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辛亥革命胜利之后，同盟会便开始了分化，最早与同盟会分离的是有“国学大师”称号的章炳麟。民国成立后，本着“革命军起，革命党消”的原则，章炳麟率一部分追随者脱离了同盟会，于1912年3月在上海组织了中华民国联合会，其主要成员是早期集体加入同盟会的光复会会员，当月又改称“统一党”，以统一为宗旨，声言反对美国的联邦制度。
继章炳麟之后从同盟会分离出来的是同盟会内的湖北政治派系，即原来加入同盟会的华兴会成员。脱离同盟会之后，该系势力逐渐和部分前清立宪派官僚相结合，于1912年1月在上海形成了一个以黎元洪为首领、以湖北籍人员为中心的政治社团——民社。临时参议院移至北京后，这个民社与最初从宪友会中分裂出去的国民协进会、国民公会、国民公党等组织合并，成立了与同盟会、统一共和党并驾齐驱的另一大政党——共和党。在北洋政府初期临时参议院的130个议席中，同盟会和共和党各占40余个席位，双方始终持对抗的态度。
统一共和党则拥有25个议席，就其实力而言，仅次于同盟会和共和党，在北洋政府中是具有举足轻重作用的第三党，一些著名人物如蔡锷、王芝祥、谷钟秀等都是这一党的骨干。
其实，如果仅从北洋政府初期三大政党的党纲来看，很难发现其中有根本对立的主张和纲领。中国同盟会与共和党之间当时最大的分歧仅仅在于：前者主张在国家政治统一的基础上，以地方自治和地方分权作为立国的基本方针；而后者则把促进中央集中统一权力作为最高的目标。以孙中山为代表的资产阶级革命党人希望通过地方分权的形式，建立起一个与中央的责任内阁制相配套的机制，以此制约袁世凯权力。与此相反，被称为御用党的共和党的成立初衷，“盖顺应袁政府组织极大政党之要求，而用以对抗全盛之中国同盟会者也”
，其实质是从维护袁世凯的政治地位出发的。
除了这互相对立的两大政党，当时介于两党之间、具有调和色彩的统一共和党，以及其他形形色色的政党社团、派系势力，伴随着辛亥革命胜利后的党禁开放和各种政治思潮的传入而相继产生，而“政党之名，如春草怒生，为数几至近百”。但政党现象的表面“繁荣”掩盖的是这一时期中国政党制度的无序和失范，派系政治斗争日益激化和尖锐。
1912年8月25日，在宋教仁主持下，以同盟会为核心，联合国民公党等，改组成中国国民党，选举孙中山为理事长，宋教仁为理事，宋当即被孙中山委任为代理理事长，主持北京党本部工作。随后在临时参议院的130个议席中，国民党赢得了60余席，成为参议院内第一大党。
国民党选战大胜后，党员士气高昂，宋教仁政治前途如日初升，如国民党以多数党组阁，其代理理事长宋教仁就是内阁总理必然人选。袁世凯为拉拢宋教仁，派人给他送去一张50万元的支票，并表示如不够用还可增加。宋教仁未予接受。
1913年春，宋教仁南下竞选，他一路上发表演说，批评时政和袁世凯专权，主张成立责任内阁制定民主宪法，使袁世凯大为恼怒。
3月20日，宋教仁从上海动身赴北京，黄兴等前往送行。当晚22时45分，宋教仁在上海火车站遇刺，子弹从其后背射入体内，射中其右肋，斜入腹部，凶手开枪后逃逸。因子弹头涂有毒药，宋教仁两天后医治无效去世，年仅30岁。
袁世凯闻讯，大表“震惊”，下令悬赏一万银元捉拿凶手。很快，凶手应桂馨在上海公共租界被捕获，他与国务总理赵秉钧的相关来往电函也被搜出。《民立报》随即公布了袁世凯指使赵秉钧谋害宋教仁的证据，攻击矛头指向了北京最高当局。一时间，袁世凯被认为是宋案背后的策动者。舆论哗然，国民党群情激愤，要求惩办元凶。赵秉钧被迫请免国务总理、内务总长。5月2日，众议院40余位议员又就政府违法借款一事，对国务总理赵秉钧和财政总长周学熙提出弹劾，3日，袁世凯批准赵休假，15日，以陆军总长段祺瑞代理国务总理。上海地方检察厅数次票传国务总理赵秉钧出庭对质，赵都抗传不至。7月16日，在社会舆论的强大压力下，袁世凯为掩人耳目，批准赵秉钧辞职。
关于宋教仁遇刺案内幕，至今还存有一些争议。是袁世凯直接下令刺宋？还是赵等“仰上意”而为？还有人认为从袁事后缉凶及“交付法律”办理表态来看，似乎另有元凶，北京当局曾表态直认宋案是“国民党内自相残杀”，同时也有若干迹象表明国民党内与宋争权的要员陈其美也有杀宋的动机和可能。事实真相，仍有待研究。但宋教仁被刺，客观上袁世凯嫌疑最大。此事顿时激化了国民党与北洋集团的矛盾，中国政局陷入了新一轮危机。