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1912年元旦，孙中山在南京宣誓就职，成立了中华民国临时政府，南京成为中华民国的首都。3个月后，孙中山为达促使清帝退位奠定共和根基的目的，让位于北洋军阀首领袁世凯，民国首都迁往北京。北京政府成立后，袁世凯倒行逆施复辟帝制，迫使国民党人继续反对北洋军阀的革命。1926年北伐战争开始后，革命军纵横江南，迁都武汉，目标指向北京政权。但北伐军总司令蒋介石运用所掌军权，转而挥师东南攻占南京，并匆忙在此另立国民党中央和国民政府。1927年4月18日，蒋介石颁令发表《国民政府定都南京宣言》，宣布当日在南京建立国民政府，开府办公。
南京由此成为全国首都及政治中心。
1927年，南京国民政府建立后，便在其颁行的全国暂行行政区规划中，将原本北洋政府所设之省级城市金陵道更名为南京市，任命刘纪文为南京市市长。4月24日，刘纪文通电宣布就职，在夫子庙贡院旧址举行了市政厅成立及市长就职典礼。
这是南京历史上成立市级行政建制的肇始，也是中国最先成立的市级行政区。
1928年，国民政府聘请美国著名建筑师亨利·墨菲（Henry K. Murphy，1877—1954）担任建筑顾问，派清华大学留美学生吕彦直为其助手，具体负责南京的都市设计工作。1929年底，首都建设委员会发布了《首都计划》，次年正式由国民政府公布。《首都计划》是民国时期编制的最完整的一部南京城市规划，奠定了抗战前南京城市发展建设的基础。
1928年至1937年间，在国民政府的努力以及《首都计划》等的指导下，南京的城市建设取得了显著成就，兴建了一批中央政府机构，企事业单位，教育、医疗、商业、娱乐、民国纪念设施等，出现了中山陵园、中山大道、中央商场、铁道部大楼、中央体育场等典型的民国地标，南京城市面貌焕然一新。
南京市的行政区域范围，历史上概以南京市政府所管辖的地区为限。1927年南京设市之始，仅暂以江宁城厢内外及江浦县属之浦口为其区域，约计面积157平方公里。
其后南京市与江苏省屡次商议划界，均未实行。
直至1935年3月，省市划界方才议定，实行交割，市区增入燕子矶、孝陵卫、上新河三乡区，南京城郊的土地开始被纳入南京市区。
1936年8月，省市县之间的界线完全划定。
南京市辖地四界为：东北起长江南岸乌龙山，向南经杨梅塘、薛家冲到尧化门，即沿土城根（即明代外郭旧址）经仙鹤门、麒麟门，再折向西南，经沧波门、高桥门抵达上方门，为市区东界；沿秦淮河向西，经麻田桥、铁心桥、西善桥、格子桥，改延运粮河到江边大胜关，为市区南界；入江包括江心洲，以江心划分，折西北上长江北岸，沿浦口商埠原界，为市区西界；入江包括八卦洲，以江心划分，折东南与乌龙山相接，为市区北界。
南京市区全境面积计465.952平方公里。
图1-1 1936年南京市区及郊县地图
图片来源 《中华民国大地图》，1936~1937，中国第二历史档案藏
南京建市后，与之相配套的城市行政机构随之应运而生。1927年4月24日，南京市政厅成立，6月1日又改为南京市政府，刘纪文任市长。市政府下设社会、财政、教育、卫生、公安各局。此后，由于中央法规和经济环境的变化以及各任市长的政见不同，市政府一再变动。1927年7月，在原有各局基础上设参事室，又成立土地局，并设总务科为庶务机关，兼管不属于各局专管事项，市政府内部机构设置为6局1科1室制。同年8月，刘纪文因病辞职，何民魂继任市长，因财政困难，将土地局并入财政局，设土地课，将卫生局并入公安局，设卫生课。
1928年1月，应市政之需要，成立社会调查处，4月，又恢复土地局，市政府改为5局2处1室制。同年7月，国民政府又委任刘纪文为南京特别市市长，在原有秘书处及土地、财政、工务、公安、教育、卫生各局外，增设社会处。市政府机关又成为6局2处1室制。这是南京市政府组织规模最大的时期。
1929年，国民政府以首都公安关系重要，将南京市公安局改名为首都公安局，旋改名为首都警察厅，划归内政部直辖，改社会调查处为社会局。市政机构又变为6局1处1室制。此后魏道明、马超俊、谷正伦先后担任南京市市长。
1932年4月，石瑛任南京市长时，适逢一·二八事变之后，市库拮据。为减少行政费起见，将教育局并于社会局，土地局并入财政局，裁撤卫生局，由市府直接掌理卫生行政事宜，卫生事业则归卫生事务所办理。同时，在市政府设立自治事务所，又形成3局1处2所1室制。这是市政府组织规模最小的时期。
1935年4月，马超俊再任南京市市长，鉴于土地行政事务日益繁多，于同年7月恢复土地局，次年6月1日，奉行政院令改称地政局。8月成立自治事务处，形成4局2处1所1室制。
1929年12月，南京市拟定将全市划分为12个自治区。1931年3月又划全市为21个自治区，各区设区公所，市府内设立自治事务所，综揽全市自治事宜。1933年3月，又重新划分为8个区，并使其与警察区的划分范围相一致，称1至8区，并改自治区为市政府所属的8个行政区划单位，奠定了南京城区行政划分的基本格局。
到1937年底沦陷前，南京市政府共管辖城乡11个区，另有总理陵园区，占地30.58平方公里，由专设之总理陵园管理委员会管理，直隶于国民政府而不属南京市管辖。
考虑到总理陵园区处于南京市第1区、孝陵卫区、燕子矶区3个区的包围之中，事实上其交通、治安、供应、卫生等不可能与南京市相分离，似可将该区视同于南京市的一个行政区。
民国时期的南京市政府，对于本市的常住人口，一直保存着完整的统计资料，包括人口总数、新增人数、死亡人数，以及出生率、死亡率等。根据档案资料记载：1927年南京国民政府成立时，南京市人口为360500人；以后逐年增加，至1934年为795955人，增加一倍余；自1935年11月开始突破百万大关，达1009502人；直至1937年上半年，一直保持在100万人左右；到1937年5—6月份，常住人口虽然有所下降，但也保持在101万余人。详见表1-1、1-2、1-3。
表1-1 南京市历年人口统计表（1912—1936）
资料来源 《南京市历年人口统计表（1912—1936）》，南京市社会局编印：《南京社会》“人事管理”部分，第29页，1937年2月，中国第二历史档案馆藏。表内数字统改为阿拉伯数字。
表1-2 1936年4月南京市各区人口统计表
资料来源 《南京市政府检送本市各区户口数目统计表致内政部咨文》（1936年5月20日），中国第二历史档案馆、南京市档案馆编：《侵华日军南京大屠杀档案》，江苏古籍出版社1997年版，第914页。表内数字统改为阿拉伯数字。
表1-3 1937年6月南京市人口及生死状况统计表
资料来源 《南京市政府关于分发本市生死统计表训令》（1937年11月26日），中国第二历史档案馆、南京市档案馆编：《侵华日军南京大屠杀档案》，江苏古籍出版社1997年版，第916页。
实则南京市的人口呈稳步增长趋势，且在抗战爆发前已有人口100万人以上。
八一三事变爆发后，特别是在8月15日日机对南京进行首次空袭后，南京市民开始大规模向外地迁移逃难，南京人口总数急剧下降。部分经济富裕的市民和达官贵人及其家属陆续离开南京，但大批生活贫困的市民仍留在南京。
1937年11月23日，南京市政府曾就难民遣送问题致函军事委员会后方勤务部：“查本市现有人口约五十余万。除一部能自动离京，一部事实上决不能离京者外，估计将来需要遣送难民约二十万人左右。”
因为南京市政府当时要安排难民的遣送与留下居民的粮食、食盐、燃料的供应，所以关于到11月下旬南京本地仍有50余万人的报告是准确可信的。另据斯迈思（LewisS.C.Smythe，刘易斯·S.C.斯迈思，又译史迈士、史密斯、史迈斯、路易斯·S.C. 史迈士）1938年6月在《南京战祸写真》中记载：“一年前，南京市的人口恰好超过一百万，到八、九月份人口急剧地减少，十一月初又上升到五十万。”
事实上，南京市政府在1937年10月至11月间，也令各区进行过人口调查，只是由于战火迫近与局势的动乱，其调查结果并不完整。在12个区中，只有7个区做出了报告，其报告数字见表1-4。
表1-4 南京市各区人口统计数（1937年10—11月）
资料来源 钟庆安：《关于一九三七年南京沦陷前夕人口的考证——用档案材料驳〈南京大屠杀之虚构〉一书》，《文献和研究》1985年第5期。
上述7区至1937年10月底、11月初，实有人口37.3万余人。其未及报告的第一、第七、燕子矶、上新河、陵园（国民政府直辖）5区，由于与已报告各区面临着相同的战争威胁及大致相同的避难条件，故可以前列1937年6月各区人口数为基数，对照上列7区的人口数，计算出城区与乡区人口分别减少了42.3%与17.6%。依此人口迁移的概率，则可得出未及报告的5区人口应为22万余人。故此时全市12个区的人口应有59万余人。
尽管从11月下旬到12月12日城陷前半个月左右的时间里，还会有一部分市民继续逃离住地，但这段时间南京总人口已不会再大幅度下降。其原因为：（1）大部分经济富裕的市民早已离开南京，留下的多为无外地亲友可以投靠，或经济上无力外迁者。（2）南京市政府关于“遣送难民约二十万人左右”的计划，后因筹建“安全区”及战局恶化，事实上未能实施。（3）在战火迫近南京以后，南京卫戍司令部出于军事上的考虑，控制了江面上的船只，使部分市民欲往江北或溯江西上已不可能。这些情况表明，南京市民经过11月以前的大量外迁后，其人口数量的总水平已经相对稳定。
即使考虑到有少数人继续迁往外地这一因素，到城陷时，其留居人口在50万人以上当无疑问。
据中国学者考证，在1937年12月13日日军攻占南京之前，南京市城乡常住人口在53.5万到63.5万之间。
流动人口是南京人口的重要组成部分。外来的流动人口，是指各区、乡、保、甲和警察厅负责统计的常住人口以外的来南京市的人口，包括从上海、苏州、无锡等先后沦陷地区逃来南京的难民。
自八一三淞沪战役开始后，上海及其附近有大量难民流向内地。这些难民，多需从南京中转，也有的以南京及其附近为避难地。这些难民，有的有一定的目标和方向，由南京迅速流向他处；有的并无固定的目标和方向，也无必需的路费，只得在南京附近安身。
8月25日南京市政府召集相关部门开会商议，决定组织南京市难民救济委员会，由市政府、赈务委员会担任总务组，交通部、铁道部、下关船舶管理所等机关担任收遣组，警备司令部及首都警察厅担任保卫组，市党部及首都各界抗敌后援会担任训导组。
据京沪路难民救护专员成静生10月9日致南京赈务委员会的代电称：“太嘉宝一线一带难民除已迭次运送及自行迁徙外，现在仍有约六十万待船输送。”
10天后，成静生又致电南京赈务委员会：红十字会吴县分会苏州车站办事处主任唐克敏，“奉命调度车辆运送四川同乡难民赴京，当向车站交涉决定即日匀车装运。”
由此可见，南京中转运输难民工作之繁忙以及难民数量之多。另据世界红卍字会南京分会《民国二十六年至三十四年慈善工作报告书》称：“‘八·一三’沪战既起，各地难民纷纷来京，每日千数百人不等，本会于下关派救济队，分往车站码头，接护收容，设立临时收容所十处，并设粥厂两处，供给两餐粥食，一面交涉车船，遣送回籍。”仅该会即先后收容遣散难民共计155690人。
11月12日，上海失陷。此后，日军乘胜西进，直扑南京。日军攻占句容后，句容的部分难民也进入南京城，避难于下关。
世界红卍字会职员李世原在一份报告中记述道：“除南京难民区外，尚有六合、过塘集、八卦洲一带聚有浙江、上海、昆山、苏州、无锡、江阴、常州一带避难人民，男女老幼不下四万人，流落异乡，生活无着。”
由此可以推断，大批难民滞留于南京北部地区。
上述内容说明，至1937年12月南京沦陷前，城内外人口总数约为六七十万是有据可考的。