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辛亥革命后，中华民国临时政府于1912年1月1日在南京成立，孙中山被选为临时大总统。临时中央政府共设立九部，其中外交总长职权为：“管理外国交涉，及关于外人事务，并在外侨民事务，保护在外商业，监督外交官及领事。”此外交部组织接近法国制度，设有秘书处、外政司、商务司、庶政司、编译司等。南京临时政府仅存在三个月，且未获任何国家承认，但其外交部采纳西方国家现代化的外交架构，对不久之后北京政府外交部的改革，多少有示范作用。然而北京政府外交部的人事主干，乃承续前清外务部而来，首任外交总长陆徵祥熟谙法国式西方外交体制，他建立的外交部与南京临时政府外交部，组织上虽有相似之处，但不宜太过强调两者间的传承性。
1912年2月12日，清帝宣布退位，3月10日袁世凯在北京就任中华民国第二任临时大总统。袁氏向临时参议院提名唐绍仪出任内阁总理，13日临时参议院同意唐氏任命案，并通过临时政府各部暂行官制通则，设置十部，将外务部改为外交部。唐氏提名陆徵祥任外交总长，获通过。
陆徵祥（1871—1949），上海人，京师同文馆出身，清末历任驻俄使馆翻译、参赞，驻荷、俄公使等职，娴熟法文，通晓近代外交知识，回国就职前向袁世凯提出三个条件：（一）外交次长应为一长于英文者，并建议由颜惠庆担任；（二）陆氏不向其他部会推荐人，也希望其他部会不向外交部推荐人；（三）外交部应归总长指挥，别人不得干涉。在袁世凯完全答应后，陆氏才回国就任。
陆氏就任后，首先参酌法国制度厘定《外交部组织章程》，设总长一名主持部务，设次长一名协助。日常事务由一厅四司负责，即总务厅、外政司、通商司、交际司及庶政司，此外设有秘书处及参事室。陆氏注重外交人才之培育，制定了三原则：（一）外交人员均要经过考试；（二）选举标准要打破省界；（三）多选通外国语者。部内外之推荐人选，不合此三原则者，决不接受。并依此三原则将驻外使领馆改为专业机构，由职业外交官出任。清朝时所有出使大臣都加钦差衔，可直接上奏皇帝，不受总理衙门或外务部节制；而且出使大臣多非职业外交家出身，对使馆事务一手包办。陆徵祥大力改革，驻外公使、领事及使领馆馆员，都要经外交部委任；使领馆须按年度编造预算，按月汇发经费；并建立驻外使馆定期汇报制度。地方涉外机构方面，外交部在各省设特派交涉员，各重要商埠设交涉员，使其成为外交部直属机构，将晚清督抚地方外交事权收归中央。在外交部人事任命上，陆徵祥为破除清末旧官僚沿袭的弊病，将外部旧员一律免职，仅留下65名人员留部办事，另从他部调用部分人员；基本上仍以前清外务部人员为班底。外交部组织与人事经多次变更，到10月8日外交部官制正式颁布，共设总长1人，次长1人，参事2—4人，秘书4人，司长5人，佥事每司不逾8人，主事员额最高不得逾80人。
陆徵祥建立现代化的外交部，组织简单而合逻辑，责任确定而单一，外交部与驻外使领馆间有明确的指挥关系，确立了职业外交官制度。北京政府时期外交部人才鼎盛，外交官素质整齐。至此，中国外交机构已渐完备，日后南京国民政府外交部基本上没有多大的更改。