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同盟会打破省界区隔、整合全国革命力量的鲜明取向，在其组织机构的设计上有着充分的体现。根据同盟会总章，同盟会组织结构主要有本部、支部、分会三个层级。本部设于东京，支部设于海内外。其中于国内设东、南、西、北、中五大支部：东部支部设于上海，管辖浙江、江苏、安徽三分会；南部支部设于香港，统领云南、广东、广西、福建四分会；西部支部设于重庆，分管贵州、新疆、西藏、四川、甘肃五分会；北部支部设于烟台，统辖蒙古、直隶、东三省、陕西、山西、山东六分会；中部支部设于汉口，指导河南、湖南、湖北、江西四分会。海外设南洋、欧洲、美洲、檀岛四支部，分设于新加坡、布鲁塞尔、旧金山、檀香山，亦各有职掌，指导各自区域内的分会活动。
由此可见，同盟会成立之初志向高远，拟于国内各省及海外华人活动之区遍设职掌分明的各级机构，以统合各类革命力量，推动革命运动的蓬勃发展。
然而由于上述区域各种主客观条件的差异，同盟会宏大的组织规划在具体执行中表现出极为明显的非均衡发展的态势。张玉法在分析了多种史料后指出：同盟会支分部的使用较为混乱，层级隶属关系并不尽依同盟会总章。同盟会查有实据的支分会共45个，其中海外占24个，国内有21个。海外24个支分部中，南洋10个，美洲7个，欧洲6个，澳洲1个；国内21个中，华中8个，华南6个，华北5个，东北2个。就国内状况而言，同盟会分支机构主要存在于“交通便利、风气开通的省区”
。
从孙中山的活动看，因为历史关系，在同盟会建立后的一段时间内他较为关注华南与南洋地区的会务发展。1905年9月，孙中山委派冯自由、李自重二人前往香港、广州、澳门等地联络同志，“主盟收接”。
不久同盟会香港分会即告成立。10月孙中山赶赴西贡，一面举行债券筹款之事，一面在旅越华侨中进行革命宣传，组建同盟会分支机构。1905年至1907年间，孙中山在与张永福、陈楚楠等同盟会南洋负责人的通信中，对南洋地区的会务发展常有及时的针对性指导。在孙中山的亲自引导下，华南及南洋地区同盟会会务发展相对迅速，革命活动较为活跃。
同盟会国内各分支机构组建后，在当地往往能起到整合革命力量、领导革命运动的核心作用。华兴会长沙起义失败后，湖南当局加强了对学生的防范，“以致每一学堂里，充满了腐臭的空气”
。湖南进步学生虽不甘受压制，有所抗争，但苦于缺乏一个强有力的领导核心。同盟会成立后，前华兴会会员禹之谟受孙中山、黄兴之托，组建同盟会湖南分会。禹之谟利用自己任湖南教育会会长及湖南商会会长的便利条件，深入各界进行革命宣传，壮大组织力量，领导革命斗争，“故当时民气伸张与革命暗潮之四布，湘为特盛”
。
北方地区同盟会分支机构的建设虽然较为迟滞，但它们在革命运动中的核心领导作用同样彰明较著。1907年春，宋教仁见“同志俱在南方，北方尚未着手”，乃偕白逾桓、吴昆等潜赴东三省，组设辽东支部。
同盟会辽东支部的建立，有力地推动了关外革命运动的发展。“革命知识分子在教育界、戏剧界或者新闻界都利用合法身份，大力进行宣传鼓动工作”，他们“在青年学生中传播民主主义的革命思想”，“在新军中播下了革命火种”，革命势力因而大张。1910年，主要来自“教育界和军政界”的“秘密的革命派”，在奉天地方已经成长为一支足以与“维新派”及“士绅派”相抗衡的力量。
海外各分支机构则在华人华侨中进行革命宣传，发动捐款捐输，为国内革命运动的推展提供重要保障。1909年，同盟会在“保皇会势力高涨”的纽约建立分会。纽约分会初设，便积极响应孙中山筹款号召，“竭尽绵力”，筹“得一千五百元呈交于总理手收”。
美国西部是华人汇集之区，当地“华侨风气未开，复饱受康梁保皇之毒，表同情于革命者寥寥”。1908年，李是男受国内南方支部派遣前往美西活动。李是男从组建“鼓吹革命之言论机关”入手，创办《美洲少年周报》，“一纸风行，大受侨胞欢迎”。“侨界青年头脑，乃为之一新。”1910年2月，孙中山由纽约抵旧金山，同盟会美西分会正式成立。为救助广州新军起义逃难同志，李是男“商之（黄）伯耀，拟将其父之商店所存会项千元捐出。伯耀深表同情，亦即将自己商店存款凑成二千金，共同送交总理汇港”。次年，美西分会奉孙中山之命成立中华革命军筹饷局，发行中华民国金币券，“购者甚为踊跃”，“故三月廿九广州黄花岗之役筹款颇多”。
经过数年间持续不断的建设，同盟会国内外分支机构初具规模，从而为各革命力量汇聚于革命洪流，造就革命运动的功成之局创造了条件。