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到1930年代中期，社会生物学系及其合作者研究成果颇丰。然而，TNBSS很快出现危机。1934年末，一名洛克菲勒基金会官员谈及，虽然贝弗里奇相信“自己仍然能够在社会生物学实验中取得成功”，但是“学者们普遍认为，这一计划在许多方面是失败的。就连霍格本对自己的研究也不抱乐观态度，生物学家和社会学家对学院的整个社会生物学产生怀疑”。
因此，洛克菲勒基金会社会科学分部官员开始考虑是否应该继续资助该项目，尤其是新建的独立生物分子研究部门（Kohler1976）。
除了对贝弗里奇管理方式越来越多的不满之外（Harris1997；Dahrendorf1995），该学院经济学的变动也给TNBSS带来负面影响。1926年，艾德温·坎南退休，三年后阿林·杨格去世，利奥尼尔·罗宾斯于同年接任经济学教授，此前，他在牛津大学干过短期工作。他与LSE的许多同事有共同点，但又在许多方面不同于英国经济学领域的其他成员，广泛阅读欧洲经济学文献，关注弗利德里奇·哈耶克关于商业周期的研究（Hayek1933a）。大萧条时期，罗宾斯与凯恩斯就英国政府的政策展开激烈争论，在争论中，罗宾斯开始意识到哈耶克的政策和理论观点与他相似（Howson and Winch 1977）。1931年，哈耶克应邀在LSE举办了一系列讲座，随后出版著作《奥地利学派的商业周期、价格与生产理论》，并于次年任LSE经济科学与统计学教授（Caldwell 2004，chap.8；Robbins 1971，127）。历史学家分析，他反对凯恩斯和剑桥学派，这加固了学院反贸易保护主义的立场（Koot1982）。
虽然哈耶克的一些主张得到贝弗里奇的认同，尤其是税率政策，但是他的到来加重了关于TNBSS的争论（Beveridge1931），因为他反对该计划提倡的方法论原则。一方面，他在奥地利接受教育，19世纪后半期德国历史学派和奥地利学派之间爆发了“方法论之争”，对欧洲和北美造成很大震动，对此，他仍心有余悸（Caldwell 2004，chap.9，2006；Shearmur 2010）。另一方面，受到逻辑实证主义维也纳学派创始人奥图·纽拉特的影响，哈耶克从政治术语角度审视那场“方法论之争”。具体而言，他将纽拉特实证主义运用于经济学（以计划经济为代表），认为经济历史学派代表着社会主义和国家扩张。
1933年就职演讲上，哈耶克就上述问题提出“经济思想的发展趋势”，在经济学理论方面产生重要影响，他本人后来也对这些要点进行明确的阐述（1983，118）。他将经济学的诞生描述为“调查研究和驳斥乌托邦式的提议”，这种“乌托邦式的提议旨在改进现存制度的不良方面，忽视了这些不良方面可以保证现存制度运作”（Hayek1933b，123）。在此基础上，他建立了自己的学说。在哈耶克看来，经济学的核心是自然和有益的秩序，自大卫·休谟和亚当·斯密开始，经济学就逐步摆脱个人行动。因此，恰当的干涉和强制以产生更好的效果是经济学的出发点。
理论分析是经济学的关键，哈耶克认为，联系和依赖是建立自然的经济秩序和社会秩序的关键。19世纪中期以来，经济历史学派采取的理论分析方法是有缺陷的，其着重描述和分析具体环境下的事件，难以进一步理解个别现象如何联系起来并形成整体。因此，该派信奉干涉主义，受到社会主义和计划经济思想的影响。哈耶克认为，在经济学历史上，自由主义者和社会主义经验主义者在对待公众意见时摇摆不定。
经验不足的个体从单个方面去了解一个国家是困难的；但是从经济学出发，对不同国家进行比较，就会对所关注的国家有清晰的认知。比如，研究德国“分析思维”衰落的原因时，以美国为参照物，后者在最近才有此迹象。甚至以英国为美德两国的媒介，这样就可以发现，“分析思维”在德国早已开始动摇，知识分子和公众意见的地位发生改变。要求政府对经济生活进一步控制的大众阻碍了知识分子的开拓步伐。事实上，这些知识分子是时代精神的代表，也是前一代人革命性思考的“结晶”。认识到这些并不能决定未来是否属于他们（也许会）。但是，有趣的是，它阐明了知识进步的重要作用。（Hayek 1933b，136）
基于此，哈耶克不支持TNBSS，也不接受霍格本领导的原因不难理解。1934年，基金会社会科学部副部长约翰·范·西克勒告知哈耶克：“如果社会生物学研究照此发展，基金会将不再继续为学院提供资金。”自此，贝弗里奇的计划开始减缓LSE的发展步伐。
贝弗里奇不断地向抱迟疑态度的教授们（包括哈耶克）保证，“社会生物学研究在基金会很受欢迎”。约翰·范·西克勒的说法迫使贝弗里奇捍卫自己的计划。
1935年5月，他向基金会自然科学分部长解释到，社会生物学系有两点存在的必要。“第一，从社会科学角度出发，社会基本单元由生物有机体组成；第二，生物学需要与社会科学相联系，以避免犯‘人类从老鼠进化来的错误’。”
此外，霍格本在给基金会的备忘录中提到，只有建立配备齐全的实验室才能实现社会生物学系的目标，因为不仅“人类遗产需要准确科学”，而且“统计学数据离不开实验研究”。
洛克菲勒基金会、哈耶克和其他学者并不赞同这些说法。霍格本认为当前形势对他不利，也不利于他招募研究生，所以开始寻找新工作。1936年年末，他就任阿伯丁大学博物馆学专业教授。离开LSE后，在给贝弗里奇的信中，他谈道：“与经济学家合作的这六年损害了自己实验科学家的声誉，希望在阿伯丁大学任教可以快点拯救自己的名誉。”
回顾在LSE的执教经历，他认为与他观点相近的人很少，但是他对两个人存在误解——“哈耶克和罗宾斯所教的经济学就像占星学，皇家学院称之为‘古代哲学家概念性和爱争辩的举动’”（Hogben1998，130）。在他看来，LSE的经济学系是“维也纳西部经济学最后的大本营，是极端个人主义，形而上学谬论的伪装”（120）。
正如霍格本所说，社会生物学实验折磨着与之相关的每个人。哈耶克（1983，111—113）否定贝弗里奇除管理之外的各方面能力，罗宾斯（1932，136—137）虽然与贝弗里奇私交甚好，但也明白后者经济学能力的欠缺对LSE在这一领域的发展是一大威胁。霍格本的离开意味着社会生物学实验的终结。在如何管理LSE的问题上，专业委员会与新力量联合阻止贝弗里奇关于社会生物学教授的新任命。与霍格本的结局一样，贝弗里奇开始另谋出路。在工作18年后，他于1937年发表卸任演讲，并于同年就任伦敦大学校长。