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同盟会是一个由来自不同阶层、不同区域的革命者所组成的新型革命政党，由于诸种主客观条件的限制，在随后的发展中，制度建设较为滞后，组织运作较为散漫，不但未能有效破除宗派主义的壁垒，消弭组建初期即已存在的政治理念及革命方略等方面的差异，而且随着革命形势的变化，矛盾日积月累，鸿沟不断扩大，部分革命者遂另立团体，重新走上了自行其是的革命道路。
在同盟会发展演进的过程中，包括孙中山在内的革命者始终未能摆脱宗派主义、地方主义的框束，成为同盟会内部矛盾频生的重要诱因。1907年初，同盟会领导人孙中山、黄兴围绕着国旗问题发生了激烈争执，起因即在于孙中山坚持沿用兴中会使用的青天白日旗，黄兴却别有所见。章太炎非常传神地记录了孙、黄相争的场景：“逸仙自南洋还东京，作青天白日旗，张之壁上。克强欲作井字旗，示平均地权意。见逸仙壁上物，争之曰：‘以日为表，是效法日本，必速毁之。’逸仙厉声曰：‘仆在南洋，托命于是旗者数万人。欲毁之，先摈仆可也。’克强怒，发誓脱同盟会籍。”
一场具体事务争端，竟致黄兴生决裂之心。据宋教仁分析：“其远者当另有一种不可推测之恶感情渐积于心，以致借是而发，实则此犹小问题。盖□□□（孙逸仙——引者注）素日不能开诚布公，虚心坦怀以待人，作事近于专制跋扈，有令人难堪处故也。”局中人宋教仁所指示的同盟会员别有成心及“疑心疑德”，显然与同盟会内盛行的地方主义，以及以此为基础的宗派主义有着极大的关联。
虽然黄兴最终从大局出发屈从孙中山，却“意颇怏怏”，对孙中山坚持己见甚难释怀。
同盟会员的地方主义、宗派主义倾向也体现在革命方略上。同盟会员来自国内不同省区，他们从自身感情、经验及认识出发，往往主张将本省区的工作作为同盟会工作的着力点。同盟会成立后在孙中山的主导下采取着重经营两广的军事路线，而对其他省区的革命活动较为忽略，这与孙中山生长在广东，“对两广人民斗争力量了解得比较深切，而且与当地会党也联系得比较紧密”直接相关。
随着同盟会在两广及边疆地区发动的武装起义屡屡受挫，来自其他区域的同盟会员的反弹愈来愈强烈。1907年8月，部分同盟会员别树一帜，组织共进会。共进会的参加者主要来自长江流域，“多山泽豪帅与手臂技击之士”
。他们对“革命运动的开展，偏重在华南方面，对长江流域则未遑经营；并且是用和缓手段……逐渐推动形势，稳步前进”颇为不满
，遂分立门户，另组“实际行动的队伍”
，试图以会党力量为依托，将革命运动扩展至长江流域，推进革命运动的进程。共进会相对于同盟会表现出很大的独立性，不仅擅改纲领，自建组织系统，而且不接受同盟会本部领导。据说力为调护同盟会团结的黄兴曾质问焦达峰“何故立异”，“达峰曰：‘同盟会举趾舒缓，故以是赴急，非敢异也。’兴曰：‘如是革命有二统，将谁为正？’达峰笑曰：‘兵未起，何急也。异日公功盛，我等附公；我功盛，公亦当附我。’兴爽然无以难也”。
共进会的自立开启了同盟会分裂的端绪。1907年后同盟会内部矛盾的焦点之一是经费问题。经费的筹集与措置所关甚大，直接关乎组织的正常运转，但同盟会一直未能建立起一套严格有效的财政收支管理制度，在经费问题上“人治”色彩浓郁。在同盟会内部政治理念与革命方略等多方面歧异的催化下，经费问题不时引爆各种冲突。
围绕着经费的措置问题，章炳麟、陶成章等先后两次发动倒孙风潮。经历两次倒孙风潮，以陶成章为代表的一些同盟会员决意“继续前迹”，“以南部为根基，推东京为主干”，重建光复会，在同盟会外“另开局面”。1910年2月，光复会总部在东京宣告成立，章炳麟因“故旧”被推为会长。
同盟会东京本部组织涣散，人心浮动，局面近乎失控。孙中山自1908年起着手在自己长期耕耘的南洋及美洲地区重新组织团体，对同盟会本部事务愈加敬而远之。在此背景下，对孙中山谋划革命“始终限于广州一隅，而未尝统筹全局”
深为不满的谭人凤、宋教仁等100余人，于1910年7月齐集谭人凤寓所，重新检讨革命进行方略。会间，宋教仁提出上中下三策：“在边地进行为下策；在长江流域进行为中策；在首都和北方进行为上策。”经过公议，与会者达成共识，认为：“下策太不济事，上策太不容易，我们还是以取中策为好。”决议组织中部同盟会，作为策动长江流域革命的中枢机构。
1911年广州起事再遭失败后，由同盟会脱胎而来的一个全新的革命团体——中国同盟会中部总会正式在上海成立，该团体决定“转谋武汉”
，另造革命新局。
同盟会是清季新的革命形势下出现的第一个全国性革命团体，它的组织与管理，对于革命党人来说是一个全新的课题。同盟会运作发展过程中数次出现的组织分裂，以极其尖锐的方式提示了这一团体的不成熟性。革命党内部林立的山头，虽然“为反清大业做出了各自的贡献”，但显然极大地损耗了革命党人应对各种挑战的能力。正如论者所指出的：“没有各个山头的努力，就不会有辛亥革命的胜利。自然，如果不是山头林立，也就不会那么容易被各个击破，致使中华民国成为空招牌。”