道，依托区位优势，凭祥积极发展跨境电商产业。从2013年开始，在阿里巴巴发布的“中国电子商务发展百佳县”中，凭祥连续4年上榜。2017年，广西凭祥综合保税区正式投入使用，同时成立了我国西南地区第一家沿边地区跨境电商监管中心。2017年9月，中国——东盟（凭祥）电商产业园正式挂牌成立，它具有6大核心功能——跨境人民币结算中心、实体交易展示中心、电商运营中心、创业孵化中心、跨境电子商务交易平台、物流配送中心，它的成立意味着凭祥从传统经济发展转变成电子商务发展。2017年，凭祥市有超过300家电商企业，年总营业额超过50亿元。
沿边开放城市发展旅游业具有得天独厚的优势。一是边境地区大多工业化程度不高，生态环境好，有优美的自然景观资源；二是边境地区大多位于少数民族地区，具有丰富的民族文化资源；三是边境口岸是重要的出入境通道，具有发展跨境旅游的独一无二的优势。跨境经济合作区的建立，使跨境旅游成为边境地区的重要产业，极大地带动了边境地区的就业，促进了边境地区经济发展和社会和谐稳定。
中国和哈萨克斯坦于2012年签约，同意双方共同投资开发边境旅游和哈萨克斯坦传统民族旅游项目。项目位于中哈霍尔果斯国际边境合作中心的哈方区域，占地75亩，该项目也是新疆地区首个边境旅游项目。合作中心多次与哈萨克斯坦旅游公司进行洽谈，邀请哈方公司赴霍尔果斯考察，与中方旅行社对接。霍尔果斯与哈方旅游部门联合，在合作中心内举办中哈冰雪文化旅游节，开展冰雪旅游节开幕式、冰雕创意大赛、“相约冬季”冰上集体婚礼、中哈合作中心跨境游、冬季摄影节等系列活动。2016年上半年，中哈霍尔果斯国际边境合作中心和边民互市共入境旅客120万人次，旅购金额达17亿元。