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在社会科学领域，存在着实证主义与人文主义两种不同的方法论。18世纪30年代，孔德开创了实证主义的方法论，在西方社会学中一直占据主导地位。20世纪70年代，社会学领域逐步发展出更具解释色彩的人文主义方法论范式。
两种方法论所对应的研究方式，分别为定量研究与定性研究。对于本研究的议题而言，城市居民在事实上是否享有真正的自治权，以及事实上享有多大的自治权，难以单纯地从法律条文上加以判断，必须对这个社区内的居民生活本身进行观察，才能得出答案。对此，相比于数理统计的定量分析，本书更为关注上海市居民自治的制度实践及其内部的互动关系。由此，本书将涉及但不侧重于财政绩效的面向和统计关系的呈现，即不采取用数据来展示和验证假设的定量研究思维，而是基于实地调研基础，拟采用定性研究的方法来对“城市社区治理中的居民自治”进行探讨。
（一）文献分析法
通过对“中国期刊全文数据库”“万方数据服务平台”等重要文献库中的学界研究，相关政策文件、行政管理部门的内部资料，以及上海市档案资料和统计数据等的解读，展开历时性分析，梳理出社区治理居民自治的演变与发展，结合经济社会发展中的重大历史事件和上海独特的都市特质，进而摸索推进新形势下上海社区治理体系构建的突破口。
（二）访谈法
针对上海社区治理中居民自治的新情况、新问题及其形成因素等方面，收集有关上海市，尤其是郊区基层管理的第一手访谈资料。在上海市17个区（县）中进行访谈调查，通过深入上海的典型社区中，对社区居委、社区居民等进行开放式访谈，挖掘社区居民在完善社区服务体系、推进社区自组织建设和提高社区自治水平等方面的新要求，进而剖析社区居民的在利益关系结构、社会心理、社区参与等方面的新变化。
（一）分析归纳法（Analytic Induction）
本研究收集了统计资料、财政数据等数据文本；实地调查的访谈资料；政策文件、开会计划、工作计划、年度总结等二手文字资料，力图对此进行分类与归纳，从而对城市社区治理中居民自治的特征、绩效成效等进行客观分解。
（二）概括描述法（General Description）
“概括”是要说明所调查的社会现象“是什么”，即对现象的表现、类型、主要特征、基本状况和发展过程做出清晰、准确的说明。本研究力图对城市居民自治的机制、绩效与困境等进行全貌说明，以便勾画出城市社区治理中居民自治的基本概括和一般特征。
（三）抽象概括法（Abstract Conceptualizaion）
通过抽象概括的资料分析方法，具体的经验材料得以脱离感性的、具体事例的形态，而上升为抽象的、具有普遍意义的理性认识。本研究拟将从具体的经验材料中抽取某些重要的、本质的特征或属性进行分析，并用抽象概念加以概括、总结或综合，以便形成城市社区治理中居民自治的学理图谱。