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日军占领南京后，在城区大肆搜捕放下武器的中国军人，以及疑似军人的普通平民，除就近进行集体屠杀外，更多的人则被押往长江边进行集体屠杀。
南京北部的长江边是日军集体屠杀最为集中的地区。下关位于南京挹江门外，北临长江。1937年12月13日下午，当日军迂回包抄进抵下关时，部分中国军队及平民正在渡江，而许多中国官兵及平民因找不到船只和渡江器材被困在江边。日军一进抵下关，随即以装甲车、机枪、步兵炮等武器向正在渡江和困在江边的中国军队及平民猛烈扫射，大量中国官兵及平民死于江中或毙命岸边。
从12月13日起，日军在南京城内反复扫荡，捕获了大批放下武器的中国军人以及疑似军人的普通平民，分批押往下关一带进行集体屠杀。日军在下关的集体屠杀，集中在中山码头、煤炭港等地。
时年24岁的刘永兴是南京的一位普通裁缝，也是日军中山码头集体屠杀的幸存者，他于1984年接受采访时回忆说：
冬月十四日是一个大晴天，我们全家躲在屋里，不敢出来。下午三时左右，一个日本兵闯进门来，向我和弟弟挥了挥手，要我们跟他走……出门后，一个汉奸翻译官对我们说，要我们到下关中山码头去搬运东京运来的货物。
……
到了下关中山码头江边，发现日军共抓了好几千人。日军叫我们坐在江边，周围架起了机枪……日军在后边绑人以后，就用机枪开始扫射。……机枪扫射以后，日军又向尸体上浇上汽油，纵火焚烧，企图毁尸灭迹。
山崎正男少佐是日军第10军司令部参谋，他在1937年12月17日的日记中记述说：“经中山北路向北，观看了南京政府的军政部、交通部、外交部、铁道部、高等法院等各种建筑物后，又来到扬子江岸边的中山码头。这一带的扬子江面较窄，江中停泊着七八艘海军驱逐舰。无数的尸体被弃置于岸边，全浸泡在水里。尸骨累累一词其程度也各有不同，这扬子江岸边的景象可谓是真正的尸骨累累。如将之打捞到地面上，一定是堆积如山了。”
煤炭港位于下关铁路轮渡码头附近，日军在这里屠杀了中国军民约3000人。煤炭港屠杀中的幸存者陈德贵回忆说：
1937年12月12日，我跑到下关和记洋行避难……第二天早晨，来了两百来个日本兵，从几千难民中抓出2800多个年轻人。日军要大家排成四人一排的队伍，并要大家交出手表和银元等贵重物品，并进行搜身。下午，把我们从和记洋行押到煤炭港一间仓库关起来。第三天清晨，日军打开仓库的门，说：“现在到工地去干活，每10个人一组出去。”站在门口附近的10个人马上被推了出去，不久，听到一阵枪响。不一会，门又打开了，再推出去10个人，又是一阵枪响。我心里明白，出去的人都被枪杀了。当日军要第三批人出去时，我就出去了。……当走到长江边时，我看到仓库背后的河堤上排列着30多个举枪的日本兵，我马上意识到屠杀就要开始了。当我站到水里，就在日军举枪射击时，我一个猛子栽到河里，潜游到对面，藏在一个倒在河里的火车肚子里，亲眼看见10人一批、10人一批被日本兵枪杀。
另一位煤炭港屠杀中的幸存者潘开明回忆说：“日军进城的第二天，他们闯进我家，不问三七二十一，把我抓走，拖到华侨招待所，关了一天。到第三天下午两点多钟，他们用绳子把我捆起来，和300多个人一起，押到下关煤炭港……他们把人集中起来，用机枪扫射。”
日军在煤炭港附近屠杀的约3000名中国军民中，还包括首都电厂的40余名工人。
南京安全区国际委员会主席约翰·拉贝在1937年12月22日的日记中记述说：“我已经答应日本人，在寻找电厂工人方面提供帮助。同时我向日本人指出，下关那儿有54名发电厂工人曾经被安置在和记洋行。我们现在确认，他们当中有43人在三四天前被捆绑着带到了江边，用机关枪枪毙了，据说是因为他们曾经是中国国营企业的员工（其实发电厂是一家地地道道的私营企业）。”
日军在长江边进行了多次大规模集体屠杀。由于记忆的误差以及对南京地名的模糊认识，许多幸存者对日军在江边屠杀的具体地点记述不一。留在南京的西方人士的行动因受到日军的严格限制，他们大多无法到达下关以及下关下游的长江边，因此，西方人士的记述多以“长江边”笼统表述。而日军对南京的地名基本没有概念，除日方少数史料对“幕府山”、“上元门”、“下关码头”等地点有具体记述外，大多数日方史料对长江边的其他地点几乎没有具体记述，只是笼统地称之为“长江边”。因此，这里将日军在下关及其下游长江边的多场集体屠杀，纳入“长江边”的范畴加以论述。
就长江边而言，日军于12月16日至18日在上元门、幕府山附近的大屠杀最具代表性，其具体屠杀情形前文已有论述，在此不再赘述。
燕子矶位于草鞋峡下游的长江边，其对岸为南京最大的江心沙洲八卦洲。日军占领南京后，一些试图从燕子矶渡江的中国军人及平民因没有渡船，被困在燕子矶附近江边。日军进抵燕子矶后，用机枪猛烈扫射被困的中国军民。
关于日军在燕子矶的集体屠杀，目前只有中方的史料有所记述，而日方和第三方的史料均无记载。在中方的史料中，金陵女子文理学院女舍监程瑞芳的日记系当时的记录，因此史料价值较高，而其他史料系事后的回忆，其价值不及当时的日记。程瑞芳在1938年1月3日的日记中记述说：“南京也死了不少的[人]，有些未逃的军人也死了不少。在燕子矶那边有几千逃兵饿了三天，后来派两个兵到日兵那里投降，有两天送东西给他们吃，三天后用机关枪射死了，这是魏司夫（师傅）在那里看见的。有的军人和百姓，他们用绳子捆牵到沟边，枪[毙]一个倒在沟里一个，一排一排的死，真可怜。”
南京安全区的警察刘守春于1945年12月23日呈文国民政府称：“日军入城时每见中国青壮年者，掳掠至江边，或塘边，用机枪击毙之，日夜耳闻机枪哒哒之声不绝，俱击毙吾同胞也。……吾辈长警出城退却时，……一部退到燕子矶被日军枪杀，约有二千余……还有百姓被枪杀者不可胜数。”
从目前掌握的史料来看，无论是中方、日方，或是第三方史料，对日军在长江边的集体屠杀均有大量记述。
南京大屠杀的幸存者何守江回忆说：“1937年12月，日本兵进城的第二天，日军把我抓住，送到大方巷难民营，当时被抓的有一两千人。晚上5点左右，全部押送到下关江边，用六挺机枪扫射。我混在人群里跳下江，躲在漂浮的死人堆里……才侥幸死里逃生。”
高岛市良隶属于日军第16师团步兵第33联队，他在12月14日的日记中记述说：
第一小队抓到了两百多名残兵。他们是不知道南京已经陷落而逃来的吧。我去问大岛副官如何处置这些俘虏。大岛副官说：“不管是200还是500，随便拖到什么地方都杀了！”于是将他们装入了车站的空置车厢。决定由小队协助重机枪队在扬子江边处理俘虏……货车中哇哇地叫唤起来。货车里冒出蒙蒙热气。一个一个地拉了出来。都光着身子，呼吸困难，哇哇地叫着，指着水壶说：“大人，大人，水，水。”“混蛋！”我怒骂道。他们捧着积在凹地中的泥水喝。俘虏排成四队，两手举起。我们拉着50人来到江边。
……把人从货车和仓库拉出来，共1200人，让他们面朝江水坐在没膝盖的泥土中。命令一下，躲在后面战壕里的重机枪就一齐开火。他们便像骨牌一样倒下去，血肉横飞。跳进河里的数十人被等在栈桥上的轻机枪全部打死，鲜血染红了泥水。
在占领南京之初，日军第9师团步兵第7联队是扫荡安全区的部队之一，该联队第2中队的上等兵井家又一在12月16日的日记中记述说：“上午10时出去扫荡残敌，缴获了一门高射炮。下午又出去抓来335名年轻的家伙。抓走了难民中像是败兵的人。这些人中间也可能确实有军属……335名败兵被带到扬子江边，让其他士兵把他们全枪毙了。”
佐佐木元胜时任日军上海派遣军野战邮政官，日军占领南京后他来到南京，亲眼目睹了日军在长江边集体屠杀的惨状。他回忆说：“江边被扫荡的残兵白骨累累，重重叠叠地堆在道路上、码头下面和堤岸上。其凄惨景象无与伦比。此外，还不知道有多少尸体被长江的浊流所吞没冲走……夺命的子弹、刺刀，猛烈地施加在他们身上。也有半裸的尸身。还有浇上汽油被烧焦的尸体。”
梶谷健郎是日军南京第二碇泊场司令部的军曹。他在12月16日的日记中记述说：“凌晨2时左右听到密集的机枪声，枪毙了大约两千名残兵，这是在扬子江边的下关进行的。上午和部队长、少佐一起在港内巡视。在第二号栈桥处发现七名残兵，随即将他们击毙，其中还有个看上去约15岁左右的孩子。有无数具尸体，其景难以名状。”在12月17日的日记中他还记述说：“我亲眼看见凌晨1时左右开始枪杀2000名残兵，持续了约一个小时。这样的人间地狱，在皎洁月光的映照下真是令人感到恐怖。”
岩崎昌治是上海派遣军独立工兵第1联队的上等兵，日军占领南京后，他在12月17日致家人的信件中记述说：“工兵队占领南京下关车站是在14日黎明前。当时在扬子江边，我们工兵亲手射杀了大约800名败残兵。我们甚至都不知道自己是在杀人，还是把竹子放入江中漂流。今天（17日下午2时30分）一上午都在附近巡查，下午休息。在陆上杀死支那兵后，把尸体堆积到一处，浇上油烧掉了。大概就像相川小学广场那么大的地方，支那人的尸体堆积了两三层。今天举行南京的入城仪式。自己未能参加（中队只有1名军官、12名士兵参加）。因此，将昨夜在城内的大约2000名支那人集中起来，在今天黎明前把他们全部杀死了。仅扬子江边上就横七竖八地躺着大约5000具尸体。”
由于日军当局限制留在南京的西方人士的活动，因此，大多数情况下，西方人士几乎不可能看到日军在长江边的大规模屠杀。当时只有美国《芝加哥每日新闻》记者斯提尔和《纽约时报》记者德丁亲眼目睹了日军在江边的屠杀，他们是仅有的两位目睹日军在长江边屠杀的西方人士。
日军占领南京后，尚有少数西方记者滞留南京，经过交涉，日军当局允许西方记者离开南京。12月15日，《纽约时报》记者德丁、《芝加哥每日新闻》记者斯提尔、路透社记者史密斯（L.C.Smith，又译莱斯利·史密斯）、美国派拉蒙影片公司摄影师门肯（ArthurMenken，阿瑟·门肯，又译孟肯）等四人，在下关登上了前来南京救援美国炮舰“帕奈”号上负伤人员的美国炮舰“瓦胡”号。斯提尔通过“瓦胡”号上的报务员，向芝加哥每日新闻社拍发了揭露日军在南京的暴行及亲眼所见日军在江边屠杀的新闻稿。当天，《芝加哥每日新闻》就在头版以“日军杀人盈万——在刚刚陷落的南京城中，目击者记述‘地狱般的四天’；马路上‘积尸高达五英尺’”为题，刊登了斯提尔的电讯报道。斯提尔在报道中写道：
我们撤离这座城市时所看到的最后一个景象，是在南京下关江边，沿着城墙，有一群约300个中国人，正在被集体枪决，而江边早已“积尸过膝”。这种疯狂的场面，在南京陷落后的这几天，已成为这个城市特有的景象。
与斯提尔同时登上“瓦胡”号炮舰的《纽约时报》记者德丁，由于未能在第一时间从炮舰上发出新闻稿，不得不在12月17日炮舰抵达上海后才将新闻稿电发《纽约时报》。12月18日，《纽约时报》以“俘虏全遭杀害”为题，刊登了德丁发自上海的报道。德丁在报道中写道：
记者在登上开赴上海的轮船的前一刻，在江边马路上看到200个男子被屠杀。屠杀只花了10分钟。日本兵使男人们在墙壁（城墙）前排成一列，加以枪杀，然后许多拿着手枪的日本兵，乱七八糟地在中国人尸体周围毫不在乎地用脚踢，如果手脚还有动的，就再给一枪。
此外，留在南京的西方人士也以不同的形式记录了日军在长江边的屠杀。南京安全区国际委员会主席约翰·拉贝在1938年1月20日的日记中附有南京安全区国际委员会财务主管克里斯蒂安·克勒格尔（Christian.Kroeger，又译克罗戈、克鲁格、克鲁治、克罗格）的报告。该报告记载：“城里到处被丢弃的军装告诉日本人，城里还有许多中国士兵，他们已经穿上平民的服装藏了起来。因此日本人在12月14日占领全城后，立即开始在整座城市，尤其是在难民收容所进行了严厉的搜查。他们打着这个幌子，干着各种各样残暴的事情。为了一点点无关紧要的小事就滥杀无辜，无缘无故处死人，这类事件每天不知要发生多少起。对收容所的搜查完全是随意进行的。平民百姓中根本没有人开枪射击，但是在几天中估计有5000人未经临时军事法庭审判就被枪毙，这个估计只会少不会多，大部分人在江边被处决，这样连埋葬尸体的辛劳都可以免去了。”
国际红十字会南京分会主席约翰·马吉在日军占领南京后曾偷偷拍摄了纪录影片。他在2号影片的解说词中说：“1937年12月16日，上海路。中国妇女下跪请求日本士兵不要杀害她们的儿子和丈夫，他们仅仅是因为被怀疑当过兵而被无情地驱赶在一起。成千上万的平民也被这样用绳索捆绑起来，驱赶到下关的扬子江边、众多的小池塘边和空旷的场地上，在那里他们遭到机关枪扫射、刺刀砍杀、步枪齐射，甚至被用手榴弹处决。”“下关模范村四所村的中国圣公会信徒苏宽伟（音译）和基督教教友们在日本人占领城市前逃进了安全区。12月16日他和基督教会其他13位教友被日本士兵带走，据他估计约有1000个中国人的队伍被强迫赶到下关的扬子江岸边，在那里他们一排排站着，被机关枪扫射致死。”
在3号影片的解说词中，马吉解说道：“这个抬担架的人和一大批中国人被带到江边，他估计有4000人，他们在那里被日本人用机关枪扫射。他和其他约20个人成功地逃脱了，只是他肩上挨了一枪。”
金陵大学教授贝德士（Miner Searle Bates，又译M.S.贝茨、裴志、裴滋、贝特斯）在致朋友的信件中说：“三万以上业已抛弃武器的俘虏被残杀，大多是捆缚成行在江边被机枪扫射而死。”
从上述中方、日方和第三方的史料中可以清楚地看出，日军在长江边多次进行大规模屠杀，可以说长江边是日军南京大屠杀最主要的场所之一。
1937年11月下旬，当日军向南京进击之时，留在南京的20余位美、英、德等国的西方人士，为了避免中日两军围绕南京城的攻防战殃及无辜市民，自发成立了南京安全区国际委员会，并在南京城内西部划定了3.86平方公里的一片区域作为“中立”性质的“安全区”，以供无辜市民及难民在此躲避战火。在南京失陷前夕，即有大批市民及难民进入安全区避难。
12月13日，由于日军攻占了南京城东、南、西各城门，大批中国军人与平民撤往下关。但下关几乎没有渡江的船只，一些守军官兵利用木盆、门板等简易工具渡江，而大批官兵则被困在江边，无法渡江。13日下午，日军迂回攻占了下关，截断了中国军队渡江北撤的退路。大批中国军人因无法渡江，不得不返回城内。还有一些刚从防御阵地上撤退下来的中国官兵，在向下关撤退的途中听说下关已被日军占领，也放弃了从下关渡江的念头，他们扔掉武器，换上便衣，进入安全区内，或在安全区外的民宅及其他建筑中避难。时任教导总队第3团第16连连长的孙宝贤在回忆12月13日的情形时说：
我们……到下关去。……走到三牌楼时，又遇见吾十六连的一个老部下，他由下关回来，看到吾说，连长要到那[哪]里去，吾说，到下关过江，他说，江里一支[只]船也没有怎么过，吾说，我们的人呢，他说，下关一带到处都是人，吾说，他们怎么办呢，他说，没有办法。有的在睡觉，有的到处乱走，有的谈天。因此吾想长江比不得小河流，那么多人都没有办法，吾去了亦不会有办法。于是我们又回到珠江路十三号，再想办法。到后我们先换上便衣，并将大门反锁后，再用大木棍顶住，回室休息，静候情况变化。
留在南京的西方人士也目睹了中国军队撤退时的情形。移驻汉口的德国大使馆在1938年1月6日的报告中附有金陵大学教授斯迈思博士关于1937年12月9日至15日南京的战事报告，报告称：13日上午，“我看见沿路有逃跑的中国军队丢弃的大量武器弹药。逃跑的路上满是铺盖卷、餐具和弹药箱，等等”，“在城南中国的服装店门前发生的场景是典型的，数百名士兵拥挤在这些服装店门前，各种平民的成衣销售得很‘抢手’。士兵们用自己最后的一点钱好容易买到了这样的衣服，就在街上换衣服，丢掉了他们的制服，变成了平民，几百名这样的平民后来聚集在军校和国际俱乐部里”。
丢弃武器，换上平民服装的中国官兵，有些人自行进入安全区避难，有些人则找到安全区国际委员会的西方人士，希望得到保护。美国传教士费吴生（George Ashmove Fitch，又译乔治·菲奇，费奇、费区、费尔生、菲区）在12月13日的日记中记述说：“我们赶忙在总部帮助中国士兵解除武装，他们已无法逃走，只有到难民区寻求庇护。我们向他们保证，只要放弃武器，日军将予以宽恕。但这是一个无法兑现的诺言。”
斯迈思以日记的形式写下了致家人的信，他在信中也记述说：13日，“两个人来到我们的办公室请求保护，是两个中国下级军官。他们给了其中一个人平民服装，另一人离开了”
。然而，尽管有西方人士设立的国际安全区，也有西方人士的努力帮助，但是，这些放下武器的中国官兵仍然没有逃脱被捕杀的命运。正如费吴生在12月13日的日记中所说：“以后的事实表明，他们即令是战死，也胜过被抓去枪毙、刀砍或供刺杀练习。”
日军扫荡部队进入南京后，发现在国际安全区周边道路上遗弃着大量武器和军装，于是认定中国“败残兵”躲进了安全区，因此，日军将安全区作为扫荡重点区域，派部队进入安全区反复进行扫荡和搜捕。
在攻占南京之初，日军在安全区内进行扫荡的部队主要是日军第9师团步兵第7联队、第16师团步兵第20联队等。在日军步兵第7联队长伊佐一男大佐于12月15日晚8时30分下达的“步七作命甲第111号”命令中就有扫荡安全区的记载：“1. 依据对至今（15日）抓获俘虏所作的调查情况，几乎都是些下级军官及士兵，可以认定没有军官。估计是换成便衣隐藏在难民区里。2. 联队明天（16日）要全力、彻底地搜捕并歼灭难民区里的残敌。宪兵队应协助联队。3.各大队自明天（16日）凌晨起应扫荡其负责的扫荡区域，尤其要继续扫荡难民区……我16日下午以后在最高法院西面约1公里处的赤壁路联队本部。”
从该命令中可以看出，日军第9师团步兵第7联队不仅将安全区作为扫荡的重点地区，甚至将联队本部也设置在安全区内。
目前发现的日方史料大量记载了日军在安全区内的扫荡与搜捕。日军第16师团步兵第20联队第1大队上等兵增田六助在其手记中记述说：“第二天（14日），要去国际委员会设立的难民区扫荡。数万残兵一直誓死抵抗到昨日，但被四面八方包围后，他们一个也没跑掉，结果全部逃进了这个难民区。今天我们即使拨开草丛，也非要把他们搜出来不可，为阵亡战友报仇。我们分成小队，各自挨家挨户搜索。每家的男人都受到我们的盘问。”
时为日军步兵第20联队第1大队伍长的林正明在日记中也记述说：“14日去市区扫荡，杀败兵残卒。又去抓捕逃进避难区的支那兵。街道上都是支那兵脱下扔掉的服装，明摆着是逃进了难民区。除了难民区，其他的地区都扫荡了，抓到支那兵就杀。”
安全区国际委员会的西方人士在他们的日记或书信中记录了日军在安全区内搜捕、屠杀放下武器的中国军人及平民的暴行。12月13日，在日军进城的同时，安全区国际委员会的部分委员沿上海路向南行进，以便与由南向北扫荡的日军联系。当他们见到日军时，第一次亲眼目睹了日军屠杀平民的暴行。美国传教士费吴生在1937年12月13日的日记中记述说：“上午11时，安全区首次得到有关他们（进城）的报告，我与委员会两位同事开始开车去会见他们，正好在安全区南面进口遇见一支小分队。他们未显露敌意，尽管稍后片刻就枪杀了20个由于害怕他们而慌忙逃走的难民。似乎自从1932年在上海已形成一条通例，凡逃跑者必被击毙或刺杀。”
费吴生在12月15日的日记中还记述说：“日军将离我们总部很近的一个难民营1300人全部抓去枪毙。我们知道其中有一些是以前的士兵，但拉贝在那天下午曾经得到一个日本军官保全他们性命的许诺，现在一切都很清楚，他们即将被处决。人们被排行成列，并用绳索捆绑成大约百人一群，由士兵持刺刀监视。那些人戴的帽子被粗暴地撕毁丢在地下……我们曾经真诚地希望他们在日军许诺下继续活下去，至少当日军到达时秩序会有某种程度的重建。我们很难想到，我们将亲眼目睹当代无与伦比的残暴与野蛮。”
拉贝在12月14日的日记中记述说：“我们遇见了一队约200名中国工人，日本士兵将他们从难民区中挑选出来，捆绑着将他们赶走。我们的各种抗议都没有结果。我们安置了大约1000名中国士兵在司法部大楼里，约有400人~500人被绑着从那里强行拖走。我们估计他们是被枪毙了。”
拉贝在12月15日的日记中还记述说：“一队日本士兵要带走一部分已经放下武器逃到我们安全区的原中国士兵。我以德国人的身份向他们担保，这些难民已经不会再战斗，应将他们释放。我刚回到委员会总部还没进办公室，杂工就告诉了我们一个不好的消息，日本人又回来将所有1300名难民捆绑起来。我、史迈士和米尔斯3人试图再次将这批人解救下来，但是白费口舌。大约100名荷枪实弹的日本士兵将这批人围起来，捆绑着拖走，准备拉出去枪毙。”
由于许多中国军人脱下军装，换上平民服装并进入了安全区，日军便进入安全区反复进行所谓的“甄别”，以捕杀中国军人。日军甄别的手段多种多样，归纳起来，大体有体貌特征辨别、亲人相认或他人担保、“良民”登记等几种方法。
所谓体貌特征辨别，就是日军逐一查看难民手上有无老茧、头上有无戴钢盔或军帽的帽痕、肩上有无扛枪的痕迹、有无军人的神情体态等等。如果有这些痕迹，日军便认定是中国兵，随即从难民中拉出，然后予以屠杀。
时任教导总队第3团第16连连长的孙宝贤在回忆12月13日的情形时说：“又一个日兵要检查吾，他首先要看吾两支[只]手掌，有没有茧子，再脱吾礼帽，看头上有没有戴军帽的痕迹，又脱了吾上衣，看吾肩上有没有枪上肩的痕迹，吾是多年军官，这些痕迹当然没有，至于头上，因为吾脸皮与头皮系一样颜色，所以亦没有戴军帽的特征。”
被日军抓去屠杀并死里逃生的金家仁回忆说：“我家住宁海路福英里一号。有一次，日军进行大搜查，把人全部赶到街上来。我当时的职业是厨师，天天拿菜刀，所以手上有老茧。日本兵看我年轻，手上又有老茧，就把我从人群中拉出，立即绑起来。……我被带走，和其他被绑的人一起送到清凉山，用机枪进行屠杀。我从死人堆里爬出来被人松了绑以后，立即去看妻子，并把她送到鼓楼医院去抢救。我妻子只住了三四天医院，抢救无效而死亡。”
费吴生在12月23日的日记中记述说：“日军从我们设在农业专修科学校的难民营里抓走并处决了70人。没有任何章法——士兵可以抓走任何他们认为可疑的人。手掌上的老茧足以证明一个人是士兵，这就是枪毙的正当理由。黄包车夫、木匠和其他劳工经常被捕。”
美国传教士麦卡伦（JameH.McCallum，又译詹姆斯·麦卡勒姆、麦考伦、麦加伦）在给家人的信中也记述说：“一些男人在金陵女子文理学院、马吉的住处还有别的地方，被强迫带走，他们被指控当过兵。这些人在难民群中有朋友可以证明他们是平民，而且他们自己也极力声辩，但因手上有茧，未经进一步审查即被确认为士兵。许多人力车夫、船工和其他劳动者被枪杀，仅仅因为他们手上有诚实辛劳的标记。”
日本方面的史料也证实了日军通过外貌、体态等特征甄别、搜捕中国兵的情形。日军第9师团步兵第7联队一等兵水谷荘在12月14日的日记中记述说：“今天继续在市区扫荡残留的敌人，被赶出来的很多人几乎都是年轻男子。经过仔细审查，留下的人有的是脚被鞋子磨破了的、有的是脸上长茧皮的、有的是姿态极端正的、有的是目光敏锐的等等，和昨天的21人一起被枪毙了。”
所谓“亲人相认”，就是日军将难民按性别、年龄分开，然后由父母、妻儿认领自己的儿子、丈夫或父亲，如无人认领或担保，则认定其为中国兵。1937年12月23日，日军闯进安全区内的金陵大学附属中学，以“亲人相认”、“相互担保”等方式及欺骗手段，甄别、搜捕中国士兵。孙宝贤回忆说：
二十三日上午九时，日军就在学校周围布设岗哨后，再派兵进入学校，首令各教室之难民集中在一个大操场上，女人和小孩集中在一起，不检查。男人集中在操场中央……嗣即开始检查，每一人要由管理员中间通过，每过一个人管理员就问，你有没有保人，你的保人是谁，如果他说的保人亦承认保他，就算通过了，到一边有保人的地方去，如果没有保人，即另到一边去，没有保人的人，每到五六十人，即由日兵枪队押着上汽车，开到雨花台枪毙……这次检查后，据吾所知，拉去枪毙的并非全是所谓中国伙夫，但是只要年轻力壮，没有人保他或是光头没有留长发的，都视为中国兵（伕），此中不晓得冤枉死多少老百姓。
南京大屠杀的幸存者常志强，在父母、弟弟被日军杀害后，与姐姐一起躲入金陵大学难民收容所避难。他回忆说：“日本兵到大学里抓俘虏，日本兵叫人们到操场上集合，让男的站一边，女的站一边。然后开始认人。男的叫出来，必须有人认领，才会放人。但是，有很多的家人都站在人群的后面，看不到被叫出来的人是不是自己的家人。所以有很多男人都被日本人带走了，都被屠杀了。”
所谓“良民”登记，就是日军迫使所有留在南京的难民在金陵大学、金陵女子文理学院、新街口广场、山西路广场等处集中进行登记，并以欺骗等手段，诱使身穿平民服装的中国军人承认自己的身份，并将许多平民当作军人捕杀。
12月22日，日军派两名宪兵找到安全区国际委员会主席拉贝，声称要在南京进行难民登记，将中国士兵安置在一个特殊的营地，并希望得到安全区国际委员会的协助。
令拉贝等人没有想到的是，日军利用登记，大肆捕杀中国士兵以及疑似士兵的青壮年男子。12月25日是圣诞节，拉贝在当天的日记中记述说：“日本人命令每一个难民都必须登记，登记必须在今后的10天内完成。难民共有20万人，这可不是一件容易的事。第一件麻烦事已经来了：已有一大批身强力壮的平民被挑选了出来，他们的命运不是被拉去做苦工就是被处决。”
拉贝在12月28日的日记中还记述说：“我们从各个方面得到的报告令人毛骨悚然，几乎使人无法写下来。因估计人群中有以前的中国士兵，因此在难民住的几所学校的登记开始前，日本人要求以前的中国士兵主动站出来，答应保护他们，并称只是要把他们编进劳工队伍。有一些难民站了出来，其中一处大约有50人，他们立即被带走。据一个幸存者向我们报告，他们被带进一所空屋里，所有值钱的东西和衣物全被抢走，身上的衣服被脱光，每5人为一组，被绑在一起。然后日本人在这所屋子的院子里点燃了一大堆木柴，把一组一组人分别牵过去，用刺刀刺他们，并把他们活活地扔到火堆上。”
袁霭瑞系某总队的职员，日军占领南京时，因未及撤退而滞留南京。他于1938年初回忆说：“十二月二十七日即施行难民登记，吾之百姓们认为登记可保安全。所以争先恐后，前往领取登记证，数十万民，拥拥挤挤，冒着雪雨等候，在此当中，鬼子手捶棍打，任意行为，吾之同胞遭其蹂躏，头破面肿，敢怒而不敢言，其状极为悲惨，鬼子却鼓掌大笑。二十岁之青年认为抗日分子，检出拘走，均以枪毙之。记者几乎亦遭其难。如此死者万余人。”
原日军第10军后备步兵大队的步兵军曹冈本健三回忆说：“我亲眼目睹过屠杀现场。占领南京之后，由于分不清良民和游击队，因此日本军颁发良民证，就连我们部队每天也都要干诸如此类的事情。让他们在上面写上出生年月日、职业、性别等，但是会写字的中国人很少。日本军想要向不会写字的人说明，但是语言又不通。尽管如此，如果回答流利的人就放过去，如果慢腾腾语无伦次的人就被视为可疑，会遭到处置。”
12月26日，日军开始在金陵大学进行登记。金陵女子文理学院的女舍监程瑞芳在12月26日的日记中记述说：“男[金]大那边今日登记了，他的假面具又戴上了。安民其实找败兵和青年男女，听说那边的败兵不少，有一千名，登记时他们说得顶好，叫败兵自己承认，不害他，保护他们，若是现在不承认，后来认出来了要杀的。一个日人、一个汉奸在台上讲，有的相信他就出来承认他当过兵的，听说有二百多人出来，后来把那些人带走了，大概死了。有的兵不承认，他知道是假的。”
关于日军在金陵大学的登记，贝德士曾专门写下了《金陵大学难民登记的情况备忘录》，详细记录了难民登记及日军屠杀的情形。
魏特琳在1937年12月28日的日记中也记述说：“我们现在进入了一个新阶段，即登记阶段。今天早上8时开始登记。……日本人称，如果是中国士兵，应该自首，他们将不会受到任何伤害，并被送去干活。我不明白他们所说的士兵是指现役还是曾经当过兵的人。第一个承认的是给Y.H.陈干活的工人。我知道他不是现役军人，我正努力让日本人放了他。接着，那些承认自己是士兵的人四个一排，每人发了一张登记表，然后走到校园的东北角。我仔细看了这些人的脸，他们大多数是老弱伤残者，因为所有的年轻人都到校园的西面去了。”
然而，日军的登记并没有给人们带来安全感，日军士兵根本不把登记后发放的所谓良民证当回事。魏特琳在12月29日的日记中记述说：“今天日本人比昨天厉害得多。昨天，他们叫当过兵的人自己承认，并许诺给他们工作和工资。今天日本人检查他们的手，并把他们认为可怀疑的人挑出来。当然，被挑出来的许多人从未当过兵。无数母亲和妻子要我为她们的儿子或丈夫说情，他们是裁缝、做烧饼的、商人。不幸的是，我无能为力。……据说许多普通的日本兵不把登记证当回事，好几次他们把登记证撕得粉碎。”
从上述事例中可以清楚地看出，日军所谓的“良民登记”只不过是日军搜捕中国军人的一种手段，其最终目的是捕杀藏匿在难民中的中国军人，同时借登记之名，乘机挑选年轻妇女，以供日军淫乐。
日军在安全区搜捕过程中，连安全区国际委员会组织的用以维持秩序的警察和“志愿警察”也不放过，甚至连中国军队的伤兵也在捕杀之列。位于金陵大学附近的司法部安置着安全区国际委员会的部分警察和“志愿警察”。这些警察并不携带武器，只是维持安全区的正常秩序。然而，12月16日，日军将司法部中的50名警察和45名“志愿警察”，以及数百名平民抓走并予以屠杀。拉贝于12月18日致函日本大使馆二等秘书福井指出：“我们昨天向贵方指出，贵军从司法部抓走了50名着装的警察和45名‘志愿警察’。在此我们还要指出，我方又有40名派驻在最高法院建筑物内的着装警察被抓走。一名日军军官对他们提出的指控是，说他们在搜查之后又将中国士兵放进了司法部建筑物，因此必须枪毙他们。”
安全区国际委员会秘书斯迈思专门拟具了“司法部事件备忘录”，作为拉贝致福井函的附件。“备忘录”指出：“1937年12月16日早晨，一名日军军官带领一队日本士兵来到司法部，命令带走大部分中国人，对他们执行枪决。根据这名军官走前的说法，他来此的目的就是抓人枪毙。在殴打了一名上尉警察后，他命令抓走全部警察。估计有50名警察被抓走，因为当时派驻在司法部的共有50名警察。”
伍长德是南京警察部队的一名警察，南京沦陷后他为安全区国际委员会服务。1937年12月15日，他在安全区内司法部难民所被日军抓走，其理由为他是一名中国士兵。伍长德回忆说：
上午八时左右，忽然来了十几个日本兵，用刺刀把青壮年男子全部赶到外面，并集中到马路上，共约2000人以上。十一点左右，我们全体排着队被押着出发……下午一点到达汉中门，要我们这2000多人都在城门里停下来，并命令坐下。接着，两个日本兵拿着一根长绳子，一人手持一头，从人群中圈出100多人，周围由大批日本兵押着，带往汉中门外，用机枪扫死……到了下午五点多钟，我本人也被圈进去了，日本兵把我们带到护城河边上，赶到河堤斜坡下面。我见到河堤两侧，架着两挺机枪；再定神一看，眼前横七竖八全是倒卧着的尸体。我急了，就情不自禁地向前跑了几步，纵身一扑，扑倒在乱尸堆上。恰恰就在我扑倒的同时，机枪响了，人们接二连三地倒了下去，我就被埋在别人的尸体下面了。
日军在捕杀放下武器的中国军人的过程中，连伤兵也不放过。在南京保卫战期间，位于中山北路的外交部和军政部成为临时伤兵医院，收治了数百名中国伤兵。日军进城之初，安全区国际委员会的西方人士曾就伤兵问题与日军交涉。国际红十字会南京分会主席马吉在12月15日的日记中写道：“星期天下午中国士兵开始撤退时我去了外交部，在那儿我发现许多伤兵但没有医生和护士，后来福斯特和我到三牌楼的军政部，在那儿发现有更多的伤兵，大约有10~20名军队医护人员，但没有一个人在为伤员做事而是准备撤退。”“安全区委员会的一些成员同某些日本军官取得了联系，他们说只要医院不藏匿士兵，医院将受到尊重，放下武器的士兵也不会受到伤害。”“第二天我带着载满伤员的救护车到外交部，当我们设法使能走动的伤员朝台阶上走的时候（另一些用担架抬），一队日本兵来了，其中有些像是野兽。我正扶着一名可怜的伤兵，他痛苦地向前迈步，一个日本兵把他从我身边拖开，猛地扭他受伤的膀子，把他的手捆在一起，并把另一名伤员的手也捆在一起。”
这些伤兵中的一部分后来遭到屠杀。德国驻华大使陶德曼在给德国外交部的报告中称：“外交部挂着国际红`字的会旗，那里住了大约600名受伤的中国人。日本人不让两位美国教会医院的医生进外交部，也不让他们给受伤人员送食品。也有一些中国的伤兵在外交部里避难。他们被日本兵拖出去枪决了。”
日军不仅在安全区内搜捕放下武器的中国士兵，并押往汉中门、长江边等地进行集体屠杀，还在安全区内大肆进行集体屠杀。
大方巷位于安全区之内，这里有一个广场，还有许多水塘，日军进城后，在大方巷一带进行了多次集体屠杀。12月22日，日军将数百人押到大方巷的一个水塘边屠杀。这次集体屠杀的幸存者程金海证实说：“那时，我住在琅玡路11号。1937年阴历冬月的一天，我和邻居三人上街看看，恰巧被日军发现，将我们三人检查了一番。他们见我长得像当兵模样，就把我双手倒背用绳子绑起来，带到大方巷口难民区，将其他两个人放了回去。从早上九点起，凡被抓的人，都送到这里集中，到下午四点以后，被抓的人就有好几百……日军用机枪向我们进行疯狂的扫射。我因在后面，又被前面的死者压在底下，所以没有中弹。”
费吴生在12月22日的日记中也记述说：“（我）与施佩林去离总部东南四分之一英里处，一个泥潭中有50具尸体。全部是老百姓，双手绑在背后，有一个人的头被完全砍掉。”
费吴生所说的“总部”即位于宁海路5号的安全区国际委员会总部，而“离总部东南四分之一英里处”正是大方巷。
12月27日，日军在大方巷水塘边又进行了一场集体屠杀。这次屠杀的目击者邓明霞证实说：“12月27日上午九点左右，日本兵闯进难民区，三挺机关枪对准所有难民，把中青年男子都抓起来，一个连着一个用绳子捆绑着，押到大方巷塘边，用机枪扫射，这一次就打死了好几百人……我的丈夫邓荣贵就是这次屠杀中被枪杀的，死时仅35岁。”
虎踞关在国际安全区西部边界附近，位于金陵女子文理学院西侧。日军占领南京后，在虎踞关也进行了集体屠杀。大屠杀的幸存者王鹏清回忆说：
有一天上午，我记得是个晴天，日本兵在我家附近一带挨户搜查，已经将许多人集中在宁海路上，查看他们手上有没有老茧，头上有没有帽箍，主要是看是不是当兵的。我自料逃不出去，只好躲在家里。吃过中饭以后，大概一两点钟的样子，四五个日本兵到我家搜查，他们发现我手上有打铁留下的硬茧，就硬要把我带走……日本兵把我带到宁海路，那里已经有200多个被抓来的人，他们都是平民百姓。日本兵用绳捆住每个人的手腕，四个人一排捆在一起，日本兵在两旁押着，把我们赶到虎踞关。到了虎踞关，我们被赶到一个凹地上，旁边有一个水塘，日本兵在四周居高临下架起机枪，几十个日本兵将我们围在中间。这时已经是下午三四点钟了，日军军官一声令下，机枪、步枪一齐向我们射击，一颗子弹从我头上擦过，鲜血直流，我只觉得头上像挨了一闷棍，顿时倒了下去。
魏特琳也证实了日军在虎踞关、清凉山附近的集体屠杀，她在日记中记述说：“我们壮起胆子，决定到金陵女子文理学院西边的一条叫做‘虎踞关’的路上去散步。……我遇到一位熟悉的妇女，她问我是否听说在杨家附近山谷池塘里的大量尸体。我告诉她已经听说了一些情况，并想去看一看，她愿意带我去。不久，我们遇到了她的丈夫，他说要跟我和工人一道去。我们找到了那个池塘。池塘边有许多具焦黑的尸体，尸体中间还有两个煤油或汽油罐。这些人的手被铁丝绑在身后。有多少具尸体？他们是不是先被机枪扫射，再遭焚烧？我不得而知。在西边小一些的池塘里还有20~40具烧焦的尸体。我看到这些人穿的是平民的鞋，而不是军人的鞋子。山丘上到处都是尚未掩埋的尸体。”
马吉在他拍摄的3号影片解说词中说：“下关电话局职员于西棠（音译）是住在金陵大学难民收容所里的4000个难民之一……他是在路上被抓走的。据他说，他和其他几百人被带到金陵女子文理学院附近的山丘上，在那里日本人用刺刀刺杀他们。他被刺了六刀，其中两刀刺入胸部，两刀刺入小腹，两刀刺在腿上，他失去了知觉。”
马吉在影片解说词中所说的“金陵女子文理学院附近的山丘”，即虎踞关、清凉山一带。
日军占领南京后，除了在长江边和安全区内进行集体屠杀外，还在城区多处地点实施集体屠杀。
南京的汉中门、汉西门及江东门均位于南京城西部。南京沦陷后，日军在汉中门、汉西门及江东门等地多次进行集体屠杀。时任教导总队辎重营营长的郭岐回忆说：南京沦陷后，“日本人杀人焚尸的传闻便获得了证实，这也是出于一位亲历其境，幸免于难的同胞亲口告诉我。他是一位警察，于南京城陷后不及撤离，而被日军抓了起来，与他同时被捉的民众，约计三千余人。日本兵把这三千余名无辜者全部押到水西门外，架起了若干挺机关枪，迫令三千多我国同胞成横列式站着，这位警察一见情势不妙，他心中预作准备，一俟枪声响起，枪弹尚未射到他这边，立即扑地就倒，脸颊贴向地面，假装着业已中弹殒命”
。
日军汉中门屠杀的另一位幸存者汤正有也回忆说：“民国26年（1937年）冬，我家住在鼓楼三条巷1号。在日军占领南京不久的一天，突然开来了一辆日本军车，从车上跳下几名日本兵，在我家住的那一带抓走了三四十名青壮年，我也是其中之一。上车后，汽车开到汉中门外河边，日军逼我们下了车，赶我们到河的中间。因为是冬天，河里水不太多。只见河两岸站了几十名端着枪的日本兵，我们被夹在当中。河里站着的中国同胞至少有四五百人。不一会，日本兵的哨声响了，机枪开始吼叫，惨绝人寰的大屠杀开始了，手无寸铁的平民百姓悲惨地倒在血泊中，喊叫声、呻吟声、怒骂声响成一片。我却因被跌倒的人群绊倒在地，幸而没被机枪打中。”
江东门位于南京城的西部，在这里，日军也进行了集体屠杀。时为中国军队第5军士兵的刘世海是日军江东门屠杀的幸存者，他回忆说：
到了江东门，在模范监狱门前，被一队日本兵拦住。我们把白旗举给日本兵看，对他们说我们是投降后的士兵。日本兵不问青红皂白，把我们强行赶到监狱东边的一块菜地里，命令我们排成一队，周围有五六十名日本兵，其中有十几人提着军刀，其他的都上了刺刀。冷不防日本兵一起从四周冲上来，用军刀、刺刀乱砍乱杀，我的脖子上被砍了一刀。
对于日军在汉中门、汉西门、江东门等地的屠杀，当时留在南京的西方人士也有许多记述。拉贝在1938年1月5日的日记中记述说：“昨天开启的汉西门今天又关闭了。克勒格尔看到在大门旁边一条干涸的沟里躺着约300具尸体，都是被用机枪枪杀或处死的平民。”
拉贝在1938年1月22日的日记中附有德国侨民爱德华·施佩林（EduardSperling，又译史波林、斯伯林、斯波林）致德国驻华使馆秘书罗森（G.F.Rosen）博士的信函，信函称：“根据克勒格尔和哈茨先生的报告，在汉西门外约有500个平民也遭到类似方式的枪杀。我估计被这样残暴杀死的有5000人~6000人，全都是走投无路、手无寸铁的人。”
在日方史料中，也有许多关于日军在汉中门、汉西门、江东门等地屠杀的记录。北山与隶属于日军第16师团步兵第20联队第3机关枪中队，他在12月27日的日记中记述说：“出了汉中门，去征缴菜叶、水牛。我们到的地方死人堆积如山，总数有五百多，被堆在一起杀害了。其中主要是军人，也有穿着如一般百姓的死尸。大多是被集体枪杀的俘虏。道路两边堆满了支那军人的尸体。”
古林寺位于南京国际安全区西部边界西康路以西，在安全区之外。日军在这里也进行了集体屠杀。时为古林寺和尚的融通法师回忆说：“日本人进南京时，我16岁，在古林寺上初级佛教学校。我的师父叫果言。冬月十四那一天，日本兵冲进寺里，把近百个和尚和躲在寺里的百把个散兵都赶到山门外的菜园里集合。枪响的时候，寺后面一个四五岁的小孩跑着喊着来找他妈妈，鬼子的大皮鞋一脚踢过去，又狠命一踩，小孩的头都被踩扁了！白的脑浆，红的鲜血，一塌糊涂，孩子的手指头还在一下一下地抽搐。罪过啊！”
关于日军在古林寺的屠杀，留在南京的西方人士的日记与书信中亦有许多记载。金陵女子文理学院的魏特琳在12月23日的日记中记述说：“住在我们东院的邻居孙说，昨晚有60~100人，大多数是年轻人，被日本人用卡车运到金陵寺
南面的小山谷里，用机枪打死，然后把尸体拖入一间房子里，连同草房一起烧掉。我一直在怀疑，我们晚上看到的那些火是用来掩盖抢劫与杀人的。”
直到约一年后，魏特琳再一次听说了一年前日军在古林寺屠杀的情形。她在1938年12月6日的日记中记述说：“下午，凯瑟琳骑马，我和哈丽雅特骑自行车，一起去古林寺。在那里，我们遇上了一位年轻的僧侣，他说，现在寺里共住着7位僧侣。去年12月，许多僧侣和中国警察在古林寺的院子里被杀害了。”
斯迈思在致家人的书信中也有同样的记述：12月27日，“日军占领南京已经两周……昨天金陵大学登记的过程中，有二百多人志愿承认他们过去当过兵或当过部队的夫役（这两个名称对于被征用的平民劳力来说区别并不明显），因为日军许诺，如果他们承认，他们就会获准工作；而若不承认就会被枪毙。今天早上有个人身上带着五处刀伤来到大学，他说他们一群人被驱至古林寺，在那儿被130名日本士兵用作刺刀靶子。他当时被刺昏了过去，醒来时日本人已离开，于是他挣扎着回来。威尔逊说他有一处伤口太严重，不可能保全性命。”
日军官兵的日记中也有关于在古林寺屠杀的记载。日军第9师团步兵第7联队第2中队上等兵井家又一在12月22日的日记中记述说：
下午5时天快黑时去大队本部集合，听说是去杀死败兵。过去一看，只见161名中国人老老实实地待在本部院子里，他们望着我们的行动，全然不知死神的降临。一路连打带骂地拉着160余人出了外国人居住的街区，来到古林寺附近筑有地堡的要塞地带。
夕阳西下，仅能分辨出晃动的人影。这里只有不多的几所民宅。将他们关进池塘边一间单独的房子里，然后5人一组地带出来用刺刀刺死。有的哇哇叫着，有的边走边嘟囔着，有哭的，有的知道死到临头而失去了理智。
吃败仗的士兵最后的归属就是被日本军杀死。
用铁丝捆住他们手腕，扣住脖子，用木棒敲打着拉走。其中也有勇敢地唱着歌迈着大步的士兵。有装着已被刺死的，有跳入水中咕嘟嘟挣扎的，也有为了逃命，紧紧抱住屋梁藏起来，任凭怎么喊也不下来的士兵。于是我们就浇上汽油烧房子，两三个被烧成火人的人刚跑出来就猛然被刺刀捅死。
昏暗中，嗨、嗨，憋足劲呐喊着用刺刀捅着，捅死要逃走的家伙，或用枪砰砰地打。片刻间这里成了人间地狱。结束后，往遍地的尸体上浇上汽油点着火。看到火中还有活动的家伙就打死。后面的房子燃起熊熊大火，房顶的瓦片掉了下来，火花四下飞溅。
井家又一日记中的记述，在时间上与魏特琳日记的记述完全吻合，可见日军在古林寺的屠杀是不争的事实。
玄武湖位于玄武门外，东邻紫金山，为南京的主要风景名胜之一。然而在玄武湖附近，日军也进行了集体屠杀。时任教导总队辎重营营长的郭岐回忆说：“日本皇军在大搜查期中，所押解出城，押到玄武湖之滨，用机关枪滥施扫射，屠戮无遗的我国军民，为数即达八千余人。”
增田六助为日军第16师团步兵第20联队第1大队的士兵，他在12月14日的日记中记述说：“扫荡开始了，目的是揪出进入外国租界
、混进难民营的残兵游勇。仅第四中队就揪出五百多人。在玄武门旁，把他们全部枪杀了。据说，别的各队也基本都是这个数。”
隶属于日军第16师团步兵第9联队的舟桥照吉曾记有三本阵中日记，回国时被没收了两本，保留下来的一本日记因担心受到威胁，也于1987年烧毁，后来他根据记忆复原了日记。他在12月18日的日记中记述说：
我们中队不知不觉中抓了两三百个俘虏，经过村落就让他们去征缴大米，规定他们一定都带两三合
回来。
各中队所干的事大概都一样吧。临近黄昏，决定回营。来到玄武湖附近时，中队长命令大家做好准备，因为没有粮食，要枪毙了他们再回去。到了玄武湖畔，将俘虏集中起来，夺下大米后让他们排队，接着开始用重机枪扫射。
上述史料足以证明日军占领南京后，在城区多处地点进行了大规模屠杀。
日军在南京城郊的小规模屠杀，前文已有论述，在此不再赘言。
日军在城郊最大规模的集体屠杀当属日军第16师团在南京东郊进行的集体屠杀。这场屠杀发生在日军占领南京后的第三天和第四天，即12月15日和16日，屠杀的遇难者达7000人左右，其中主要是被日军俘虏的中国军人和少数平民。
时为日军第16师团步兵第20联队第3中队伍长的林正明在1937年12月15日的日记中记述说：“15日，在南京城外和第六中队一起看守7000名俘虏。”“24日再次担任南京城中的警戒。将逃往城内难民区的支那人分为两类，可怜的支那兵都要送进扬子江喂鱼……前述的7000名俘虏也喂了鱼。”
第16师团步兵第20联队上等兵东史郎在12月14日的日记中记述说：
我们在广场上集合后，正在布置步哨和分配宿舍，这时突然来命令说要收容俘虏。
据说俘虏约有两万人……
系在枯枝上的两杆白旗，乘着夜风翻卷，而旗下的7000士兵看上去的确是壮观……我们虽然有两个中队，但如果这7000人即使徒手拼死反抗的话，估计我们两个中队左右的兵力也会全军覆没吧。
……
第二天早上命令我们去郡马镇
担任警戒任务。据说我们在担任郡马镇警备期间，俘虏们被分成二三百人一组，全被杀掉了。
隶属于日军第16师团辎重兵第16联队第4中队的小原孝太郎在日记中也记述说：12月15日，“……途中路过的新塘镇有一个像大兵营、又像步兵学校的建筑物。之后就到了汤水镇。……我们越过山丘，来到了一个坐落在平缓处的村庄里。我们在那儿看到了令人吃惊的情形，只见用竹竿围成的广场上，大约2000人的俘虏在我军的警备下成群走动，这情景很是令人吃惊。之后才知道，这是进攻南京时捕获的俘虏，据说约有7000人。他们举着白旗投降后被解除了武装，当然里面也有交战时被捕获的，可谓形形色色。其中有的人还在军服外面套上普通支那人的服装以便伪装。我军就把他们圈在那儿一一调查，有的会被枪杀，有的当作苦力，还有的则被放掉。据说在后面的山上，被枪杀的俘虏的尸体堆积如山……”