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尽管有国家政策的推动，也有地方政府的倾力扶持，但霍尔果斯跨境经济合作区在建设发展的过程中，还是遇到了一些问题。有些问题是制度层面的，有些问题是执行层面的。如果不能正视这些问题并积极应对，跨境经济合作区未来的发展就会存在诸多的不确定性。
建设跨境经济合作区需要双方国家高层达成共识，启动政策和管理等实质内容的研究和探讨，制定可行方案，明确推动路线、运行和监管模式。在此基础上共同立法，签订协议，才能推动跨境经济合作区建设取得实质性进展。《中华人民共和国和哈萨克斯坦共和国政府关于建立霍尔果斯国际边境合作中心的框架协议》和《中华人民共和国和哈萨克斯坦共和国政府关于建立霍尔果斯国际边境合作中心活动管理的协定》（以下简称《管理协定》）是合作中心的设立依据，但文件仅对双方授权管理机构予以明确（中方为新疆维吾尔自治区人民政府，哈方为工业和贸易部），并未明确外部执行机制、第三方管理组织和运营管理期文件，造成合作中心内中哈区域建设无统一组织协调机构、无明确推进时间表。《管理协定》尚未全部落地，双方的贸易政策不对等，进度难以同步，发展不平衡。现在合作中心逐渐由建设期向运营期转变，建设运营管理涉及较多系统和部门，目前合作中心遵循的国内政策文件只有国发〔2006〕15号，
较上海自由贸易试验区配套的执行政策有所欠缺，影响合作中心国际化、法制化、规范化建设。
合作中心自2006年动工以来，累计投入11.8亿元进行基础设施建设。目前，有的道路、管沟、监控等基础设施已经老化，急需维护修缮，还有大量新的基础设施需要建设，每年投入需1亿元。此外，合作中心经营成本增加。随着商户日益增多，需要增加自助查验设备，缓解人员进出压力；实施多点办证后，需大量购置查验、办证设备；为解决“一关两检”延时加班费以及自聘的协警协勤报酬，每年需财政投入1500万元。当地政府的财力捉襟见肘。
霍尔果斯市发展基础薄弱，对跨合区的支撑作用较弱，口岸进出口贸易结构较为单一，辐射带动作用目前还较为有限，使跨合区招商引资速度低于预期，跨合区经济总量不高。2017年，霍尔果斯市域实现生产总值46.9亿元。同期，与霍尔果斯同为“一带一路”重要节点陆路口岸城市的满洲里和瑞丽的生产总值分别达到了1131亿元和103.6亿元，分别是霍尔果斯的24.11倍和2.2倍。可以说，横向对比来看，霍尔果斯并不具经济总量方面的优势。由于口岸自身条件制约，其占优势的主导产业——出口加工和贸易物流，不论是产品结构还是发展方式均处于低水平阶段，口岸只起了通道和中转的作用，“通道经济”比重高。对外贸易规模不大，以初级产品和初级工业品为主；加工业处于起步阶段，规模不大，附加值低；现代服务业的发展远落后于其他产业，金融服务相对滞后，物流业发展粗放，旅游业多为传统观光型，其他服务业仍处于起步阶段。
霍尔果斯推出的“五减五免”税收政策、宽松便利的融资环境、丰厚的财政补贴、大力度的收费减免、上市的绿色通道等各种利好因素，使其成为众多企业争相投资的“税收洼地”。注册成本低、税率低，吸引了大量内地企业到霍尔果斯注册公司。截至2017年12月31日，霍尔果斯市各类市场主体（企业、个体户）总量22615户，注册资本3021亿元，分别同比增长177.7%、202.5%。尤其需要注意的一个现象就是影视文化类企业增长迅速，这类企业的一个主要特征就是不需要规模雇用劳动力。由于政府吸引外来资本的态度过于急切，出现了一些注册审查不严、监管不够规范的情况。大量公司在霍尔果斯注册仅为了谋求税收利益，在霍尔果斯并无实际经营。出于避税目的而注册的企业，若并未在霍尔果斯开展实际经营业务，就属于典型的“空壳”企业。大量“空壳”企业如雨后春笋一般，一址多照，出现逃税漏税等现象。这种行为既违背了税收政策的实质精神，扰乱了市场秩序，长期来看也不利于霍尔果斯经济健康发展。
鉴于这种情况愈演愈烈，霍尔果斯市在2018年7月出台通知，要求规范和整顿企业注册行为，暂停为不符合要求的企业办理注册手续，同时暂停返还增值税和个人所得税。税务政策的调整牵一发而动全身。一方面，企业规模大的注册公司倾巢而动，积极按政策要求在当地落地，保证税收优惠政策的正常享受；另一方面，规模小的公司在成本上涨的压力之下，选择将公司注销，逃离霍尔果斯。
应对“空壳”企业的避税行为，一方面将不合规的中小企业淘汰出局，另一方面又能吸引规模较大公司的入驻，这对霍尔果斯的经济结构和产业结构调整有较大的帮助。但与此同时也必须要看到，霍尔果斯自身经济规模不大，如果仅有少数具有实力的公司进入，对当地经济拉动的作用有限。如何在控制企业避税行为的同时，吸引更多企业进入，改善当地产业结构，是政府必须要解决的重要问题。
霍尔果斯的跨境旅游虽然从人数和增长速度等方面都已经取得了相当的进步，但从整体来看仍然存在一些亟待解决的问题。这些问题主要包括：第一，相关跨境旅游政策未能落实，中哈双方仍然停留在备忘录阶段，未能实现突破性进展。第二，跨境游出入境手续烦琐，尤其是哈方颁发给中国游客签证时仍然要求较多，有时滞。这使很多国内游客放弃了中哈边境游这一非常具有吸引力的项目，对霍尔果斯聚集人气和对外宣传非常不利。第三，国际范围的宣传力度有所欠缺。虽然霍尔果斯具有得天独厚的旅游资源和良好环境，但当前对旅游的宣传仅局限于国内市场，海外对霍尔果斯的认知相当薄弱，造成国际旅游人士对霍尔果斯的认识不足，国外游客数量稀少。这些都不利于霍尔果斯旅游业乃至区域经济的健康快速发展。