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乾隆皇帝为了保存《四库全书》，建造了南北七阁，第一部《四库全书》贮藏在北京紫禁城之内的文渊阁，而其他六部则分别贮藏在奉天故宫内的文溯阁、京城郊外圆明园里的文源阁、承德避暑山庄内的文津阁、扬州大观堂的文汇阁、镇江金山寺的文宗阁以及杭州的文澜阁。
《四库全书》在刚刚完成的那段时间内被保存完好，但随着清朝的衰落，《四库全书》开始面临各种危机。七座藏书楼中有六座名字中都带有三点水偏旁，因为书籍怕火，所以藏经阁的名字中大都带有水，有些风水学的道理。但是却有三座因为大火而被焚毁。目前，《四库全书》只有三部被完整保留下来，分别是现在贮藏在北京的文津阁本、兰州的文溯阁本以及台北的文渊阁本。而文源阁本、文宗阁本、文汇阁本以及文澜阁本都已损毁不全。下面要说的，便是七部《四库全书》的“前世今生”。
第一部是藏在紫禁城的文渊阁本。文渊阁位于北京故宫文华殿后，建立之初就是专门用来贮藏《四库全书》的，第一部《四库全书》编纂完成后就存放在这里。清朝灭亡后，紫禁城文渊阁本一直由故宫博物院保管。1933年春，日军占领热河，北平的形势十分危急，于是故宫博物院就将文渊阁本以及其他历代文物南迁，运到上海。抗日战争全面爆发后，文渊阁本几经辗转最后被运到四川。抗日战争胜利后，又被运至南京。解放战争末期，国民党从大陆撤退的时候，也没有忘记带上这部《四库全书》，因此，现在该书贮藏在台北的故宫博物院。
第二部是圆明园的文源阁本。文源阁坐落在圆明园“水木明瑟”景点的北面，文源阁本《四库全书》在清乾隆四十八年（1783年）编纂完成并藏于此。咸丰时期，英法联军入侵北京，大肆掠夺圆明园内的财物并放火烧园。使得文源阁本《四库全书》化为灰烬。今天，文源阁遗址也已经寻不到了。
第三部是承德的文津阁本。乾隆三十九年（1774年），乾隆皇帝开始在承德避暑山庄修建文津阁。乾隆四十九年（1784年），四库全书入藏。1914年，该书由北洋政府运回北京，藏在文华殿古物陈列所内。1915年又转移到京师图书馆，该图书馆是今天国家图书馆的前身。据说，乾隆皇帝在承德避暑山庄避暑期间，经常会翻阅《四库全书》，在阅读过程中经常会发现一些错误。乾隆皇帝退位之后，总纂官纪晓岚在避暑山庄居住了相当长一段时间，他对文津阁本进行了重新校对，发现错误后命人重新抄写。所以，相对于其他六部，这一部《四库全书》保存得最为完整，质量也最高。
第四部是沈阳的文溯阁本。文溯阁坐落在辽宁沈阳故宫内，该建筑别具一格，是中国建立在宫廷中的最大的一所图书馆。乾隆四十七年（1782年），第二部《四库全书》抄录完毕后，就被送到了文溯阁，后又辗转了很多地方。
1914年该书运到北京，贮藏在保和殿。1925年，沈阳教育界人士准备建造新的图书馆，向北京国民政府申请归还此书。遗憾的是，1931年，“九一八”事变爆发，东北沦陷，从北京运来的图书不久便落入日本人手中，日本人还曾经假借“国立图书馆”的名义称“代为保存”。1945年第二次世界大战结束，日军投降，文溯阁本《四库全书》又回到了中国人民的手里。1966年，中苏关系处于紧张时期，为保护《四库全书》的安全，政府将其从沈阳秘密运送到兰州。后来，沈阳有关人士要求归还，但兰州方面却不愿意，希望在甘肃也能修建藏书楼收藏这部书。目前，这部《四库全书》的最终归属仍然处在争议之中。
第五部是镇江的文宗阁本。文宗阁坐落在镇江金山寺，清乾隆四十四年（1799年），镇江藏书阁建造完成，《四库全书》便贮藏在其中。在道光二十二年（1842年）第一次鸦片战争中，文宗阁的《四库全书》遭到英军破坏。咸丰三年（1853年），太平军攻入镇江，将文宗阁中的文物及《四库全书》一同焚毁。
第六部是扬州的文汇阁本。文汇阁坐落在扬州天宁寺西园大观堂，文汇阁又名御书楼，是南北七阁中最年轻的，乾隆四十五年（1780年）建成，但在咸丰四年（1854年），太平军占领扬州，文汇阁中所藏《四库全书》被付之一炬。
第七部是杭州的文澜阁本。文澜阁坐落在西湖孤山南麓的省博物馆内，是“南三阁”中仅存的一阁，乾隆四十八年（1783年）建成。咸丰十一年（1861年）时，太平军攻下杭州，文澜阁的图书大量丢失。藏书家丁氏兄弟收集残余，只收得八千多册，但仅仅只有原书的四分之一。同治三年（1864年），太平军退走，丁氏兄弟不惜花重金从民间收购散落的书籍。光绪六年（1880年），文澜阁在旧阁的位置上重建，损失和残缺的书籍又被陆续找回来一部分。
1914年，在当时的杭州图书馆馆长钱恂的支持下，徐锡麟的二弟徐仲荪和他的学生堵福诜自费补抄《四库全书》，共用了七年的时间，史称“乙卯补抄”。1923年，当时浙江教育厅厅长张宗祥在徐仲荪、堵福诜的义举感染下，增加补抄人员上百人，费用则全部由浙江籍人士募集，徐仲荪任总校，堵福诜任监理，共用了两年的时间，史称“癸亥补抄”。经过持续补抄，文澜阁版《四库全书》逐渐恢复原样。抗战时这部《四库全书》曾经被运到青木关，抗战胜利后又被运回到浙江，现存放在浙江省图书馆。
除了原版的《四库全书》之外，我国还留有影印版本。早在北洋政府时期，总统徐世昌就有影印《四库全书》的计划，但因为经费不足而作罢，后虽经过商务印书馆的种种努力，但最终没有克服困难。台湾商务印书馆于1980年利用现代技术影印了《文渊阁四库全书》，21世纪初，北京商务印书馆又斥巨资完成了文津阁本《四库全书》的影印工作，并在2005年出版。