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一 医学之源流
中国医药源于太古，初时所知病理只是火伤与矢伤，故身体不舒服名为“疾病”。医药的元祖，或称神农，或称黄帝。实际说来，这两人的事迹都无凭据。依一般的说法，神农为医药的元祖，黄帝乃医术的创始者。《史记·三皇本纪》说：“炎帝以赭鞭草木，始尝百草，始有医药。”《世本》说：“神农和药济人，则百药盖自神农始也。”《淮南子》卷十九（《修务训》）“神农始尝百草之滋味，水泉之甘苦，令民知所辟就。当此之时，一日而遇七十毒”。《小史》“炎帝尝百药以治病，尝药之时，百死百生”。神农时代民食以植物为主，他对于植物为有毒无毒的识别，所以时时遇毒。在传说里，当时还有药兽，如《芸窗私志》说：“神农时，民近药兽，人有疾病，则拊其兽，授之语。语已，兽辄于野外，衔一草归，捣汁服之即愈。”
药书的元祖，相传为《神农本草经》，梁陶弘景补订。弘景序说：“神农氏王天下，宣药疗疾，以拯天伤。”古时医药不具杵臼，只用口嚼。黄帝时有雷公创“炮制法”，后世称为“雷公炮制”；到殷时，伊尹始著《汤液论》为汤剂的起头。又黄帝的臣岐伯基造化之理，著《灵枢》《素问》，详论阴阳六气，以解析外感内伤，说明诊脉的方法，立针灸药饵之治法，这是医经之源。后来，扁鹊作《八十难经》，汉张仲景著《伤寒论》，及《金匮治难病论》，治病法便从张氏起首，故世称他为“医圣”。后汉末华佗著《青囊记》说刳骨割肠腹法，为外科治疗法的始祖。到唐道士孙思邈著《千金要法脉经》，详说诊脉疗病之道，后被封为“药王”。自唐以后，医药书日多，到明万历间李时珍辑《本草纲目》已引用了三百七十七家的书，诸《经籍志》所出的还不止这数目。
神农尝百草的结果，分药为上中下三品，合计三百六十五种，著为《本草经》。这书乃后汉时代的伪作，从其中所出郡县多为汉代名字可知。《帝王世纪》说：“炎帝尝味草木，宣药疗疾，著《本草》四卷。”《汉书·艺文志》解医经说：“医经者，原人血脉经络骨髓，阴阳表里，以起百病之本，死生之分，而用度箴石，汤火所施，调百药齐和之所宜。至齐之德，犹慈石取铁，以物相使；拙者失理，以瘉为剧，以生为死。”又解经方说：“经方者，本草木石之寒温，量疾病之浅深，假药味之滋，因气感之宜，辨五苦六辛，致水火之齐，以通闭解结，反之于平。及失其宜者，以热益热，以寒增寒，精气内伤，不见于外，是所独失也。”
二 医药与巫之关系
医药古与巫有关，此因古人以病为不自然，必有鬼物附在上头，故最初疗法为“厌胜”“巫术”。“毉”从巫，又从“酉”，即指明这遗意。药物有厌胜作用，故不尽被服食，故《山海经》有“服之”便如何，“佩之”便如何的分别。“佩”即是佩符一样。
平常治病之外，进一步，是仙方及不死药。平常药物只为保持身体的康健，因有身方能求仙，仙药是服之可使人轻身飞行，返老还童。所以古药与房中及滋养剂有关。药的研究恐怕是从战国末的神仙家及汉代的道家起头。因为注意长生不老，故注意到食饮起居等事。在炼丹之外，有按摩，导引等以炼身，在饮食上，药加在里头。关于这知识成为后来的“本草学”。
在神农以外，黄帝的臣子岐伯和桐君都被看为药物专家。后世常记他们的名来著书，如《雷公药对》《桐君采药录》是。但书虽假，也可见古人关于药之知识之丰富。因为道家的研究药的种类日增。前汉末平帝（西纪元年）时“本草学”已成为专门学问。《汉书·郊祀志》平帝时“元始五年（西纪五年）举天下通知方术本草者诣京师”。是为“本草”二字见于文献之始。又《栖护传》说，“护少时记诵医经，本草，方术十万言”。是知本草在当时成为独立的学问。同时也可知本草与方术之关系。后来方术与神仙并入道教，而本草反成独立，后为医术之药与方术之药。医药日益扩大，而研究者多为道士。方药参看《云笈七签》卷七十四至七十八。（《道花太玄郎》第六九三至六九四册）
本草之名见于汉时，梁（四二○—四七八年）陶弘景校订《神农本草经》，编述《名医别录》。关于本草的文献所记极少。所以名为“本草”者因药以植物为多之故。在《本草经》中所记之药含有巫术与仙术功用者甚多。在战国或其前，依《周礼》分为医师，食医，疾医，疡医，兽医五种，医师为医之行政官，疾医为内科，疡医为外科；兽医医兽，此可见当时医术之发达。至于食医即依饮食物以治病之医者，中国有“食忌”及特用药物即食医之属，《礼记》中士君子日常生活当依节季，非时不食，果物非时不食，故一季有一季之食物，也是食医之遗意。故食物即药。《本草》中列举通常食物，也是食医之遗。又外科用艾以灸，在《本草经》中并未说到，在《名医别录》中方见。
古时药材依《周礼》有草木虫石谷五种。其细名未详。疡医中用石胆，雄黄，矾石，皆属于毒药。医和扁鹊虽为名医但其用药也未明。汉文帝时淳于意在《史记传》中举出半夏，苦参，芫华，莨菪，硝石。汉张仲景在《伤寒论》及《金匮要略》中举出约二百种。陶弘景时药石增加。在陶以前，扁鹊弟子李当之，吴普著《李氏药录》《吴氏本草》，今全书不可知，从《名医别录》可见一二。
陶弘景所出之《神农本草经》是否神农造，甚可疑，因其内所记多为汉地名。其时与西域交通，为葡萄，胡麻之类均被采录。晋张华《博物志》及《神农经》《神农本草》是否与陶书同本也有疑问。想此书与张仲景有关。或是张于原书加入当时地名也不可知。但亦未即为陶书。如《博物志》引《神农本草》鸡卵造琥珀，在今本《本草经》全无。《博物志》记狼毒，巴豆，黎卢，天雄等毒物，及其解毒剂，弘景书则大变其体裁。然今本《本草经》之分法与《博物志》也有相合处，如上药中药等分法是，葛弘之《抱朴子》亦依此分法。故知《本草经》之源甚古。三类者，上药养命，即持续服之无害，反增康健；中药养性，不能常服，疾时用之。下药有毒，只驱病时服之。此可说为普通，剧毒三种。陶书中，上药百二十种，中药百二十种，下药百二十五种，合三百六十五种，应一年三百六十五日之毒。
陶弘景与葛弘同为道教之信者。葛弘积其炼丹工夫著为《抱朴子》，及其他关于道教书甚多。陶弘景为崇拜葛弘者，但一方亦信佛教，持佛道一致论，陶对于仙药有疑问，比葛弘更进一层，如芝，在《本草经》便不记，因他疑这物果否服之能轻身不老之故。
现存《神农本草经》有陶隐居之体系，因到宋后次序稍改，故多少是原本不得而知。从敦煌所出之《本草经》，知隐居选定是药为七百三十种，其中有名无实者百七十九种，常用者五百五十一种。弘景以前之药数，若依此经，当为五百九十五或四百三十一，或三百十九，故约定之，当时有五百种，与今日所用之数略同。
中国药品原来多在旧文明的区域，山西，山东，河北，河南诸省，但北方的药草含有香气的很少，因为含有香油的植物以南方为多，而这些植物古本草都未著录，自与外国交通后，这些芳香品逐渐加入，如丁香，龙脑，白檀，沉香，茉莉，没药，龙延香，安息香，阿魏，荜菝，白豆蔻等由波斯，交趾，锡兰等处输入。在外国芳香药品输入以前，古时只用椒，兰，比起南方之芳香性植物大有云泥之别，外国药之输入与佛教大有关系；陆由西域，水由南海，输入新植物不少。
三 唐代道教与本草
自与外国交通后，药数增加，高宗显庆四年（西六五九）敕李细述《唐本草》，同年订正为《唐新修本草》。《神农本草经》为陶弘景私撰；至于《新修本草》则为敕修之官版药书，集各地的学者，及各处之药，一一正其异同以定舍取，新增百十四种，药图二十五卷，别附图经七卷，给药物知识一大便利。古时铅与锡每混为一，至是则分别为二，又橙与柚，防葵与狼毒都判别出来。可惜此《新修本草》已佚，不过有二三册残本存在日本而已。唐时信道教的人很多，太宗也信服饵之法，常常至百二十岁翁甄权私第，问长寿法，甄权为著《药性本草》。这时道士明医的很多，医药与道教直分不开，如孙思邈为隐于太白山之学者，著《千金要方》，极有名。此外可注意者为集《本草经》及《新修本草》之遗漏的《本草拾遗》，陈藏器撰，述外国药品的有《海药本草》《胡本草》二书。《胡本草》已佚。
四 宋代之本草
唐以后，药方有变动，蜀孟昶乃造《蜀本草》，宋太祖开宝六年（西九七三年）造《开宝本草》，距《唐本草》已四百年，药数增加九百八十三种，新药增百三十三种。此后八十年，仁宗嘉祐间敕撰《嘉祐补注本草》，药数至千八十二种之多，因为数目很多，图形错杂，原物形态难知，仁宗又特选《图经本草》，谓天下郡县，就所产地描图上进，现行之《本草纲目》插图恐怕是以基于《图经本草》而作的《证类本草》为的本的。从《纲目》的图与《证类本草》比较，其中已有多少差异，将《证类》与《图经》较，也有多少不同，现存《图经本草》恐非旧观。
宋徽宗善画，好道，故对于本草之趣味恐怕很浓。大观间蜀医唐慎微献《证类本草》，朝廷名之为《大观本草》，付梓刊行。政和间又校正刊行，称为《政和本草》，名异而实同。为今存本草之最古刊本。此本草为李时珍《本草纲目》之母本，多存古代药名，慎微之功可谓至巨，此本有大德本与泰和本两种，今多为泰和本。
五 明清之本草
宋以后，本草书有名者甚少，变药物学，处方学为医术之理论，而忘却本草之真意，采药者当时少，于本草之进步当然有碍。一方，医学之理论渐离道家之说而就近儒家，与真药之接触少，而多理论。又“本草”成为广义，如《食物本草》《救荒本草》，出现于明代，全失本草之原义，有博物学之意。李时珍之分类亦受此时代学术倾向之影响。在明代可特记之书还有《庚辛玉册》，此书为宁献王于宣德年中编成；与医用全别，乃为册炉之用，其中分金石，灵苗，灵植，羽毛，鳞甲，饮馔，鼎器七部，列举五百四十一种药名。
李时珍之《本草纲目》，起嘉靖三十一年，迄万历六年（一五五二—一五七八年）至三十六年，集药千八百九十二种，全五十二卷，分十六部。时珍分无机性之药为水，火，土，金，石。植物性为草，谷，菜，果，木，服器。动物性为虫，鳞，介，禽，兽，人。更分细目，如草木部，有山草，芳草，毒草，蔓草，水草，石草，苔，杂草等。区分明了，甚便检阅。
自李书出后，曾有种种本草，但皆偏之处方及理论，于药物无研究。惟李中立之《本草元始》实就本草精神而作，为明清之际之特出。道光二十八年（西元一八四八），吴其濬本《本草纲目》，作《植物名实图考》，除药用植物外，并及各种，详加考证，所得约千八百种，为植物学上之大著。
现在中国药物共有二千五百九十六种，分类如下：
水六十七种，天水十三，地水三十，其它水二十四；火三十一种；土七十九种；金三十九种；玉十四种；石九十九种；草六百二十种；谷八十八种；菜百四十五种；果百六十六种；木百三十九种；藤二十五种；花三十一种；服器百二十七种（此类最可笑：如病人衣，孝子衫等是）；虫百三十九种；鳞百十一种；介三十三种；禽九十一种；兽百十一种；人三十五种（阴毛，肉，头垢，月水，牙，阳属，木乃伊等，计二十项）。