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按照10月5日公布的《大总统选举法》规定，正式总统的选举“须以选举人数三分之二以上之列席，用无记名投票方式行之，得票满投票人数四分之三以上者当选”。
10月6日上午，由两院组织选举会，在众议院会场进行选举。选举尚未开始，数千自称“公民团”的人，便“整齐严肃如军伍，包围众议院数十匝，迫即日选举所属望之大总统。否则选举人不得出议院一步”。议院内则是“袁遣军人到会，强迫投票，议员咸不得自由”。在会场外部，从宣武门直到选举会场，大街小巷增添了许多岗哨，军警们荷枪实弹，如临大敌，往来逡巡，川流不息。
袁世凯的专制和蛮横不但引起了国民党议员的普遍反对，一部分有血性的进步党人对此也十分反感，一些议员将自己的选票投向了他们并不喜欢的黎元洪。
当日参选议员759人，第一次开票袁世凯得471票，黎元洪得154票，孙文、伍廷芳各得1票，袁世凯虽为最高票但仍不足法定数的四分之三。第二次开票袁497票，黎元洪161票，袁世凯的得票仍不足法定票额。
按《大总统选举法》规定：“两次投票，无人当选时，就第二次得票多者二名决选之，以得票过投票人数之半数者当选。”
因此，第三轮投票只在袁世凯和黎元洪两人之间展开。每次投票由检人、发票、投票、开票到计票需4小时，因此，这场选举从上午8时开始，至此已近晚上10时，在各方面的压力下，部分反袁议员“饥肠辘辘，受饿难耐”，开始妥协。
公布决选票时，袁终于以507票对179票战胜黎元洪，当选为中华民国首任正式大总统，“直至袁世凯当选之声传出，‘公民’始高呼大总统万岁，振旆而返”。大选次日，黎元洪以719票中之610票，当选为中华民国副总统。
1913年10月10日，是中华民国的国庆节。袁世凯按预定计划举行了大总统就职典礼，地点在精心选定的清皇帝御极之故地——故宫太和殿。他按照《临时约法》的规定，宣读大总统就职誓词：“余誓以至诚执行大总统之职务，谨誓。”
在正式总统选举之后，国民党籍议员和正式国会的存在均已经失去了必要。因此，在选举揭晓以后，袁世凯就已经在考虑取消国民党在国会中的地位的问题了，他要使“统一之局”得到“圆满”。
10月16日，宣誓就职一周后，袁世凯向众议院提出了“增修约法案”，并以抨击《临时约法》为发端，向天坛的宪法起草委员们提出了重修宪法的要求。
根据《临时约法》附则第五十五条规定：“本约法由参议员三分之二以上，或临时大总统之提议，经议员五分之四以上之出席，出席议员四分之三可决得增修之。”因此，袁世凯的这个提案在程序上并没有逾越《临时约法》的规定，但是，在提案中袁世凯将中华民国成立后一年多来的政治动荡统统归咎于《临时约法》对其个人权力的束缚和限制，并将这种对于总统权力的限制推衍为“对四万万中国人民的束缚”，这是极端荒谬的。
“增修约法案”对于《临时约法》的增修内容主要是：
（1）取消责任内阁制，采用总统制；
（2）大总统得制定官制官规（删去《临时约法》中“但须交参议院议决”条）；
（3）大总统得任命文武官员（删去《临时约法》中“但任命国务员及外交大使须得参议院之同意”条）；
（4）大总统得宣战、媾和及缔结条约（删去《临时约法》中“须经参议院之同意”条）。
此外，另行增加的两条是：（1）大总统为保持公安，防御灾害，于国会闭会时，得制定与法律同效力之法令；（2）大总统为保持公安，防御灾害，有紧急之需用，而不及召集国会时，得以教令为临时财政之处。
这份“增修约法案”无疑赋予袁世凯以几近于独裁君主的权力。这个法案的核心就是变《临时约法》的内阁制为总统制。因此一经提出便遭到了宪法起草委员们的一致反对，宪法起草委员当即以《临时约法》行将废止，已无增修必要为由，拒绝了袁世凯的这个提案。
10月18日，袁世凯于“增修约法案”被否决后，再次咨文宪法会议，企图争回对于宪法的公布权。宪法起草委员们又一次以“宪法草案尚未通过，无暇讨论政府咨文”为理由，拒绝对此作出答复。
于是，袁世凯对于宪法起草委员会的忌恨益深，他与国会之间的矛盾也进一步尖锐。为了实现强制修宪的目的，袁氏又一次作出了新的尝试。10月22日，袁世凯援引美、法两国第一任大总统与该国宪法关系的先例，特授意国务院派遣委员施愚、顾鳌、饶孟任、黎渊、程树德、孔昭焱等8人前往国会，再次宣布大总统对于民国宪法的“增修意见”，并以总统名义下达了对于国会的咨文。这种总统派员控制国会、监视修宪的行径在国会和宪法起草委员会中引起了强烈的抗议。
1913年11月4日，袁世凯第二次通电全国，再次列举了天坛宪法草案之谬误，要求各地文武长官进一步逐条研究发表意见，并公开下令取消所有国民党籍议员的资格。与此同时，在北京军政执法处的指使下，北京军警300多人以迅雷不及掩耳之势，包围了北京彰仪门外国民党党部，正式宣布剥夺所有国民党籍议员资格，并搜缴其证书和徽章。
在袁世凯的严命之下，共有国会议员350人被强行剥夺了议员的资格。令下当日，两院犹足法定人数，仍可开会，袁遂下令，又追缴议员80人的资格。次日，两院开会，袁派军警手持被追缴议员的证书名单，严守两院大门，对赴会议员进行了严厉盘查。果然，赴会议员再也没有能达到法定人数。国会遂自此停顿，事实上是被袁世凯强行解散了。
11月17日，参议院议员194人对政府取消国民党籍议员资格一事提出了质问，并指责袁世凯的荒谬。与此同时，全国各地的舆论也对袁世凯擅自解散国会提出了强烈的抗议和谴责。
面对来自全国各地的铺天盖地的抗议，袁世凯始终保持着沉默。他认为没有必要、更没有兴趣来应对反对派的政治责难，甚至连已经承诺宣布之“候补议员递补”、恢复国会正常活动行使职权云云，亦都避而不谈了。