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价格是市场推动资源合理优化配置的重要手段，它能够通过信号传导调节供需，并引导资源的流向，提高资源配置效率，从而影响经济社会的正常运行。但市场本身并不完善，可能存在市场失灵和政府失灵，从而导致价格不能完全反映价值，产生价格扭曲。而土地征收补偿价格因为外部性和政府垄断的存在导致农地转用价格扭曲。土地征收补偿价格扭曲造成农地资源的低成本征用，形成政府的财政依赖，成为政府财政收入的主要来源，并刺激政府不断通过建设用地扩张来平衡财政，造成农地过度非农化，并加剧经济转型压力。
土地作为稀缺性生产要素，市场失灵造成的土地征收补偿价格扭曲机理主要表现在以下几个方面：
经济成长起飞阶段，由于国家采取的非均衡发展战略，在缺少资本原始积累的情况下，农业成为工业发展的重要支撑，通过对农产品价格的压制和抬高工业品价格，土地征收估算的土地价格被低估，造成价格扭曲。
农地资源具有多功能，除了经济产出功能，还具有生态功能，有助于维护区域生态系统的多样性，增强生态系统的稳定性。同时，在我国社会保障制度不完善和二元户籍制度的影响下，农地资源还充分发挥了社会保障的功能，是几亿农民和未完全融入城市的农民工的重要生活保障，也是可持续生计的依靠。另外，农地资源还具有公共安全功能，在城市就业容量减小，造成人口大量失业的时候，农村土地则发挥了就业蓄水池的功能，对于社会稳定有重要作用。在土地征收时仅仅只考虑了农地的经济产出功能，而并未对农地其他的功能进行定价补偿。忽视农地的多功能性是产生农地价格扭曲的重要原因，导致农地价格被严重低估，倍数法实施的农地征收补偿标准低于农地的实际经济价值。
我国实行的是城乡分治、政府垄断城市土地一级市场的土地制度。因此，土地征收过程中经常存在人为压低土地成本并高价出售的情况，被征地农民成为土地征收直接的利益损失者，而政府则成为农地转用收益最大的受益者。构建城乡一体化的土地市场、允许集体土地入市、完善土地权利和打破政府垄断格局是保障农民权益、提高资源配置效率的重要途径。
农地资源具有外部性是因为农地资源功能的多样性。如农地资源通过开发可以转为建设用地，而建设用地有多种用途，可以用作居住、商业、工业等，土地用途变更可以使农用地获得更高的经济效益，为使用者带来经济利益而具有价格。而为了新增这一收益，就需要对土地的使用权进行购买或转让，从而实现收益权的转移。但是农地资源的功能属性包含多样性，收益是经济产出价值，而这部分是能够在市场交易中显化，还有农地资源蕴含的生态价值和社会保障功能，这部分价值并没有通过市场交易体现出来，反映到农地资源的价格中，由此市场化交易中形成的农地价格被严重低估了，形成了市场价格的扭曲。而扭曲的农地资源价格，形成了农地资源的低成本，导致农地过度非农化，建设用地大面积扩张，土地粗放利用现象普遍存在，资源配置效益低下。
依据外部性理论，外部性的产生主要是由产权的不明晰造成的，因为明确界定产权是外部性内在化的重要途径，照此思路，克服农地资源外部性的重要方法就是对土地产权进行合理界定，明确产权归属，实施产权登记，而长期以来我国农地资源产权的重要特征就是产权模糊。将农地资源的社会收益和生态收益界定给某一行为主体，就可以促使这部分收益的内部化，而集体土地的产权归属在我国主要包括集体经济组织、农民个人，将其界定给不同的主体，产生的成本和收益存在差异。通过产权界定，可以有效缓解土地征收补偿存在的外部性损失问题，有助于保障农民利益，提高土地征收补偿成本，消除因为外部性产生的价格扭曲和市场失灵。
由于城市土地和农村土地分属不同的产权主体，因此，城镇化进程中城市建设所产生的土地需求必然要通过土地征收和集体土地所有权的转移来满足。
土地管理法规定的土地征收补偿主要依据产值倍数法，即前三年土地平均产出的多少倍，它既不是地租又不是地价，而且在农业发展呈现多元化的情况下，年平均产值既无法体现又无法衡量土地的稀缺性和真正价值。
政府在征地时压低对农民的补偿，转让时城市土地价格较高，一征一转产生的增值收益，成为政府财政收入的主要来源，并支撑了中国高速的城镇化和工业化进程，但却对农民利益产生损害。
以农村宅基地为例，1978年以来，国家从法律和制度上进一步强化了宅基地的集体所有制，对宅基地做出了严格的限制性规定，公民个人不能私自转让和买卖，但根据物权法规定农民对房屋等财产享有所有权，由此形成权利矛盾。我国农村宅基地类似于福利性质，居民无偿、无限期获得宅基地，获得房产价值和有限的产权，却只能自住而不能够自由处置房屋。这种封闭性的土地市场禁锢了资源的合理流动和高效配置，在城镇化快速发展地区，各种隐性不规范交易大量存在，产生诸如小产权房、城中村等弊病，农村地区建设用地使用粗放、布局散乱、土地利用效率极低。
二元土地制度把城市土地和农村土地截然分开，两种产权主体土地的法律地位并不平等，没有做到同地、同权、同价。根据《宪法》规定，国家为了公共利益的需要，可以对农村集体土地实行征收或者征用并给予补偿。但并没有法律对“公共利益”做出明确界定，导致“公共利益”范围过于宽泛，一些非公益性项目的土地征收也被视作公共利益项目，享受着同样的征地补偿标准。《宪法》一方面规定只有涉及“公共利益”的需要才能征用土地；另一方面又规定，无论公共利益还是非公共利益的土地需求，都必须通过征地权获得，使得“公共利益”征地制度被“虚置”了，征地范围被明显放大。
城市固有土地供应市场，是地方政府垄断下的非完全竞争市场，表现为单一供应对大量需求的垄断市场。城市固有土地的一级出让市场，政府是唯一拥有土地出让权利的主体。因此，在不完全竞争市场下，生产多少产品，供应多少数量完全由生产者或权利拥有者自己决定。城市固有土地供应中政府始终占据主导地位，使得土地出让市场成为非均衡市场。控制土地供应量，造成市场供需不平衡是政府推高土地价格采取的重要手段。当然，即使是垄断市场，价格也取决于需求，虽然地方政府作为土地的唯一供给方，可以调整土地供应数量来控制土地价格，但如果土地需求疲软，也无法形成高价格。而实际上的情况是，改革开放后，尤其是2000年之后，城镇化和工业化快速发展，投资需求旺盛，城市人口增加也带来了住房市场的火热，投资投机需求推动开发量持续上升，继而带动土地价格的攀升。
土地招、拍、挂制度。招、拍、挂制度规范了土地市场，避免了土地收益流失，但二元土地管理制度和招、拍、挂使地方政府成为土地市场的唯一提供方，土地供应计划也因此成为影响地价的关键因素。近年来，土地出让金及房地产相关税费收入成为地方政府收入的重要来源，“土地财政”的现象日益明显。在制订当年土地供应计划时，地方政府往往会根据地价等因素调整土地供应计划，以实现土地价值最大化，获取所需的土地出让金。
20世纪80年代中国开始实行对地方政府放权的财政包干体制，调节中央政府和地方政府的财政分配关系。然而，财权与事权不对称使得地方政府不得不寻求财政问题的解决之道，而城市土地市场制度的确立以及宪法规定的土地征收转用制度无疑为地方政府以土地换资本提供了机遇。“土地财政”应运而生，而所谓“土地财政”是指地方政府以土地出让作为手段，获得土地出让金、土地税费以及利用土地进行投融资的行为。
从统计数据看（表1-1），土地出让收益占国家财政收入的比重达5％以上，占地方财政收入的比重超过10％，而一些地方政府土地出让收益甚至占到财政收入的50％以上。土地出让收入与低价增长率、房价增长率以及GDP增长率密切相关（表1 2）。我国对政府官员的考核基本是以经济发展为主，从而使得城市政府一心想着做大GDP，因此，农用地被大量招收出让用于发展非农产业，招商引资，然而由于投资不足，许多城市土地利用效率低下，尤其是新开发区土地大面积闲置和低效利用，城市发展建设超出实际需求，造成土地资源的浪费和投资浪费，当前政府仍旧没有摆脱对土地出让的财政依赖，土地成为政府财政收入的主要来源。
表1-1 土地出让收益占财政收入比重
续 表
数据来自：中国国土资源年鉴，中国统计年鉴。
表1-2 2003～2011年全国土地出让收入与相关经济指标一览表
土地征收补偿标准低，使得政府加速以土地要素为依托进行资本运作，推动区域内基础设施建设，吸引投资。“十一五”期间，我国新增建设用地测算汇总为3774万亩，比《全国土地利用总体规划纲要（2006—2020）》安排的2726万亩多出1048万亩，其中城镇工矿用地2395万亩和农村居民点用地408万亩，均大大超出纲要安排的数量。“十二五”期间，我国新增建设用地3505万亩，在土地利用7279总体规划期内累计新增万亩，距《纲要》安排的2020年新增建设用地值仅有1496万亩的空间（表1-3）。
表1-3 十一五、十二五期间用地汇总（万亩）
城市用地规模增长弹性系数（城市用地增长率与城市人口增长率之比）是衡量城市用地集约程度的重要指标。从2000～2008年来看（表1-4），长三角城市用地规模增长弹性系数平均为1.23，接近世界公认的合理限度1.2。期间，2003年城市用地规模增长弹性系数最高达到4.1863，城市土地扩张的速度明显高于城市人口的增长速度。2005年后城市土地扩张速度开始低于城市人口增长速度，受空间发展限制和耕地保护约束，长三角可供新城扩张的土地越来越有限。
表1-4 长三角城市用地规模增长弹性系数变化
续 表
资料来源：根据中国城市统计年鉴2001～2009年整理。
此外，从城市扩张的格局来看，更多地体现了特大及大城市发展的导向。例如，从城市用地规模占城市用地总规模的比例来看，2000～2010年特大城市（500平方千米及以上）从2.45％增加到17.27％，大城市（200～500平方千米）从11.69％增加到21.67％，而中等城市（50～200平方千米）从38.13％下降到34.23％，小城市（50平方千米以下）从47.73％下降到26.83％。
因此，在新型城镇化战略下，如何更好地引导形成“控总量、调结构、优布局”的城市用地格局还需要有效的机制保障。
①价格扭曲不利于经济增长方式的转变。市场经济条件下，价格是资源配置与流动的重要手段，但是如果价格不能反映资源的稀缺性，对必然影响市场的运行效果，无法发挥市场的调节作用。长期以来，扭曲的土地资源价格为我国的工业化、城镇化发展奠定了重要基础，为一些经济效益低下的产业发展赢得了利润空间。然而也正是因为如此，大量的农地资源被占用，而经济运行有一定的路径依赖效应，无法在短期内进行转变。这种粗放式经济增长方式在现如今越来越受到资源约束，不可持续。如果我国农资资源价格扭曲的状况无法得到扭转，一直维持这种状态，则生产要素的低成本无法从根本上推动企业的转型，也不能给产业转型升级提供动力，粗放式经济增长方式还将持续，土地大量浪费、低效利用的现象将继续存在，影响社会经济的可持续运行。我国许多城市争相提出要建设国家化大都市，完全忽略城市发展的内部动力和实际，不顾一切做大城市规模，大面积圈占农村土地，造成城市内部土地利用率不高，荒废闲置土地较多，常见报道的鬼城即反映了这一现象，需求动力不足，开发的房地产销售不出去，大广场、大马路成为新城建设的重要象征。在城市内部土地并未获得高效利用的同时，新区建设却如火如荼。从1981～2015年的35年间，我国城市建成区面积和城市人口迅速增长，但建成区人口密度却不断下降，从1981年的每平方公里26849人降到2015年的19700人，降幅明显。
②价格扭曲造成开发区土地利用效益不高。土地价格的低成本是地方政府招商引资的重要筹码，降低了工业准入门槛和生产成本，为利润薄弱、效益低下的生产企业赢得了空间，快速推动工业化发展。以开发区为载体的生产空间组织模式，有助于建立企业之间的生产协作关系，构建循环经济，节约基础设施投资费用和垃圾处理费用，减少交通运输距离，从而节约成本，提高效益，减少污染，统筹安排工业布局，减少不必要的土地浪费。但由于对工业园区建设、管理经验不足，城市政府只满足于填充式的发展，通过招商引资尽可能地将工业园区填满，呈现繁荣的景象，而对于引进工业企业的生产效益是否和符合本地产业发展实际等并不在意，园区单位土地上的投资额不足，效益低下，无法城市的经济增长空间。地方政府在开发建设中大多选择外延式的发展道路，造就了很多超大型开发区。国外开发区的规模大多为1 km 2 ，据对世界上22个国家和地区的33个出口加工区的统计，占地1 km 2 以上的仅有1／4。其中，我国香港三个工业区平均规模为0.76 km 2 ，台湾工业区平均规模为2.38km 2 。而我国大陆开发区用地规模都较大，国家先后6次共审批了222个国家级开发区，累积审批用地2323.42 km 2 ，平均每个开发区占地10.47 km 2 （表15），远大于其他国家或地区开发区的平均规模。一些开发区由于资金问题，开发程度低下，土地投资密度和经济产出效益不高。
表1-5 第1～6批国家级开发区数量及规模
③价格扭曲不利于产业结构优化。较低的土地成本加上地方政府对GDP的追求，使得各地在招商引资中过度压低土地价格，降低企业生产成本，各地之间不是在竞争而是在竞次，根本不顾企业的生态环境效益和经济产出效益，产业发展存在显著的低水平重复建设，不利于资源的优化配置和合理流动，经济运行效率不高。
④隐性土地交易市场存在。长期以来，我国沿用的城乡二元土地制度，使城市土地和农村集体土地处于不平等地位，农村集体土地的产权受到严格限制，不允许向城市居民出售，也不允许私自转为建设用地，即使集体土地被征收，其和国有土地的交易地位也不同，两者之间权利关系的差异体现在收益上的不平等，城镇化进程中土地征收对农民利益的剥夺是显性的。而正是两个权利的不对等和收益的巨大差额使得许多农村集体和农民私自变更土地用途和改变土地利用强度的现象普遍存在，产生诸多灰色市场，表现为集体经济组织避开土地征收环节，将内部的农用地转为建设用地进行商品房开发、招商引资等。
⑤侵害农民权益。在缺少原始资本积累的背景下，支撑中国近30年工业化和城镇化高速发展的重要推动力量就是建立在“经营土地”策略上的资本运作。土地的市场化改革和福利分房的取消，释放了住房需求，房价高企进一步推高地价。基于土地的财富效应使地方政府摆脱了发展困境，基础设施和公共服务水平全面提升，并通过税收优惠等支持了工业的快速发展。但是长期沿用的土地征收补偿模式却对农民造成利益损害，按照土地管理法的补偿标准和土地的市场价格之间存在巨大的差额，农民所获得的收益仅仅是土地出让金的极少部分，而且大部分还被集体经济组织占用，失地农民是城市城镇化和工业化的牺牲者。随着农民权利意识的觉醒，因为不满足土地征收补偿而发生的征地冲突越来越多，征地矛盾已成为当今社会发展的主要矛盾，严重影响社会稳定。根据中科院的测算，25年间我国共征收土地约一亿亩，而按照10万元／亩的标准计算，农地转用为城镇化发展提供了约十万亿的资本，而农民可能只得到其中的二十分之一，土地价格剪刀差成为剥夺农民利益的重要手段。