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孙中山是一位有理想有实践、善于总结经验教训的革命领袖，在以兴中会为基础开展革命活动的过程中，对兴中会的局限性逐渐有所体认。庚子惠州起义虽然有效地提升了革命的影响力，促进了国内革命形势的发展，但经此一役，革命党人损失惨重，兴中会组织遭到极大破坏，骨干成员多星散各处，彼此之间的有机联系基本中断，兴中会几近形同虚设。有见于此，在全国革命形势全面勃发的大背景下，孙中山对兴中会的重建工作态度消极:1900年至1905年间“结识留学界志士及热心华侨无数，多未使之加入兴中会”；“辛丑壬寅间（1901—1902）为留东学界革命团体最蓬勃时代，留学生某等屡请总理乘势扩张兴中会，总理均以徐图机会答之”，而“有意号召各省同志组织革命大集团”。
在孙中山再组新党思绪明朗，进而转化为行动的过程中，1905年的欧陆之行无疑对其影响巨大。庚子之后的孙中山奔走于日本、南洋、美洲等地，一方面从事革命的宣传与组织活动，在东京创办青山革命军事学校，培养有志于军事教育的留学青年；一方面与保皇党人“苦战”，抑制其在华人社群中势焰益张的党势。1904年，孙中山在与黄宗仰的通信中，对陈范在横滨设馆“联络各处志士”颇为称许。
可见，此时的孙中山对于组建打破省界区隔的全国性大党这样的组党方向已较为明确，只是尚未找到付诸实施的契机。
1904年12月，受正在“寻孙逸仙，期与一致”的旅欧湖北留学生的邀请，孙中山自美赴欧，以与“中原士大夫”相联络。
次年1月抵比利时首都布鲁塞尔后，孙中山与留学生贺子才、魏宸组、朱和中、胡秉柯等彻谈革命进行方略。从目前公开的材料看，此次晤谈对孙中山革命思想的转变以及组建新党的实践均产生了重要影响。通过与留学生们的交谈，孙中山认识到原先以会党为主体的革命方略存在明显的缺陷，只有打破会党与学界长久以来的隔阂，“使学生得以加入，领袖若辈，始得有济”
。一个“发展革命势力于留学界，留学生之献身革命者，分途作领导人”的新的革命思路在孙中山的脑中逐渐形成。
作为革命的实干家，孙中山立即着手对留欧学生的组织工作，先后在布鲁塞尔、柏林、巴黎等地建立了不同于兴中会、以学界中人为主体的新型革命组织。对此，孙中山后来在梳理立党脉络时指出：“及乎乙巳，余重至欧洲，则其地之留学生已多数赞成革命，余于是揭橥生平所怀抱之三民主义、五权宪法以为号召，而中国同盟会于以成立；及重至日本东京，则留学生之加盟者，除甘肃一省未有留学生外，十七省之人皆与焉。”
显然他认为1905年上半年同盟会已经于欧洲成立，东京同盟会不过是在此基础上的扩充与发展。
孙中山欧洲组党之事很快就借助留学生们的交际网络传到了东京。
此时的东京留学界，“学生大都同情革命，聚集在黄兴周围，形成了一股巨大的势力”
。黄兴等曾拟欲组党，以为革命中坚，但为倾服孙中山革命学说的程家柽所力阻。他主张稍缓时日，等待“革命名已大震”的孙中山来游日本，届时“以设会之名奉之孙文”，如此革命方“事在必成”。
1905年7月19日，孙中山抵达横滨，数日后旋赴东京。在程家柽、宫崎寅藏等人的传告、介绍下，孙中山与黄兴、宋教仁等人数度会面，商洽革命的联合问题。7月28日，在《二十世纪之支那》社与宋教仁、陈天华的晤谈中，孙中山“纵谈现今大势及革命方法，大概不外联络人才一义，言中国现在不必忧各国之瓜分，但忧自己之内讧。此一省欲起事，彼一省亦欲起事，不相联络，各自号召，终必成秦末二十余国之争，元末朱、陈、张、明之乱，此时各国乘而干涉之，则中国必亡无疑矣”。29日，针对孙中山的提议，湖南学生齐聚黄兴寓所集议应对之法。陈天华主张华兴会与孙中山联合；黄兴提议形式上加入，“精神上仍存吾团体”；刘揆一则反对联合；宋教仁表示应当“研究将来入会者与不入会者之关系如何”之后再作分晓。与会诸人各是所说，莫衷一是，“遂以‘个人自由’一言了结而罢”。
7月30日，中国同盟会筹备会议在东京赤坂区内田良平宅第举行。会议参加者除孙中山外，还有黄兴、宋教仁、陈天华等凡10省70余名留学生。与会者人数之众，“连庭院里也站满了人”，“到会群众无比狂热的情绪，甚至把壁龛板都挤塌了。一致认为：‘清朝一定要灭亡’”。
经过一整天的议程，会议先后确定了新团体的会名、纲领、盟书及联系暗号等。
8月13日，留学生假座东京富士见楼召开欢迎孙中山大会。到会者千余人，观者如堵，秩序井然，“东京自有留学生以来，开会之人数，未有如是日之多而且整齐”
。孙中山发表长篇演说，就“见闻所及”，指示诸君救国“要从高尚的下手”，“取法西人文明”，“鼓吹民族主义，建一头等民主大共和国”。
言毕，掌声如雷。至此，以其丰富的革命经历、卓拔的革命识见以及崇高的革命声望，孙中山革命领袖的地位为绝大多数趋向革命的留日学生所公认。正如亲耳聆听讲演的陈天华所欢呼的：“孙君逸仙者，非成功之英雄，而失败之英雄也；非异国之英雄，而本族之英雄也。……以现在之中国论，则吾敢下一断辞曰：是吾四万万人之代表也，是中国英雄之英雄也！斯言也，微独吾信之，国民所公认也。”
8月20日，中国同盟会在位于东京赤坂区的本金弥宅举行成立大会。会议修改并通过同盟会章程。章程确定以“驱逐鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”十六字纲领为宗旨，对同盟会的组织架构及相应职权、国内外的分支机构均有所规定。会议选举孙中山为总理，黄兴为庶务，协助总理主持本部工作，并以选举或指定的方式产生了本部职员。
中国同盟会的成立是清季革命党人活动过程中的一个里程碑事件。中国同盟会是以“学问充实、志气坚锐、魄力雄厚”、“文武才技俱有之”的学界中人为主体而成立的一个“极有精彩之团体”。它的成立，标志着中国革命运动告别了各自为战的早期阶段，迈入了一个以整合全国革命力量的先进政党为“中国革命之中枢”的新阶段。自此而后，中国革命的面貌焕然一新，“中国前途诚为有望矣”，“吾始信革命大业可及身而成矣”。