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随着国家沿边开放政策的持续推进，各边境城市积极推动跨境经济合作区的建设和发展。“一带一路”倡议的提出，为跨境经济合作区带来了前所未有的发展机遇，但跨合区建设仍存在一些制约因素。把握机遇、应对挑战，是跨境经济合作区面临的新任务、新目标。鉴于我国跨境经济合作区的实际情况，提出如下的思考和建议。
跨境经济合作区的建设和发展涉及国家间的协商和协调，面临较多地缘经济政治因素的影响，因此跨合区的发展应由中央政府主导。目前，跨境经济合作区的政策支持力度不足、资金投入有限，应当抓住当前“一带一路”建设的历史机遇，将跨境经济合作区的建设和发展提升到国家层面的战略高度上，将跨合区打造成“一带一路”合作的重要平台、窗口和示范区，从国家顶层制度设计上给予支持。具体来讲，国家可以考虑在以下几个方面给予支持：一是尽快制定并落实国家对跨境经济合作区的优惠政策细则，将资金、土地、税收、产业合作、边境贸易等方面的指导性意见变成具有可操作性的政策条文，让跨合区发展有明确的制度环境；二是设立跨境经济合作区专项扶持基金，可考虑由财政部牵头设立PPP专项基金，专门用于跨境经济合作区基础设施建设、生态保护建设、优势产业开发等，解决跨合区建设中资金投入不足的问题。三是鼓励东部经济发达地区对跨境经济合作区进行产业转移、投资和技术升级等，加快东西部协作，在加快边境城市工业化的同时升级东部地区产业结构，实现东西部合作共赢。
国家还应加强规划，建立有效的合作协调机制。跨境经济合作区的协调发展需要在建设规划和管理问题上达成一致意见。具体而言是在3个层面上建立合作机制。在发展方向上，双方国家中央政府之间需要对跨合区的建设进度、功能定位、产业合作等重大问题进行高层磋商，在跨合区的建设和发展上始终保持一致的方向。在发展规划上，双方国家的省（区）政府需要形成定期交流机制，根据实际情况确定合作领域，加强对跨合区相关问题的沟通、交流，保证规划的一致性。在具体管理制度上，双方国家的地方政府还应加强合作，设立专门的跨合区管理部门，就跨合区基础设施建设、产业规划、招商引资进度、日常管理事务等具体问题进行协调。
除了国家发挥主导作用之外，地方政府还应因地制宜制定相应经济发展规划，落实好中央的各项政策。地方政府需要主动与邻国地方政府进行沟通协调，扎实落实两国政府签订的协议，同时大胆创新跨合区管理体制机制，为境内外客商提供宽松便利的贸易、投资和旅游服务，将国家的优惠政策转变成跨合区发展的经济效益。
基础设施的互联互通是跨境经济合作区发展不可或缺的条件。在推进“一带一路”基础设施互联互通的大背景下，国家和地方政府应充分利用财政资金并借助社会力量，加快完善高速公路、铁路、机场和口岸一体化的立体交通体系和物流运输网络。在高速公路方面，加快规划和建设高速公路，降低跨境经济合作运输成本；在铁路方面，积极推进边境城市内通外联的高速铁路建设，将边境城市建设为“一带一路”通道上的重要节点；在口岸方面，加快口岸设施国际化标准建设进度，提高口岸通行速度和效率，满足口岸对安全便捷的储存运输功能的需求；在航空方面，有条件的边境城市应提高机场等级，提高运输能力。
跨境经济合作区的基础设施建设需要大量资金，仅靠国家投资或专项PPP基金难以在短时间内完成基础设施互联互通建设，应多渠道筹集资金。可积极争取联合国开发计划署、亚洲开发银行等国际机构和国际金融组织的支持和援助，引导境内外民间投资商会、行业协会、投资集团的参与和合作，营造多元化投资机制，推动边境地区基础设施互联互通建设。
跨境经济合作区的发展离不开优势产业集群的发展。因此，需要因地制宜，根据边境城市区位特点、两国产业结构特点，在跨合区培育具有比较优势和较强国际竞争力的产业集群。要充分利用国家的优惠政策支持，引导域外资金、技术、人才向边境城市集聚，逐步形成以跨合区为平台、以龙头企业为主导、配套企业充分发展的优势产业集群，发挥其对整个沿边地区的辐射带动作用。以两国市场或国际市场为导向，整合双方优势资源，以交易会、展览会、推介会等国际活动为媒介，通过知名品牌、重点项目、特色产业等吸引有实力的大型企业进行投资，并发展具有较强竞争力的优势产业。
从产业结构来看，传统的农业发展道路无法承载现代农业，需要走具有地方特色的“生态农业”道路，发展特色种植养殖业、特色畜牧业、绿色有机农业等特色农业，提高农产品竞争力。第二产业应积极依托边境贸易，推动进出口加工业发展，实现传统口岸经济向加工经济的转型升级。西南边境城市可利用跨境劳务合作发展劳动密集型产业，有条件的地区可承接东部地区高科技产业，西北、北部和东北边境城市可发展资源加工型产业、绿色能源产业等。边境地区具有丰富的民族文化资源、自然景观资源、非物质文化遗产资源等，具有发展旅游业、文化产业得天独厚的优势，应加快文化产业与特色农业、农产品加工业、旅游业的融合，充分发挥边境城市文化资源优势。
城市是区域经济发展的载体，一个地区的产业集聚程度与其城市化水平是相互促进、相互依赖的。要培育边境城市优势产业，加快跨境经济合作区发展，必须大力推进边境地区的城市化建设进程，实现工业化和城市化相互推动的良性循环。由于自然、气候和地理位置等因素的影响，边境城市大多依托口岸立市，产业结构单一，制造业不发达，城市规模较小，人口较少，难以形成促进工业化和城市化的人口聚集效应。因此，应加快边境地区城市化进程。一是科学合理规划城市发展。不少边境城市规划设计不合理，早期规划过于保守，未充分预留城市未来发展的空间，导致口岸通道狭小、交通拥堵等问题。为此，应充分考虑“一带一路”建设提供的历史机遇，科学合理规划边境城市发展空间。二是加强城市基础设施建设。边境城市是对外开放的窗口，是国家形象和国家实力的体现，可适当提高城市基础设施建设标准。三是提高公共服务水平。城市的发展需要人的聚集，要提高城市公共服务水平，提高对人才的吸引力。四是制定实施人才政策，提高对本地人才培养力度，吸引和鼓励专业技术和管理人才向边境城市汇集。
应逐步拓宽跨境经济合作范围，全方位、多领域促进跨境经济合作区的发展。根据跨境区域地理特征、资源优势以及产业基础等情况，在能源、农业、旅游、教育、环保和文化等领域进行跨境开发合作。
首先，积极推动跨境经济合作内容的升级，从简单的口岸贸易向跨境加工、跨境物流、跨境电商、跨境旅游等更广阔的领域深化。可以借鉴现行自由贸易区的相关政策，打造跨境自由贸易区。完善交通通道建设，实施更便利的跨境物流政策。整合各类资源，建立统一的跨境电商平台。实施更便利的边境旅游管理政策，积极推进自驾游、探险游等现代旅游方式，把跨境旅游业培育成为边境城市的重要支柱产业。
其次，积极开展跨境金融、跨境劳务等生产要素跨境合作。结合“一带一路”建设需要，积极推动人民币国际化，完善跨境人民币直接结算和兑换体系，大幅提升边境贸易投资自由度和投资便利化。积极推进跨境劳务合作，创新劳务合作模式，规范劳务合作市场，让跨境劳务合作有序健康发展。
最后，加强在教育、文化、科研、环保、反恐等方面的交流合作。随着各国间交流合作的深化，广泛的共同利益为跨境经济合作区的稳步发展打下了坚实基础。如云南省与老挝、缅甸和越南三国，在水利水电、禁毒防艾、教育合作等方面都存在广泛的共同利益，云南省在大力推进跨境经济合作区建设的同时也应该加强同越、老、缅三国在这些领域上的务实合作。在反恐合作方面，我国与多数东南亚、南亚国家面临着类似的恐怖主义威胁，与这些国家开展反恐合作也有利于维护我国的边疆稳定和民族团结。