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5月6日，日本舰队绕过台湾岛，在台湾最南端的恒春（电影《海角七号》主景地）靠岸，陆战队在军舰炮火的掩护下强行登陆。
恒春沿海的台湾原住民部落英勇地反击了，虽然他们手中的武器还属于原始社会级别的——只有砍刀、镖枪，但是他们利用有利地形，埋伏在高山峡谷间，英勇阻击日军。
在原住民阻截日军的同时，十万火急的军情传到了北京，清国政府向日本政府提出严正抗议，表示了对日军入侵台湾的严重关切。抗议声中，日军对原住民部落开展了为期一个多月的围剿和歼灭，成功地占领了恒春。西乡从道将他的“台湾都督府”搬到了恒春。
直到此时，福州船政大臣沈葆桢（林则徐女婿）才明确得到了来自北京的令他率领舰队出发的命令，但按照命令，他不是去作战，而是执行另外一个任务——进行军事演习。朝廷显然还是希望用谈判来解决问题。
这时候睦仁也在盼望着谈判。不是他突然收敛了“平定台湾”的野心，而是西乡从道告诉他：在占领恒春后，部队再也无法前进了。
士兵们水土不服，军中流行痢疾和瘟疫，每个人都抓紧时间往厕所跑，刚刚提上裤子，上大号的感觉又来了。而日军是找不到的药品的，因为恒春周边所有的百姓坚壁清野，无论日本人出钱买还是用刀逼，台湾人都拒绝提供任何食物和药品，就这样，每天拉肚子拉死的日本士兵有20人左右。而此时原先被击退的英勇的原住民又重新组织起来了，他们捡起地上的砍刀、镖枪，没日没夜地袭扰“都督府”，焦头烂额的西乡从道只好派人向睦仁汇报：陛下啊，这个地方简直不是人待的，我们现在真的还不具备占领台湾的条件，即使打得下来，也无法在这里长留，还是先跟清国谈谈，捞上一笔吧。
在睦仁指派的全权谈判大臣到达北京后，1875年，清日《北京条约》签订了。在这个条约中，日军答应从台湾撤军，而清国放弃了封贡长达500年的琉球王国，自动脱离宗主国地位，以后你日本对琉球爱干什么就干什么。
五年后（1879年），日军进驻琉球，琉球国王被软禁到东京，琉球王子逃出，漂洋过海千里迢迢来到天津，每天早晨在李鸿章的衙门外长跪不起，哭请清国出兵救救琉球，但清国政府出于综合考虑，最终放弃出兵——琉球就这样完全被日军占领了，改名为冲绳，成为日本的第73个县。
而就在这一年，沈葆桢去世了，死前他留下了一封遗折：要防备日本人，日本自入侵台湾后，从天皇到大臣，野心一直不死！