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日本经济近代化始于19世纪60年代。明治维新后，日本开始从西方发达国家引进、移植近代技术与制度，实行殖产兴业的政策。经过半个多世纪，到第二次世界大战爆发前，日本已经建立了较为稳定的管理通货制度和完善的金融体系。
在货币制度方面，明治政府于1868年在东京和大阪等地设立了八家兑换行，它既有商业银行的性质，又被赋予发行银行券的特权。但不兑换纸币的大量发行使之陷于困境，未经数年大部分停业。明治政府仿照美国，试图通过设立国立银行来整顿金融秩序。1872年颁布了《国立银行条例》，第二年又制定了《可兑换金币公债发行条例》，两条例规定：“国立银行允许自由成立，其资本金的60%可用政府纸币支付，银行将它交给政府换取等额的公债券，而后以公债券为抵押从大藏省获得等额的银行券的发行权；资本金的40%以金银通货支付，充当兑换的准备。”但由于政府纸币发行速度持续增长，使纸币价值低于铸币价值，引起挤兑现象；另一方面，1877年日本国内西南战争爆发，滥发纸币造成恶性通货膨胀，这使明治政府财政陷入危机，也阻碍了近代工业化的发展进程。整顿币制，建立正常的兑换制度迫在眉睫。1882年6月，明治政府颁布了《日本银行条例》，日本银行作为中央银行宣布成立，其目的不仅局限于整顿币制，也在于逐步完善以中央银行为核心的银行体系及信用制度，以保证殖产兴业政策的实现。1883年日本修改《国立银行条例》，它规定“国立银行从获得开业执照之日起满20年营业时即改为私人银行”，这样逐步将银行券的发行权集中到中央银行。1885年日本银行开始发行可兑换银币的银行券。中日甲午战争后，日本政府利用巨额赔款于1897年颁布《货币法》和《银行券条例修改法》，建立了金本位制度，从1899年起日本的货币被统一为日本银行发行的银行券。
在金融组织体系方面，明治政府最初设立了兑换所，其资金的大部分是不可兑换的政府纸币构成的政府贷款，兑换行在政府的保护下向贸易和生产提供大量的短期资金。1872年日本设立了国立银行，同时，地主和商人陆续成立了经营银行业务的公司，当时称为“类银行公司”。也有一些名为银行的私营金融机构成立，这促使政府加速金融法制化的进程。1890年日本颁布了《银行条例》确立了普通银行的法律性质，普通银行获得迅速的发展。不久许多“类银行公司”改制成为普通银行，早期设立的“国立银行”也陆续转为普通银行。
与普通银行同时发展的还有储蓄银行，1874年明治政府颁布《储蓄规则》，开始兴办邮政储蓄，1890年颁布《储蓄银行条例》，成立了日本第一家专业性的储蓄银行。同一时期，保险公司、信托公司及其他民间金融机构也逐步建立。1881年成立了最早的灾害险公司和人寿险公司；1906年成立信托公司；1900年成立了信用组合制度；1901年在城市设立了互助性质的“无尽”组织。另一方面，在这一时期日本也建立了一些受政府保护的特殊金融机构，它们大多提供长期商业融资。主要有1880年成立的横滨正金银行，从事国际金融业务并对抗外国银行势力；1897年成立的日本劝业银行，为不动产提供抵押贷款；1900年成立的北海道拓殖银行；1902年成立的日本兴业银行，向产业提供长期资金的债券发行；此外还有日本的海外殖民地银行，如朝鲜银行和中国台湾银行。随着金融组织的完善和发展，金融市场也逐渐形成。日本的短期金融市场是在票据交换制度的基础上产生的；殖产兴业政策下，日本建立了公司制度，1878年根据股票交易所条例设立了东京、大阪股票交易所，从事国债和股票的交易。但大企业发行的股票往往被同一财阀内部的企业所控制，而事业债又几乎为银行和信托公司所垄断，证券市场规模狭小，市场功能发挥不大。
1897—1931年是日本金融制度的发展和完善时期，在这一阶段日本作为日俄战争和第一次世界大战的战胜国获得大量的硬通货，日本银行面临如何调整货币资金的问题，1919年引入银行承兑票据的再贴现业务。为确保金融制度的稳定性，当局实行银行合并的政策，1927年制定了《银行法》，规定了银行资本的最低限度、业务范围、资金运用的限制以谋求普通银行的健全化，这样普通银行的数目大大减少，大银行确定了支配地位。同时1921年颁布了《储蓄银行法》，储蓄银行或与普通银行合并或改为普通银行，数目大幅度减少但业务更为规范。在其他民间金融机构方面，20年代日本颁布了信托法、完善了信用组合制度、制定了《无尽业法》，特殊银行的业务也有了较大的发展。在金融市场方面，由于出口业务的增加，短期资金的供求增加，短期金融市场异常活跃，交易方法日趋完善。在长期金融市场方面，第一次世界大战后，日本重工业迅速发展，大企业通过发行债券大量筹集资金，到1928年形成公司债券的黄金时期，公司债的发行余额超过股票。
1931—1945年是日本发动侵略战争和战败投降的时期。在这一时期，随着国际金融形势的变化，日本放弃了金本位货币制度，转向管理通货制度，实行低利率政策，并制定了严格的外汇管理法。1937年中日战争全面爆发，日本经济由准战体制转为战时体制。一方面，1941年政府改组日本银行，日本银行要按照政府的意图来调节货币金融，同时还须向政府提供无限制、无担保的贷款；另一方面，政府着手加强民间金融机构的合并并强化对其的统治，普通银行的数目进一步减少，确立了一县一行制，普通银行中的都市银行逐步沦为军需融资机构。对特殊金融机构也强化了统制，日本兴业银行成为重要军需资金供给者，日本劝业银行吞并了农工银行，设立了农林中央金库和商工组合中央金库，此外还成立了一些特殊机构来满足战争需要，如战时金融公库、共同融资银行、资金统合银行等。短期金融市场受到抑制，证券市场根据临时资金调整法，对公司的设立、增资、发行企业债实行强化管制，强调了排除投机、为重点产业动员资金的机能，证券市场的发展受挫。
第二次世界大战结束后，日本的政治、经济、社会制度面临着巨大的变革。在美国的指导下，日本对其金融制度进行了全面的改革。1948年8月联合军司令部非正式提出了“有关根据新立法对金融机构实施全面改革的备忘录”，提出了重建完善的金融制度的改革方向。第一，日本银行于1949年成立了“政策委员会”，作为最高决策机构使中央银行向自主性、独立性迈进了一步；第二，确定了都市银行和地方银行为主的普通银行制，即少数大银行发展为都市银行，战时形成的一县一行改称为地方银行；第三，对战时建立起来的特殊金融机构进行解体，1945年关闭了日本的海外殖民地银行，横滨正金银行关闭后改为东京银行，转为普通银行（1954年转为外汇专业银行），日本劝业银行和北海道拓殖银行成为普通银行，日本兴业银行成为从事中长期业务的银行；第四，在其他金融机构中，改组成立了信用金库，将“无尽”组织改为“相互银行”，成立了“农林中央金库”；第五，设立新的政府金融机构，为促进经济的复兴，战后成立了“复兴金融公库”（1952年解散），50年代为补充民间金融机构资金力量的不足，许多政府金融机构重新创立，包括两家银行、十几家金融公库和公团、事业团等。
在战时和战后持续不稳的短期金融市场，从1950年起重新活跃起来，政府公布了《证券交易法》（1947年）和《证券投资信托法》（1951年），规定只有证券公司才能经营证券业务，1949年批准开放了9家证券交易所，其中在东京、大阪、名古屋3家交易所可进行全国性的证券买卖交易，实现了证券市场的规范化，1949年重新开始了公司债的发行。1954年，日本实行了金融和证券自由化的政策，进一步加强金融机构和证券市场的竞争力，大大推动了证券市场的发展。
第二次世界大战后，随着经济环境的变化，日本的金融制度进行了重新组建，它既是经济发展的必然结果，也是经济发展的重要保证。
20世纪50年代到70年代前期是日本经济的高速增长时期，这一时期内日本金融制度发生了进一步的变化。第一，日本银行的货币政策手段进一步完善，1957年开始采用存款准备金政策，灵活使用贷款政策，补充性运用窗口指导，1962年进行债券的公开市场操作；第二，都市银行在高速增长时期起了主导作用，一县一行制的地方银行成为区域性的核心金融机构，并开始向中心城市扩展；第三，以信用金库等中小企业金融机构为中心的其他民间金融机构和保险公司、储蓄机构得到惊人的发展；第四，日本政府实行限制证券市场发展的政策，如对企业发行债券在资格和数量上进行严格审查，规定企业增发新股要按票面价格等，实际上不鼓励企业直接从证券市场上筹资，企业不得不依赖长期信用银行。
这一时期的显著特点是金融领域内严格的限制性措施，政府实行长短期金融分离、银行业与证券业分离、银行业与信托业分离、国内金融市场与国际金融市场分离的政策，同时对存款利率、长短期贷款利率和债券发行利率进行直接控制。这时的金融制度起到了聚集资金、保证重点产业需求、促进经济增长的作用，也兼顾中小企业和落后地区的资金需求。
20世纪70年代以后日本经济进入稳定增长时期，其经济结构已发生了重大的变化，而在战后建立起来的金融制度下，政府对金融业进行严格的限制，各种金融机构的业务领域相互分离，影响了资金的运用效率，金融业开始新的变革。表现在：第一，日本逐步实现了利率自由化，首先参照二级市场的价格确定国债的发行价格，实现了有价证券利率的自由化，随后对新型金融工具如大额可转让定期存单、投资基金等实行自由利率，最后在80年代末放开对存贷款利率的控制；第二，金融制度转向综合化，各金融机构突破原有的专业化分工，开始经营多种金融业务，金融工具和金融交易方式呈现多样化的趋向；第三，金融市场自由化，80年代放松了对证券市场的限制，取消了外汇管制，允许外国金融机构进入日本，日元实现了国际化；第四，日本金融机构向国际化方向发展，在国际金融领域占据重要的地位。
以往，日本“护送舰队”和“三大分离”的管理模式在抑制过度竞争、减少金融秩序混乱方面具有十分积极的意义，尤其是在战后资金匮乏的年代，这种以安定为最大使命的金融制度为日本经济的复兴作出了很大的贡献。但随着日本经济走向成熟化和国际化，日本金融制度缺乏透明度、对金融机构监管不严等弊端逐步显露出来。1986—1990年，大量银行资金流入股票和房地产市场，助长了日本泡沫经济的膨胀，而随后资产价格的暴跌，造成金融机构庞大的不良债权（官方披露为50万亿日元），大量的金融机构陷于破产、倒闭。
为克服当前的金融危机，解决不良债权问题，1996年11月，日本桥本内阁通过了题为《我国金融制度的改革——2001年东京市场的复兴》的改革方案，决定加速推进包括进一步实现金融自由化在内的全面的金融制度的改革，将2001年作为改革的最后期限。其原则是自由、公平、国际化，目的是促使以间接金融为主的日本金融市场向以直接金融为主的欧美模式转化。改革涉及以下四个方面：
第一，修改1942年通过的《日本银行法》，加强其独立性和决策的透明度；在大藏省下设立金融监管局，专门负责对金融市场和机构的监管。
第二，金融组织形态的自由化，改革原有的分业管理体制，废除外汇银行制度，取消普通银行与信托银行、长期信用银行的业务差别，解除对证券公司业务的限制，允许各金融机构通过直接扩大主营业务范围或间接控股参与的方式，相互渗透，加强竞争，提高效益。
第三，市场制度与交易规则的改革，如股票交易手续费的自由化，修改金融税制与会计制度，券商资格由许可制改为注册制，鼓励证券商之间的竞争等。
第四，推动金融产品的创新，如在国内业务方面允许设立综合账户和包揽账户，允许设立私募基金和公司型基金，允许开设私人银行业务，为个人从事资产运营管理。在外汇业务方面，1998年4月实施新的《外汇法》，外汇兑换业务完全开放，内外资往来自由化。
但是，到此为止，日本的金融制度改革并未实现推行金融自由化、彻底实行金融大改革、强化东京国际金融市场及增强金融机构的国际竞争力等预期目标。
2002年，小泉首相和竹中大臣推行的“激烈”的金融结构改革，可以说是源于1996年桥本内阁时期的“日本版金融大爆炸”。小泉内阁实施的金融结构改革与“金融大爆炸”的区别在于前者的金融结构改革对金融业乃至全社会都形成了巨大冲击，即所谓的“竹中冲击”。
“竹中流”的金融结构改革实际上是通过处理不良债权，把日本民间的和国有的金融机构来一个彻底洗牌。按照“适者生存”“强者生存”的市场规律进行优胜劣汰的选择。“竹中流”金融结构改革的重点包括两点：一是加速银行不良债权处理，实现民间银行再建；二是改革公共融资体制。
从改革两年后的日本经济表现来看，作为政治改革，小泉实施的结构改革无疑是有效的，而他的金融制度改革却没能成功。不仅如此，金融危机反而加深了：一方面，政府为推进金融改革，对银行进行了特别检查，为测定不良债权数额，制定了严格的审查标准。中小金融机构的破产增加，不良债权处理的问题日趋严重，银行担心被国有化的程度加深。另一方面，通货紧缩的不断加剧带来的是日本经济的进一步混乱，股价持续下跌，市场对经济和金融改革的评价不容乐观。
日本的金融组织体系包括中央银行、各类商业银行、专业金融机构等在内的5个部分组成，其体系架构如图1-3所示。
图1-3 日本的金融组织结构
日本银行为日本的中央银行，成立于1882年，其总行设在东京。日本银行私人持有的股份占45%。日本银行的总裁、副总裁由内阁任命。日本银行的最高决策机构为政策委员会，其成员由日本银行总裁、财务省（2001年4月前名为大藏省）、经济企划厅及都市银行、地方银行、工商业和农业的代表共七人组成，它负责货币政策的制定和实施。日本银行对于政府具有相对独立性，它要接受政府一定的监督和指导，但在制定和实施金融政策方面具有较大的独立性。
在日本，属于商业银行性质的金融机构主要是都市银行和地方银行，它们构成了民间金融机构的主体，日本的银行法中称其为普通银行。根据经营规模和经营状况，商业银行可以分为都市银行、地方银行和第二地方银行。都市银行规模较大，总行设在大城市，在全国范围内经营，多由旧财阀体系的银行和过去的特殊银行、地方银行发展而成，目前共有三菱东京UFJ、瑞穗、三井住友、理索纳、琦玉理索纳5家；地方银行总行设在都、道、府、县内的中心城市，大部分规模较小，期存款以储蓄存款为主，贷款对象以中小企业为主，目前共有64家；第二地方银行，即原来的日本相互银行，主要从事面向个人及中小企业的金融业务，目前加入第二地方银行协会的银行共有41家。
由于日本金融体系实行分业化经营，其专业性金融机构十分庞大，主要有三类，即长期信用金融机构、中小企业金融机构和农林渔业金融机构。
目前日本的信托银行有4家，即三菱东京UFJ信托、瑞穗信托、三井住友信托、野村信托，它们以提供长期贷款为主。中小企业金融机构包括信用金库、信用组合、劳动金库和商工组合中央金库，它们的共同点是以中小企业为主要融资对象。农林渔业金融机构有农林渔业中央金库、农业协同组合。
此外，日本原有专业的外汇金融机构即东京银行，长期以来，东京银行是唯一日本政府外汇存款的银行，也是政府对外金融业务的代理机构，1996年与三菱银行合并成三菱东京日联银行（2006年3月，东京三菱银行与日联银行合并成为三菱东京日联银行）。
它们的共同点是不吸收存款，而是通过发行证券、保险单或从银行贷款来获取资金，但资金运用差别很大。它们也被称为非银行金融机构。种类有证券投资信托委托公司、保险公司、住宅金融公司、消费者信用机构、风险资本公司、证券公司、证券金融公司和短资公司等。
日本的政策性金融机构十分发达，分工较细，它向民间金融机构无意提供资金或资金投入不足的领域进行融资和担保，从而保证社会经济的正常运转、国民生活的安定。20世纪90年代中后期起，日本对政策性金融机构进行了大规模改革，一方面在部分公益性较强、风险评估较困难的领域保留政策性金融机构，但缩小规模；另一方面按合并、解散或私有化方式进行改革，以提高效率，减轻财政负担。主要举措：一是1999年日本开发银行与北海道东北开发公库合并，成立日本政策投资银行（DBJ）；日本输出入银行与海外经济协力基金合并，成立日本国际协力银行（JBIC）；国民金融公库与环境卫生金融公库合并，成立国民生活金融公库；将中小企业信用保险公库与中小企业综合事业团合为一体。二是2007年将住宅金融公库与住宅融资保证协会合并；2008年将公营企业金融公库撤销；将日本国际协力银行与国民生活金融公库等4个公库合并，成立日本政策金融公库；启动了日本政策投资银行和商工组合中央金库的私有化，拟于2015年完成。
日本金融制度的最高决策层是财务省和日本银行，财务省主要通过行政手段管理金融体系，而日本银行则采用经济手段进行管理、调节和监督。在法律上，日本银行隶属于财务省，为实现日本银行的目标，财务大臣在认为特别必要时，可对日本银行发布一定的业务命令。但实际上并不这样做，政府在货币政策委员会中的代表也无表决权，日本银行具有较高的独立性。
日本实行的是单元多头（也称单线多头）金融监管体制，即银行的监管权集中在中央，地方没有独立的权力，在中央这一层次上由两家或两家以上监管机构共同负责的监管模式，反映这些国家权力集中的特性和权力制衡的需要。以1998年通过的《新日本银行法》为新的起点，日本开始对其金融监管体制进行大幅度的机构调整和改革。
在日本金融体系中银行业占据支配的地位。日本经济高速增长时期，为支持输出、投资为导向的经济倍增计划，对金融业实行低利率及业务分离的政策，以降低融资成本，防止金融业的过度竞争，但同时也使债券市场和股票市场发展受阻，从而形成发达的间接融资体制。特别是20世纪60年代，通过间接融资提供的资金占企业资金需求的93%左右，到80年代前期仍占87.1%，80年代中期，日本对金融业的限制开始放松，但长期形成的间接金融占优势的特点并未发生根本性改变。
日本近代化过程中，政府对银行制度采取按资金需求分业设置的原则，形成了民间金融机构各自独特的业务领域。
银行业与信托业、证券业相分离。普通银行不能办理任何信托业务，由1952年成立的信托银行办理现金信托、证券信托和贷款信托，同时，战后禁止普通银行办理除国债、地方政府债券和政府担保债券以外的所有证券业务，一般证券业务由证券公司经营。
长短期金融业务分离。1890年日本银行条例将普通银行定为商业银行，从事短期融资，又设立劝业银行、兴业银行等特殊银行从事不动产抵押等长期金融业务，目前日本的长期金融业务主要由信托银行从事。
民间金融机构的服务对象有明确的分工，表现在：一是城市与地方金融相分离，都市银行主要对全国和大城市提供金融服务，而地方银行则提供区域性金融服务；二是大企业与中小企业金融相分离，都市银行、长期信用银行和信托银行主要面向大工商企业，而中小企业则由地方银行、专业性的金融机构及政府金融机构提供融资；三是工农业金融相分离，对农、林、渔业的资金融通由专设的民间和政府金融机构负责。