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《史记》的内容和写作方式，与司马迁的个性、写作态度有很密切的关系。如果不能好好认知并感受到司马迁就像我们身边的人，就很难深切地理解《史记》。在这一点上，《汉书·司马迁传》中占很大篇幅的《报任安书》对于我们理解这一点就显得非常重要。在这封信里，司马迁是一个非常之人，有他的非常之志。
感人的是，他的非常之志不是空想、空言。他自命为太史公，认为在孔子之后五百年，自己有书写历史的使命，而且真正用生命完成了《史记》。在《报任安书》里面，他透露了自己写历史最重要的精神，即“究天人之际，通古今之变，成一家之言。”
“究天人之际”是相对最不容易理解的一个原则。司马谈是道家，但司马迁却是不折不扣的儒家，这一点在《太史公自序》里已经表现得相当清楚。他的儒家精神坚持“天人之际”，不讲怪力乱神的东西，也不是借由历史说明存在于上天的神秘力量能够介入我们的人生，改变一个人的命运。
理解司马迁讲的“天人之际”有一个很好的切入点，就是秦的兴起。
战国时期，秦只是一个边远的小国，东边这些正统的国家将其比之戎狄，视为西陲的野蛮之邦。然而到了秦献公之后，秦竟然能够经常打赢这些中原诸侯。
论秦之德义不如鲁卫之暴戾者，量秦之兵不如三晋之强也，然卒并天下，非必险固便形执利也，盖若天所助焉。
或曰：“东方物所始生，西方物之成孰。”夫作事者必于东南，收功实者常于西北。
如果用道德与正义做标准，秦国守道德的人连鲁、卫最没有德义的人都比不上；讲兵力，秦孝公时也没有韩、赵、魏强大。秦能统一六国，好像上天有什么神秘力量在帮助它。有人用类似风水的概念解释秦的兴起，事物会从东南方开始，但是最后在西北收成。秦占据了正确的位置，所以能够得到好的结果。这段话有意思的地方是“天”的用法，在整部《史记》中非常典型。司马迁什么时候会讲“天”？如果穷尽人事的道理仍然无法解释，那就叫“天”。
还有一个非常精彩的例子，在《高祖本纪》中，司马迁不只是用“天”来形容秦，也用来形容汉：“故汉兴，承敝易变，使人不倦，得天统矣。”
他这样写是有深意的，里面有一种评断。秦并不是一个好的国家，从任何标准看都不应该取得这么大的权力，但它毕竟最后统一了天下；汉高祖也不是什么了不起的圣贤，一生中有太多的理由失败，但是他竟然也没有失败。如果单纯以人事作为研究和记录的对象，这个时候司马迁恐怕要双手一摊说，这个事情在我能力范围以外，我没办法单纯从人事上解释秦为何能统一天下，也不知道刘邦为何能成功。这里面有一些无法解释的神秘东西，所以“岂非天哉”事实上是一种评断，认为单纯从人事的道理看这些事本不应该发生。
这种态度在《伯夷列传》里则更直接：
或曰：天道无亲，常与善人。若伯夷、叔齐，可谓善人者非邪？积仁洁行如此而饿死！
伯夷、叔齐是坚持原则的人，反对周武王伐商。换句话说，他们在善的原则上面坚持得如此决绝，连以暴易暴都无法接受。这种人肯定是善人吧，可是为什么最后却活活饿死？不只是伯夷、叔齐，孔子的弟子颜渊也是善人，也有特别高贵的素质，但是颜渊的一生，一箪食一瓢饮，随时在贫穷的状况下，而且三十九岁就早早去世了。
司马迁在质疑天，为什么用这种方法来对待善人。这样还不够，他还要进一步对照：“盗跖日杀不辜，肝人之肉，暴戾恣睢，聚党数千人横行天下，竟以寿终。”
作为史学家，他在历史资料里看到了许多人，而且认真整理了这些人做了什么事，得到什么待遇，由此看到的是——天不可能公平。人能决定的是要不要做好人，可是，做好人就能保证一定能得到好结果吗？颜渊就会摆脱贫穷，伯夷、叔齐就能不饿死，而盗跖就会得到报应吗？这些其实与人无关，人不能够决定一切。可是正因为这样，我们才能够回到本原上，了解人事上的是与非。之所以要“究天人之际”，是因为只有把天的部分和人的部分彻底隔开，我们在人事上的判断才不会受到干扰。很多时候，我们做人事上的判断时会看到偶然的东西——有人做了那么多坏事也没怎样，如果相信这些偶然，就不会相信原则，就看不到人事的教训，也不会相信人事的道理。所以司马迁清楚地告诉我们，写历史首先要分清什么是天，什么是人。
第二个原则是“通古今之变”。从古到今有种种的变化，其中有很多有趣的东西，但这不是历史的主要任务。历史不只是告诉我们朝代的兴废、皇权的更迭，以及战争、饥荒、婚丧嫁娶……这些都是古今之变，可以无穷无尽地记录下来，但并不是历史的真正核心。我们要超越表面的变化，探究历史背后的通则——什么样的人，碰到什么样的状况，依照什么样的信念，会有什么样的行为，因而产生了什么样的变化——这才叫作“通古今之变”。
《史记》是司马迁在很清楚的自主意识下创作的，与后世的史书写法很不一样，他并不是简单地把手上的材料按时间顺序编排在一起。在司马迁眼里，历史没有那么容易，更重要的是，要把从古到今的历史写进一本书里，不可能用这么简单的方式。除了“究天人之际”“通古今之变”，还要能“成一家之言”。
在两千年前，他已经在清醒地思考史家与历史的关系。一个称职的史家写出来的东西并非就是历史，史家写出来的历史也不会都一样。有时候，我们可能比司马迁更落后，或者更天真，常常以为历史可以有定论，历史学家写出来的历史应该都一样。这怎么可能呢？一个历史学家如果没有清楚的个人理念，如何能够写出像样的历史呢？写历史的人背后必然有一种精神和价值观灌注到他的历史里。相当不幸的是，“成一家之言”这简单的几个字，在中国后来整个史学里面反而成了最难理解的一件事。
在这一点上，《史记》有着巨大的吊诡之处。司马迁从一开始就要写一家之言，换句话说，他的写作不是历史的定论，更不是标准答案——历史没有标准答案，不一样的人看历史会有不一样的评断。对于史书来说，重要的不在于写下来的历史不能更动，而是在历史记录与探究中“究天人之际，通古今之变”，挖掘出一些智慧，让读者可以通过对历史的理解与思考加以吸收。这个智慧比“历史究竟是什么”更加重要。正是在铺陈这种智慧的时候，才需要“成一家之言”。
然而，用这种精神写成的《史记》，在中国传统史学中竟然变成了“正史”的起源——二十四史之首就是《史记》。事实上，《史记》变成正史的起源，大部分是来自它在体例上面的贡献。接下来，每个朝代就只有一部，顶多有两部（如《新唐书》《旧唐书》）正史。再后来，中国传统史学认为正史里写的东西都是真相，都是事实，都是标准答案。
这刚好与司马迁写《史记》的态度相反。不管是什么人，甚至不管是什么委员会或者集体把这个事情写下来，它就代表真实发生过的事吗？如果我们不能有“成一家之言”的精神，去质疑历史上真正发生了什么事，探索各种人物与事件的关系，那还学历史做什么？“成一家之言”不只是说这本书是有作者的，更重要的是在提醒读者，读这本书要有谨慎、恐惧和自我准备的精神，不能完全被动地接收它，而应该以一种主动的精神去思考，司马迁到底想说什么，为什么要这样写，这样写对我们的意义又是什么。换句话说，在读《史记》时，我们应该跨越两千年的时空，与伟大的司马迁进行一种历史式的心灵对话。
《史记》涉及的重要体例分为本纪、表、书、世家、列传。本纪是从三皇五帝讲起，基本上是以政治统治者作为单位。这一部分在历史叙述上的功能，按司马迁的说法，叫“陈其科条”，即以统治者为线，将重要大事列于书的最前头。因此，我们看到从夏、商、周一路下来，哪些人当了皇帝，又做了什么大事。本纪是大纲，其他重要的事情则被分散在世家或列传中进一步介绍。
不过，这个体例里有一些有趣甚至怪异的安排。例如，《史记》是在最强调大汉光荣的汉武帝时代写就的，然而司马迁在本纪里放进了一篇“项羽本纪”。按照原则，只有皇帝或者统治者才能被列在本纪里，那为什么会出现项羽？
汉朝是靠打败项羽而建立的。在五行安排上，汉代认定自己是土德，也就是直接接在秦后面，中间没有项羽。换句话说，汉代的官方意识形态不承认项羽。但是太史公写《史记》时，写的不是“项羽世家”或者“项羽列传”，而是“项羽本纪”。在此，他有一个不同于汉代官方意识形态的“一家之言”，他认为灭亡秦的是楚而不是汉，是项羽而不是刘邦。这是一个很重要的判断。
此外，按照刚刚讲的基本体例，应该是一个一个皇帝接续下来，高祖之后应该是汉惠帝，但是《史记》中又有很明显的“一家之言”的破例——我们找不到《惠帝本纪》，接在《高祖本纪》后面的是《吕太后本纪》。换句话说，《吕太后本纪》取代了《惠帝本纪》。
在汉兴的历史上，对比《史记》与《汉书》会看到非常清楚的差异。《汉书》里有《惠帝本纪》，同时前面有一篇《高后本纪》，这是《汉书》所排列出来的正统。依照原来的体例，既然惠帝当了皇帝，就不能没有本纪，可是《汉书》又继承了《史记》（甚至有一些部分是直接抄《史记》的），觉得必须要把吕后放在这里。班固的评断与司马迁不一样，他把这篇称作《高后本纪》，“高后”指的是“高祖皇帝的皇后”，即依随刘邦而来的身份，这是一个正统的概念。但是司马迁的价值判断不一样，从头到尾称她为“吕后”，标题也叫作“吕太后本纪”，这就意味着，在司马迁眼中，吕后与项羽基本上是同样的。吕后要建立吕姓王朝，而且实质上已经把刘家天下改造成吕家天下了，只不过最后刘氏势力重新集结，她终归失败，吕家天下又变回了刘家天下。对司马迁来说，这个不应该忽略，他要借此彰显出“成一家之言”的重大评断。
世家里有更多有趣的“例外”。依照体例，世家本来讲的是封王的贵族，这是因应西周封建体制而特别设计的。在封建的历史架构下，贵族是与平民百姓彻底分开的，为了反映这一历史现实，太史公没有把贵族与平民放在同一范畴下。因此，如果是西周封建中的重要诸侯国，就有相应的介绍，例如《吴世家》《晋世家》；有过封王身份的人也一定要写进世家里，如果没有，或者是汉代之后这个身份失去了以前的意义，就把这些人归在列传里。世家与列传就以封建身份区隔。
从这个角度来看，又有一个奇怪的特例——孔子。孔子没有王位，在封建秩序里也没有正式的贵族地位，却被司马迁写进世家。对司马迁来说，没有人比孔子更加重要。本来应该将孔子放到列传中，但为了凸显他的重要性，同时追随自己所学的董仲舒的春秋学（认为孔子是素王），司马迁没有把孔子当作一般平民写在列传下，而是给予了世家地位。
还有一个很特别的人，陈胜。陈胜被列在世家里，就像项羽被列在本纪中一样。司马迁所看到的历史，从人事上看，在历史的关键点上，陈胜、吴广是秦朝最早起义的人。项羽很重要，因为他是真正灭秦的人；陈胜、吴广也很重要，因为他们最早有勇气揭竿而起。所以，虽然陈胜、吴广的王位是自封的，但是司马迁愿意承认他们的历史重要性。
借由《项羽本纪》《陈涉世家》，司马迁是在告诉我们，如果单纯从人的角度来看，这些人在历史上的作用远远超过他们的平民身份，甚至超过贵族的身份。他们有更高的身份，那就是在历史转折点上发挥了巨大作用。萧何、张良等人是协助高祖建立庞大王朝的功臣，有些并没有真正封王，可是为了凸显他们的巨大贡献与特殊角色，也都被列入世家之中。
本纪基本上是把政治事件逐条列出来，世家与列传则把这些大事相关的人和事做更详细的说明。此外，司马迁还奠定了“表”这个体例，这也是“成一家之言”的精彩表现。在周的封建时代和汉代早期有许多王国，各国都有自己的纪年，因此时间序列非常混乱。这时只好用表让读者一目了然。表还有另外一个作用，即有些人在历史上比较重要，但其事迹没有丰富到列入传记，就可以在表中留下位置。
“成一家之言”最特别的贡献是书。本纪、世家、列传、表基本上都是以人为主，但书以事件为主，它把一个事件，甚至是跨越时代的重要制度聚拢在一起，这本身就是一个了不起的史学体例的发明。《史记》所写的八书，尤其是《封禅书》，里面的内容有更多历史的评断。《封禅书》一开始说：
自古受命帝王，曷尝不封禅？盖有无其应而用事者矣，未有睹符瑞见而不臻乎泰山者也。
表面上看，司马迁是讲所有帝王都要到泰山去封禅，但这段话讲完之后，他开始仔细说哪个帝王与封禅发生了什么样的关系。看接下来的文字就会发现，前面的表面说法与细节铺陈有些不太对得上。他罗列出过去帝王与封禅的关系，得到的结论是：其实在秦始皇之前，所有封禅的故事都不太可信。那封禅到底怎么来的呢？依照《封禅书》的说法，最初的来源是秦时鄜畤的祭祀，是秦立国之后受到西戎习俗影响而来的。司马迁把这一来历写得清清楚楚，中间还加上了明白的评断。换句话说，封禅是在华夏礼乐倾颓、周的封建秩序变坏以后，秦受到外族影响才产生的一套东西。
到了秦始皇的时候，这套东西又加上了另外一个系统。秦始皇到了东方，遇到齐鲁的方士，他们在那里帮封禅附加上神话的光环。司马迁要处理的是非常敏感的内容，所以《封禅书》有一些文字是湮没的，不过倒也不至于看不清楚他到底要说什么。他就是想告诉我们：第一，封禅是晚近才产生的，尧、舜、禹、汤没有这样的东西；第二，封禅是两个巨大的迷信系统结合在一起而产生的，一个来自秦和西戎，另一个来自齐鲁方士的幻想，是秦始皇完成了封禅这个制度。接下来司马迁又写了秦始皇封禅时的种种荒谬内容。他铺陈封禅的背景与来源，最重要的是要显现他对于另外一个经常被与秦始皇相提并论的皇帝的评断，也就是随时有权力杀他的汉武帝。《封禅书》之所以那么有意义，那么重要，是因为司马迁在里面表达了他对于操有生杀大权的汉武帝的历史评断。
从这件事情上面，我们可以了解司马迁的精神有多么伟大。“成一家之言”，意味着他在写史书时一定要提出自己真正相信的、对历史事件或者人物的评断，不受别的人、群体或者权力的影响。他大可以不必评论汉武帝，但如果不评论，在他的标准里，这本书就不能够真正称为“成一家之言”，所以他要表达对汉武帝的是非评断，要把汉武帝相关的行为与历史收纳在《封禅书》这篇奇特的文章当中。