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南海争端涉及中国、越南、菲律宾、马来西亚、文莱、印度尼西亚六个国家和我国台湾地区。与此同时，与南沙海域周围无关的国家还在干预我国对南沙群岛行使主权，这就更增加了南沙群岛主权争端的复杂性。
主权争端的单一性是从历史文化和法理来讲，南沙群岛是中国不可分割的一部分，在主权上中国对于南沙群岛具有不可置疑的独占性。我国2 000多年来对南沙群岛发现、命名、先占、有效占有、开发经营、主权宣示、行使行政管辖权和司法管辖权的事实，军队巡防、打击盗匪，各国的承认、默认等行为都已表明南沙群岛归属我国。
在南沙群岛的共同开发中，参与国家众多，南沙海域周边国家纷纷对这片海域提出领土主权及其他海洋权利，并且一些不在该海域的国家也企图依靠其政治霸权及经济优势分得一份资源。这使得南沙群岛海域油气资源的开发出现了在其他海域开发中不会出现的复杂形势。
中国对于南沙群岛的主权是无可争议的，也是不容侵犯的。在众多周边国家提出对南沙主权时，中国方面秉承大国的宽容态度，提出愿以“搁置争议，共同开发”的公平原则对南沙群岛的资源进行合作开采。公平原则在于，首先应当排除该海域以外的国家对该海域资源的掠夺，比如美国与日本对该海域的干涉，与上述国家有牵连的国家应尽快排除他国的牵制。其次，各国在不涉及主权的事件上平等协商解决在开采中遇到的各种问题，包括政策、技术层面上的问题。第三，对于开采所得资源及其收益应当遵守事先协议，公平分配的原则，避免新的争端出现。最后，在签订开发协议以及建立管理委员会时，应当兼顾中国主权权益。中国以5000年历史大国的身份对海域权益做出“让步”，正是中国这种“让步”才使本次共同开发成为可能，该原则也成为南沙共同开发最大的特点。
由于周边一些国家无理提出主权要求，侵占南沙岛礁，划管辖范围至南沙及其附近海域，引进外资大肆掠夺南沙海域的油气资源等抢夺资源，使得南海周边各国在南沙问题上的利益冲突十分尖锐。南沙问题最明显目的在于争夺海洋石油资源，中国能够率先倡导在争议海域实施共同开发，意味着中国准备在石油资源享有方面作出重大让步与妥协以换取地区和平与大局稳定。共同开发的首要问题——管理机制的设置无疑更是迫在眉睫。通过对目前海域油气资源共同开发，当事国所普遍采用的三种管理机制，即区域性多边超政府机制、代表政府的双层次管理机制和定期联络型协调咨询机制的深入研究，并结合南沙群岛海域若干相关国家及地区油气资源开发管理模式及南沙开发问题的三个特点，我们提出了一种适于南沙共同开发的新型管理模式——超国家双层次管理机制。
超国家双层次管理机制是指南沙群岛海域共同开发区签约国政府派出对等人员组成超国家管理机构，当事国在共同开发期限内将所有决策开发权暂交于该机构负责执行。该机构由两个部门组成——上层部长决策委员会、下层协调管理局，协调管理局从属于部长决策委员会，对委员会负责。委员会由当事国资源管理部或外交部门数额对等成员组成，为高层决策人员，主席由双方政府指定的部长出席担任。委员会负责制定协调各国开采法，制定统一管理法规和政策，颁布开发方案，主持分配开发利润，监管财务，对共同开发管理相关事项做总决策，批准或终止合同，审批管理局组成人员等，其性质为行政决策机构。其内部可以设置常设秘书处，整理管理局提交的其他事务。协调管理局由当事国派出的其他外交、资源管理工作人员组成，为高级管理人员，局长由当事国各派一名官员担任。管理局主要负责执行部长决策总委会的指令，按法规管理共同开发区运营，制定开发预算，提交财务年度收支，在管理框架内订立或终止开发合同，在总委会批准下颁布许可证，监管经营人的经营活动以及开发区内资源装置和其他设施的作业情况，同时按时召开会议，及时解决共同开发过程中发现的问题，对于协定签订以前没有规定的问题进行探讨，可以提出益于共同开发区发展的建议，必要时可以起草相关法规提交总委会审批，定时提交共同开发的阶段性报告，接受咨询等相关工作。双层机构共同代表当事国行使权利。
为了保证共同开发顺利进行，双层管理机构应设总部，并定于中国。决策委员会第一次会议应在委员会设立后三个月内召开，此后一年至少召开一次会议，为保证公平，决策应以一致同意为原则。联合管理局定期召开协调咨询会议，对管理问题做总结并上报。对于管理机构运作需要的费用应采用成本均摊原则，共同承担工作经费。
南沙群岛海域的共同开发问题首先是一个政治问题，同时又是一个同国家民族利益密切相关的经济问题。经济基础决定上层建筑，经济的导向力量将成为共同开发的重要因素。由于共同开发区主权尚存争议，因此各方在合作项目中互相尊重，谅解互信显得十分重要。鉴于目前几个国家的海域权利主张的复杂性，超国家双层管理机制的建立，使两部门严格分工的同时，达到双向监督，避免了唯一机构导致的权利过于集中的问题，是比较适合的一种管理机制。