《四库全书》的总纂官除了纪晓岚之外，还有两位，其中一位便是孙士毅。

孙士毅是清乾隆二十六年（1761年）的进士，曾经担任内阁中书、编修等文官。傅恒远征缅甸时，孙士毅执掌奏章，战后论功行赏，孙士毅被任命为户部尚书，之后不断晋升，成为云南巡抚，后因没有弹劾贪赃枉法的李侍尧被罢免官职，罚没家产，发配到伊犁地区。乾隆皇帝修《四库全书》时，为了嘉奖孙士毅为官清廉（录其家，不名一钱），所以任命他为总纂官，《四库全书》修成之后，他被晋升为太常寺少卿。

此后，孙士毅被任命为山东布政使，接着成为广西巡抚，不久又至广东。初到广东，孙士毅就在给皇帝的奏折中这样说：广东地区多海洋，容易藏匿海匪，他会洁身自好，严格约束自己的属下，做一个好官。之后福康安向乾隆皇帝建议加强练兵，乾隆皇帝应允并要求云贵、两广等地区都要这么做，于是孙士毅便精心挑选兵士进行操练。当时茭塘匪患聚集，抗拒官兵祸害百姓，孙士毅听说之后，便率领官兵攻打，成功剿灭当地的土匪。为此，乾隆皇帝特地赐予他顶戴花翎作为奖励，之后，孙士毅被擢升为两广总督。

孙士毅在担任两广总督期间还发生过一件趣事。孙士毅回京述职时，遇到和 勒索钱财，他断然拒绝了。总督算是一方的封疆大吏，掌管地方军事、行政，回京之时一般会带一些辖区内的特产、珍稀物件进献给皇帝。孙士毅在宫门外遇到和 ，和 见他手中拿着一个雕工精巧的鼻烟壶，便借来观赏，爱不释手，和 把玩之后对孙士毅说：孙大人，你看这鼻烟壶如此精巧，你若是不嫌弃在下，能否将此物赠予在下呢？孙士毅直言：这个鼻烟壶是打算进献给皇帝陛下的，下官在奏折中已经向皇上说明过了。和大人喜爱，本来应该送给您，但是送给了您，下官却不知如何向皇上交代，请和大人见谅。和 见孙士毅拒绝，只能假托是玩笑之意。

之后，孙士毅到达潮州，戒备林爽文的起义军，因助剿有功被封为太子太保，并赐双眼花翎。孙士毅后又带领大军到达寿昌江，打得安南国的叛军阮惠措手不及，他假装搭设浮桥要渡江，暗地里派遣部将张朝龙在上游秘密渡江，致使叛军溃败。乾隆皇帝听说孙士毅大胜之后，便将孙士毅封为一等谋勇公，赐给他红宝石的顶子，孙士毅觉得赏赐太过恩重不敢收下，希望将此物收回，但皇帝并没有允许。不久之后，阮惠再次叛乱，朝廷官兵有很多伤亡，乾隆皇帝认为孙士毅并没有在胜利之后立即班师回朝，才造成了这样的叛乱，所以收回了对他的赏赐，让福康安代替他成为总督。孙士毅自行弹劾，朝廷让他继续镇守南关，后来阮惠请求归附朝廷，孙士毅上奏认为阮惠可以扶植，乾隆皇帝也觉得可行，孙士毅便被调回了京城，成为军机大臣，在南书房行走。

嘉庆年间，孙士毅率军镇压白莲教叛乱，在军中病逝，嘉庆皇帝追赠他为公爵，谥号文靖。 ruXR+olFdoGJZvrhnBp8DfDSVepwFESuOA1omeAr4LFtHY6tHWSAcLiLv3R6Kknl