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儿童亚健康的发生原因，与成人相比而言，有其自身的特点。
儿童的生理特点为生机蓬勃、脏腑娇嫩。小龄儿童寒温不能自调，饮食易有偏嗜，又因其脏腑娇嫩，其较成人而言，如果不能得到良好的照料，极易受到外界影响而进入亚健康状态。又因其生机蓬勃、发育迅速，阴阳失衡的偏颇状态如得不到及时的纠正，将继续向更偏颇的状态发展。
小儿脏腑娇嫩，形气未充，机体的物质和功能均未发育完善，这一生理特点决定了他们体质嫩弱，御邪能力不强。不仅容易被外感、内伤诸种病因伤害而导致亚健康，而且一旦进入亚健康之后，因娇嫩的脏腑无法及时调整已失衡的阴阳之气，更无法驱除侵袭之邪气，更容易进入疾病状态，部分儿童因年龄小，或罹患之疾发展传变迅速而不经亚健康状态，直接进入疾病状态。
由于小儿具有稚阴稚阳、脏腑娇嫩的生理特点，在年龄越幼小的儿童表现越突出，所以，年龄越小，受各种不良因素影响而进入亚健康的比例越高，由亚健康进入疾病也越快。
小儿的亚健康发生特点与其生理、病理特点尤为密切。儿童具有“肺常不足”“脾常不足”“肾常虚”的特点。在儿童阶段，身体的发育需要不断地吸收外界精微物质，包括自然界的清气、饮食水谷精微，并在先天肾气的不断激发下转化为自身组成部分，这就意味着儿童的肺、脾、肾三脏负担远较成人为重，一旦受外界影响，或因自身阴阳之气的失衡，易导致三脏的功能下降而进入亚健康。
肺本为娇脏，难调而易伤。小儿肺常不足，包括肺的发育尚未完善，生理功能尚未健全。加之小儿寒温不能自调，家长护养常有失宜，故形成易患肺系亚健康的内因、外因。肺为呼吸出入之门，主一身之表，六淫外邪犯人，不管从口鼻而入还是从皮毛而入，均先犯于肺。所以，儿童易患感冒、咳嗽、鼾症倾向等。
脾为后天之本，气血生化之源。小儿脾常不足，包括脾胃之体成而未全，脾胃之用全而未壮。小儿乳食之受纳、腐熟、传导，与水谷精微的吸收、转输功能均需要脾胃功能的正常运转来进行，但小儿生长发育迅速，与不成熟的脾胃功能不相适应。加之小儿饮食不知自调，家长喂养常有不当，就形成了易患与脾胃有关的亚健康的内因、外因。饮食失节，喂养不当，食物不洁，病从口入，犯于脾胃，则可发生厌食、积滞、口臭、腹胀等脾胃相关亚健康。
肾为先天之本，小儿生长发育，以及骨骼、脑髓、发、耳、齿等的形体与功能均与肾密切相关。小儿先天禀受之肾精须赖后天脾胃生化之气血不断充养，才能逐步充盛；小儿未充之肾气又常与其迅速生长发育的需求显得不相适应，因而称“肾常虚”。儿科五迟、五软、解颅、水肿等肾系疾病在临床上均属常见，同时矮小、尿频、遗尿等肾系相关的亚健康状态亦有不少。
小儿不仅易于进入亚健康，且进入亚健康后又易于传变，即由健康未病态可迅速进入潜病未病态，再进入欲病未病态，随后进入疾病。这与小儿的病理特点高度相关。小儿发病后传变迅速，主要表现为寒热虚实的迅速转化，即易虚易实、易寒易热。
虚实是指人体正气的强弱与致病邪气的盛衰而言，如《素问·通评虚实论》云：“邪气盛则实，精气夺则虚。”小儿亚健康状态时，邪气易盛而呈实证，正气易伤而呈虚证，因正不敌邪或素体正虚而易于由实转虚，因正盛邪却或复感外邪又易于由虚转实，也常见虚实夹杂之证。例如，小儿不慎感受外邪而患感冒，可迅速发展而成肺炎喘嗽，皆属实证；若邪热壅盛，正气不足，可能产生正虚邪陷、心阳虚衰的虚证变证。
寒热是两种不同性质的疾病证候属性。小儿由于“稚阴未长”，故易见阴伤阳亢，表现为热证；又由于小儿“稚阳未充”，故易见阳气虚衰，表现为寒证。寒热和虚实之间也易于兼夹与转化。例如，风寒外束之寒实证，可迅速转化成风热伤卫，甚至邪热入里之实热证。若是正气素虚，又易于转成阳气虚衰的虚寒证或者阴伤内热之虚热证。湿热泻暴泻不止，易于产生热盛阴伤之变证，迁延不愈又易于转为脾肾阳虚之阴寒证等。
认识小儿易虚易实、易寒易热的病理特点，即可把握儿童亚健康的传变特点。要在临床上充分意识到小儿发病后证情易于转化和兼夹的特性，熟悉常见亚健康状态的演变转化规律，特别是早期预见和发现亚健康快速转变为疾病的征兆，即患儿传变迅速的苗头，防变于未然，才能提高预防和调理亚健康的能力。
与成人相比，小儿易于进入亚健康，进入亚健康后又易于传变，这是小儿亚健康特点的一个方面。另一方面，小儿进入亚健康之后，其亚健康逆转为健康状态也比成人快，比例也较成人为高。例如，儿科感冒、厌食等，多数好转比成人要快；小儿由疾病逆转为亚健康也较成人为容易，如慢性病哮喘、急性心肌炎等的预后也相对好于成人。
儿童亚健康易于逆转的原因，一是小儿生机蓬勃，活力充沛，机体阴阳之气在不断地动态发展，及时予以正确的调治，就可让机体阴阳之气恢复平衡；二是小儿基础情况好，多数无慢性病，调治反应敏捷，随拨随应；三是儿童亚健康以外感六淫和内伤饮食居多，没有复杂的心理因素，对中医各种干预手段没有过多抵触心理，同时儿童亚健康的中医治法较多，疗效较好。
小儿脏气清灵，易趋康复，故对亚健康儿童更应早期发现、早期调治，争取在其未进入疾病状态之时，使其亚健康状态得到完全纠正。