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黄巾之乱爆发以后，东汉朝廷派皇甫嵩、朱儁领兵征讨颍川，同时，任命卢植为中郎将，征讨河北黄巾军。本来，卢植已经取得了初步的胜利，但由于得罪了前来视察军事战况的宦官特使，遭到诬陷，无辜被囚，随后，朝廷任命董卓为中郎将，代替卢植继续攻打河北黄巾军。
黄巾之乱虽然被平定，但主要是人家皇甫嵩的功劳。董卓呢？未建寸功，“军败抵罪”，被免了官。所幸董卓这个人善于钻营，贿赂十常侍，当凉州战事再起，董卓又被起用。
在征讨凉州叛乱的过程中，董卓开始有了闪光的功勋。
某一夜，皓月当空，群星灿烂，夜半时分，静悄悄的夜空突然出现一道长达十余丈的流星雨，半壁天空火光如柱，惊得边章、韩遂军营中的战马狂嘶不已。熟睡中的士兵惊醒后也被这一突如其来的怪异现象吓得目瞪口呆，不知所措。他们以为这是战争将败的不祥之兆，不愿再留在这里打仗，都想归回旧地金城。顿时，整个军营一片骚乱，久久不能安静下来。
董卓得知以后，当机立断，立即与鲍鸿等人合兵夹击。由于对方军心受到影响，组织不严，大部分士兵根本没有思想和防卫准备，顷刻之间遭受沉重创击，死伤无数。董卓大获全胜；边章、韩遂败走榆中。
汉家军队见敌军溃败，觉得机会难得，便合兵追剿。由于金城是羌人的本家，势力无所不及，到处都驻有军队，而汉军盲目深入西羌，又犯了“穷寇勿追”的兵家大忌，在追赶过程中，遭到数万名羌人围击。孤军深入的东汉大军完全陷入西羌部队的分割包围之中。由于后方援军无法及时赶到，不到数日，各军粮草殆尽，而围兵不仅没有丝毫减退，反而进攻更加猛烈，情势十分危急。当时，由周慎等人率领的军队被彻底击溃，只有董卓军队设计得脱。沉着老练的董卓在如此情况下，仍不惊慌，他命令士兵在河中筑一高堤坝，截断上游的流水。羌人对此感到莫名其妙。这时，羌骑侦察回来传出消息说，东汉军队整天在坝中捕捉鱼虾。西羌将领以为董卓军粮已尽，只得靠捕捉鱼虾充饥，于是便放松了警惕，只围不攻，想困死董卓的军队。可是，很久都不见动静，等羌骑探明情况时，董卓军队早已消失得无影无踪，不知去向。原来，董卓筑坝的真正目的是迷惑敌人，以此作掩护，然后伺机悄悄撤退。胡兵、羌骑听闻董卓军队逃遁，前往追击，由于河水太深，无法渡河。因抗击边章、韩遂有功，表现突出，董卓不久便被封为台乡侯，食邑千户。
镇压凉州叛乱以后，董卓实力越来越强。其军队主体是战斗力强悍的湟中义从和其他羌汉混合兵。这是董卓培植豢养的一支私兵，只听命于董卓。
东汉政府为了巩固西北边防，需要董卓这样的人。但董卓的迅速壮大，又让东汉政府忐忑不安，于是，朝廷先后两次要董卓到洛阳任职，甚至打算让他做位列九卿的少府，其目的显然是要夺他的兵权。但每次一调任，凉州的羌族就开始搞事，董卓就赶紧告诉朝廷，这边又发生动乱了，我离不开啊。至于这些羌族和朝廷为什么这么有默契，我们就不得而知了。
无奈之下，东汉政府只能退让一步，给他一个实权很大的官职——并州牧，这也可以把他调离其根据地凉州。董卓看穿了朝廷的用心，遂要求带上亲兵。国家疲弱之际，无力和强臣讨价还价，只好答应董卓的要求。于是董卓带上三千亲兵，前往并州赴任。
董卓赴任过程中，汉灵帝驾崩了，给东汉王朝留下了一个重大的历史转折点，这个转折点好像是专门给董卓预备的。董卓嗅到了机会，不顾朝廷下诏阻止其进兵，直奔洛阳。