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甲午战争之后，日本帝国主义不断地策划侵略中国的新阴谋。1927年，日本内阁首相田中义一在东京召开了著名的“东方会议”。会议确定了新的对华政策，把占领中国、侵占亚洲、独霸世界作为日本向外扩张的战略方向。其后，日本关东军在中国东北地区不断制造事端，以挑起战争。1931年9月18日晚，日军炸毁了沈阳北郊柳条湖附近南满铁路的一段路轨，反诬中国军队所为，接着，向沈阳北大营中国驻军发起进攻，从而揭开了新的侵华战争的序幕。
九一八事变后大约半年时间，日本迅速占领了中国东北全境。随之，又把侵略矛头伸入华北地区。1937年7月7日夜，驻北平丰台的日军在宛平县以北地区举行军事演习，并以一名士兵失踪为借口，炮击宛平县城，从而制造了震惊中外的卢沟桥事变。中国人民的抗日战争由局部走向全面爆发。
日军在占领平津地区后，一方面沿津浦、平汉铁路南下，以扩大侵略地域；另一方面，为了加速灭亡中国，1937年8月，在上海不断挑衅，以制造扩大战争的借口。13日，日军开始向闸北进攻，淞沪会战爆发。淞沪会战成为日本发动侵华战争以来，在中国东部沿海地区进行的一场规模最大的战役。日本先后组建上海派遣军、华中方面军，并以松井石根大将为华中方面军司令官，统一指挥淞沪等地的作战。日军不断增加兵力，投入的部队有第3、第11、第9、第13、第16、第101、第6、第18、第114师团以及其他部队等。中国方面，国民政府军事委员会调整军事部署，调集许多精锐部队，置于长江三角洲地区，防守中国最大的工商业城市上海。中国军队浴血奋战，给日军以沉重打击，使其伤亡惨重。中国军队在上海坚守3个月时间，使日本“速战速决”、3个月灭亡中国的迷梦破灭，激发了全中国人民的抗战热情，坚定了中国人民抗战的必胜信心，也为沿海地区的工业企业、文化教育机构内迁，赢得了宝贵时间。
11月12日，上海沦陷。日军决心进攻中国首都南京，给中国最大的压力，逼迫中国政府屈服，以结束战争。
日军华中方面军分路向南京方向进军，形成全面包围南京的态势。一路以第11、第13、第16师团，沿京沪铁路
两侧，进攻无锡、常州、丹阳、镇江、句容；一路以第3师团先遣队、第9师团，进攻苏州、无锡、金坛，向南京挺进；一路以第10军所部，占领嘉兴、吴兴，经宜兴、溧阳、溧水，直扑南京，并以第18师团占广德、宁国（宣城），攻芜湖，以国崎支队进攻江北浦口，切断南京守军的退路。在日军猛烈进攻下，苏南、皖东南各地相继失守。12月6日，日军逼近南京近郊。中国方面，国民政府决定迁都重庆，并将部分军政机关迁往武汉、长沙，以适应战争需要。同时，蒋介石在南京召开军事会议，讨论防守南京的军事部署。南京主城区处于长江南岸，背靠长江，地形易攻难守。南京是中国首都，中国政府若不做出守卫的部署，将会受到全国人民的谴责，国际上也会造成不良影响。虽然有些将领如陈诚等不主张坚守南京
，但是，蒋介石还是决定成立南京卫戍司令部，以唐生智为司令长官，罗卓英、刘兴为副司令长官，下辖叶肇第66军、王敬久第71军、孙元良第72军、俞济时第74军、宋希濂第78军、邓龙光第83军、徐源泉第2军团，以及教导总队、宪兵团等，共十余万人，防守南京。唐生智为表示“与南京共存亡”的决心，将下关至浦口间的船只全部撤离，禁止任何部队渡江北撤。
12月上旬，日军先后占领东郊汤山，南郊湖熟、淳化、秣陵关，西南郊板桥、大胜关等地。双方激战至12日夜，日军突破中山门、雨花台、中华门、光华门、水西门、通济门以及紫金山高地。12月13日，南京失守。中国守军除一部分由太平门等地撤退，或向苏北、浙皖交界处转移外，伤亡十分惨重。其中，部分军人因退路断绝，放下武器，脱下了军装，有的进入安全区。
日军占领南京后，认为这些脱去军装的中国士兵是他们最大的威胁。他们“估计城里仍潜伏着很多尚存抵抗意识的敌军”，因此“计划对南京城内外实施彻底性扫荡”。
他们说：“已有迹象表明，大部分逃跑之敌身着便衣。可疑之人全部逮捕，监禁在合适的地方。”
日军由于无法分辨军人和普通民众，乃决定“将所有青壮年都当作残兵败卒或便衣队逮捕监禁”
。当时滞留南京的美国传教士约翰·马吉（JohnG.Magee，又译梅奇、马约翰、马冀、麦琪）用摄影机偷偷拍摄下了日军在街头搜捕中国士兵及残害中国民众的场景。日军第16师团长中岛今朝吾中将，在其12月13日占领南京第一天的日记中写道：“基本上不实行俘虏政策，决定采取全部彻底消灭的方针。”“仅佐佐木部队就处理掉约15000人，守备太平门的一名中队长处理了约1300人。”中岛直率地说：“因为当初从未设想过将采取这一措施，参谋部忙得不可开交。”
时任上海派遣军参谋长的饭沼守，在1937年12月21日的日记中也写道：“山田支队用刺刀分批处置一万数千名俘虏时，因为是在几日内将相当多的人押送到同一地点，因此俘虏发生骚乱，最后我军用机关枪扫射，致使我军若干官兵也一同被打死。相当多数量的俘虏还趁机逃走了。”
日军高级将领对待中国战俘也十分残忍，拿中国战俘的生命当儿戏。中岛今朝吾中将在12月13日的日记中写道：“今日中午高山剑士来访，当时恰有七名俘虏，遂令其试斩。还令其用我的军刀试斩，他竟出色地砍下两颗头颅。”
后来担任侵华日军最高指挥官的冈村宁次大将，在其1938年7月13日的日记中，也记载了日军任意杀害中国战俘一事。他写道：“到达中支那战场后，在听取了先遣官宫崎参谋、华中派遣军特务部长原田少将、杭州机关长荻原中佐等人的报告后才知道，派遣军前线部队一直以给养困难为借口，大批处死俘虏，已成恶习。南京战役时，大屠杀的人数多达四五万之多，对市民进行掠夺、强奸的也大有其人。”
在占领敌对国后，大量杀害已经放下武器的俘虏，是严重违背国际法的行为。日军在攻占南京前后大量杀害中国战俘，已是不争的事实。日军还把屠刀指向了南京广大的和平居民。他们采取集体屠杀和分散屠杀的形式，在南京城区和近郊制造了许多大规模的屠杀。其中，最惨烈、最集中的屠杀行为，发生在下关地区沿江一带的幕府山、燕子矶、煤炭港、鱼雷营、宝塔桥、中山码头等处，以及城西的水西门、江东门、汉中门，城南的雨花台、花神庙和城区内的若干街区。这些屠杀行动，多者杀害数万人，少者也有数百人。屠杀的对象，不仅有青壮年，连老人、儿童、妇女也不放过。其屠杀的方式，有枪杀、砍杀、刺杀、活埋、焚烧、溺水，甚至进行杀人取乐，暴虐至极。
日军占领南京后，还对广大的中国妇女，实施骇人听闻的性暴行。其规模之大，手段之残忍，令人发指。据1946年2月《首都地方法院检察处奉令调查敌人罪行报告书》指出：“一般青年妇女以至六七十岁之高龄老妇，被害者甚多，其方式有强奸者，有轮奸者，有拒奸致死者，有令其父奸其女，兄奸其妹，翁奸其媳，以为笑乐者。更有割乳、刺胸肋、破齿落、下部肿胖，种种情况，惨不忍睹。”
在日军性暴行遭到社会舆论强烈谴责、性病在日军中日益蔓延的形势下，日军当局改变手段，在南京等占领区广泛设立慰安所，强征中国和朝鲜妇女，供其施暴。据学者调查，日军在南京城区和市郊先后建立慰安所40余处。
日军为了从政治上、精神上制服中国，不遗余力地要毁灭中国首都南京。日军在攻击南京的过程中，特别是在占领南京之后，到处焚烧、破坏、掠夺。街道房屋如城南中华路、太平路、夫子庙等城区，被成片烧毁。市民的家具、物品、粮食、牲畜等财产，被日军抢劫一空。繁华的首都南京，到处是断垣残壁、瓦砾废墟，一个古老的且已呈现代化生机的新南京，遭受日军的严重破坏。
面对日军在南京的残酷暴行，中国、日本和西方国家的当事人及目睹者，都留下了大量有价值的原始材料，揭示了事实真相。日军官兵在战场上撰写的日记、家书和战后撰写的回忆录等，都记录了日军的屠杀行为。其中重要的有日军高级将领畑俊六陆军大将、冈村宁次陆军大将、松井石根陆军大将、中岛今朝吾陆军中将等的日记以及士兵牧原信夫、东史郎的日记等。南京沦陷后，一批美、英、德等西方国家的传教士、大学教师、医生、商人和记者，仍然滞留南京，他们亲眼目睹了这场人类的大悲剧，留下了许多珍贵的资料，诸如日记、书信和各种文件。中国国内的报刊以及许多西方国家著名的新闻媒体如《纽约时报》、《芝加哥每日新闻报》、《华盛顿邮报》、《泰晤士报》等，都报道和揭露了日军在南京的罪行。
美国记者阿契包德·斯提尔（Archibald T. Steele，又译阿奇博尔德·斯蒂尔、A.T.斯提尔）于1937年12月15日由南京发往《芝加哥每日新闻报》国际部的特讯说：“屠杀犹如屠宰羔羊。……今天经此城门（指挹江门——引者注）过，发现要在积有5英尺高的尸体堆上开车才能通过城门。已有数百辆日军卡车、大炮在尸体堆上开过。城里所有街道都遍布着平民百姓的尸体。”
他在12月17日发给国际部的特讯说：“我眼见每条街上都横陈着尸体，其中包括一些不可能对他人造成伤害的老人，还见到成堆成堆遭处决而死的尸体。”“在北门，我看见可怖、杂乱的一堆，那曾是200人的躯体，现在是一滩焦烂的骨肉。”
1938年2月4日，《芝加哥每日新闻报》刊登了该报国际部特派记者斯提尔由南京发回的报道：“我亲眼目睹了一场集体屠杀。一群几百个行将处死的人扛着一面大幅日本旗穿街而过，他们被三三两两的日本兵押着，赶入一块空地，被一小组、一小组地枪杀。一名日本兵站在越积越多的尸体堆上，用步枪补射仍在动弹的躯体。”
美国记者德丁（Frank Tillman Durdin，F.提尔曼·德丁，又译F.提尔曼·杜丁）在发往《纽约时报》的航空邮讯中说：“攻占南京时，日军肆意屠杀，掳掠抢劫，其野蛮残酷之极达到中日开战以来前所未有的程度。日军毫无节制的残暴只能和欧洲中世纪黑暗时代或中世纪亚洲的征服者肆意摧残相匹敌。”
日军采用各种方式奸淫中国妇女的罪行，国内外新闻媒体都有大量报道，西方各国在京传教士不断向日方提出抗议，揭露日军强奸中国妇女的罪行。
1938年1月9日《纽约时报》刊登的该报记者德丁发回的上述报道说：“大规模抢劫也是日军占领南京时的主要罪行之一。一旦日军完全控制一个区域，士兵便接到可以洗劫区内房屋的命令。首先抢的是食物，但其他值钱的，特别是容易携带的物品亦任意抢夺。住在屋子里的人也遭抢，只要抵抗就被打死。”
1938年3月16日《南华早报》报道说：“12月19日，日军开始向商店大量放火。掠夺品都被堆到了卡车上，空荡荡的商店被点着了……留在南京的22名外国人中的14人一起到日本大使馆，就日军向基督教青年会放火进行抗议。大使馆辩解说是士兵顾及不到。但代表团向大使馆通告说，无论怎样，他们目击了日本部队在上级军官的指挥下有组织地掠夺、放火。这种情况持续了一个月。80%的商店、50%的居民住宅都被烧毁、掠夺。”
“南京市的大部分地区现在处于荒废状态。特别是中华门、夫子庙、中华路、太平路、中山路、国府路等住宅区的烧毁情况尤为严重。”
南京的外国人住宅和使领馆，也未能幸免。南京市的许多建筑，包括美国、英国、德国的使馆办公楼都遭到日本兵的屡次掠夺。在经历一番混乱抢劫后，大部分商店都被成群结队的日本士兵在军官指挥下开着卡车有系统、有组织地洗劫，抢完后再放一把火把房屋彻底烧掉。即使“飘着星条旗的美国设施也遭到了抢掠。比如美国传道团大学医院的职工都接受了调查，被抢走了手表和钱。护士寄宿的宿舍里，在日军的搜查后，也丢失了大量贵重物品。日军还强行进入了美国金陵女子文理学院的职工大楼，拿走了食物和其他贵重物品”
。对此，美国方面曾多次向日方提出严重抗议和交涉，而日军的暴行并未因此有所收敛。
极具讽刺意味的是，日军第16师团司令部驻地和中岛今朝吾师团长的宿舍居然也遭到日本兵的抢劫。中岛在12月19日的日记中写道：“日本军队根本不管是否是其他部队的管辖区域，都进行抢劫。他们强行闯进这些地方的民宅，洗劫一空。总之一句话，脸皮越厚，越不知羞耻，占的便宜就越大。最好的例子就是：在我们占领的国民政府官邸，第十六师团的士兵已于13日进来扫荡过了。14日一早，管理部门经过侦察后制定了住宿分配计划并挂上‘师团司令部’牌子。结果走进各个房间一看，发现从主席房间，到每个房间所有角落，都被彻底翻箱倒柜地洗劫一空。不管是古董陈列品，还是其他什么，只要认为值钱就全部拿走。15日入城后，我将剩余物品集中起来放进一个橱子里并加上封条，但还是不行。第三天进来一看，收在里面的东西都杳无踪影了。看来只有放进保险柜里，否则放哪里都没用。”中岛对此评论说：“进入他人势力范围，何况在已钉上了司令部标牌的建筑物内，满不在乎地行窃，这也太过分了。”
以上所述事实，仅仅是日军在南京所施暴行的冰山一角，其罪行罄竹难书。
日本帝国主义在南京犯下的严重罪行，完全违背国际法、战争公约和人道主义的基本原则，从而引起了国际社会的广泛关注和谴责。滞留南京的一批欧美各国人士，即20多名传教士、教师、医生、记者、商人等，自发组织起来，迅速成立南京安全区和安全区国际委员会，对受难中的南京广大市民展开人道主义的救助。南京安全区国际委员会成立于1937年11月18日，由德国西门子公司驻南京办事处的代表约翰·拉贝（John H.D.Rabe，约翰·H.D.拉贝，又译雷伯、拉比、锐比、诺波，又作艾拉培）任主席。他们划定安全区的范围，北至山西路，西至西康路，南至汉中路，东至中山路。这一地区内有金陵大学、金陵女子文理学院、金陵神学院、基督教鼓楼医院，以及众多外国使馆、外籍人士住宅和中国方面高级官员的公馆。
安全区划定后，大批难民不断涌入，总数达25万人之多。难民收容所有25个，金陵大学、金陵女子文理学院成为重要的难民收容所。在约翰·拉贝的住宅院内就收容了600多名受难的市民。在极端艰难的条件下，这批滞留南京的外国人士，发扬人道主义精神，对苦难中的南京市民展开力所能及的救助活动。他们不仅在生活上给难民以帮助，更重要的是面对日军残害南京市民的暴行，展开正义斗争。他们不断抗议日军的暴行，并千方百计设法将日军在南京实施暴行的消息，迅速传向海外。
美、英、德等西方国家政府，在日军不断轰炸南京的时候，即向日本政府提出严重抗议。美国国务院在9月22日的抗议中说：“本政府认为，无论出于何种原因，这种对有着众多人口正在从事和平活动的广大地区进行的轰炸，都是不正当的，违反国际法和人道主义的。”并且表示：“对因日本在南京地区的军事行动而产生的一切损失，美国政府保留本政府及美国公民的全部权利。”
当12月12日，日军即将攻入南京城区时，日机将停泊在南京上游25英里处的美国炮艇“帕奈”号及随行的美孚石油公司的3艘轮船炸沉，并在占领南京后不断洗劫美国使馆和美国人住宅内的财产，美国政府也通过其驻日本大使格鲁（JosephC.Grew，约瑟夫·C.格鲁），多次向日本提出严重抗议。
日本对其军队在南京犯下的一系列严重罪行，试图加以掩盖或粉饰。他们在中国占领区设立新闻检查官，想方设法扣留各种媒体关于日军暴行的新闻稿，如著名的英国报纸《曼彻斯特卫报》驻中国记者田伯烈（H.J.Timperley，H.J.田伯烈，又译丁伯莱、丁伯烈）的电讯稿，报道了日军在南京屠杀平民、抢劫中外人士的财产及强奸妇女的情况。而日本新闻检查官认为此报道“可能危及军方的感情”
，拒绝向外拍发。田伯烈在愤怒之余，通过在南京的外国传教士，进一步搜集日军暴行事实，撰写了《战争意味着什么：日军在中国的暴行》一书，于1938年7月在英、美出版，将日本暴行告知西方世界。又如美国炮舰“帕奈”号被日军炸沉后，日方“声称日军当局将采取步骤禁止驻华的外国记者将有损日本陆军、海军的新闻报道发往国外的报社”
。
中国国内的新闻媒体如中央通讯社、《中央日报》、《大公报》（汉口版）、《武汉日报》、《申报》以及中共报刊《新中华报》、《新华日报》等，也对日军在南京的血腥暴行，作了大量报道和揭露，其中有从南京逃出的中国难民的亲身经历和血泪控诉，也有报刊本身的社评对南京大屠杀的声讨。一些亲历者如幸存官兵和难民在逃离南京后，以各种形式撰写了回忆录和各种口述文字材料。例如军医蒋公穀将其在南京目睹的悲惨状况，以日记形式，于1938年8月间撰写了《陷京三月记》。
教导总队军官孙宝贤撰写了《南京沦陷前后及被难脱险经过详情实记》。
佚名作者曾躲藏在难民区，也以日记形式撰写了《地狱中的南京》，并于1938年5月发表。
更多的是受难民众的回忆和控诉。
日军在南京的罪行累累，他们采取任何手段都是封锁不住的。暴行消息不断地通过各种渠道传向中国各地和世界各国，进一步激发了中国人民的抗战热情，也增强了各国人民对中国反抗日本侵略的同情。
世界反法西斯战争和中国抗日战争胜利后，各国人民强烈要求清算日本军国主义者的法西斯罪行。因此，中国、苏联、美国、英国、法国、荷兰、加拿大、澳大利亚、新西兰、印度、菲律宾11个国家，在日本东京组织了远东国际军事法庭，对东条英机、松井石根等日本战争罪犯进行了审判。同时，在中国南京也组织了国防部审判战犯军事法庭，对日本战犯谷寿夫等人进行了审判。这些审判都以大量的、确凿无疑的犯罪事实为依据，对日本战犯作出了正义的、公正的判决，具有重要的历史意义和深远的政治影响。
远东国际军事法庭是严格按照1928年8月27日在巴黎签订的、陆续有63个国家加入的《非战公约》（即“关于废弃战争作为国家政策工具的一般条约”）和国际法的基本原则建立的国际审判机构
，法庭制定了宪章和审判程序等。
法庭开庭之初提名的9名法官，分别来自澳大利亚、加拿大、中国、法国、荷兰、新西兰、苏联、英国和美国。法庭遵循公正的原则，不仅起诉方可由证人出庭作证，被告亦可聘请律师辩护并由证人出庭作证。就南京大屠杀案而言，远东国际军事法庭曾多方采集证据，并由一批该事件的亲历者、目睹者出庭作证，从而奠定了公正的、准确的审讯与判决基础。
远东国际军事法庭对日本甲级战犯的审判于1946年4月29日在东京开庭，共有28人由于破坏和平罪和反人道罪而被起诉。“对这28名被告的指控包括从1928年开始就策划和准备发动侵略战争以及以1931年对满洲发动进攻为开端的系列实际军事侵略。”
这28名战争罪犯包括东条英机、荒木贞夫、土肥原贤二、畑俊六、板垣征四郎、松井石根、武藤章、广田弘毅、重光葵、梅津美治郎等。东京审判至1948年11月12日止，历时两年半。开庭818次，419名证人出庭作证，779人作了书面证言，受理证据 4336 件，判决书长达1213页。
对松井石根的判决书指出：“南京在陷落前，中国军队已撤退，日军占领的只是一座未设防的城市。接下来就是日本军队对无助的平民实施的长时间的最恐怖的暴行。日本士兵犯下了集体屠杀、个人谋杀、强奸、抢劫和纵火等罪行。虽然日本目击者否认暴行的规模，但是来自不同国籍的中立目击者提供的相反的证据与不容置疑的谁应承担责任的证据却是压倒性的。这种无节制性的犯罪开始于1937年12月13日占领南京城，直到1938年2月初才停止。在长达6~7周的时间里，数以千计的妇女被强奸，10万人以上被屠杀，难以计数的财产被抢劫和焚毁。在这些可怕事件的高潮期间，12月17日松井石根举行入城仪式并在城内住了5~7天。根据他自己的观察和属下的报告，他一定已经意识到了正在发生的事情……他必须为他的渎职行为承担刑事责任。”
毫无疑问，松井石根在南京大屠杀中负有主要罪责。
远东国际军事法庭对日本违反战争法规在南京实施暴行的判决书中指出：“在日军占领后的最初六个星期内，南京城内和附近地区被屠杀的平民和俘虏的总数超过20万。这一估计并不夸大其词，而是可以通过埋尸团体和其他组织提供的证据加以证实的。这些组织掩埋的人数多达155000人。他们还报告说，大多数死难者都是双手被反捆着的。而且，这一统计数字还不包括那些被焚烧的、被扔进长江的以及被日军以其他方式处理的尸体。”
显然，远东国际军事法庭公正的判决，确认了日军在南京实施的是一次大规模的屠杀暴行。
中国是日本发动侵略战争最大的受害国，国民政府依据1945年7月26日中美英三国《波茨坦公告》指出的“吾人无意奴役日本民族或消灭其国家，但对于战罪人犯（包括虐待吾人俘虏者在内），将处以法律之裁判”
的精神，决定组织国防部审判战犯军事法庭。该法庭根据同盟国的议定，主要审判日本乙级和丙级战犯。
国防部审判战犯军事法庭于1946年2月15日成立于南京。该法庭严格遵守海牙陆战法规及惯例条规等国际公约的规定，结合中国刑法的原则，对在战争中和占领区实行暴行的战争罪犯进行审判。其中包括谋害与屠杀、对平民施以酷刑、故意饿死平民、强奸、拘留人民并予以不人道之待遇、抢劫、施行集体刑罚、肆意破坏财产、故意轰炸不设防地区、虐待俘虏与病伤人员、集体拘捕等罪状。
为了使审判建立在公正、准确的基础上，中国政府颁布了《关于处理战犯纲要》、《关于战犯审判条例》及《关于战犯审判办法实施细则》等。
为广泛地掌握南京大屠杀罪行事实，南京市临时参议会等还组成了“南京大屠杀案调查委员会”，深入各街区、居民住宅，调查日军暴行。在审讯过程中，有众多当事人、亲历者出庭作证。经过细致深入的调查取证，法庭于1947年3月10日对南京大屠杀案的主要战争罪犯谷寿夫（日军第6师团中将师团长）作出判决，处以死刑；对在进攻南京过程中，实施杀人比赛的日军第16师团军官向井敏明、野田毅，以及在作战中虐杀中国民众300余人的第6师团军官田中军吉，判处死刑。
对谷寿夫的判决书指出：“查屠杀最惨厉之时期，厥为二十六年十二月十二日至同月二十一日，亦即在谷寿夫部队驻京之期间内，计于中华门外花神庙、宝塔桥、石观音、下关草鞋峡等处，我被俘军民遭日军用机枪集体射杀并焚尸灭迹者，有单耀亭等十九万余人。此外，零星屠杀，其尸体经慈善机关收埋者十五万余具。被害总数达三十万人以上。尸横遍地，惨绝人寰，其残酷之情状，尤非笔楮所忍形容。”
南京审判和东京审判对日本战犯的判决，在确认南京大屠杀受害人数上，表述虽不一致，但均认定这是一次大规模的屠杀。两个法庭对日本战犯战争罪和违反人道罪所作的正义判决，维护了人类的尊严，伸张了正义，从而受到各国政府和人民的广泛支持。
日本政府面对世界人民的谴责和两个法庭对其侵略罪行的正义审判，理应深刻反省战争罪行，承担战争责任，总结教训，以史为鉴，与曾被其侵略的国家，开创新的国家关系，共同面向未来，维护世界尤其是东亚地区的和平。
可是，战后60多年来，日本政府在对待战争性质、战争责任以及在战争期间发生的诸如南京大屠杀等众多历史问题上，均采取暧昧或含糊其词的态度，从而助长了日本国内右翼势力不断散布歪曲战争历史、否定南京大屠杀的言论。
日本国内先后成立了一批右翼组织，如“新历史教科书编纂会”、“自由主义史观研究会”、“遗族议员协议会”、“大家都来参拜靖国神社国会议员协议会”、“回报英灵的议员协议会”、“历史研究委员会”等等。这类组织的成员，有原战争罪犯或军事将领的后裔，如历史研究委员会事务局局长板垣正，就是侵华战争罪犯板垣征四郎之子；有政府官员和众参两院议员，如曾任首相的森喜朗、安倍晋三等；有藤冈信胜等大学教授和社会各方人士。他们制造各种舆论，编写发行各种出版物，散布各种错误观点，歪曲历史，否定东京审判，不断参拜靖国神社，恶化日本和中国及亚洲其他各国之间的关系。特别是在日本政坛执政时间较久的最大政党——自由民主党中的一些人士，因不满日本首相细川护熙在1993年8月10日就日本对外战争问题的讲话（细川说：我本人认为，这是侵略战争，是错误的战争），因而表示要“重建被东京审判歪曲了的历史观”。半个月后，自由民主党内与靖国神社有关的三个协议会——“回报英灵的议员协议会”、“遗族议员协议会”、“大家都来参拜靖国神社国会议员协议会”召开会议，决定设立“历史研究委员会”，由山中贞则任委员长，板垣正任事务局局长，以总结大东亚战争历史的名义，先后邀请19位右翼学者，对国会议员作讲演，出席报告会的议员总人数达 1116 人次。演讲人系统地、全面地、集中地阐述和宣扬了日本右翼否认对外侵略战争的观点。
集中起来有如下若干方面：
（一）美化侵略战争
关于日俄战争，他们认为：“正是因为有了军国日本，才爆发了日俄战争，正是有了日俄战争，亚洲才得救了。如果当时没有军国日本，那么整个亚洲就会崩溃，就会彻底垮掉。”“日俄战争既是一场拯救亚洲的战争，同时也是日本的自卫战争。”
关于日本对外扩张，他们说：日本“由于国土和资源匮乏，因此才向其他国家提出了保证日本人生存的权益要求”；二十一条“只不过是日本人为了生存，要求有权在南满洲租借土地，从事工商业、农业活动，进行旅游和生活……这些要求并不过分”；“日本为了解决每年增加的一百万人口，自然要利用满蒙这一新天地。日本人转而关注满洲，是受周围国际形势所迫”。
关于侵略中国东北地区，他们说：“满洲事变被说成是对中国的侵略，然而，我却要对此提出重大异议。究竟满洲是不是中国的领土？这是一个遗留下来的大的问题。我认为，满洲并不是中国的领土。即使从历史来看也是这样。”“满洲事变使得满洲变得非常稳定，发展速度是中国的好几倍。”
关于卢沟桥事变，他们认为：“这是共产系统的过激分子所为，是偶然发生的。”“凶犯是何人？据说是刘少奇，或者说是在刘少奇领导下，潜藏在中国军队中的共产党员张克侠。”“日本发动的可能性最小，没有人相信是日本干的……该事件无疑是中国军队发动的。”“在卢沟桥事件问题上，日本方面非常隐忍自重，努力避免使该事件扩大。”“将卢沟桥事件扩大到支那事变的究竟是日本，还是中国？这应该一目了然。”
关于“大东亚战争”，他们说：“日本一直希望建立一个日满支共存共荣的亚洲自足自给圈，建立自主经济。由此扩大开去，形成大东亚共荣圈。”“如果没有大东亚战争，那么东南亚的国家或许还会在相当长的时间里不得不屈从于殖民统治。”“日本是想解放亚洲”，“东南亚各国多亏了日本才实现了独立，相反该向日本表示感谢，并且可以向作出莫大牺牲的日本提供援助”。“日本是为了从侵略中保护和解放亚洲而战的。”“正是因为日本的殊死战斗，人类才取得了伟大的进步，从弱肉强食的时代进入了平等共存的时代。”“日本是作出过史无前例的国际贡献的国家，日本民族是正义的民族。”
（二）否定南京大屠杀
他们说：“南京大屠杀事件，是在东京审判中突然冒出来的。”“所谓南京大屠杀这等事是不可能存在的……时至今日，‘南京大屠杀’这件事就更不可能存在了。”“早稻田大学一位叫洞富雄的先生的说法……说（被杀的）是‘市民七八万，军民加起来20万以上’。一目了然，这样的事是编造的，说市民七八万被杀，那怎么个杀法呢？”“在这样的状态下，多达7万、8万的市民怎么会被杀死呢？简直是胡说八道。”“如果是杀了20万人，那尸体就会在南京城内堆起来。”
他们说：“当时的南京政府和蒋介石下令捏造南京大屠杀事件，而且让人们申报受害情况。但实际上，没有那回事。”“如果问南京大屠杀是谁制造的，那就可以说，其原材料是由南京政府制造的。后来，东京审判作出了20万这个最高数字的判决。”
“松井（石根）大将因捏造的南京大屠杀谎言而蒙冤，在东京审判中被判绞刑。”
“因此，南京事件是捏造出来的。南京事件是为了东京审判而捏造的所谓大屠杀事件。”
右翼学者们还找出所谓的证据说明不存在南京大屠杀这一事实。如说：“在南京陷落的12月13日共有120名摄影师、报纸记者和杂志记者等所谓新闻界人士进城采访（实际上他们都是日本人——引者注）……他们中的任何一个人都没有见到尸横遍野血流成河的情景。没有一个人见过屠杀的场面。”
还说：国民党和共产党的报纸杂志里“无论怎么找上面都没写存在南京大屠杀一事”
。
日本右翼势力不仅广泛散布言论，否定战争的侵略性质，否定南京大屠杀存在的事实，诋毁东京审判的正义性、公正性，而且还著书立说，阐述其谬论，其中最具代表性的著作有铃木明的《“南京大屠杀”之谜》（文艺春秋社1973年版）、田中正明的《“南京大屠杀”之虚构》（教文社1984年版）、富田信夫的《南京大屠杀是这样编造出来的——东京审判的欺骗》（展转社1995年版）、东中野修道的《“南京大屠杀”的彻底检证》（展转社1998年版）等。
第二次世界大战和日本侵华战争已经结束近70年，为什么日本国内坚持侵略史观、美化侵略战争的右翼势力却越来越猖狂？为什么日本政府不能真诚地、彻底地清算战争罪行，以明确的态度承担战争责任，并向有关受害国家作出真诚的道歉？日本政府不断地反反复复，态度摇摆，甚至一些政要还散播歪曲历史事实的谬论，从而助长了日本右翼势力的反华活动，增加了两国人民的不信任感。我们认为日本国内存在这些政治现象，有极其复杂的历史和现实原因。
第一，第二次世界大战结束之后，国际上逐步形成资本主义和社会主义两大阵营。以美国为首的西方资本主义势力，把反对苏联和抵制共产主义放在对外关系的首位。随着亚洲地区政治力量的调整和重新组合，美国制定了新的亚洲政策。美国从远东及太平洋地区的战略格局出发，将战争时期的美日敌对关系上升为同盟关系，极力扶植日本，以便利用日本的力量对抗共产主义和社会主义阵营。为此，美国采取与对待德国不一样的政策，对日本实施独占方针，从而也就不会认真地，更不会彻底地清算日本军国主义罪行，甚至对某些军国主义分子采取纵容的政策。例如，1950年11月，在美国的操纵下，战犯重光葵刑期未满即被释放，并再次担任了日本外务大臣；对侵略战争的主要责任者天皇裕仁的罪行，不仅未给予追究和批判，而且使天皇制度继续保存下来。其后，随着苏联解体美苏冷战结束，美国重返亚洲，进一步强化亚洲政策，把围堵新兴的中国放在亚太地区军事政治博弈的首位。而在这一政治较量中，日本唯美国马首是瞻，并借助美国为后盾，在对华政策上，在对待中日历史问题上，不断兴风作浪，这是导致日本不能深刻反省战争罪行的国际因素。
第二，日本不能正确对待亚洲各受害国尤其是中国政府和人民对日本军国主义者所犯罪行的宽容政策。从1874年以来，中国屡遭日本侵略，他们攻入台湾，发动甲午战争，强迫中国签订不平等条约，强迫中国割地、赔款，使中国人民遭受的生命财产损失无以计数，而14年的日本侵华战争，中国更是最大的受害者，中国人民蒙受了惨重的灾难。中国人民有权利、有理由向日本讨回战争损失。但中国政府认为中日两国是一衣带水的邻邦，两国人民应世世代代友好下去，故以无比宽大的胸怀，主动放弃了日本理应给予中国的战争赔偿。可是，日本的一些人不能正确认识战争给中国人民造成的严重灾难，反而把自己打扮成战争的受害者。一年一度的广岛原子弹爆炸事件纪念活动给日本民众造成了错觉，使相当多的日本普通民众也认为日本是战争的受害者，因而不能深刻理解中国政府以中日友好为重的宽容政策，不能深刻认识日本军国主义的危害。同时，中国海峡两岸国共两党早年对抗日战争认识上的差异和对日政策上的分歧，也增加了日本政府反省战争责任的难度。
第三，被日本传统文化扭曲的道德观念，成为日本不能坦率承认战争罪行的精神枷锁。1868年明治维新以后，日本宪法规定天皇是日本帝国的最高统治者，是创造日本国家的天照大神之子孙，是神权的化身。在神权思想的熏陶下，日本广大民众对“日本是万邦无比的神国”深信不疑。同时，认为“天皇陛下虽为人身，但其本质是神”，因而，“对外国人来讲，能置身于日本天皇陛下的统治之下，是极为幸福的”，“同中国进行的战争，是为了让中国人得到幸福的圣战”。
日本人民长期受皇道主义、国家主义教育，养成了一种盲目服从的观念意识。日本广泛鼓吹武士道精神，主张为皇国献身。20世纪20年代以后，这种精神与西方的法西斯主义相结合，成为日本军国主义者发动对外侵略战争并誓死效忠天皇的精神支柱。在这种观念诱导下，许多年轻的日本军人，以参加所谓的“圣战”，以能为效忠天皇献出生命、灵魂进入靖国神社成为“护国神”而感到无比骄傲和自豪。那些因发动侵略战争而被远东国际军事法庭判处死刑的战争罪犯，也都被美化为“护国神”，并在战后被日本右翼视为民族英雄。基于这种认识，日本右翼势力自然不肯承认战争罪行，更不可能批判军国主义。
日本历史上甚少与外界沟通和往来，形成了单一的大和民族结构，存在着狭隘的民族意识，视大和民族为优等民族，蔑视周边国家特别是中国，因而不能以宽大的胸怀面对世界、面对亚洲人民。日本国土狭小，资源匮乏，人口众多，特别是明治维新推动日本资本主义经济迅速发展以后，他们公然声称为了生存，向外扩张是合理的要求，并把发动对外战争视为国家正常发展的关键。这种强盗式逻辑，根深蒂固的自认合理的扩张主义观念，是日本不愿意承认侵略战争罪行的思想根源和历史因素。
第四，日本不愿采取明确、深刻的反省态度，还有其复杂的现实原因。日本是世界经济大国，虽然近十多年来经济不景气，加之2011年发生地震、海啸、核泄露三重严重灾害，但日本经济实力仍居世界第三位。日本不仅要以经济大国地位影响亚洲乃至世界经济，而且积极谋求成为军事大国、政治大国，并想获取联合国常任理事国的席位。日本兵力不足，但有强大的军事装备。其通过提升自卫队的地位，谋求向海外发展军事力量。日本担心中国的发展和强大，对中国军事力量的提升极为忧虑，认为中国在未来是其最大的竞争对手。在对华政策上，日本政府及广大政界有较明显的势力对中国不够友好，甚至持怀疑或敌视态度。2011年，美国逐步把整个战略方向转向亚洲，试图进一步遏制中国，日本亦成为美国战略马车上的主要成员。日本不仅将日美安保条约的范围扩大到台湾，不明确表示不支持或反对“台独”，甚至在东海、南海制造摩擦，在钓鱼岛问题上挑起中日领土争端，不断恶化中日关系，这都直接影响着日本对历史问题的正确认知。
由此可以看出中日关系的复杂性，历史问题和现实因素、政治认识和思想渊源交织在一起，导致中国同日本右翼的分歧在短期内是难以逆转的，要日本右翼和某些政界人士转变侵略史观，也几乎是不可能的。把历史事实搞清楚，将历史真相呈现在世人面前，并给予正确的判断和认识，是史学工作者义不容辞的神圣使命。
对于南京大屠杀这一人类历史上的浩劫，惨案的制造者日本军国主义者，曾经千方百计加以掩盖，或者抹杀、淡化其影响，转移人们的视线。然而，纸是包不住火的，这样重大的人类惨剧，还是通过各种渠道传向中国和世界各地。欧美各主要国家，也包括当事国日本和中国，都留存下了大量的原始文献和口述史料。这些史料成为日本军国主义者制造该惨剧的主要证据，也是开展南京大屠杀历史研究的第一手资料。
这些珍贵的原始材料，长期收藏在各有关国家的历史档案馆、图书馆、史料收藏机构或私人手中，包括中文、日文、英文、德文、法文、俄文、意大利文、西班牙文等语种的文献史料。由于各种原因，这些材料很多没有公开出版。南京地区的历史学者，为了开展大屠杀历史的研究，早在20世纪80年代，曾经编辑出版过部分原始资料，如《侵华日军南京大屠杀史料》（“南京大屠杀”史料编辑委员会和南京图书馆编辑，江苏古籍出版社1985年版）、《侵华日军南京大屠杀档案》（中国第二历史档案馆和南京市档案馆编，江苏古籍出版社1987年版）等。1986年，群众出版社还再次出版了张效林翻译的《远东国际军事法庭判决书》。然而，这些资料的出版，远远满足不了研究工作的需要。
从20世纪80年代后期至90年代，中国大陆继续出版了一些大屠杀方面的资料，如朱成山主编的《侵华日军南京大屠杀幸存者证言集》（南京大学出版社1994年版）。该《证言集》指出，南京市于1984年至1990年在全市范围内进行普查和复查，发现了1756名仍然健在的南京大屠杀幸存者。侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆从这些幸存者的证言证词中，选择了642份整理成《证言集》，公之于众。这一时期，还出版了一批当年在南京的西方人士的相关史料，如朱成山主编的《侵华日军南京大屠杀外籍人士证言集》（江苏人民出版社1998年版）、章开沅编译的《天理难容——美国传教士眼中的南京大屠杀（1937~1938）》（南京大学出版社1999年版）、陆束屏汇辑编译的《南京大屠杀：英美人士的目击报道》（红旗出版社1999年版）以及南京安全区国际委员会主席约翰·拉贝的《拉贝日记》（江苏人民出版社、江苏教育出版社1997年版）、金陵女子文理学院美国教授魏特琳（MinnieVautrin，明妮·威特琳，又译明妮·沃特林，又作华群）的《魏特琳日记》（江苏人民出版社2000年版）等。作为加害方的日军官兵是重要的亲历者或见证人，这一时期出版了日本老兵东史郎的《东史郎日记》（江苏教育出版社1999年版）、日本友好人士松冈环采访编辑的《南京战·寻找被封闭的记忆——侵华日军原士兵102人的证言》（上海辞书出版社2002年版）。此外，中国大陆有关单位也编辑出版了一些文献史料，如中央档案馆、中国第二历史档案馆、吉林省社会科学院合编了《日本帝国主义侵华档案资料选编：南京大屠杀》（中华书局1995年版），中央档案馆等编辑了《南京大屠杀图证》（吉林人民出版社1995年版）。
为了给南京大屠杀史的研究提供更多的第一手史料，并且有利于批判日本右翼势力的种种谬论，2000年，中国社会科学院中日历史研究中心专家委员会向该委员会成员、南京大学中华民国史研究中心主任张宪文教授提出建议，希望组织学术力量大力搜集南京大屠杀史料。为此，张宪文教授联合南京大学、南京师范大学、江苏省社会科学院、江苏省行政学院、中国第二历史档案馆、南京市档案馆、华中师范大学、东南大学、南京航空航天大学、南京信息工程大学、南京工业大学、南京农业大学、南京财经大学、上海海洋大学、意大利威尼斯大学、俄罗斯莫斯科国立大学等20多所大学、档案馆、研究机构的100多位教授、研究人员，共同开展史料的搜集和翻译工作。近十年来，他们先后赴日本、美国、英国、德国、意大利、俄罗斯及中国大陆和台湾的档案馆、图书馆及各类史料收藏机构，征集了大约5000万字的文献和档案史料、口述史料及当年的相关出版物，其中包括中文、日文、英文、德文、法文、俄文、意大利文及西班牙文的原始资料。这些史料经过整理、翻译、编辑，由江苏人民出版社出版了近4000万字的《南京大屠杀史料集》，共72卷。
与此同时，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆组织了由张伯兴主编的《南京大屠杀史研究与文献》（南京出版社出版）系列丛书。这也是一套有重要学术价值的丛书，其中有《南京大屠杀幸存者名录》、《东史郎对日本军国主义的批判》等重要史料与著述。
《南京大屠杀史料集》是研究南京大屠杀历史最重要的一套原始资料。编者严格按照历史学者治学的基本原则，保存了史料的原始面貌，对史料不加任何改动，而由利用者自行辨析，区别真伪。如东京审判中战犯辩护方材料以及各种否定南京大屠杀的资料，也原封不动地收入史料集，提供给研究者分析和参考。
《南京大屠杀史料集》的成功出版，是海内外100多位历史学者、档案工作者和翻译人员，为澄清这一重大历史事件，恢复历史的真实面貌，作出的历史贡献。
《南京大屠杀史料集》分若干专题，汇集了来自各方面的史料。
该史料集收录了日军连续不断轰炸南京和中国军队为保卫首都南京与日军进行顽强作战的档案材料。其中，包括中方有关作战计划、作战命令、蒋介石与南京战役指挥官唐生智等人的往来文电、各参战部队的战斗详报、战役总结等。
该史料集收集了日军大屠杀遇难者尸体掩埋情况的大批资料，其中包括较为完整的各慈善团体、市民团体、安全区国际委员会、伪政权掩埋尸体的资料，以及日军处理遇难者尸体的资料。
该史料集收录了大量侵华日军官兵的日记、书信、回忆和证言。日军官兵常利用战斗间隙撰写日记，将自己在战场上的亲身经历、所作所为、内心感受以及某些见闻，以日记的形式记载下来，或在给亲友的书信中流露出来。他们作为加害者，是南京攻击战和南京大屠杀罪行的直接参与者和见证人。战后，这些日记、书信陆续被披露出来或出版面世，如前所述，如1938年任日军华中派遣军司令官的陆军大将畑俊六的日记，战争后期担任支那派遣军总司令的陆军大将冈村宁次的《战地随想录》，华中方面军司令官陆军大将松井石根的《阵中日记》，上海派遣军参谋长陆军少将饭沼守的日记，第16师团长陆军中将中岛今朝吾的日记，第16师团步兵第30旅团长陆军少将佐佐木到一的日记，以及时任外务省亚洲司司长的石射猪太郎的日记等，这些都是日军在南京暴行的真实记录。
该史料集收录了一批西方人士关于南京大屠杀的文字材料。如前所述，日军攻陷南京后，英、美、德等国的一批新闻记者、传教士、教授、医生、企业机构和使领馆人员，出于人道主义，以中立者的身份，留在南京参与救助受难的南京市民。他们的日记、书信和各种文字材料，详尽真实地记载了南京人民所受的苦难。新闻记者以其良知真实地报道了南京被日军屠城的情景，众多的报道刊登在《芝加哥每日新闻报》、《纽约时报》、《华盛顿邮报》、《泰晤士报》等国际著名报刊上。这批第三方的亲历史料是日本右翼无法推翻的铁证。
该史料集还收录了一批中国幸存官兵、幸存难民的回忆等。史料集的编纂者，经过多方努力，搜集到大批遇难者名单及其受害简况。这些材料都具有重要的史料价值。
该史料集收集了远东国际军事法庭和中国国防部审判战犯军事法庭的史料，其中选录了东京审判的相关法律文件。首次翻译出版了大量经法庭确认的有关证据，如审问松井石根的记录、审问武藤章的记录及证人的书面证词等，也完整地介绍了东京审判的过程，介绍了控辩双方对证人的质证等。介绍了与中国国防部审判战犯军事法庭有关的国际法、中国刑法等法律依据，介绍了法庭的组成、审判条例、量刑标准及审判的全过程。
该史料集收集了战后国民政府所作的大量有关南京大屠杀的调查统计材料。国民政府还都后，从1945年底到1947年初，成立各种机构，对日军大屠杀罪行、民众伤亡、财产损失等，从不同的角度进行了深入的调查，留下了大量的调查记录和调查材料。这些都是有关南京大屠杀的珍贵史料。
史料的挖掘和征集是一项艰难的工作，特别是对南京大屠杀这类重大历史事件，史料的佐证是十分重要的。经过以南京地区学者为主的海内外学者的共同努力，目前搜集的史料已经相当丰富，基本上满足了研究工作的需要。
南京大屠杀历史的研究，应该说起步较晚。如上所述，战后，国民政府成立若干机构，深入民间作了许多调查，海内外也留存下许多相关重要史料，然而，自抗战胜利至20世纪50年代，基本上无人涉足南京大屠杀历史研究领域。那时，史学界受意识形态影响，中国现代史的体系仍然沿袭中共党史的思路和框架，在内容上大量阐述中共如何领导人民进行革命斗争。其中，不仅南京大屠杀、细菌战、性暴行、强制劳工这些重大历史问题在教材中看不到，就连抗日战争正面战场的许多大规模战役诸如武汉会战、三次长沙会战等，学生们也是陌生的。他们只知道地道战、地雷战、武工队、铁道游击队等敌后的抗日战争。
60年代初，南京大学历史系世界史专业著名的历史学家蒋孟引教授建议该专业把南京大屠杀列为研究项目，并确定由日本史教学小组高兴祖、吴世民、胡允恭、査瑞珍四位教师开始研究工作。他们带领几名学生做了一些社会调查，写了一本关于日军南京大屠杀的小册子，1972年拟由江苏人民出版社出版，恰遇日本首相田中角荣访华和中日建交而搁浅。80年代初，上海人民出版社编辑写信给南京大学历史系中国现代史学科教师张宪文，动员他写一本关于南京大屠杀的小册子，张宪文将写作任务转交给了日本史小组的同事高兴祖。1985年，上海人民出版社出版了高兴祖编写的《日军侵华暴行——南京大屠杀》。虽然这本书的篇幅甚小，但它是国内南京大屠杀史研究的处女作，应载入南京大屠杀研究的学术史。
1982年，日本右翼挑起历史教科书事件。1985年，日本内阁总理大臣中曾根康弘首次参拜靖国神社。日本政府不断地批准右翼团体修改反映日本军国主义侵略中国和亚洲的历史教科书，从而给日本青年以错误的历史教育。教科书事件的焦点亦是南京大屠杀问题。日本历史教科书事件迅速引起中国政府的关注。这一时期，南京地区社会各界包括历史学界召开了多次座谈会，一些大屠杀的幸存者如李秀英等，愤怒地控诉日军在南京的暴行。
在时任市长张耀华的积极推动下，南京市政府成立了建馆编史委员会。1985年在江东门大屠杀遗址上建立了“侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆”。如前所述，建馆编史委员会编纂出版了两部史料汇编，奠定了南京大屠杀研究的史料基础，与此同时，还编写了一部《侵华日军南京大屠杀史稿》（江苏古籍出版社1987年版）。这部17万字的著作，成为南京大屠杀研究的奠基之作。该书勾画了南京大屠杀事件的基本轮廓。之后，由孙宅巍主编的《南京大屠杀》（北京出版社1997年版），在上述史稿基础上，采用的史料更加丰富，观点更加明确，从而深化了南京大屠杀史研究。不久，该书被翻译成日文出版。
80年代后期，南京大屠杀史的研究进入较为活跃的时期，学者们开始从日军大屠杀的各个侧面探讨相关问题。1991年8月，著名的美籍华人历史学家唐德刚拟联合南京大学等单位，在南京举办大型的侵华日军南京大屠杀国际学术讨论会，计划邀请美国、日本、中国台湾大批学者出席，后因故未能举行。这一时期南京大屠杀的研究进展缓慢。1995年，在几位学者的倡议下，成立了侵华日军南京大屠杀史研究会，高兴祖、张宪文、张伯兴、朱成山先后担任会长。1997年8月，在南京第一次举办了侵华日军南京大屠杀史国际学术研讨会。学会的成立和国际研讨会的举行，极大地推动了南京大屠杀史的学术研究。应该说自90年代后期至2000年以来，南京大屠杀史的研究进入了新的发展时期，学术研讨会不断举行，和日本、美国的学术交流也密切起来。这时期学术研究的繁荣，是和国内外形势的变化分不开的。中日关系由于日本右翼不断兴风作浪而日益紧张和恶化。南京大屠杀作为两国历史遗留问题，成为双方争论的主要焦点，并引起海内外更多人的关注。1998年1月，安徽大学出版社出版了由陈安吉主编的《侵华日军南京大屠杀国际学术研讨会论文集》。该论文集集中反映了这一时期南京大屠杀史研究的成就。论文涉及日军屠杀、奸淫、抢劫、破坏以及安全区等方面的研究，也对历史资料、大屠杀的历史影响等问题作了深入探讨。1999年8月为纪念南京大屠杀同胞遇难62周年，2000年8月为纪念抗日战争和世界反法西斯战争胜利55周年，侵华日军南京大屠杀史研究会和侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆先后在南京联合召开了南京大屠杀史学术研讨会。两个研讨会交流了海内外学者的最新研究成果。会后，南京大学出版社于2001年4月出版了由朱成山主编的《侵华日军南京大屠杀史最新研究成果交流会论文集》。这些成果就日军屠杀暴行、性暴行、安全区、东史郎日记案及日本右翼势力翻案等问题，提出了新的认识和观点。
为了全面深入地开展南京大屠杀史研究，1998年12月，南京师范大学成立了南京大屠杀研究中心；2005年，中共江苏省委宣传部、南京市委宣传部和南京大学共建了南京大屠杀史研究所。为了培养南京大屠杀史的研究人才，南京大学和南京师范大学分别招收了这一领域的博士研究生和硕士研究生。
进入21世纪以来，在南京大屠杀史料更加丰富的基础上，江苏省中国近现代史学会亦组织开展了南京大屠杀史的研究。2007年11月，该学会编纂了一部《南京大屠杀研究新论》。一批学者根据新公布的史料，就南京大屠杀埋尸问题、遇难人数和南京人口问题、日军南京大屠杀原因以及大屠杀中民众有无反抗等问题，进行了新的分析和探讨。
这一时期，学者们就南京大屠杀的相关问题，从不同的角度进行深入的研究，扩大了研究视野，拓展了研究领域，发表了一大批有较高学术价值的论文，出版了一批新的研究著作。如东史郎日记案曾引起中日两国民众的广泛关注。北京的“南京大屠杀图证”编纂委员会编著了《东史郎诉讼案与南京大屠杀真相》一书，由人民出版社1998年出版。朱成山编著了《千年之交的较量——抗议大阪反华集会与日本最高法院对东史郎案不公正判决文集》，由新华出版社2000年出版。南京师范大学南京大屠杀研究中心出版了南京大屠杀方面的系列研究著作，并在翻译《魏特琳日记》基础上，编著了《魏特琳传》，由南京出版社于2001年出版。上海交通大学程兆奇教授，长期关注南京大屠杀历史研究，在居留日本期间掌握了大批史料，就日本右翼的种种谬论作了深入的分析批判。2002年，上海辞书出版社出版了他的著作《南京大屠杀研究——日本虚构派批判》。2011年5月，上海交通大学成立了“东京审判研究中心”。这一机构的建立对推动东京审判的研究，驳斥日本右翼否定东京审判的谬论，具有重要意义。2005年，江苏人民出版社出版了江苏省社会科学院历史研究所孙宅巍研究员多年来研究南京大屠杀的重要成果《澄清历史——南京大屠杀研究与思考》。2005年，经盛鸿教授的著作《南京沦陷八年史》（上、下册）在社会科学文献出版社出版，其中论述了南京保卫战和南京大屠杀历史。其后，他的专著《武士刀下的南京》、《战时日本新闻传媒与南京大屠杀》（上、下册）、《西方新闻传媒视野中的南京大屠杀》（上、下册）、《战时中国新闻传媒与南京大屠杀》（上、下册）陆续出版。这些著作对国内外新闻媒体关于南京大屠杀的报道做了深入、全面的研究。南京医科大学孟国祥教授的著作《中国抗战损失与战后索赔始末》（安徽人民出版社1995年版）、《大劫难：日本侵华对中国文化的破坏》（中国社会科学出版社2005年版）、《南京文化的劫难：1937—1945》（南京出版社2007年版）、《抗战时期中国文化损失》（中共党史出版社2010年版），研究了日军在南京的文化破坏与掠夺给中国人民造成的损失。作家黄慧英在深入研究拉贝生平的基础上，编著了《拉贝传》，由百家出版社出版。南京大学拉贝与国际安全区纪念馆馆长汤道銮主编的《黑夜里的烛光——拉贝与南京安全区国际救援研究》，由南京大学出版社2010年出版。为了进一步推动南京大屠杀历史的研究，侵华日军南京大屠杀遇难同胞纪念馆和侵华日军南京大屠杀史研究会，主办了《南京大屠杀史研究》杂志。经过多年努力，张连红、张生、马振犊、王卫星、曹大臣、姜良芹等，指导博士生和硕士生，写出了一批有价值的博士论文和硕士论文。凤凰出版社于2012年出版了张生等的《南京大屠杀史研究》。
南京大屠杀是震惊世界的大惨案，不仅在世界各地留存了大批文献史料，而且从学术研究角度也引起了各国学者的关注。特别是在美国、日本和中国台湾、香港地区，都有学者研究南京大屠杀历史。1991年，历史学家唐德刚教授在美国发起成立“纪念南京大屠杀遇难同胞联合会”，希望联合国内外学者共同开展南京大屠杀史的研究。美国有一批华人华侨、知名学者、社会人士，关注南京大屠杀历史的研究，如明州默士达大学谭汝谦教授、南伊利诺伊州立大学已故历史学家吴天威教授、乔治·华盛顿大学杨大庆副教授及内布拉斯加大学陆束屏副教授等。美国“日本侵华史研究会”、“中国近代口述史学会”、“世界抗日战争史实维护联合会”，均组织举办过南京大屠杀历史与相关问题的研讨会和展览活动。谭汝谦、陆束屏等先后翻译出版过有关南京大屠杀的史料。如陆束屏于1999年翻译出版了《南京大屠杀——英美人士的目击报道》（红旗出版社1999年版），提供了一批有重要价值的史料。美国华人女作家张纯如，以南京大屠杀为题材写出的作品《南京浩劫——被遗忘的大屠杀》（东方出版社2007年版），在美国和中国引起震撼。台湾也有一批学者关注南京大屠杀史研究，中央研究院近代史研究所李恩涵研究员也出版了他的研究著作，如《战时日本贩毒与“三光作战”研究》（江苏人民出版社1999年版）。为了推动中日两国关于日本侵华战争及众多历史问题的研究和交流，经双方政府同意，成立了中日历史共同研究委员会。该委员会中日学者交流了对南京大屠杀的基本认识。
日本，作为南京大屠杀惨案的当事国，其国内学术界存在着不同的认知和不同声音是不奇怪的。右翼学者坚持军国主义史观，否定侵略战争，否定南京大屠杀，他们的代表人物和代表著作有：铃木明的《“南京大屠杀”之谜》（文艺春秋社1973年版），田中正明的《“南京大屠杀”之虚构》（教文社1984年版）、《南京事件的总括》（谦光社1987年版），东中野修道的《南京大屠杀的彻底检证》（展转社1998年版），松村俊夫的《南京大屠杀大疑问》（展转社1998年版），本正已的《真相·南京事件——拉贝日记的检证》（文京出版社1998年版），藤冈信胜、东中野修道的《“被遗忘的大屠杀”的研究》（祥传社1999年版），竹本忠雄、大原康男的《再审“南京大屠杀”——向世界倾诉日本的冤案》（明成社2000年版），北村稔的《南京事件的探究》（文艺春秋社2001年版），富泽繁信的《南京事件的核心——数据解明事件的真相》（展转社2003年版），东中野修道的《日本南京学会年报——“南京大屠杀”研究的最前线》（2002年、2003年、2004年、2007年）等。
日本右翼学者就是通过一批著作散布他们否定侵华战争、否定南京大屠杀的种种谬论。日本右翼学者还于2000年10月成立“南京学会”，交流、沟通右翼的观点，扩大其社会影响。
日本国内也有一批富有正义感的学者，他们尊重历史事实，坚持真理；他们掌握丰富的历史资料，对南京大屠杀做了长期、深入的研究。他们也曾远赴美国、欧洲和中国查阅相关资料，依据大量历史事实，对南京大屠杀作出了合理的、正确的判断。他们不畏惧日本右翼势力的威胁，坚持学术真理，坚持以史为鉴，用研究成果推进中日两国的友好事业。
这批对南京大屠杀作出肯定认识的学者，早年是以洞富雄、藤原彰、江口圭一为代表，近期则有活跃在这一研究领域的笠原十九司、吉田裕、井上久士等。他们的研究成果主要有：洞富雄的《南京事件》（新人物往来社1972年版），本多胜一的《中国之旅》（朝日新闻社1972年版），藤原彰的《南京大屠杀》（岩波书店1985年版），洞富雄的《南京大屠杀的证明》（朝日新闻社1986年），吉田裕的《天皇的军队与南京事件》（青木书店1986年版），笠原十九司的《亚洲的日本军》（大月书店1994年版）、《南京难民区百日》（岩波书店1995年版），津田道夫的《南京大屠杀与日本人的精神构造》（社会评论社1995年版），藤原彰的《南京的日本军》（大月书店1997年版），本多胜一的《南京大屠杀》（朝日新闻社1997年版），笠原十九司的《南京事件》（岩波书店1997年版）、《南京事件与三光作战》（大月书店1999年版），南京事件调查研究会的《南京大屠杀否定论的13个谎言》（柏书房1999年版），笠原十九司的《南京事件与日本人》（柏书房2002年版）、《27位亲历者口述的南京事件——屠杀“当时”及其后的人生》（高文社2007年版）、《南京事件争论史》（平凡社2007年版）。
洞富雄、藤原彰、笠原十九司等学者，虽然在南京大屠杀一些学术问题上有着与中国学者不同的分析与判断，我们认为作为学者的研究工作，这是很正常的。他们从大的方向上肯定南京大屠杀事实，与中国学者有着广泛的共识。正义的中日学者深化南京大屠杀史的研究，向世人揭示这一重大历史事件的真相，有利于提高两国人民对南京大屠杀的正确认识。他们为促进中日两国世代友好，维护亚洲地区乃至世界和平作出了贡献。