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河越夜战之后，北条氏康开始扫荡武藏国内上杉氏的余部。忍城（现埼玉县行田市）的成田长泰率先向北条氏康投降。很快，胜沼城（现东京都青梅市）城主三田纲秀也向他投降。武藏国守护代、泷山城（现东京都八王子市丹木町）城主大石定久也向北条氏康降伏，并接受北条氏康之子北条氏照为养子。天神山城（现埼玉县秩父郡长瀞町）城主藤田康邦也不得不接受北条氏康另一个儿子北条氏邦为养子。天文十六年（1547年）九月，逃亡上野的太田资正趁北条军不备，夺回了松山城。十月，太田资正的兄长、在河越夜战中充当北条氏康内应的岩付城（现埼玉县埼玉市岩槻町）城主太田资时去世，没有留下子嗣。太田资正在十二月攻下了没有主人的岩付城，自立为岩付城太田家的新当主，并将城中亲北条的家臣全部赶走。然而，好景不长，北条氏康很快就策反了太田资正在松山城的留守上田朝直，包围了岩付城。天文十七年（1548年）正月，太田资正向北条氏康臣服。扇谷上杉家正式灭亡。
逃回平井城（现群马县藤冈市）的上杉宪政试图与信浓的豪族村上义清联手，共同对抗北条军。为此，他在天文十六年出兵信浓，支援被围困在志贺城（现长野县佐久市）的笠原清繁。以仓贺野秀景为主将的上杉军在越过锥冰峠后，于八月十六日在小田井原（现长野县北佐久郡御代田町）与板垣信方、甘利虎泰率领的武田军别动队交战，上杉军大败。
小田井原之战后，上野的豪族也开始反抗上杉宪政的统治。赤石城（现群马县伊势崎市）的那波氏、国峰城（现群马县甘乐町）的小幡氏和馆林城（现群马县馆林市）的赤井氏都先后联络北条氏康，与亲上杉宪政的足利长尾氏、由良氏、桐生氏、长野氏和大胡氏等豪族交战。天文十九年（1550年），北条氏康开始攻击上杉宪政的居城平井城。天文二十一年（1552年）三月，山内上杉家在武藏国的据点御狱城（现埼玉县兒玉郡神川町）城主安保泰广、安保太忠父子出降，上杉宪政之子龙若丸被安保泰广交出，后被北条氏康所杀。以长野业正为首的西上野河西众也加入了北条军，甚至连上杉宪政的亲兵马回众也有人投降了北条氏康。至此，上杉宪政再也无法坚守平井城了。四月，上杉宪政放弃平井城，前往东上野，向当地亲上杉的豪族足利长尾氏和由良氏求援，却被两家拒绝入城。不得已，上杉宪政只能跑到越后和上野的交界处，向越后的大名长尾景虎求援。
长尾景虎在收到上杉宪政的求援信后，很快将上杉宪政接到了越后。五月，长尾景虎就派遣使者僧前往上野，了解上野的实际情况。为此，上杉宪政撰写了证明使僧身份的书状。从为长尾景虎担任取次的吉江茂高在六月二十日写给平子孙太郎的慰问信、上杉宪政在七月三日发出的文书可知，长尾景虎即将派遣大将薭生城主平子孙太郎出阵关东。七月中旬到七月下旬的某日，越后军发出了在武藏国领主冈部左卫门尉所领北河边矢岛地区禁止滥妨狼藉的禁止令，说明此时越后军已经越过越后和上野两国边境的界山。长尾兵势如破竹，半个月左右的时间就从上野国打到了武藏国。八月十日，吉江茂高在给平子孙太郎的信中写道“关东御出阵御大义，御不如意令察之”，表示长尾景虎可能无法出阵关东，并暗示平子孙太郎做好回师的准备。八月十三日，长尾景虎的旗本吉江忠景在给平子孙太郎的回信中表示，因为平子孙太郎在关东出阵中的战功，原本剥夺的贺幾之地将作为恩赏返还给平子孙太郎。九月十一日，北条氏康遣部对下野国的佐野领（现枥木县佐野市富士町和枥本町）和上野国的新田领（现群马县太田市金山地域）放火。十月二十二日，上杉宪政从关东返还越后，长尾景虎写信给同上杉宪政一起出阵的庄内定贤，表示慰劳，并派各所奉行详细听取他的报告。同日，各所奉行枥尾城（现新潟县长冈市枥尾地区）城主本庄实乃、箕冠城（现新潟县上越市板仓区）城主大熊朝秀和与板城（现新潟县长冈市与板町）城主直江实纲，联名发出副状，表示将把庄内定贤出阵的心得申报给长尾景虎。十二月十二日，北条氏康授予安中源左卫门尉上野国势多郡上南云地区（现群马县涉川市），作为出兵上野的恩赏。长尾景虎和北条氏康的第一次交手就这样结束了。
平井金山城城迹图
长尾景虎之所以对越山进攻关东如此积极，有自己的原因。长尾景虎出身的越后长尾氏，代代都担任守护越后上杉氏的守护代。到了长尾景虎之父长尾为景的时代，越后守护上杉房能决心扩大守护的权力，在明应七年下令停止守护不入权。此事受到了长尾为景的抵制。永正四年（1507年）正月十七日，长尾为景开始攻打越中，而上杉房能则开始为讨伐长尾为景准备资金。八月，长尾为景先发制人，拥立上条上杉氏当主上杉定实为新任越后守护，攻打上杉房能的居馆。上杉房能不敌，在逃跑的路上切腹自尽，殉死者数百人。
春日山与支城图
此役后，越后秩序大乱。当年九月，扬北众的本庄时长、色部昌长和竹俣清纲起兵反对上杉定实继任越后守护。长尾为景依靠安田氏、中条氏、筑地氏的战力，又因为上杉房能之兄、关东管领上杉显定增援越后的节点沼田城和白井城被叛将长尾景春占据，所以经过一年多的战争，最终平定了叛乱。永正六年（1509年）十一月六日，室町幕府发出御内书，补任上杉定实为越后守护，并命令长尾为景悉心辅佐。
永正七年（1510年），上杉显定终于将长尾景春赶到了利根川以东的不动山馆。七月二十八日，上杉显定联络越后国薭生城主平子左卫门佐为内援，率领上野军八千余人攻入越后，一举占领了越后的上越和中越地区，上杉定实和长尾为景不得不逃往越中避难。逃到越中后，长尾为景以上杉定实的名义联络京都幕府。取得幕府的支持后，长尾为景发起反攻，将关东军赶出了越后，关东管领上杉显定被高梨政盛军逼迫自尽。
重新夺回越后的长尾为景不断加强自己的权力。享禄元年（1528年）十二月十二日，长尾为景被时任幕府将军足利义晴授予允许使用白伞袋、毛毡鞍覆等仅限于守护和御供众使用的物品。最早是由将军足利义稙授予越前守护代朝仓孝景，之后这成了幕府授予守护代守护权力的证明。至此，长尾为景就拥有了和守护上杉定实相同的家格。
长尾为景的行为很快遭到越后国人领主的反抗。享禄三年（1530年）十月六日，上杉定实之弟、上条上杉家当主上条定宪起兵讨伐长尾为景，史称“享禄·天文之乱”。享禄四年（1531年）正月，越后除上条家以外的上杉一门与扬北众等十八人联名组成一揆，加入上条定宪的讨伐军。二月，将军足利义晴下达了禁止与上条定宪合力的御内书。一时，上条定宪被压制，不得不向长尾为景求和。
上杉房能废止守护不入权文书图 |
春日山古城图 |
到了六月，形势发生了变化，被长尾为景倚为后盾的幕府将军家发生了变故。拥立将军足利义晴的管领细川高国在摄津尼崎被细川晴元和三好元长联军击败。细川高国被俘后被勒令自尽，足利义晴逃到了近江国坂本的长光寺。消息传到越后之后，长尾为景的支持者也发生了变化。
天文二年（1533年）九月二十六日，上条定宪再次举兵叛乱。虽然上条军一度处于劣势，自家的居城上条城也被烧讨，但是到了天文四年，上条定宪成功地将上田长尾氏与其旗下的上田众、妻有众和薮神众拉入了自己一方，并下令己方的宇佐美定满和大熊政秀做好反击的准备。六月十三日，长尾为景围攻宇佐美定满的居城。十九日，上条定宪又拉拢了扬北众中的本庄房长、水原政家和色部胜长等人，并展开了反击。八月十二日，在“享禄·天文之乱”中一直保持中立的平子弥三郎在中条藤资和黑川清实的劝诱下加入了上条定宪方。到了年末，庄内的大宝寺氏和砂越氏、会津的芦名氏也加入了上条定宪方。天文五年四月十日，宇佐美定满在越后三分之一原被长尾为景军击败。八月三日，长尾为景将家督让予长子长尾弥三郎晴景。十二月二十四日，长尾为景去世。长尾晴景在正式继任家督一职后，逐步恢复了上杉定实的守护权。在此前提下，上条定宪一党在天文七年（1538年）向长尾晴景请降，结束了“享禄·天文之乱”。
在这一年，守护上杉定实决定收养妹夫伊达稙宗之子时宗丸（伊达实元）为养子。伊达稙宗试图以此事为契机，将势力扩展入越后。首当其冲的扬北众分裂成两派：一派以中条藤资为首，支持伊达稙宗；另一派以本庄房长为首，反对伊达稙宗插手越后事务。动乱从扬北众波及越后全国。长尾晴景祭出天文五年九月二十七日后奈良天皇颁予他的“私敌追讨”令旨，加入了反伊达派。反伊达派士气大增，在天文九年九月二十八日攻下了中条藤资的居城中条城。
之后，伊达稙宗和伊达晴宗父子为了是否继续出兵越后反目，并引起了整个东北大乱的“天文之乱”，已改名为伊达实元的时宗丸入嗣越后上杉氏一事也不了了之。天文十二年（1543年）四月十三日，在越后天文之乱中站在长尾晴景反对侧的扬北众们联名向长尾晴景请愿，恳求长尾晴景下发赦免书。八月二十八日，长尾晴景命令自己十四岁的弟弟长尾景虎出任枥尾城城主，压制古志郡和中越地区。天文十三年（1544年）四月二十日，后奈良天皇又根据长尾晴景的请求，派右中弁劝修寺晴秀为使者，颁下了“越后国中静谧”的纶旨，并赐予长尾晴景后奈良天皇手书《心经》一卷，宣告了越后“天文之乱”的结束。
扬北众联署状图
后奈良天皇纶旨
天文十五年，长尾景虎因平定黑田秀忠之乱而名声大噪，引起了长尾晴景的猜忌，并导致兄弟二人最终兵戎相见。长尾景虎在军事上占据上风后，通过守护上杉定实的调解，在天文十七年农历除夕入驻春日山城，正式继承了长尾家。
长尾景虎继任家督后，采取其父长尾为景的政策，绕过了守护上杉定实，行使国主的权力。天文十九年二月二十六日，越后守护上杉定实去世。两天后，长尾景虎被将军足利义辉赐予白伞袋和毛毡鞍覆。天文二十一年五月二十六日，基本平定了越后一国的长尾景虎被授予从五位下弹正少弼的官职，确立了自己越后国主的地位。