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结识欧力士的宫内义彦之后，我的上述想法变得更强烈了。众所周知，宫内先生推行先进的经营改革策略，在当时的日本属于对公司治理造诣颇深的专家，因此我一直期盼有机会和他交流。1998年，这一夙愿在猎头公司“THE R”的奥谷礼子社长的引见下得以实现。
大概是因为我满怀热情地谈论着公司治理的重要性，宫内先生看起来很感兴趣，向我提议：“不妨在欧力士内部设立基金，一起试试公司治理。”在欧力士这样的大企业中，在有一定规模的资金保障的前提下推行公司治理的理念，这个建议很诱人。但我在通商产业省这个政府机关里不顾一切地工作了16年，辞职后不想听从任何人的指挥，只想追求自己心目中的理想目标。正因如此，我对成为欧力士的员工、根据公司指示经营基金是有所抵触的。
当我把这个想法坦率地说出来后，宫内社长说：“如果你想自己经营基金，我们欧力士可以略尽绵薄之力，但你必须要有靠自己筹到全部资金的魄力。总之可以试着拿出几千万日元开个公司，再试着推行公司治理制度。”
想来宫内先生是认为我靠自己的能力筹资、设立自己的基金、随心所欲开展经营活动的想法很难实现。但即便如此，他也劝我试一试，这对我来说是莫大的鼓舞。
第二年，也就是1999年夏天，我正式告别通商产业省，和欧力士共同出资成立了M&A咨询股份公司，也就是之后的“村上基金”。起初的股东持股比例是我占49%，欧力士占45%，其他志同道合的朋友仅占几个百分点。坦率地说，我在成立M&A咨询之初，并没有想通应该如何改变日本的股票市场、这一市场究竟能否改变，而只是希望通过向企业提建议、提供咨询服务的方式让公司治理的理念走进日本。那时，我并没把设立基金作为大前提，因此公司的名字中也没有出现“基金”，而只是“M&A咨询”。
我将家里的一部分改为办公室，公司起初只有两名副社长、一名秘书、一名会计，规模很小，但我的热情很高，只要是和公司治理相关，我愿意做一切尝试。
我接手的第一个大案子是东急集团的重组咨询。东急集团的人听说我辞职之后找到了我。他们的诉求主要是和另一家咨询公司——贝恩咨询共同探讨东急集团理想的发展方式，我们M&A咨询主要负责股票市场方面。
东急集团的核心竞争力在于其铁路产业及铁路周边的房地产业，但近年来，其业务范围渐渐扩大到酒店、百货商店、电影院、东急手创馆（Tokyu Hands）等领域，子公司业已走上上市之路。为满足企业活动需要，整个东急集团的借款越来越多。伴随着经营情况恶化，仅是利息的负担就压得公司喘不过气来。而铁道产业收益稳定，不需要新的投入。因此，东急集团的核心公司——东急电铁很难为追求利益而推行大胆、激烈的改革。此外，集团公司以“东急”为名，如何维系“东急”的品牌价值也成了一个难题。当时，东急电铁的市值低到只有2000亿～3000亿日元。
当时我的公司，一边靠咨询业务赚钱营生，一边为设立基金而奔走筹资。因为是没有投资业绩的基金，筹资非常难。我相继拜访了此前结识的熟人，想着“我要改变日本，我要打倒既得利益”，一腔热情地东奔西跑，不断地解释何为公司治理，请求对方出资。基金的目标规模是30亿日元，而我期望这一数字最好能达到50亿。投资对象是市值50亿～100亿日元的公司。如果出资者过多，投资者报告会很难做，我将投资金额定为每笔1亿日元。最终，有大约20位通商产业省的同事和前辈们表示“1亿日元太难了，但我想分享你的理念”，我便将每笔的金额定为1000万日元，共筹到1亿日元，成立了子基金。朋友们还为子基金继续设立孙子基金，每笔100万～500万日元，8位朋友共筹到了2000万日元资金。在奔忙的筹资过程中，他们的帮助让我心里很暖。
日本银行原总裁福井俊彦先生就是向子基金出资的其中一位。福井先生担任富士通综合研究所理事长期间，我曾与他有过业务联系，他也对我厚爱有加。在基金设立之初，他提出“虽然数目不多”，但愿意为我投资，甚至答应加入顾问委员会。除此之外，福井先生为了让我在设立公司之初得到更多的建议，为我引见了三井住友银行的西川善文行长、安田信托银行的笠井和彦董事长等四位银行经营者。
但到了2006年，在村上基金的内幕交易案件中，时任日本银行总裁的福井先生因曾向我的基金投资而被传唤到国会作证，最终所有的本金和分红都捐给了日本红十字会。我至今仍对此事抱有歉意——给曾经的恩人添了这么大的麻烦。听说我在通商产业省的同事们也接受了人事部门的种种调查，即便这样，他们在审判时还是提供了陈情书，为我的人格担保，我的心中满是抱歉和感激之情。
“The R”的奥谷社长为我引见了欧力士的宫内董事长，这成为鼓励我创业的一大动力。奥谷社长曾说过：“为了庆祝你创业成功，我愿意为你介绍三个人，首相也可以，企业家也可以，你提提看。”我请她为我介绍三位大学师兄，他们也是著名的实业家。
第一位是日本麦当劳的藤田社长。他说：“你这家伙有意思，1亿日元就够了吗？我现在就给你开支票。”后来他经常因为一些风险投资之类的案子联系我，然后就断了联系。我事后才知道，藤田社长好像生了重病，没机会见上一面就去世了。听说他曾对周围的人说过：“我还想见那小子一面。”而我却一次都没能去看望他，至今仍感到特别后悔。
第二位是Saison集团的董事长堤清二先生
。我曾有幸和他一起吃过几次饭，餐桌上的他没有了经营者或小说家的架子，而是很绅士、很耐心地和我交流。
第三位是利库路特（Recruit）公司的江副浩正先生
我本想向他咨询许多关于创业的问题，但他说：“我还在接受审判，没有什么能指导你的。”于是，我们只是闲聊了一阵。2005年，我买了江副先生卖掉的利库路特股票，成为公司最大的个人股东，也算是一段渊源。
在这些人士的鼎力相助下，我的一号基金以38亿日元成功启动。作为一家没有投资业绩的基金，我至今不敢相信能筹募到这么多资金。大概是因为希望日本股票市场发生改变的人有很多，而他们对我有所期待吧。就这样，在基金设立初期，我一边为设立下一项基金继续走访投资家们，筹集资金，一边向出资人汇报投资结果，体验这个循环往复的过程。
和出资人的饭局经常排到每晚5点、7点、9点三场。即使是之前已经吃过饭了，为了不在同桌的出资人面前失礼，我还是会吃掉所有的饭菜，然后在厕所里吐出来——虽然这么做有些对不起厨师。之后再参加下个饭局，全部吃掉再全部吐出，最后奔向最后一个饭局，这就是我每晚的状态。虽然每晚吃三顿饭，但体重还是慢慢下降，现在想起来，那段时间没有生病还真是个奇迹。当时，我一门心思地想通过我所投资的企业来证明严格遵守商法、公司法规定的好处，并将其推广开来。“我或许可以改变日本，不管怎样我都要做到”的坚定决心激励着我，即便每天忙得团团转，我也完全不觉得累。
基金启动的时候，东急集团的咨询工作已经结束了。当我从投资案例的角度重新审视东急集团时，发现它的子公司东急酒店是一个极好的基金投资对象。我把想法知会了东急电铁，然后开始购买东急酒店的股票。当时东急酒店的市值约100亿日元，而仅仅是他们在赤坂的大楼就值500亿日元左右。因为有持股20%的大股东东急电铁的存在，东急酒店股票的流动性很弱，股价始终处于偏低的水平。
在我开始投资并成为大股东之后，我见到了东急酒店的社长，在赤坂的酒店开了几次会。我提出了一个构思良久的方案，就是继续通过基金募集投资，我自己也可以再借一部分资金，买下东急酒店的全部股份，然后让其退市，最终变成基金的私有企业。当基金持有的股票数量逐渐接近东急电铁的时候，东急电铁的社长主动提出要见我。东急酒店的社长似乎是东急电铁常务董事空降过去的，在经营上很难做出重大的决断。
正如我之前所说，当时的东急酒店既不需要筹集资金，也没有上市的必要。与其保有的资产相比，它的股价一直被低估，这不应该是一家上市公司的样子。为此，我向东急电铁的社长提出了包括通过TOB获得所有股份在内的多个提案。
最终，在我成为大股东约一年之后，2000年12月，东急酒店的股票通过股票交换成为东急电铁的股票。我的基金投资得到收益，东急酒店也成了一家正常的企业。这只是其中的一个案例，我投资的大多数上市企业最终都通过经营整合等方式退市。有这样的成果，是因为我始终彻底坚持上市的意义和上市企业应有的状态，这在一定程度上推动了整个市场的健康发展。