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《苏报》大张旗鼓地宣传革命，终于引起了清政府的密切注意。1903年5月，清朝大臣吕海寰根据密报，致函江苏巡抚恩寿，称上海租界张园时有年少者“聚众议事”、“希图作乱”，要求恩寿立即“密拿严办”并随函提供了一份捕人名单。
租界工部局认为，按照文明国家的条例，政治犯应当受到保护。工部局先后6次传讯蔡元培等人，反复询问6个人有没有军火，表示只要没有军火，租界不但不逮捕他们，甚至还可保护他们，暗示名单上的人迅速离开。
爱国学社因为屡屡遭受传讯，张园遂停止了聚会活动。章太炎等人受到传讯以后，大家都有一种不祥的预感：清政府和租界工部局可能要对爱国学社和《苏报》动手了！有人劝章太炎，让他赶紧逃走，躲避一下风头。章太炎微微一笑，说：“革命必流血，吾之被清政府查拿，今为第七次矣。”
章太炎等6人在工部局进进出出6次，每次都安然无恙地回来。不仅章太炎觉得不会有什么事，爱国学社和《苏报》的同僚们也觉得不会有什么事，而危险就在这看似平静的日子里一天天地酝酿着、积聚着。
6月21日，清廷以光绪皇帝的名义给沿江沿海各省督抚发布诏旨：“查有上海创立爱国会社，招集群不逞之徒，倡演革命诸邪说，已饬查禁密拿等语。……著沿海沿江各省督抚，务将此等败类严密查拿，随时惩办。”
上海爱国学社的活动竟然惊动了“天子”！接获上谕后，两江总督魏光焘要求查禁《苏报》，并追究章太炎和邹容责任。
6月29日，工部局警探来到《苏报》馆，出示了拘票。拘票上开列了6个人：陈范、章炳麟、邹容、钱宝仁、龙积之、程吉甫。这一天，《苏报》馆只有账房程吉甫在场办公，当即被捕。程吉甫被捕后，陈范等纷纷走避，只有章太炎若无其事。
第二天上午，章太炎照样到爱国学社办公，工部局的警探来了，先生危坐不动。警探手持拘票对在场的人一一查询，问：“谁是章炳麟？”章太炎以手指着自己的鼻子说：“余人俱不在，要拿章炳麟，就是我！”
警探随即给章太炎上了手铐，章太炎就这样被拘捕了，真可谓求仁得仁。警探进入学社捕人的时候，邹容迅速从后门逃走，躲在虹口一个相识的传教士家里。
章太炎被捕后关押在租界总巡捕房。工部局的拘票列6人姓名，其中2人与《革命军》一书有关。可以说，《苏报》案主要系由《革命军》引发。章太炎认为巡捕房会实事求是，分清各人罪责，书生气十足的章太炎于是主动写信给邹容，希望与邹容分担责任。章太炎的信由警探交给学社，邹容很快便知道了信的内容。正是章太炎的愚蠢，让邹容义无反顾，于7月1日到巡捕房投案自首。邹容对巡捕房巡捕说：“我就是你们要抓的邹容！”巡捕不相信，说：“看你还是一个小孩子，你能写出《革命军》吗？是不是疯了？快滚！”邹容说：“你不信吗？你拿《革命军》来，我来说给你听！”邹容就这样被投入了监狱。
章太炎、邹容相继被捕后，《苏报》被查封。革命党人并没有因此而噤声，《国民日日报》在《苏报》查封后立即就出版了，其主笔章士钊就是原《苏报》的主笔，《国民日日报》因此被称为“《苏报》第二。”
7月1日，即邹容投案的当天，章太炎、邹容等即移送至租界会审公廨，并于当天进行了初审。清政府为《苏报》和章太炎、邹容等人罗列的罪名是：“故意诬蔑满清皇帝，挑诋政府，大逆不道。欲使国民仇视今上，痛恨政府，心怀叵测，谋为不轨。”对于章太炎，起诉书特别指出，章太炎发表《驳康有为论革命书》“诋毁今上圣讳，呼为‘小丑’，立心犯上，罪无可逭。”
章太炎在法庭上声明，他们不承认“野蛮政府”。至于呼光绪为“小丑”，章太炎抗辩说：“因见康有为反对革命，袒护满人，故我作书驳之。所指书中‘载湉小丑’四字触犯清帝圣讳一语，我只知清帝乃满人，不知所谓圣讳。”
直接写“载湉”，没有什么不对。再说，从字意来讲，“小丑”的“丑”字作“类”讲，“小丑”就是“小东西”或“小孩子”的意思，并没有诽谤。听众掌声雷鸣。庭审完毕，他们坐在马车上回捕房，上海街头万人空巷，争看章、邹二人的风采。章太炎频频微笑并颂诗曰：
风吹枷锁满城香，街市争看员外郎。
章太炎不知道，清政府为了置章、邹二人于死地，曾经准备半途将他们两人劫持。500余名清军官兵化装成百姓，等候在巡捕房马车必经的新衙门附近，只等号令一下便一起动手。此阴谋之所以未能得逞，盖因租界当局防范严密，不但沿路满布荷枪实弹的巡捕，而且马车上有一英国巡捕陪坐，马车前后均安排有巡捕携剑同行。
7月22日，会审公廨第二次开庭。开庭前，章太炎撰诗一首，赠邹容：
邹容吾小弟，披发下瀛洲。
快剪刀除辫，干牛肉作糇。
英雄一入狱，天地亦悲秋。
临命须掺手，乾坤只两头。
邹容在狱中和诗一首，题为《狱中答西狩》：
我兄章枚叔，忧国心如焚。
并世无知己，吾生苦不文。
一朝沦地狱，何日扫妖氛？
昨夜梦和尔，同兴革命军。
《革命军》与《驳康有为论革命书》当时被人称之为“双璧”，为了将“双璧”彻底砸烂，清政府不惜以沪宁路权作为交换，务必处二人死刑。1903年12月24日，清政府经与各国公使交涉后，达成判处“永远监禁”的协议。
在法庭上，法官宣布判决结果，称章太炎、邹容二人“谋危社稷”、“谋危宗庙”、“不利于国”、“不利于君”，例应“凌迟处死”；二人“妄布邪言，书写张贴，煽惑人心”，例应“斩立决”，现正逢慈禧太后70大庆，朝廷格外恩典，判决二人“永远监禁”。消息传出，舆论再次哗然。领事团和辩护律师均认为判决不妥，逼使租界宣布判决无效。