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1895年乙未广州起义流产后，由于清廷通缉，孙中山、杨衢云、陈少白相继流亡台湾、海外，先后于横滨、南非、台湾、河内、旧金山建立分会，继续推动反清革命。
横滨分会
1894年，孙中山自檀香山返港，中途船泊横滨，向船中同胞演讲，经船上售物商陈清推介，认识旅日侨商冯镜如（？—1913）、冯紫珊（？—1921）兄弟及谭发等。乙未广州之役后，孙中山偕陈少白、郑士良流亡日本，寄居横滨山下町53番冯镜如之文经印刷店二楼，邀其弟紫珊、谭发、黎炳垣（焕墀）等十余人，商议组织兴中会分会。选冯镜如为会长，冯紫珊、谭发等为干事，半月后设会所于山下町175番，温芬、郑晓初等相继加盟，年仅14岁的冯镜如之子冯自由，即于此时加入成为党员，投身革命，是为其日后起而撰写革命史之由来。时在日华侨反应冷淡，自孙中山离日后，会员供给月费者日少，冯镜如不得已关闭会所，移会务于文经印刷店。
1897年，冯镜如联络华侨，创设大同学校，教育华人子弟，康有为门徒徐勤（1873—1945）担任校长。徐氏引用康氏门徒，交际华侨，获得支持，故兴中会“遂有江河日下之势”
，“能宗旨一贯历久不变者，寥寥十数人矣”。1898年，孙中山自欧洲回日，寓居横滨连续八年，决策会务，包括协助菲律宾独立军、策动庚子惠州之役，刊行《国民报》，鼓吹革命。又因大同学校已成保皇会机关，故联合三江帮商人等团体，另办横滨华侨学校。为扩大实力，1903年孙中山设军校于东京青山，以日本武官少佐日野熊藏为校长，培育革命武力，惟因学生“各树派别，意见分歧”，经日方教员多次调解不成解散。
南非分会
南非兴中会分会乃杨衢云所创。乙未广州之役失败后，杨氏游历越南、南洋群岛、印度，至1896年抵南非，分别在约翰内斯堡（Johannesburg）及彼得马尼士堡（Pietermaritzburg）两地，联络同志，热烈宣传，吸纳黎民占、霍汝丁（胜刚）等会员数十人，会务“渐形发达”。同年十月，杨衢云欲回国革命，会员献金助之，而黎氏贱卖产业，遂随同返港。奈杨氏不能立足，仅能教授英文自活。黎氏屈居香港，日见贫穷，亦郁结以终。此后南非兴中会并无特别表现。
台湾分会
台湾兴中会分会，由陈少白于台北创立。广州之役失败后，杨鹤龄侄杨心如（1868—1946）北走台湾谋生，任永乐町美时洋行买办。陈氏于1897年亦赴台湾，结识侨商容祺年（1868—？）、吴文秀（1873—1929）、赵满潮，遂组织兴中会，因会员不多，会所设于心如宅。台湾志士共20多人，惟无名册保存。其后陈氏返日向中山报告，次年回台北募集革命经费，助办《中国日报》。1900年惠州之役，孙中山以台湾作指挥基地，杨心如负联络之职，并往返港台传递机要文件。
河内分会
1902年秋冬间，孙中山藉参观河内博览会之机会，拜访越南总督韬美（Paul Doumer）。值韬美返国，其秘书长哈德安（M. Hardouin）代为招待，因而留居数月。时有广东新宁人黄隆生（1870—1939）在河内保罗巴脱街20号开设隆生洋服店，平日喜读《中国日报》，已具反清之思想，偶遇孙中山，相谈甚欢，并介绍杨寿彭、罗、曾克齐等加入，遂创河内兴中会。河内兴中会分会会员有限，未设会所，会议均假隆生洋服店，三年后改组为同盟会。
旧金山分会
1895年乙未广州之役失败后，孙中山逃亡日本，继到檀香山，再至美国西岸旧金山，联络洪门致公堂，然风气未开。及至1903年，孙中山于檀香山加入致公堂后，再次抵达旧金山，因清领事及保皇会勾结移民局，孙氏被拘留于码头木屋多日，不能入境。幸得《中西日报》社长伍盘照（1868—1931）与致公堂黄三德（1863—1946）合力营救，终于安然入境，下榻致公堂会所，结识当地华侨邝华汰、邓干隆等。孙中山又托《中西日报》社，印刷邹容之《革命军》11000册，赠予当地华侨，鼓吹革命。时孙中山欲建分会，决定从具有新思想之教友入手，召集其中有志者，开筹饷大会于士作顿街长老会布道会所，并推邝氏为主席。孙中山即席演讲，推销革命债券，谓买券者即成兴中会会员。教友有所保留，孙中山志在筹饷，改变初衷，“入会与否，一惟尊便”，遂得美金4000余元。惟宣誓加入兴中会者，仅邝氏等数人，发展不佳。此后孙中山偕黄三德，巡游美国各埠宣传，纳兴中会纲领入致公堂新章程，图以旧组织吸纳同志，目的在于联络及改良海外会党，继续为反清革命打拼。