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1912年3月10日下午3时，袁世凯在北京正式就任中华民国临时大总统，就职典礼在北京石大人胡同前清外务部公署举行。袁世凯的部下各主要将领都到场参与。英国公使朱尔典等外国来宾也亲临观礼。袁世凯身穿军礼服，佩戴长剑，面南立正，宣誓效忠民国，捍卫共和，遵守宪法。其誓词为：
民国建设造端，百凡待治，世凯深愿竭其能力，发扬共和之精神，涤荡专制之瑕秽，遵守宪法，依国民之愿望，蕲达国家于安全强固之域，俾五大民族，同臻乐利。凡兹志愿，率履勿渝。俟召集国会，选定第一期大总统，世凯即行解职。谨掬诚悃，誓告同胞。
袁世凯就职当天，以“本大总统”名义颁布了“大赦令”和“豁免钱粮令”，大赦天下犯人，并豁免百姓所欠官府的地丁、正杂钱粮，以此收拢人心，树立大总统的威信。
3月11日，《临时约法》由南京临时参议院正式宣布通过，并由孙中山公开发布，计七章五十六条。关于改组后新政府的总理一席，早在唐绍仪领衔南北谈判时双方就已达成协议，由革命党人“必须提出同盟会员”，“请参议院投票”决定。
3月13日，袁世凯致电南京临时政府，正式提名唐绍仪为中华民国首任内阁总理，并获得了南京临时参议院讨论通过。
唐绍仪（1860—1938），又名绍怡，字少川，广东珠海人，是清末民初著名政治活动家、外交家。袁世凯小站练兵时，就派唐绍仪辅佐徐世昌，任新建陆军营务总理参谋营务处参赞。此后，唐绍仪一直是袁世凯的外交代表。武昌起义后，袁世凯东山再起时，即以唐绍仪为全权谈判大臣，代表其交涉南北谈判事宜。另一方面，唐绍仪留美出身，受过良好的西方民主的熏陶，虽然他肩膺维护君宪的使命同南方谈判，但却倾向南方，处处偏袒赞同共和，同情革命。南北谈判期间，唐绍仪与很多革命党人私交颇密，因此为同盟会方面所看重。
两日后，唐赴南京莅职。19日，他列席参议院会议，向临时参议院提交了自己拟定的内阁阁员名单，后通过会议投票决定如下：外交总长陆徵祥，内务总长赵秉钧，财政总长熊希龄，陆军总长段祺瑞，海军总长刘冠雄，教育总长蔡元培，司法总长王宠惠，农林总长宋教仁，工商总长陈其美。原提名中，交通总长梁如浩未获通过，议定由唐绍仪兼署，后由施肇基代理。
从阵容上看，北洋政府的首届内阁组成人选是颇费心血、极为严整的。获得通过的内阁阁员，或者精通中外，学有专长，或者久涉所任专业，经验丰富。所以其提名基本得到了临时参议院的认可。
这届内阁，不但容纳了当时各派系的主要政治势力，而且基本上体现了各种势力的均衡：总理唐绍仪既是北洋人物，又是新的同盟会员；陆徵祥、施肇基为无党派超然人士；熊希龄为立宪分子和湖北方面的代表；其余七位总长中，北洋系获内务、陆军、海军三席，同盟会有教育、司法、农林、工商四席。可谓平分秋色。因此，此届内阁又被称为“混合内阁”。
同盟会原拟推荐黄兴为新内阁的陆军总长，但遭到了袁世凯的拒绝，袁推荐黄兴就任参谋总长一职，希望能以这个有名无实的职位将当时这位最有军事实力的革命党人调离南京。但是出于同样的原因，黄兴拒绝了参谋总长这个头衔，自愿留守南京。
根据这一时期《南京留守条例》，留守府有权维持南方各军。因此，黄兴仍旧掌握了南方的7个军、26个师、51个旅号称30万的兵力。在南京留守任内，黄兴将赵恒惕部与广西巡防军合并，组成了南京方面的主力——模范第八师。
4月1日，孙中山解职。是日，袁世凯发布了对各部部长的任命，完成组阁，民国北京政府正式成立。2日，临时政府宣布北迁。
《临时约法》颁布的基本原则是为了限制总统的权力。为此，《临时约法》竭力扩大参议院的权力。按照《临时约法》的规定，参议院拥有如下权限：
甲、立法权：议决一切法律案及大总统制定的各种官制、官规；
乙、同意权：承诺大总统提出的任命国务员、外交大使、公使及宣战、媾和、缔约、大赦等事项；
丙、财政权：议决临时政府的预算、决算和全国的税法、币制、度量衡准则、募集公债及国库有负担的契约；
丁、选举权：选举临时大总统与临时副总统；
戊、弹劾权：弹劾临时大总统及国务员；
己、质问权：向国务员提出质问书，并要求其出席答复；
庚、建议权：向政府提出关于法律及其他事件的建议，受理人民请愿，答复临时政府咨询，咨请政府查办官吏纳贿违法事件等。
除了上述权利外，《约法》还特别规定：参议院议决的事项，由临时大总统公布施行，临时大总统提出复议时，如到会参议员三分之二以上仍执前议，仍由临时大总统公布施行；临时大总统受参议院弹劾后，由最高法院全院审判官互选九人，组织特别法庭审判；而且参议院自行集会、开会、闭会，不受临时大总统支配；议长由参议员互选；参议员可以在院内自由发表意见，其言论和表决，对院外不负责；参议员除现行犯和关于内乱、外患犯罪外，会期中不经参议院许可，不受逮捕。
和同时期的其他资本主义国家的议会制相比，《临时约法》规定的临时参议院的权力被大大地扩大。除临时参议院之外，内阁对大总统的权力也有很大的约束力。内阁成员对参议院而不是对临时大总统负责。
此外，《临时约法》从第三十条到第四十条规定了临时大总统的权限范围。这其中包括：公布法律，发布命令，统帅全国海陆军队，厘定官制、官规，任命文武官员及驻外公使、大使，主持宣战、媾和及缔结条约，宣布戒严，接受外国公使、大使，提出法律议案，颁布勋章荣典，宣告大赦、特赦、减刑、复议等。从条文上看，这个关于临时大总统权限的规定是广泛的。综合来看，除了一些荣誉性和象征性的权限之外，大总统的权力是很小的。换言之，《临时约法》体现了这样的一个原则，即国家的主要行政权在国务院而不在大总统，而国务院的权力又在国会掌握之中，国会的权力至高无上，且是永远不会被解散的。
随着责任内阁制的逐步完善，同盟会的最高目标就是在未来的国会中取得多数席位，再以多数席位的政党组阁，并以此掌握政府的实权。国会中国民党议员领袖宋教仁便是持这一主张的代表人物。为此，他致力于研究效仿西方议会民主制度，并且大力宣传自己的主张，一时名声大噪。
从表面上看，中华民国政府这种由总统制向内阁制的转化，在限制袁世凯的专制独裁和个人集权方面起到了一定的作用，但与此同时，它对于刚从封建体制脱胎出来习惯于集权领导的中国政府而言，并不能为大多数人所立即接受，因此比较严重地影响了当时新生的国家机器的正常运转。为了获取相应的甚至更大的权力，袁世凯及其北洋集团必然会采取一定的措施进行抵制。
于是，北洋政府从一开始便面临着重重危机。
唐绍仪内阁成立不久，因“王芝祥督直案”引起的总统与内阁及国会之间的矛盾冲突，便是北洋政府内部这种潜在的政治危机的第一次爆发。
1912年3月中旬，受命组阁的唐绍仪匆匆南下，接手南京临时内阁。其时，按照南京临时参议院议决的“接收北方统治权案”的规定，统一后的北方各省都督都必须由本省人民公举。根据北洋系与同盟会的协议，3月19日，由直隶省咨议局议员谷钟秀、吴景濂等人提议并一致通过，推举原广西都督王芝祥为直隶都督。按照晚清以来传统的观念，直隶都督在地方各督中具有首要的地位，其对于北京中央尤其具有举足轻重的影响。北京兵变后，袁世凯不会南下就职已成既定事实。于是，革命党人希望能通过掌握直隶都督这个职位来对袁世凯进行监督。“王芝祥督直案”一经提出，就遭到了北方五路军队首领的一致反对。袁世凯对这一提案也持明确的否定态度。
5月26日，王芝祥抵京准备莅职前，北洋将领冯国璋等十余人联名上书临时大总统，声称直隶各路军队对王芝祥的督直任命“绝不承认”，他们同时声明，新任都督必须非“在直隶有年，感情甚孚，及军界素所仰望者，难资镇慑”
。6月2日，一批北洋军人又发出通电，明确表示反对王芝祥督直，甚至还向最初提出此动议的直隶咨议局谷钟秀等人发出严重的恫吓和声讨。袁世凯随即以军队反对为借口，改派王芝祥为南方军队宣慰使，负责前往南京撤销黄兴的军队，原来由黄兴负责的南京留守府至此宣布撤销。
针对袁世凯的所作所为，唐内阁提出了强烈的抗议，唐绍仪认为政府不能因军队反对而失信于民，力图挽回。但是，袁暗中拉拢王芝祥，将未经唐绍仪签名副署的委任状交给王芝祥，王受命后即赶赴南京。唐绍仪的努力遭到失败，遂于6月15日出走天津，并对袁世凯派去慰留他的梁士诒表示不愿再回北京。袁世凯一边假意挽留，一边却开始着手筹组新的内阁。
唐绍仪的去职，表明袁世凯与北洋政府第一届内阁的关系正式破裂。
7月2日，在唐绍仪被免去国务总理五天后，教育总长蔡元培、司法总长王宠惠、农林总长宋教仁及工商总长王正廷等人共赴总统府请求辞职。袁表示“代表四万万人恳留各位总长”，但被蔡元培等人拒绝，蔡元培并当即告知：“元培等亦对四万万人代表而辞职！”
表达了坚辞的态度。
7月14日，袁世凯以临时大总统的名义批准了蔡元培等四人的辞职。在此前后，交通总长施肇基、财政总长熊希龄也获准辞职。至此，唐内阁的十位总长中，只剩下了三位北洋系的总长，即内务总长赵秉钧、陆军总长段祺瑞和海军总长刘冠雄。
自3月13日唐绍仪受命组阁，到7月14日蔡元培等人集体辞职，第一届北京政府内阁仅存在了四个月零一天。