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在日军攻击南京的过程中，大批中国军人在战斗中被日军俘获，然而日军并没有按照相关国际公约人道地对待他们，而是以屠杀的手段加以消灭。
日军俘获的中国军人大多来自南京以东战线，在日军第16师团、第13师团山田支队的相关史料中不难发现屠杀中国俘虏的记载。
日军第16师团长中岛今朝吾中将在1937年12月13日的日记中记述说：“败逃之敌大部进入第十六师团作战地区的林中或村庄内，另一方面，还有从镇江要塞逃来的，到处都是俘虏，数量之大难以处理。”“基本上不实行俘虏政策，决定采取全部彻底消灭的方针。但由于是以1000人、5000人、10000（人）计的群体，连武装都不能及时解除。不过他们已完全丧失了斗志，只是一群群地走来，他们现在对我军是安全的。虽然安全，但一旦发生骚乱，将难以处理。”“守备太平门的一名中队长处理了约1300人。在仙鹤门附近集结的约有七八千人。此外，还有人不断地前来投降。”“处理上述七八千人，需要有一个大壕，但很难找到。预定将其分成一两百人的小队，领到适当的地方加以处理。”
第16师团步兵第33联队第2大队的池端正巳也回忆说：“我们部队到达太平门扫荡时，从镇江败退的敌人不断过来。他们已经丧失了斗志，接二连三过来投降。……我们部队人数很少，不足百人，而俘虏那么多，有一千几百人，无法供他们饭吃。”“我们部队自己吃饭也成问题，就去请示作为上司的师团，师团命令说‘处置掉’。”
12月12日，日军第13师团接到命令，由步兵第103旅团立即组建以步兵第65联队、山炮兵第19联队一部为基干的山田支队，于当日出发，沿长江南岸向南京进击。该支队在攻占乌龙山炮台和幕府山炮台等地时捕获了大批中国俘虏。步兵第103旅团长山田栴二少将在12月14日的日记中记述说：“俘虏难以处置。恰好在上元门外发现了一所学校，就将他们收容在学校里。有14777名俘虏。俘虏这么多，不管是杀掉还是让其活着都很困难。”15日，山田栴二“派本间骑兵少尉去南京，联系处理俘虏的事宜和其他事宜。命令说将俘虏全部杀掉”
。12月14日凌晨，第16师团步兵第30旅团下达了命令：“各部队至师团有指示前，不得接受俘虏。”
由此可见，日军大肆屠杀俘虏并不是下级军官及士兵的个人行为，而是出自日军中高层的命令。
由于采取了上述俘虏政策，日军在攻占南京的过程中即开始大量屠杀俘虏。日军第16师团步兵第30旅团长佐佐木到一少将在12月13日的日记中称：“今天，在我支队的作战区域内，遗弃的敌人尸体达一万几千具。此外，还有在江面上被装甲车击毙的士兵和各部队捉到的俘虏，合在一起计算，仅我支队就已解决了敌军两万以上。……其后接连不断地有俘虏前来投降，其数量高达数千人。情绪亢奋的士兵丝毫不理睬上级军官的劝阻，将俘虏一个个地杀死。回想到许多战友流的血和十天来的艰难困苦，别说士兵了，我自己也想说‘全都干掉吧’。”
日军上海派遣军参谋长饭沼守少将在12月14日的日记中记述了步兵第30旅团抓获大批中国俘虏的情形：“据说3时左右，佐佐木支队的一个中队在南京东北部抓获了约二万名俘虏。另有报告称，从飞机上清楚地看到排成四列纵队，前后长达8公里的俘虏队伍正被押送往南京城北部。”
日军第16师团长中岛今朝吾在12月13日的日记中也记述说：“事后得知，仅佐佐木部队就处理掉约15000人。”
12月13日，守备太平门的第16师团之步兵第33联队第6中队将约1300名俘虏屠杀在太平门附近的壕沟中。原步兵第33联队第2大队士兵大泽一男在谈到日军在太平门屠杀俘虏时也说：
黎明时突击，从紫金山下来，向太平门进击。……用铁丝网将败残兵全部集中围在城墙一角。城内的防空壕、要塞中也挤满了人。我们拿来汽油，从城墙上向败残兵的头上浇下去……点着火以后也有人想逃跑。尽管如此，也只是冒烟，人烧不起来。尸体就这么放着。
时任日军上海派遣军司令部参谋一课课长的西原一策大佐，在12月26日的《作战日志》中记述说：“同军司令官一道视察南京近郊。给江北方面的补给应该用运输艇运送，让其在浦口靠岸。南京沿岸的尸体多得惊人，太平门外也是如此，正在一个劲地燃烧着。”
日军山田支队在南京东北方的乌龙山、燕子矶、幕府山等地俘虏了大批放下武器的中国军人，并将其押解到长江边的幕府山、上元门附近加以屠杀。这场屠杀的幸存者，时为教导总队第2团第3营营部勤务兵的唐广普回忆说：
12月13日……日本兵来了，把青年人全部撵到街心。有个会讲中国话的日本人说：“哪个认识幕府山的前面带路！”于是有个人站出来带路，把我们带到幕府山，关在空营房里。集中囚禁约两万人，大多为被俘士兵，另有部分警察和老百姓……有个四川兵，不堪饥渴，约众外逃，结果有1000多人被日军射杀于外壕中。12月18日，日本人从早上四点钟就开始捆人……从早上四点一直捆到下午四点。然后还是那个会讲中国话的日本人讲话，问哪个认识老虎山的带路，说要送我们回南京城去“米稀米稀”。到了上元门大洼子江滩……晚上八九点钟，日本兵开始屠杀，机枪一响，我就躺倒在地。20分钟后，机枪停了，我右肩头被打伤也没有知觉，死尸堆积在我身上，感到特别重。约5分钟后，机枪又开始扫射，过了一阵子，日军上来，用刺刀刺，用木棒打，然后用稻草洒在石榴树上，用汽油一浇就烧起来了。
曾目睹日军幕府山大屠杀后惨状的韩贵道在接受采访时也回忆说：“在幕府山的史家大窝子，我估计有两万名中央军被杀，他们是唐生智的部队，七个日本兵在两个翻译的帮助下，让中央军排成四队，用机枪把他们打死。”
日军山田支队步兵第65联队许多官兵的日记记述了这场屠杀的细节。该联队第4中队的宫本省吾少尉在12月13日的日记中记述说：“傍晚攻打乌龙山。阵地上并没有敌军，俘虏了许多敌残兵并杀掉了一部分。”在14日的日记中他又记述说：“凌晨5时出发，扫荡敌人残兵。我们还没有发动攻击，敌军已无心恋战，过来投降。我们未费一枪一弹便解除了几千人的武装。傍晚把俘虏押往南京的一个兵营，不料竟有一万多人。”16日，日军开始屠杀这批俘虏，宫本省吾在12月16日的日记中记述说：“就在我们吃午饭的时候，发生了火灾，引起了极度的混乱，结果三分之一的兵营被烧毁。下午3时，大队决定采取极端措施，把约三千名俘虏押到扬子江边枪杀了。”12月17日，也就是日军华中方面军举行南京入城式的当天，步兵第65联队继续分批处决俘虏。宫本省吾在17日的日记中记述说：“今天部队举行南京入城式。部队大部分人参与了对俘虏的处决。”“傍晚回来，立刻出发加入了对俘虏兵的处决。由于已杀了两万多人，士兵杀红了眼，结果，竟向友军发难，杀死杀伤友军多人。我中队也造成了一死两伤的损失。”
对于这场大规模屠杀，在日军文献中还有相当有力的佐证。日军上海派遣军司令部参谋西原一策大佐在12月14日的《作战日志》中记录了山田支队对中国俘虏的大屠杀：“第十三师团山田支队捕获俘虏2万人，因没有粮食，很难处理。”他在12月18日的日志中还记述说：“山田旅团处置了15000名俘虏”，“约有一个团的俘虏进行抵抗，企图逃走，该士兵也在混乱中牺牲。”
尽管中方和日方的史料对俘虏的人数表述不一，有14777人、15000人、17025人、20000人等不同记述，但山田支队在进击南京的过程中俘获了大批俘虏并在幕府山附近加以枪杀是不争的事实。
在攻占南京的战斗中，日军第10军所属部队同样大批屠杀俘虏。第10军之第114师团步兵第66联队第1大队于12月12日在南京中华门外扫荡时俘获了1500余名中国俘虏。13日下午2时，第1大队接到联队命令：“根据旅团命令，俘虏应全部杀死。”下午3时30分，第1大队“召集各中队长交换处理俘虏的意见。最后决定各中队（第一、第三、第四中队）平均分担处理，即每次从监禁室带出50人。第一中队将俘虏带至露营地南方谷地，第三中队带至露营地西南方凹地，第四中队带至露营地东南谷地附近，全部用刀刺死”。第1大队刺杀俘虏行动的准备于下午5时结束，接着即开始刺杀俘虏，直至当晚7时30分才基本结束。此外，“第一中队改变当初决定，想把俘虏监禁起来一口气烧死，但未成功”。
除了千人以上的大规模屠杀外，日军在攻击南京的过程中，对俘虏进行小规模及零散屠杀也屡见不鲜。
第3舰队第1扫雷队1号扫雷艇的水兵中村弥咲在日记中写道：12月13日下午3时许，“冲到下关栈桥并靠了岸。在这之前捕获了七名中国俘虏，半夜里就在甲板上将他们杀死并踹进长江”
。
日军第9师团步兵第36联队的士兵山本武在12月12日的日记中记述说：“下午，第六中队的士兵把在飞机场附近俘虏的30名敌兵带到前面的田里全部杀死，然后挖坑埋了。觉得这很残酷，但是我们中队也去飞机场那边扫荡过残敌，还抓了26名敌兵并将他们分配给了后续部队的炮兵和辎重队，任其处置。我觉得肯定是被他们用来试刀了。”
日军在攻占南京的过程中，大肆屠杀俘虏，以至于1938年6月调任日军华中派遣军第11军司令官的冈村宁次也认为这已成为“恶习”。他记述说：“到达中支那战场后，在听取了先遣官宫崎参谋、华中派遣军特务部长原田少将、杭州机关长荻原中佐等人的报告后才知道，派遣军前线部队一直以给养困难为借口，大批处死俘虏，已成恶习。南京战役时，大屠杀的人数多达四五万之多，对市民进行掠夺、强奸的也大有其人。”
从冈村宁次的“感想”中不难看出，屠杀俘虏并不是日军个别部队的个别现象，而是前线部队普遍存在的“恶习”。
1937年12月13日晨，日军攻占南京东、南、西各城门后，随即派出部队突入城内，以扫荡所谓“败残兵”。12月7日，日军华中方面军即下达了《南京城攻占要领》，指示各师团在攻占南京时，“当首先让抽选出来之步兵一个大队，作为基干部队入城。在城内分地区进行扫荡作战”。
12月10日，日军华中方面军司令官松井石根大将下达了南京城总攻击令，内称：“上海派遣军与第十军，当继续南京攻城战，并扫荡城内之残敌。”
华中方面军的命令下达后，日军开始向南京发起总攻击。随着攻击战的进展，上海派遣军与第10军各师团、旅团及联队也逐级下达了扫荡命令。
12月13日中午12时，当日军攻占南京城东、南、西各城门后，上海派遣军所属之第9师团下达了“九师作命甲第131号”命令：
一、军实施南京城内的扫荡。
二、师团要实施负责区域（另附九师作命甲第130号）内的扫荡。
与在南京城里的第十军及第十六师团的作战区界按照下述规定执行。规定第十军和第九师团之间：
共和门（通济门）—公园路—中正街—中正路—汉中路一线。共和门属第十军，其他的线上属本师团。
第九师团和第十六师团之间：
规定中部桥（中山门南方800米）—外五龙桥之间的河流—古物保存所（中山门西方800米）—中山路（到中山码头）一线。线上属本师团。但可以使用中山门、中山路。
三、右翼队现在是城里的扫荡部队，应根据另外附上的扫荡要领，承担师团负责地区的城内扫荡。但开始扫荡的时机，另有命令。
接到师团命令后，作为右翼队的第9师团步兵第6旅团于13日下午4时30分也下达了“六旅作命甲第138号”命令：“右翼队为师团扫荡部队，在师团的责任区域里扫荡。”
接到旅团命令后，隶属右翼队的第9师团步兵第7联队随即下达了“步七作命甲第105号”命令。根据联队的命令，步兵第7联队的三个步兵大队随即在南京城西部地区展开扫荡。其扫荡区域大致为：东至中山路、鼓楼一线；北至山西路、模范马路一线；西至西康路、清凉山一线；南至汉中路一线。南京国际安全区亦在其扫荡区域之内。从12月13日夜到24日，步兵第7联队反复在负责区域内进行扫荡。根据该联队战斗详报所附“步兵第七联队12月13日—24日在南京城内扫荡成果表”记载，扫荡期间，该联队共“（刺）杀残敌6670名”。
上海派遣军所属之第16师团也于攻占南京城东各城门的同时下达了城内外扫荡战命令。接到师团命令后，第16师团步兵第30旅团（佐佐木支队）于13日下午5时35分下达了“右翼支队命令”：“今晚，支队要以目前态势监视敌军，另派部分部队从背后切断交通，实施扫荡……步兵第三十八联队第三大队在尧化门、仙鹤门镇、马营附近留下必不可少的后方警备兵力，继续扫荡前进道路两侧。”
12月14日凌晨，步兵第30旅团再次下达命令：“一、敌军虽已全面溃败，但四处仍流落着企图抵抗的人。二、旅团于本日（14日）要彻底扫荡南京北部城区及城外。……要消灭支那兵。六、各部队至师团有指示前，不得接受俘虏。”
接到扫荡命令后，14日上午，步兵第33联队第2大队开始扫荡南京城内西北角一带，第1、第3大队扫荡下关地区。接着，第3大队于上午10时在下关集结，中午12时进入挹江门进行扫荡，并根据命令，“要一个不漏地扫荡每一家。如有敌人潜入外国人家中也可现场搜查，但不准触及物品，小心地雷”
。步兵第33联队在当天的扫荡中，“还有相当数量的败残兵携带少量武器隐藏在各处，这对扫荡来说十分困难。在城内西北角的狮子山上构筑有坚固的工事，固守于此抵抗至最后的部分敌兵终于来不及逃跑，在第二大队开始扫荡时丢掉武器，穿上便衣向我军投降，仅此就达到了两三百人”
。
步兵第38联队也于14日上午9时下达了命令：“步兵第三十八联队（欠第二大队）扫荡和平门—金川门—中山路（不含）和中央门的大路交叉路口的水关地区内，要消灭支那兵。第二大队应扫荡玄武湖以东至紫金山之间地区。”
14日，经过一天的扫荡，步兵第38联队认为“已全歼敌军”，其主力遂于当晚返回下关宿营。
第16师团步兵第20联队于12月13日正午亦下达“大作命169号”命令：“左翼队为现在的扫荡队，彻底扫荡南京城内外之敌……战车大队及工兵联队主力将协助第一线步兵在城内扫荡。”
13日下午，步兵第20联队主力由中山门入城，并沿中山路扫荡，直至挹江门外。14日，该联队继续扫荡南京城内，仅第1大队第4中队就“枪毙并埋葬残敌328人”
。
12月13日上午8时30分，第10军下达了“丁集作命甲号外”命令：“一、敌军继续在南京城内顽强抵抗。二、集团要歼灭南京城内之敌……四、各兵团对城里的炮击自不必说，应尽一切手段歼灭敌军。为此，如有需要，烧毁城区，尤其是不要受到败兵残卒欺骗行为的蒙蔽。五、规定集团负责的扫荡区界为共和门—公园路—中正门—中正路—汉中路一线（含）以南，以北区域由上海派遣军负责。”
12月13日上午9时30分，接到第10军的命令后，第10军所属之第114师团也下达了扫荡命令：“一、城内敌军继续顽强抵抗。国崎支队已经到达浦口并切断了敌军退路。集团扫荡地区定为共和门—公园路—中正路—汉中路（含）以南地区。二、师团要继续进攻，歼灭城内之敌。三、两翼部队进入城里，炮击自不待言，应尽一切手段歼灭敌军。为此，如果需要可以烧毁城区，特别是不要受到残兵败卒欺骗行为的蒙蔽……”
日军步兵第115联队也于12月12日晚10时下达了“步一一五联队作命第67号”命令：“联队于明天早晨接近城墙附近，坚决占领有利位置，以防敌军的反攻，在城门警戒，并依次扫荡铁路线（含铁路线）以西地区。第二大队首先向市政府挺进，然后在共和门以西与城墙间的道路一带扫荡。第三大队以一部分担任城门警戒，主力在附近扫荡，逐渐向北部推移。”
日军步兵第127旅团所属之步兵第66联队于13日凌晨下达了“步六六作命甲第85号”命令：“联队（编制不变）以尽可能多的重武器支援步兵第一○二联队的冲锋，联队要待其冲锋后突进扫荡以下地区：从协和门
通往西面大街以南地区；从南门通往北方大街以东，再通往周家凹东端—养虎巷—琵琶湖—市政府社会局—大陆银行以西地区。此为旅团负责区域。其西半部分由步兵第一○二联队突进部队负责；其东半部分由步兵第六十六联队负责……第三大队（配属部队不变）为突击部队，应跟随着步兵第一○二联队突进扫荡前述扫荡地区。”
根据这一命令，步兵第66联队于13日中午“派出扫荡队扫荡了指定区域，击毙了百余名敌军”，并“缴获了大量的武器弹药等物资”。
第10军之第6师团在接到扫荡命令后，于12月13日下达命令：“师团要派部分部队继续进攻城内及清凉山附近，同时主力逐步集结于南门外及西门外。”
13日上午8时30分，第6师团步兵第23联队第3大队在占领水西门后，派部分部队进城开始扫荡。10时左右，“步兵第四十七联队又让约一个大队进城开始扫荡”
。
隶属第10军的国崎支队在占领浦口后，于12月14日派出部分兵力登上长江中的江心洲进行扫荡，并解除了2350名中国官兵的武装。
15日，国崎支队得到报告称，江心洲上还有大量中国军人，于是命令步兵第41联队第3大队一部，配属山炮兵一个中队，再次对江心洲进行扫荡。据《步兵第四十一联队第三大队战斗详报》记载：“16日上午8时，大队主力从靠近西河岸的村庄开始扫荡并逐步南下到达帝庙村。但除了聚集着前天（14日）被第七、第十二中队解除武装的残兵败卒之外，没有发现敌军部队，所以就让第十中队扫荡帝庙村南面的村庄，大队主力经东河岸、钟庄前进到泰家花园附近，最终也没能发现武装的敌军士兵。”
日军在攻占南京前下达扫荡命令，主要是估计中国军队在南京城垣失守后，还将利用城内的街巷及建筑进行巷战，因此，命令各部队进城后进行扫荡作战，以消灭进行巷战的中国守军，即所谓“肃清残敌”。正是出于这一目的，12月13日，当日军攻占南京各城门及下关后，各师团几乎均根据命令派出了部分部队在城内外进行扫荡，以达成华中方面军攻占中国首都南京，并将中国军队围歼于南京城下的战略目标。然而当日军攻占南京后，除了13日凌晨在南京西郊的上河镇与试图突围的中国军队发生遭遇战之外，并没有遭到中国军队有组织、具规模的抵抗，也就是说在南京城内并没有发生巷战。在此情况下，日军的所谓“扫荡战”，实际上已演变为日军单方面搜捕、屠杀藏匿于城内外失去抵抗能力的中国军人的行动。